|
|
|
GACUGUAAUGGUCAGUUUGGUUUCGGAGGCACUUGAUUUUCUCGCUGUUUCUACUCCAUCCCCAUAAGAACCCCCCAGCGGCGCCCAGCACGAAUCUCGCGGUGGCCACCCACUCGCACGGGUAACCUGCGAUCGCUGCGUGUGGCCCUAAGCAAUGAAGAUGACACUUGAGGGAGGUCUCACUCUGCAGAGGCAUCUUCACCGUCAGAUGGCGCGCUGGAUCACGAUCGCUGGGGGCUUGGGGUAGAGCGGCGAGAUGGAGAUGUCGACUCCAAUUUUU |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((.......))).....((((...........(.((.((.(.(((((((....(..((....))..).....((((((((.(.(((((.((.((((.((((....(.(..(.(((((.((....))))))))....).).......(...)...(((((((....(((....(((......)))....)))..))))))))))).))))..)).)))))....)..))))))))...........)))))))).......)).))..)....))))...
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.......))).((((..(((...((((((.(...((((((((((.((((((((.............((((((((((((.(((((.((.((((.((((.(((((((((.(((((.((....)))))))....)).).))))))........((((((((.(.(((...((((......))))...)))))))))))))))).))))..)).)))))....)).))))))))))..))))))))))))))))))).))).))))))..))))...)) |
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.....))))...((((..((((.....(((.....(((((((((.(((((((((((.......))..((((((((((((.(((((........((((((((........(((((.((....)))))))))))))))....(((....((..((((((((.....(((((....)))))(((....))).))))))))..)).....)))..)))))....)).))))))))))..))))))))))))))))))..)))...))))..))))..... |
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............(((((...(((((..............................((((....))))..........(((.(((((((..(((((((((.......(((((((((.((....))))))).....))))..............((((((((..((((....(((......)))....)))))))))))))))))))))...)))))))....)))....................................)))))...))))).... |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.......))))).......((((((.........(((((((((.(((((((((((.......))..((((((((((((.(((((.((.((((.(((((((((((.(..(((((.((....))))))).......).)))))).........(((((((.(.((....((((......))))..)).).)))))))))))).))))..)).)))))....)).))))))))))..)))))))))))))))))).......))...))))....... |
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.......))))........((((...........(((((((((.(((((((((.............((((((((((((.(((((.((.((((.(((((((((((....(((((.((....))))))).........)))))).........(((((((.(.(......(((......)))....).).)))))))))))).))))..)).)))))....)).))))))))))..))))))))))))))))))............))))....... |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.......))).........(.((((..((.......(((((((((.((((((((........(((...((((((((((.(.(((((.((.((((.(((((((((((.(.(..(((.((....))))).......).).))))))(...)....((((((....(((....(((......)))....)))..))))))))))).))))..)).)))))....)..)))))))))))))))))))))))))))))).......))...)))).)..... |
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.......))))).......(((((((......(.(((((((((.(((((((((((.......))..((((((((((((.(((((.((.((((.(((((((((((.(.((((((.((....))))))).....).).)))))).........(((((((.(.((.(..((((......)))).))).).)))))))))))).))))..)).)))))....)).))))))))))..)))))))))))))))))).)....)))...))))....... |
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.......))...............((((((................(.(..((....................(((((((.((((((((.((((((((((...((((((((((((.((....)))))))..).)).).)))............(((((.(...(((....(((......)))....))).).)))))))))))))))..))))))))....)).))))).........))..).)............)).))))............. |
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.....)))).((((........)))).........((((((((((.((((((((.............((((((((((...(((((....((((.(((((((((((....(((((.........))))).........)))))).........(((((((...(((...((((......))))...))).)))))))))))).)))).....))))).......))))))))))..))))))))))))))))))(((((.......)))))...... |
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.......))))).((..(((...((((((.(...((((((((((.((((((((.............((((((((((((.(((((.((.((((.((((.((((((.((.(((((.((....)))))))....))...))))))........((((((((...(((...((((......))))...))).)))))))))))).))))..)).)))))....)).))))))))))..))))))))))))))))))).))).))))))..))....... |
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.......)))))(((..(((.[[(((........(((((((((.(((((((((........((...((((((((((((.(((((.((.((((.(((((((((((....(((((.((....))))))).........)))))).........(((((((...((....((((......))))....)).)))))))))))).))))..)).)))))....)).))))))))))))))))))))))))))))))......))))))]])))...... |
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.....))))......(...((...(((((((....................................((..(((((((((((((((((.(((((((((.((((((.((.(((((.((....)))))))....))...))))))........((((((((..(((((..((((......)))).).)))))))))))))))))))))..)))))))))...)))).)))))).......................)))).)))...)))........ |
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.......)))).(((..(((...((((((.(...(((((((((.(((((((((.............((((((((((((.(((((.((.((((.((((.((((((....(((((.((....))))))).........)))))).........(((((((...(((...((((......))))...))).))))))).)))).))))..)).)))))....)).))))))))))..))))))))))))))))))).))).))))))..)))...... |
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.......)))))......................((((((((.((((((((((.............((((((((((...(((((.(((...)))....((((((..(((((..))))).....(((..))).....))))))........((((((((.....(((((....)))))((((..)))).)))))))).(((((..))))).))))).......))))))))))..))))))))))))))))))(((((.......)))))...... |
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.....)))....((((...(((((...............................................((...(((.(((((((..(((((((((....((..((((((((.((....))))))).....)))..))............((((((...((((..(.(((......)))..).)))).)))))).)))))))))...)))))))....)))....))..............................)))))...))))..... |
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.....)))....((((...(((((...............................................((...(((.(((((((..(((((((((....((..((((((((.((....))))))).....)))..))............((((((...((((..(.(((......)))..).)))).)))))).)))))))))...)))))))....)))....))..............................)))))...))))..... |
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.....))))...((((..(((...((((((.....((((((((.((((((((((.............((((((((((((.(((((.((.((((.((((.((((((.((.(((((.((....)))))))....))...))))))........((((((((...(((...((((......))))...))).)))))))))))).))))..)).)))))....)).))))))))))..))))))))))))))))))..))).))))))..))))..... |
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.......))))((((..(((...((((((.....(((((((((.(((((((((.............((((((((((((.(((((....((((.((((.((((((....(((((.((....))))))).........))))))........((((((((...((((..((((......)))).).))).)))))))))))).)))).....)))))....)).))))))))))..))))))))))))))))))..))).))))))..))))..... |
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.......))))).......((((....(((((..(((((((((((.........(((((.......((((((((((...(((((....((((.(((((((....((((.((((((((...)))).......)))).))))((((.....................))))..(((((........)))))....))))))).)))).....))))).......))))))))))..)))))..))))))))))).......)))))))))....... |
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................................................((((....))))..........(((.(((......(((((((((........((((((((.((....))))))).....)))................(((((.....(((....(((......)))....)))...))))).)))))))))(.....))))....)))..................................................... |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.....))))...((((....(..(((((((.(...((((((((((.((((((((.............((((((((((((.(((((.((.((((.((((.(((((((((.(((((.((....)))))))....)).).))))))........((((((((...(((...((((......))))...))).)))))))))))).))))..)).)))))....)).))))))))))..))))))))))))))))))).))).))))..).))))..... |
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((............)))).((((......))))....(((((((((.((((((((((.......))..((((((((((((.(((((.((.((((.((((.((((((.((.(((((.((....)))))))....))...))))))........((((((((...(((...((((......))))...))).)))))))))))).))))..)).)))))....)).))))))))))..))))))))))))))))).(((((.......)))))...... |
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.....))))...((((....(..(((((((.(...((((((((.((((((((((((.......))..((((((((((((.(((((.((.((((.((((((((((((((.(((((.((....)))))))....)).).)))))).........(((((((...(((...((((......))))...))).)))))))))))).))))..)).)))))....)).))))))))))..))))))))))))))))))).))).))))..).))))..... |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.....))))...(((((((((((.((.(...(..)(((((((((.(((((((((..((......)).(((((((((....(((((.((((((((((((((((((((((..((((..(...)..)))).....)).).)))))(((..((((((........)))))))))(((((((........)))))..)).)))))))))))).)).))))).((..)).)))))))))..))))))))))))))))))...))).)))))))))))..... |
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((...)))))..........................................................................................((................................................................................................((..(.......(........).........)))...................................))........ |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.....))))...((((..((....((((((.(...(((((((((.(((((((((.............((((((((((((.(((((.((.((((.((((.(((((((((.(((((.((....)))))))....)).).)))))).........(((((((.(.((....((((......))))....)))))))))).)))).))))..)).)))))....)).))))))))))..))))))))))))))))))).))).))).))..))))..... |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.....))))...((((..(((...((((((.....((((((((.((((((((((.............((((((((((((.(((((.((.((((..(((.((((((.((.(((((.((....)))))))....))...))))))........((((((((....(((..((((......)))).)))...)))))))))))..))))..)).)))))....)).))))))))))..))))))))))))))))))..))).))))))..))))..... |
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.......))).(((....)))..(((..............))).(((..............)))...(((((((((....((((............((((....)))).((((.((....))))))...)))).(((...(((((((..............))).))))..(((((........))))).(((....((((....))))....))).)))..))))))))).((((...........)))).(((((.......)))))...... |
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.....))))...........((((...........aaaaaaa.......))))...((((........<<<<.((((...bbb.........)))).((((....)))).((((.((....))))))..(((.[[[.)))..(((......{{{{{{{{...{{{.))).}}}.(((........))).}}}}}}}}.((((....))))]]]BBB....<<<....)))).((((>>>>..))))>>>AAAA.((((...AAA.))))....... |