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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00073



RNA: SRP_00073
Rfam family: Fungi_SRP

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.....))))...((((..((((.....(((.....(((((((((.(((((((((((.......))..((((((((((((.(((((........((((((((........(((((.((....)))))))))))))))....(((....((..((((((((.....(((((....)))))(((....))).))))))))..)).....)))..)))))....)).))))))))))..))))))))))))))))))..)))...))))..)))).....
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............(((((...(((((..............................((((....))))..........(((.(((((((..(((((((((.......(((((((((.((....))))))).....))))..............((((((((..((((....(((......)))....)))))))))))))))))))))...)))))))....)))....................................)))))...)))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.......))))).......((((((.........(((((((((.(((((((((((.......))..((((((((((((.(((((.((.((((.(((((((((((.(..(((((.((....))))))).......).)))))).........(((((((.(.((....((((......))))..)).).)))))))))))).))))..)).)))))....)).))))))))))..)))))))))))))))))).......))...)))).......
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ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.......))).........(.((((..((.......(((((((((.((((((((........(((...((((((((((.(.(((((.((.((((.(((((((((((.(.(..(((.((....))))).......).).))))))(...)....((((((....(((....(((......)))....)))..))))))))))).))))..)).)))))....)..)))))))))))))))))))))))))))))).......))...)))).).....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.......))))).......(((((((......(.(((((((((.(((((((((((.......))..((((((((((((.(((((.((.((((.(((((((((((.(.((((((.((....))))))).....).).)))))).........(((((((.(.((.(..((((......)))).))).).)))))))))))).))))..)).)))))....)).))))))))))..)))))))))))))))))).)....)))...)))).......
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((.......))...............((((((................(.(..((....................(((((((.((((((((.((((((((((...((((((((((((.((....)))))))..).)).).)))............(((((.(...(((....(((......)))....))).).)))))))))))))))..))))))))....)).))))).........))..).)............)).)))).............
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.....)))).((((........)))).........((((((((((.((((((((.............((((((((((...(((((....((((.(((((((((((....(((((.........))))).........)))))).........(((((((...(((...((((......))))...))).)))))))))))).)))).....))))).......))))))))))..))))))))))))))))))(((((.......)))))......
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.......))))).((..(((...((((((.(...((((((((((.((((((((.............((((((((((((.(((((.((.((((.((((.((((((.((.(((((.((....)))))))....))...))))))........((((((((...(((...((((......))))...))).)))))))))))).))))..)).)))))....)).))))))))))..))))))))))))))))))).))).))))))..)).......
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.......)))))(((..(((.[[(((........(((((((((.(((((((((........((...((((((((((((.(((((.((.((((.(((((((((((....(((((.((....))))))).........)))))).........(((((((...((....((((......))))....)).)))))))))))).))))..)).)))))....)).))))))))))))))))))))))))))))))......))))))]])))......
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.....))))......(...((...(((((((....................................((..(((((((((((((((((.(((((((((.((((((.((.(((((.((....)))))))....))...))))))........((((((((..(((((..((((......)))).).)))))))))))))))))))))..)))))))))...)))).)))))).......................)))).)))...)))........
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.......)))).(((..(((...((((((.(...(((((((((.(((((((((.............((((((((((((.(((((.((.((((.((((.((((((....(((((.((....))))))).........)))))).........(((((((...(((...((((......))))...))).))))))).)))).))))..)).)))))....)).))))))))))..))))))))))))))))))).))).))))))..)))......
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.......)))))......................((((((((.((((((((((.............((((((((((...(((((.(((...)))....((((((..(((((..))))).....(((..))).....))))))........((((((((.....(((((....)))))((((..)))).)))))))).(((((..))))).))))).......))))))))))..))))))))))))))))))(((((.......)))))......
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PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.....)))....((((...(((((...............................................((...(((.(((((((..(((((((((....((..((((((((.((....))))))).....)))..))............((((((...((((..(.(((......)))..).)))).)))))).)))))))))...)))))))....)))....))..............................)))))...)))).....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.....))))...((((..(((...((((((.....((((((((.((((((((((.............((((((((((((.(((((.((.((((.((((.((((((.((.(((((.((....)))))))....))...))))))........((((((((...(((...((((......))))...))).)))))))))))).))))..)).)))))....)).))))))))))..))))))))))))))))))..))).))))))..)))).....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.......))))((((..(((...((((((.....(((((((((.(((((((((.............((((((((((((.(((((....((((.((((.((((((....(((((.((....))))))).........))))))........((((((((...((((..((((......)))).).))).)))))))))))).)))).....)))))....)).))))))))))..))))))))))))))))))..))).))))))..)))).....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.......))))).......((((....(((((..(((((((((((.........(((((.......((((((((((...(((((....((((.(((((((....((((.((((((((...)))).......)))).))))((((.....................))))..(((((........)))))....))))))).)))).....))))).......))))))))))..)))))..))))))))))).......))))))))).......
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................((((....))))..........(((.(((......(((((((((........((((((((.((....))))))).....)))................(((((.....(((....(((......)))....)))...))))).)))))))))(.....))))....))).....................................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.....))))...((((....(..(((((((.(...((((((((((.((((((((.............((((((((((((.(((((.((.((((.((((.(((((((((.(((((.((....)))))))....)).).))))))........((((((((...(((...((((......))))...))).)))))))))))).))))..)).)))))....)).))))))))))..))))))))))))))))))).))).))))..).)))).....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((............)))).((((......))))....(((((((((.((((((((((.......))..((((((((((((.(((((.((.((((.((((.((((((.((.(((((.((....)))))))....))...))))))........((((((((...(((...((((......))))...))).)))))))))))).))))..)).)))))....)).))))))))))..))))))))))))))))).(((((.......)))))......
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.....))))...((((....(..(((((((.(...((((((((.((((((((((((.......))..((((((((((((.(((((.((.((((.((((((((((((((.(((((.((....)))))))....)).).)))))).........(((((((...(((...((((......))))...))).)))))))))))).))))..)).)))))....)).))))))))))..))))))))))))))))))).))).))))..).)))).....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.....))))...(((((((((((.((.(...(..)(((((((((.(((((((((..((......)).(((((((((....(((((.((((((((((((((((((((((..((((..(...)..)))).....)).).)))))(((..((((((........)))))))))(((((((........)))))..)).)))))))))))).)).))))).((..)).)))))))))..))))))))))))))))))...))).))))))))))).....
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((...)))))..........................................................................................((................................................................................................((..(.......(........).........)))...................................))........
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.....))))...((((..((....((((((.(...(((((((((.(((((((((.............((((((((((((.(((((.((.((((.((((.(((((((((.(((((.((....)))))))....)).).)))))).........(((((((.(.((....((((......))))....)))))))))).)))).))))..)).)))))....)).))))))))))..))))))))))))))))))).))).))).))..)))).....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.....))))...((((..(((...((((((.....((((((((.((((((((((.............((((((((((((.(((((.((.((((..(((.((((((.((.(((((.((....)))))))....))...))))))........((((((((....(((..((((......)))).)))...)))))))))))..))))..)).)))))....)).))))))))))..))))))))))))))))))..))).))))))..)))).....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((.......))).(((....)))..(((..............))).(((..............)))...(((((((((....((((............((((....)))).((((.((....))))))...)))).(((...(((((((..............))).))))..(((((........))))).(((....((((....))))....))).)))..))))))))).((((...........)))).(((((.......)))))......
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.....))))...........((((...........aaaaaaa.......))))...((((........<<<<.((((...bbb.........)))).((((....)))).((((.((....))))))..(((.[[[.)))..(((......{{{{{{{{...{{{.))).}}}.(((........))).}}}}}}}}.((((....))))]]]BBB....<<<....)))).((((>>>>..))))>>>AAAA.((((...AAA.)))).......