RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00077

RNA: SRP_00077
Rfam family: Bacteria_small_SRP

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Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((((((((((((.(((((.(((((.(((..((.(.....((((....(((....)))....))))...).))...))).))))..)))))).....))))))))))))))....
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.(((((.....)))))...((((...((.(((....))).)).....))))))))).((((((..(((((((...)))))))..)))))).))))))....))
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................(....................(((....))).......).................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((.((((((...((((((....((...((((((....(((....)))....))))....))..))..))))))..)))))).....))))))))))))))....
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................((((.....................)))).........................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((........((((((.(((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))))).)))))............))))).......
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................(((((((((((....))))))))))).................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.(((.(((.......)))...(((.......)))......((....))......)))....((((((.((((((.....)))))).))))))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(........................(.(.....((((....(((....)))....))))...).)..............................)............
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((.(((((.((.((((((..((.(.....((((....(((....)))....))))...).)).....)))))).))))))).....))))))))))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((.....)))))..((((.....))))(....(((....)))....)))))...((((((.(((((((...))))))).))))))))))))))))....
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................((((....(((....)))....)))).................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((..(((((.....)))))..))).......((((....(((....)))....))))...((((((..(((((((...)))))))..)))))))))))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((..((((((((.((.......((((....(((....)))....)))).......)).))))))))..))))))...).))))))))))))))....
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.(((((.....)))))...((((...((.(((....))).)).....))))))))).((((((..((((((.....))))))..)))))).))))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((...(((((.............(((.{{.(([[....))..]])))}}...........)))))...))))))...)).)))))))))))))....
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((......((((((.(((((((((((((...(((((.....((((....(((....)))....))))...))).))...)))).)))))))..))...))))))......))....
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................((((....(((....)))....)))).................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................((((....(((....)))....)))).................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.(((..((((((...))))))..))).............((.(((........))).))...((((((..(((((((...)))))))..)))))).))))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((.........(((((.....)))))......)))))))(((((.....(((((((..)))))))))))).........))))))))))))))....
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((((((....................................................................................))))))))))))......
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................((((....(((....)))....)))).................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................(((((.(((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))...)))))))).)))).........................
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................((((....(((....)))....)))).................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................(((((.(((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))...)))))))).)))).........................
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................((((....(((....)))....)))).................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................(((.....(((....))).....))).................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.(((((.....)))))...((((...((.(((....))).)).....))))))))).((((((..((((((.....))))))..)))))).))))))))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((..((((((...))))))..)))............(((.(((........))).)))..(((((((.(((((((...))))))).))))))))))))))))....
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((.((((((..((((((((.((((...((((.......))))......)))).............))))))))..)))))).....))))))))))))))....
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................((((....(((....)))....)))).................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................(((.....(((.....(((....))).....)))...)))...........................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................((((....(((....)))....)))).................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.(((((.....)))))...((((...((.(((....))).)).....))))))))).((((((..((((((.....))))))..)))))).))))))))....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.(((((.....)))))...((((...((.(((....))).)).....))))))))..((((((..(((((((...)))))))..)))))))))))))))....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.(((((.....)))))...((((...((.(((....))).)).....))))))))..((((((..((((((.....))))))..)))))))))))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((((((.(((((((((((((.(...(((((((..(((..)))..)))))))....)))))))))))))).)))))))...)))).)))))))))))....
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.................................(....(((..(.....(.......(..................)....)..........)...)).)......)..))).
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................((...((......(........(.(.....).)......)....).)...))..
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.(((((.....)))))...((((...((.(((....))).)).....))))))))).((((((..(((((((...)))))))..)))))).))))))))....
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((..((((((((.((.......((((....(((....)))....)))).......)).))))))))..))))))...)).)))))))))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.(((((.....)))))...((((..(((...(((....)))..))).))))))))).((((((..(((((((...)))))))..)))))).))))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((....(((((.(((((.....))))).((((.....((((.......)))).)))).....))))).((((((..((((((.....))))))..)))))).))).........
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((.....))))).(((((.....)))))...((((......[[[[[...........)))).(((((]]]]])))))....))))))))))))))....

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