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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00085



RNA: SRP_00085
Rfam family: Plant_SRP

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Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((((.(......).)))))....((((..)))))))....((((((.((..(((((.(((.(..((((......(((((((..(((((.....((((((((.((.((((((((((((((..((((((((((.(((((((....))))))).))))))))))((..))..(((((....(.(((....(((......)))....))).)..)))))..))))))))).)))))))....)))))))).))))).)))))))...........))))).))).))).))..)).))))))
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(((...(((((.(((....((((((.......(((((((......)))))))))))))..))))))))((((((((.((((((.....((((((((.((.((((((((((((((.(((((((((((.(((((((....))))))).))))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))).)))))))....)))))))).))))))))))))))....))))))))))...........((....))...)
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((....(((((((.....)))..)))).((((.(((((((......)))))))(((.((((........((((((((.((((((.....((((((((((..((((((((((((((.(((((..((((((((((...((((((((.......))))))))....))))))))))...(((..((((..........)))))))..)))))....))))))))).)))))))....)))))))).)))))))))))))).......)))).)))..))))..))))...)))....
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((........))).......(((....))).........((((.(...(((((.(((.((.(((.(((((.((((((((..((((.....((((((((....(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....))))))))))))))))))........(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))......)))))))).)))).)))))))).....))))).))))).))).))).))...).))))..
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((.(((...(((((.........(((((.......(((((((......))))))))))))......)))))((((((((.((((((.....((((((((.((.((((((((((((((.(((((((((((.(((((((....))))))).))))))))))).......(((((......(((..(((((......))..))))))....)))))..))))))))).)))))))....)))))))).))))))))))))))....)))))))))).......................
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ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((...(....)(((((((.....(((....)))....(((((((......)))))))(((.((..........((((((((..(((((.....((((((((.((.(((((.((((((((.(((((((((((.(((((((....))))))).))))))))))).......(((((....(.(((....(((......)))....))).)..)))))..))))))))..)))))))....)))))))).))))).)))))))).....)))))..)))))))...........)))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((.(((...((((((...(((.((((((.......(((((((......))))))))))))).)))))))))((((((((.((((((.....((((((((.((.((((((((((((((.(((((((((((.(((((((....))))))).))))))))))).......(((((......(((..(((((......))..))))))....)))))..))))))))).)))))))....)))))))).))))))))))))))....)))))))))).......................
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((........))))))(...(((....)))..).......((((((..((............((...((..(((((((.((((((......(((((((.((.(((((.((((((((..((((((.(((((((((((....))))))))))).))))))........(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))..)))))))....)))))))..)))))))))))))......))...))...........).)..))))))...
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((.(((...(((((((.....(((....)))(((.(((((((......)))))))))).))).))))....((((((((.((((((.....((((((((....((((((((((((((.(((((((((((.(((((((....))))))).))))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))).)))))......)))))))).))))))))))))))....)))))))))).......................
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((.....(((((((....((((......)))).(((((((......)))))))....((((....((..((((((((.((((((.....((((((((.((.((((((((((((((.(((((((((((.(((((((....))))))).)))))))))))........(((((.....(((.((.(((......)))..)))))....)))))..))))))))).)))))))....)))))))).))))))))))))))..))...)))).)))))))....))))...)))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((..(((....((((.....................(((((((......)))))))...........)))).((((((((.((((((.....((((((((.((.((((((((((((((.(((((((((((.(((((((....))))))).)))))))))))........((.((.....(((..(((((......)))..)))))....))))...))))))))).)))))))....)))))))).))))))))))))))....))).)))))).......................
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Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((.((((...(((((.((..........(.......(((((((......))))))).....)...)))))))((((((((.((((((.....((((((((.((.((((((((((((((.(((((((((((.(((((((....))))))).))))))))))).......(((((......(((..(.(((......)))..).)))....)))))..))))))))).)))))))....)))))))).))))))))))))))....))))))))))...........((....))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((.((((....(((((((.....((((..))))....(((((((......)))))))..(((((...))))).((((((((.((((((.....((((((((....((((((((((((((.(((((..((((((((((...((((((((.......))))))))....)))))))))).......[[[[[[[[[...(((..)))....)))))....))))))))).)))))......)))))))).))))))))))))))...]]]]]]]]]))))))))))).......)))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((......))))))(((..(((....))).)))...(((((((((..((....(((.(..(((((((((.((((((((..((((.....((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(..(((((......(((...(((((...).)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).)))))))).....))))))))).).))).....))..)))))))))
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((......))))))(((..(((....))).)))...(((((((((..((....(((.(..(((((((((.((((((((..((((.....((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((.(((((((((((....))))))))))).)))))).....(..(((((......(((...(((((...).)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).)))))))).....))))))))).).))).....))..)))))))))
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((.((((...(((((.(((....((((((.......(((((((......)))))))))))))..))))))))((((((((.((((((.....((((((((.((.((((((((((((((.(((((((((((.(((((((....))))))).))))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))).)))))))....)))))))).))))))))))))))....))))))))))...........((....))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((.((((...(((((.(((..(((..[[[...))).(((((((......))))))).....]]]))))))))((((((((.((((((.....((((((((.((.((((((((((((((((((((((((((.(((((((....))))))).))))))))))).......(((((......(((.((.(((.(...))))..)))))....)))))).))))))))).)))))))....)))))))).))))))))))))))....)))))))))).......................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((.....(((((((....((((......)))).(((((((......)))))))....((((........((((((((.((((((.....((((((((....((((((((((((((.(((((((((((.(((((((....))))))).)))))))))))..(((((((................))))))).......................))))))))).)))))......)))))))).)))))))))))))).......)))).)))))))....))))..........
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................(((....))).........................................((((((....(((.......(((((((.((.(((((.((((((((..((((((..((((((((((....))))))))))..))))))........(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))..)))))))....)))))))...)))...))))))......................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((.(((...(((((.(((....((((((.......(((((((......)))))))))))))..))))))))((((((((.((((((.....((((((((.((.((((((((((((((.(((((((((((.(((((((....))))))).))))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))).)))))))....)))))))).))))))))))))))....))))))))))...........((....))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.((((.....(((((.......(((....)))....(((((((......)))))))..)))))..((((((.((((((....))).)))...))))))...((.((((((((((((((.(((((((((((.(((((((....))))))).))))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))).)))))))....)))))))).(((((((.((((.........)))).((....))....)))))))......
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((.((((...(((((((.....(((....)))(((.(((((((......)))))))))).)))).)))....((((((((.((((((.....((((((((.((.((((((((((((((.(((((((((((.(((((((....))))))).))))))))))........(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))).)))))))....)))))))).))))))))))))))....))))))))))...........((....))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(.((((.((((...(((((.(..(((..(((((.(....)(((((((..(..)))))))))))))..)))))))))(((((((.(((((((..(.((.((((((.((.((((((((((((((((((((((..(..(((((((...).))))))..)..))))))))).(...((((.................(((((.(((..))).)))))))))...))))))))).)))))))....)))))))))))))))))))))))....))))..(((.(.......)))).)..))))...
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................((((.(..).))))....((..(.(((...........(((((((.((.((((..(((.((((((.(.(((((((.(.(.(((....))).).).)))))).).)........((.((......(((...(((..........))).)))....))))))).))).)))...))))))....)))))))...............................).))......)..).......)
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((.((((.............................(((((((......)))))))................((((((((.((((((.....((((((((.((.((((((((((((((..((((((((((.(((((((....))))))).))))))))))........(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))).)))))))....)))))))).))))))))))))))....)))))))))).......................
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((.((((...(((((.(((....((((((.......(((((((......)))))))))))))..))))))))((((((((.((((((.....((((((((.((.((((((((((((((..((((((..(..(((((((....)))))))..)..))))))........(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))).)))))))....)))))))).))))))))))))))....))))))))))...........((....))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((.(((.....))).......((((......)))).(((((((......)))))))(((.((((.....)))).(((.............))).)))..)))).(((........))).((((.(((((..(((((((....)))))))..))))).(((((........))))).....(((.(((((((((..((....))...))))).((((.........))))..........)))).((((.......))))....)))...((((..........))))..))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.[[[))))......]]].....((((......)))).(((((((......)))))))(((.aaaa.))).(((.<<<...................)))..>>>...(((..ccccccc)))....((((..(((((((....))))))).(((....bbbbb...)))..BBBBB...))))..(((({{{{{.....))))....}}}}}(((((CCCCCCC..))))).((((.((..ddd...))))))..DDD............((((...AAAA...))))..........