|
|
|
GGAGAUCGGCGCGGACGGAGUCCUCGCCAACCUGGUCAGGGCCGAGAGGCAGCAGCCACAACGAGAUCACCUCUGGGUCGUCUGCCGGUCUCCACCUCAUUUUCCUCGAAAUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((((.((((.(((((..((((......((((....(((....)))....))))...)))).....)))))..))))...)))))))))....................
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.....((((.((((...)))).)))).....(((..(((((....((((((.(((.((..(((.....)))))))).).))))))))))..)))...............)) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................((((....(((....)))....))))....................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((.(((((..((((......((((....(((....)))....))))...)))).....)))))..))))..)))))))))).....(((((....))))). |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................................(((((.............................)))))........................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((((((..(((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....)))))).....))))))).............)))))........ |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................(((((((((((....)))))))))))....................................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..((((((.(((((.(((.....))).)))))..((((((....)..............)))))...)))))))))))))))).................... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.(((..(((....((((......((((....(((....)))....))))...)))).......)))...)))...))))))))).................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((.(((((..((((......((((....(((....)))....))))...)))).....)))))..))))..)))))))))).................... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..((((((.(((((.((((...)))).)))))(.((((((....)..............))))).).)))))))))))))))).................... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.((((...))))......((((((.....(((....)))...........[[[[.......))))))....)))))))))))...........]]]]..... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................((((....(((....)))....))))....................................................... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..((((((...(((.((((...)))).)))(((....))).....(((....(((.....)))))).)))))))))))))))).................... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..((((((.(((((.((((...)))).))))).....(((....))).....(((.....)))....)))))))))))))))).................... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((.(((((..((((......((((....(((....)))....))))...)))).....)))))..))))..)))))))))).................... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..(((((..(((((.(((.....))).))))).....(((....))).....................))))))))))))))).................... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((.(((((((((((((((((((..)))))))))))))))))))))))....(((((((((..))))))))))))))))))).......((((...)))).. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((..(....((((..(((((((((.(.....((((....(((....)))....))))...)))))...))).....)).....))..)..........)..))))....... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................((((....(((....)))....))))....................................................... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................((((....(((....)))....))))....................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..((((((.(((((.((((...)))).))))).....(((....))).....(((.....)))....)))))))))))))))).................... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..(((((((.....((((....((((..))))..)))).(((....)))....[[[[...((((..)))))))))))))))))))...........]]]]..... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................(((((........(((((....................))))).........)))))......................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................((((....(((....)))....))))....................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((..(((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))....)))))).....))))))........................... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................((((....(((....)))....))))....................................................... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((..(((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))....)))))).....))))))........................... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................((((....(((....)))....))))....................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................(((.....(((....))).....)))....................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((.(((((..((((......((((....(((....)))....))))...)))).....)))))..))))..)))))))))).................... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..((((((.(((((.((((...)))).))))).....(((....))).....(((.....)))....)))))))))))))))).....(.((((...))))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..((((.((((...)))).))))...(((((...((((.(((((....................))))).))))....)))))............)))))........ |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................(((.....(((.....(((....))).....)))..))).................................................. |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................((((....(((....)))....))))....................................................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((.(((((..((((......((((....(((....)))....))))...)))).....)))))..))))..)))))))))).................... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..(((((.(((((..((.....))..))))).....(((....))).....(((.....)))....)))))))))))))))).................... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.((((...)))).))))..(.((((....)))).).((((((.(((.((..(((.....)))))))).).)))))))))))).................... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((..((((((.....((((.(.(.(.(((((((((((..)))))))))))).))))))...(((...))).)))))))))))))))..(.(.(........))).. |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................(....(.((....(........(....(.(...).)....).........)..)))...........)................ |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................................................(((.................)))..... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..((((((.(((((.((((...)))).)))))...................................)))))))))))))))).................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((...(((((((..(.........((((....(((....)))....))))......).....))).....)))).)))))))))).................... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((.(((((..((((......((((....(((....)))....))))...)))).....)))))..))))..)))))))))).................... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..((((..((.....))..))))....((((....)))).((((....................)))).((((((.....)))..))).......)))))........ |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..((((.(((.....))).)))).....(((....))).(((((.............[[[[[[.))))).((.........]]]]]]..))....)))))........ |