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| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CRWrnafold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................(((((((....(((((((((((((((............((((....))))....(((((((.....(((((((((((((....))))))))))))).............(((((.............(((....)))...........))))).)))))))...........................))))))))))))))))))))))....................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((............)))........((((.......))))..(((........((((...(((((((....(((((.((((((((.((((..(...(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...))))))).).)))))))))))).)))))))))))).....)))).......))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((..(((((((((...(((.((((((((((.......))).))))))).)))...))))..(((((((....(((((((((((((((.(((......(((((((...(((((...(((((((((((.(((.(((((((((....))))))))).))).))))(((.....)))......(((((...)))))...((((((........)))))))))))))....))))).....)))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))..))))....... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((..(((((.(((.(((((.((((((((((.......))).))))))).))).)))))...(((((((....(((((((((((((((.(((.(((..(((((((((.(((((...(((((((((((.(((.(((((((((....))))))))).))).))))(((.....)))......(((((...)))))...((((((........)))))))))))))....)))))))...))))))))))))))))))))))))))))))))))).....)))))..))))....... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......))))))).....(((......))).)))..(((((((.(..(((((((.(((((((....(((((((((((((.(((((.(((..(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).)))).....((((.((....)).(((....(((....)))....))).....)))).)))))))))..)))))))...)))))))))))))))))))))))))))))))))))..)).)))))..))))))))... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((..(((((.(((.(((((.((((((((((.......))).))))))).))).)))))...(((((((....((((((((((((((.((((.(((..(((((((((.(((((...((((((.((((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))).((.....)).......(((((...)))))...((((((........)))))).))))))....)))))))...))))))))))))))))))))))))))))))))))).....)))))..))))....... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((........)))))))...(((((....))))).....(((((((......(((...(((((((....(((((((((((((((..........(((((((((((.......(((((((.....(((.(((((((((....))))))))).)))......................(((((...)))))...((((((........)))))))))))))......)))))....))))))......)))))))))))))))))))))).....))).....)))))))... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......)))))))....(((.(...)..)))))).((((((((....(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))...)))))))).. |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((........))))))....(((........)))))).............(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))))))))))))..)))))))...)))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))............. |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.........(((....))).....(((........)))))).............(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))............. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((..(((((((((.(((((.((((((((((.......)))).)))))).))).))))))..(((((((....(((((((((((((.(((((.(((..(((((((((.(((((...(((((((((((.(((.(((((((((....))))))))).))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))....)))))))...))))))))))))))))))))))))))))))))))).....)))))..))))....... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((..(((((((((.(((((.((((((((((.......))).))))))).))).))))))..(((((((....((((((((((((((.((((.(((..(((((((((.(((((...(((((((((((.(((.(((((((((....))))))))).))).))))(((.....)))......(((((...)))))...((((((........)))))))))))))....)))))))...))))))))))))))))))))))))))))))))))).....)))))..))))....... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((........)))))))...(((((....)))))..................(((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((...(((((...(((((((((((.(((....((((((....))))))....))).))))........(((((......(((..................)))....))))).)))))))....))))).....)))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))............... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.(((((........))))).....(((((....))))))))..(((((((.(..(.(((...(((((((....(((((((((((((((.(((.(((..(((((((((.(((((...(((((((((((.(((.(((((((((....))))))))).))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))....)))))))...))))))))))))))))))))))))))))))))))).....))).)..))))))))... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.((((........))))((.((((((((............)))))))).))..))).(((((((((((....(((((((((((((((.(((.(((..(((((((((.(((((...(((((((((((.(((.(((((((((....))))))))).))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))....)))))))...)))))))))))))))))))))))))))))))))))....)))).(((.....)))... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((........))))))....(((((....))))))))..(((((((.(..(.(((...(((((((....(((((((((((((.(((((.(((..(((((((((.(((((...((((((.((((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))).)...(..(((((......(((....(((....)))....)))....)))))..))))))....)))))))...))))))))))))))))))))))))))))))))))).....))).)..))))))))... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((((((........)))))))...)..((((.......)))).(((((((....(.(((...(((((((.....((((((((((((..((((...(...((((((((.(((((...(((((((((((.(((.(..((((((....))))))..).))).))))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))....)))))))...)))))).)..)))).)))))))))))).))))))).....))).)...)))))))... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.(((((........))))).....((((......)))))))..(((((((.(..(.(((...(((((((....((((((((((((((.((((.(((..(((((((((.(((((...(((((((((((.(((.(((((((((....))))))))).))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))....)))))))...))))))))))))))))))))))))))))))))))).....))).)..))))))))... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((........)))))))...((((......)))).....(((((((......(((...(((((((....(((((((((((((.(((((..(...(((((((((.(((((...((((((.((((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))).................(((((...)))))...((((((........)))))).))))))....)))))))...))))))).).))))))))))))))))))))))))).....))).....)))))))... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((..((((((...(((((.((..((((...(((..(....)..)))))))..)))))))..(((((((....(((((((((((((((.(((.(((..(((((((((.(((((...((..((((((..(((.((((((..(....)..)))))).)))..)))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))..))....)))))))...)))))))))))))))))))))))))))))))))))....))))))..))))....... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((........)))))))...(((((....)))))..(((..((((.....))))..)))..(((((((........)))).((((..........))))....(((((......))))).........(((((((((....))))))))).)))..((((((.....)).))))..((((.....))))...((((((........)))))).(((((.....)))))......((((((....))))))..((((.............))))...((((.....)))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.<<<<..))))..>>>>......(((((....)))))....(((((((((...(((((((....(((.{{{.))).(((}}}..))).))))))).((((((.[[[(((((..aaaa))))).........(((((((((....)))))))))....((((((((.....)).))).)))AAAA...))))))..((((((........)))))).(((((.....)))))]]]...((((((....)))))).....)).)))))))...........((((.....)))).. |
