|
|
|
ACCGGGCUUGGUAACGCUAGUCUAUAACUCAAGUGAGGGUAUCAAAGUGGUUGAACUUUGAGCUUGGCUUAGCUAGUUGGGUCUGUAGACACCGCACCUGGCUUGCCCGUUCCAAGUCGAGAGUGGGUUCAUGUUUCCUGAGCGAAGGCUCGGGUGAUGUGAGCUUUAGAAUCGGGGGGCAAUGCGUUAGGCUGGUUUCACAGAGCUGCGAAAACCUCUACCUCUCGACUGUGGAAGGAUUACAAGCCGGAGUGUCUUAGGCUCAUAUAACCAGCCUGGCUAGCCCAACAGGACACCCAUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((((.(......).)))))....((((..)))))))....((((((.((..(((((.(((.(..((((......(((((((..(((((.....((((((((.((.((((((((((((((..((((((((((.(((((((....))))))).))))))))))((..))..(((((....(.(((....(((......)))....))).)..)))))..))))))))).)))))))....)))))))).))))).)))))))...........))))).))).))).))..)).))))))
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.(((...(((((.(((....((((((.......(((((((......)))))))))))))..))))))))((((((((.((((((.....((((((((.((.((((((((((((((.(((((((((((.(((((((....))))))).))))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))).)))))))....)))))))).))))))))))))))....))))))))))...........((....))...) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((....(((((((.....)))..)))).((((.(((((((......)))))))(((.((((........((((((((.((((((.....((((((((((..((((((((((((((.(((((..((((((((((...((((((((.......))))))))....))))))))))...(((..((((..........)))))))..)))))....))))))))).)))))))....)))))))).)))))))))))))).......)))).)))..))))..))))...))).... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((........))).......(((....))).........((((.(...(((((.(((.((.(((.(((((.((((((((..((((.....((((((((....(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....))))))))))))))))))........(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))......)))))))).)))).)))))))).....))))).))))).))).))).))...).)))).. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((.(((...(((((.........(((((.......(((((((......))))))))))))......)))))((((((((.((((((.....((((((((.((.((((((((((((((.(((((((((((.(((((((....))))))).))))))))))).......(((((......(((..(((((......))..))))))....)))))..))))))))).)))))))....)))))))).))))))))))))))....))))))))))....................... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.(......).)))))....(((....)))........(((((.((.....(......(..(......((.(((((((....(((.....((((((((.((.(((((.((((((((..((((((((((.(((((((....))))))).))))))))))........(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))..)))))))....)))))))).)))...))))))).....))......).)......)......)).))))). |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((...(....)(((((((.....(((....)))....(((((((......)))))))(((.((..........((((((((..(((((.....((((((((.((.(((((.((((((((.(((((((((((.(((((((....))))))).))))))))))).......(((((....(.(((....(((......)))....))).)..)))))..))))))))..)))))))....)))))))).))))).)))))))).....)))))..)))))))...........))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((.(((...((((((...(((.((((((.......(((((((......))))))))))))).)))))))))((((((((.((((((.....((((((((.((.((((((((((((((.(((((((((((.(((((((....))))))).))))))))))).......(((((......(((..(((((......))..))))))....)))))..))))))))).)))))))....)))))))).))))))))))))))....))))))))))....................... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((........))))))(...(((....)))..).......((((((..((............((...((..(((((((.((((((......(((((((.((.(((((.((((((((..((((((.(((((((((((....))))))))))).))))))........(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))..)))))))....)))))))..)))))))))))))......))...))...........).)..))))))... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((.(((...(((((((.....(((....)))(((.(((((((......)))))))))).))).))))....((((((((.((((((.....((((((((....((((((((((((((.(((((((((((.(((((((....))))))).))))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))).)))))......)))))))).))))))))))))))....))))))))))....................... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((.....(((((((....((((......)))).(((((((......)))))))....((((....((..((((((((.((((((.....((((((((.((.((((((((((((((.(((((((((((.(((((((....))))))).)))))))))))........(((((.....(((.((.(((......)))..)))))....)))))..))))))))).)))))))....)))))))).))))))))))))))..))...)))).)))))))....))))...))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((..(((....((((.....................(((((((......)))))))...........)))).((((((((.((((((.....((((((((.((.((((((((((((((.(((((((((((.(((((((....))))))).)))))))))))........((.((.....(((..(((((......)))..)))))....))))...))))))))).)))))))....)))))))).))))))))))))))....))).))))))....................... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((......)))))))....(((....)))))....((..((((((..(((((.((.((((((((((((((((((((((.(((((....(((((((((.((.(((((.((((((((((((((((((((((((((((....)))))))))))))))))))........((((....(((.((...(((......)))..)))))....))).).)))))))))..)))))))....)))))))))))))))))))))))....)))))))))))))))).)).))..)))))))). |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((.((((...(((((.((..........(.......(((((((......))))))).....)...)))))))((((((((.((((((.....((((((((.((.((((((((((((((.(((((((((((.(((((((....))))))).))))))))))).......(((((......(((..(.(((......)))..).)))....)))))..))))))))).)))))))....)))))))).))))))))))))))....))))))))))...........((....)).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((.((((....(((((((.....((((..))))....(((((((......)))))))..(((((...))))).((((((((.((((((.....((((((((....((((((((((((((.(((((..((((((((((...((((((((.......))))))))....)))))))))).......[[[[[[[[[...(((..)))....)))))....))))))))).)))))......)))))))).))))))))))))))...]]]]]]]]]))))))))))).......))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((......))))))(((..(((....))).)))...(((((((((..((....(((.(..(((((((((.((((((((..((((.....((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(..(((((......(((...(((((...).)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).)))))))).....))))))))).).))).....))..))))))))) |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((......))))))(((..(((....))).)))...(((((((((..((....(((.(..(((((((((.((((((((..((((.....((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((.(((((((((((....))))))))))).)))))).....(..(((((......(((...(((((...).)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).)))))))).....))))))))).).))).....))..))))))))) |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((.((((...(((((.(((....((((((.......(((((((......)))))))))))))..))))))))((((((((.((((((.....((((((((.((.((((((((((((((.(((((((((((.(((((((....))))))).))))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))).)))))))....)))))))).))))))))))))))....))))))))))...........((....)).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((.((((...(((((.(((..(((..[[[...))).(((((((......))))))).....]]]))))))))((((((((.((((((.....((((((((.((.((((((((((((((((((((((((((.(((((((....))))))).))))))))))).......(((((......(((.((.(((.(...))))..)))))....)))))).))))))))).)))))))....)))))))).))))))))))))))....))))))))))....................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.....(((((((....((((......)))).(((((((......)))))))....((((........((((((((.((((((.....((((((((....((((((((((((((.(((((((((((.(((((((....))))))).)))))))))))..(((((((................))))))).......................))))))))).)))))......)))))))).)))))))))))))).......)))).)))))))....)))).......... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................(((....))).........................................((((((....(((.......(((((((.((.(((((.((((((((..((((((..((((((((((....))))))))))..))))))........(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))..)))))))....)))))))...)))...))))))...................................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((.(((...(((((.(((....((((((.......(((((((......)))))))))))))..))))))))((((((((.((((((.....((((((((.((.((((((((((((((.(((((((((((.(((((((....))))))).))))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))).)))))))....)))))))).))))))))))))))....))))))))))...........((....)).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.((((.....(((((.......(((....)))....(((((((......)))))))..)))))..((((((.((((((....))).)))...))))))...((.((((((((((((((.(((((((((((.(((((((....))))))).))))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))).)))))))....)))))))).(((((((.((((.........)))).((....))....)))))))...... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((.((((...(((((((.....(((....)))(((.(((((((......)))))))))).)))).)))....((((((((.((((((.....((((((((.((.((((((((((((((.(((((((((((.(((((((....))))))).))))))))))........(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))).)))))))....)))))))).))))))))))))))....))))))))))...........((....)).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(.((((.((((...(((((.(..(((..(((((.(....)(((((((..(..)))))))))))))..)))))))))(((((((.(((((((..(.((.((((((.((.((((((((((((((((((((((..(..(((((((...).))))))..)..))))))))).(...((((.................(((((.(((..))).)))))))))...))))))))).)))))))....)))))))))))))))))))))))....))))..(((.(.......)))).)..))))... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................((((.(..).))))....((..(.(((...........(((((((.((.((((..(((.((((((.(.(((((((.(.(.(((....))).).).)))))).).)........((.((......(((...(((..........))).)))....))))))).))).)))...))))))....)))))))...............................).))......)..).......) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((.((((.............................(((((((......)))))))................((((((((.((((((.....((((((((.((.((((((((((((((..((((((((((.(((((((....))))))).))))))))))........(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))).)))))))....)))))))).))))))))))))))....))))))))))....................... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((.((((...(((((.(((....((((((.......(((((((......)))))))))))))..))))))))((((((((.((((((.....((((((((.((.((((((((((((((..((((((..(..(((((((....)))))))..)..))))))........(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))).)))))))....)))))))).))))))))))))))....))))))))))...........((....)).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((.(((.....))).......((((......)))).(((((((......)))))))(((.((((.....)))).(((.............))).)))..)))).(((........))).((((.(((((..(((((((....)))))))..))))).(((((........))))).....(((.(((((((((..((....))...))))).((((.........))))..........)))).((((.......))))....)))...((((..........))))..)))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.[[[))))......]]].....((((......)))).(((((((......)))))))(((.aaaa.))).(((.<<<...................)))..>>>...(((..ccccccc)))....((((..(((((((....))))))).(((....bbbbb...)))..BBBBB...))))..(((({{{{{.....))))....}}}}}(((((CCCCCCC..))))).((((.((..ddd...))))))..DDD............((((...AAAA...)))).......... |