|
|
|
UUGCUGUGAUGGCAUUUGGCAGAAGCGCGCUAACCGCGCCCUUUGCGAUGCUUGUUACAGGAGAAGUGUCCGGUUCGAUCCCUGCGUGGGUUAUCCACGGCGGAAGCGGCUUGAGUAAUCAGCCUUCGACCGCCAGCUAACAAGCAGGCUUAAACCCGGAGGGAAGCAAUUCAGCACGGGGACCUGUCCGUGGGGAGGCGAAACGGAUGGCACAUCUUCUGGCUUUGGCAAGUAUUGUAUGGGGCCUAGUGAUGCGACUCCACAGGAUUUUUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.(((.......)))...((.....(..(((....(((.......(((.(.....((......))).)))(.(..(...(.((((..(.(.((.(((((((.((..(.((((.((....)))))).....)..)).........(((((......((((....(((....)))....))))..)))))))))))).)).).)..)))...).)...................)..).)...........)))..)))..)........)).....
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.....))))..(((.((..((((((((...(.(((((.(((((((((((((((((((((.(((((((.((((.((((..((((((...)))))...((....((((.((....)))))).......(((.(((....))).))).....((((....(((....)))....))))..)).....)..))))..)))).)))...)))).)))))))....)))))))))))))).))))))))))).)))..)))))...........) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((...((.(((....))))).(((..((...(((((.(((((((((((((((((((((.(((((..(((((.(((((....(((((..((..(((((....((((.........)))).....))))).(((....))).))....)))))..))))).((..(((..((((((......)))))))))..))....)))))))))).)))))))....)))))))))))))).)))))...))...)))....)))))......... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................(((.....(......................................(((.(((((((..(((((.(((..............((...(((((.((....)))))))....))............((((((.(...((((....(((....)))....)))))))))))))).)))))...)))))))....)))...........................................)........)))...... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((...((((...........((.......))(((((.(((((((((((((((((((((.(((((((.((((.((((((((.(((((......(((((..(.((((.((....))))))..)..))))).(((....))).........((((....(((....)))....)))))))))...))))))))..)))).))))...))).)))))))....)))))))))))))).)))))......)))).....)))))......... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((....(........................(((((.(((((((((((((.(((((((.(((((((.((((.((((((((..((........(((((....((((.((....)))))).....))))).((......)).........((((..................))))..))....))))))))..)))).))))...))).))))))).....))))))))))))).)))))........)......)))))......... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((................(((.......)))(((((.(((((((((((((((((((((.(((((((.((((.((((((((((((...)))))(((((..(.((((.((....))))))..)..))))).........(((((......((((....(((....)))....))))..)))))..)))))))..)))).)))...)))).)))))))....)))))))))))))).)))))...............)))))......... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((..((((((..........(((.....)))(((((.(((((((((((((((((((((.(((((((.((((.((((((((((((((......(((((..(.((((.((....))))))..)..))))).(((....))).........((((....(((....)))....))))))))))..))))))))..)))).))))...))).)))))))....)))))))))))))).))))).....)))))..)..)))))......... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.......))....((.((..((((((............................((((((.(((.((((((((.((((((((.(..(.......((((((.((((((.((....))))))).)).)))))..........(((((.....((((....(((....)))....)))).)))))))))))))))..))))))))....))).))))))........(...........).......))).)))..))))............. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((...(((((.(((....(((((.....)))))(((.(((((((((((((((((((((.(((((((.((((.((((((((((((...)))).(((((....((((.........)))).....))))).(((....))).(((.....((((....(((....)))....)))).....)))))))))))..)))).)))...)))).)))))))....)))))))))))))).))))))....))))).....)))))......... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((...(((((.(((....(((((.....)))))(((.(((((((((((((((((((((.(((((((..(((.((((((((((((...)))).(((((....((((.((....)))))).....))))).(((....))).(((.....((((....(((....)))....)))).....)))))))))))..)))..)))...)))).)))))))....)))))))))))))).))))))....))))).....)))))......... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((...(((((.((......((((.....))))((((.(((((((((((((.(((((((.(((((((.((((.((((((((((((((......(((((....((((.((....)))))).....))))).((..........)).....((((....(((....)))....))))))))))..))))))))..)))).)))...)))).))))))).....))))))))))))).))))))....))))).....)))))......... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.....))))....(.((...(((((((..........................(((((((((((((((.(((.((((((((((((((((........(((.(((((.((....))))))).))).))))))........((((.((...(((((..((((....)))).).))))))))))))))))))))..))).)))))...))))))))))..........................)))).)).......).)))......... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((..........((.(...(((((((......(((((.(((((((((((((((((((((.(((((((..(((.((((...(((((...)))))(((((....(((.(((....)))))).....))))).(((....)))..((((...(((...))))))).......((((((......))))))))))..)))..)))...)))).)))))))....)))))))))))))).)))))..)))).)))...)))))))......... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((...(((((.(((....(((((.....)))))....(((((((((((((((((((((..((((((.((((.((((((((((((((......(((((....((((.........)))).....))))).......((((..)))).)))))).................(((((..))))).))))))))..)))).)))))).....)))))))....))))))))))))))....)))....))))).....)))))......... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.....))).....((((.....................................(((..((((.(((((((..(((((.(((...........((..(...(((((.((....)))))))....)..))..........(((((.....((((..(.(((....)))..).)))).))))).))).)))))...)))))))....))))..))).............................................))))...... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.....)))....(((((.....................................(((..((((.(((((((..(((((.(((...........((..(...(((((.((....)))))))....)..))..........(((((.....((((..(.(((....)))..).)))).))))).))).)))))...)))))))....))))..))).............................................)))))..... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((...(((((.(((....(((((.....)))))(((.(((((((((((((((((((((.(((((((.((((.((((..((.(((((..((..(((((....(((.(((....)))))).....))))).(((....))).))......((((....(((....)))....)))))))))...))..))))..)))).)))...)))).)))))))....)))))))))))))).))))))....))))).....)))))......... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((..........((.((..((((((((.....(((((.(((((((((((((((((((((.(((((((.((((.((((...(((((...)))))(((((.((.(((.(((....))))))))...))))).(((....)))..((((...(((...))))))).......((((((......))))))))))..)))).)))...)))).)))))))....)))))))))))))).))))).))))).)))..))))))))......... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......(((((........)))))....(((((.(((((((((((((((((((((.(((((...((((.((((((((...((((.....(((((....((((.........)))).....)))))...))))..(((((......((((..................))))..))))).))))))))..))))......))))).)))))))....)))))))))))))).)))))...............)))))......... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................(((.(((......(((((.(((..............((...(((((.((....)))))))....)).............(((((......(((....(((....)))....)))..))))).))).)))))(.....))))....)))............................................................. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.(.(((((.(((....(((((.....)))))(((.(((((((((((((((((((((.(((((((.((((.((((..((.(((((..((..(((((..(.((((.((....))))))..)..))))).(((....))).))......((((....(((....)))....)))))))))...))..))))..)))).)))...)))).)))))))....)))))))))))))).))))))....))))).)...)))))......... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((..(((....)))..((.((..((((((((.....(((((.(((((((((((((((((((((.(((((((.((((.((((..((.(((((..((..(((((....((((.((....)))))).....))))).(((....))).))......((((....(((....)))....)))))))))...))..))))..)))).)))...)))).)))))))....)))))))))))))).))))).))))).)))..)))).)).((....)). |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.(.(((((.(((....(((((.....)))))(((.(((((((((((((((((((((.(((((((.((((.((((..((.(((((..((..(((((..(.(((.(((....))))))..)..))))).(((....))).))......((((....(((....)))....)))))))))...))..))))..)))).)))...)))).)))))))....)))))))))))))).))))))....))))).)...)))))......... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(.(((((..((((..)).))(((.......)))((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((((((.(((((((((..((((((...(((.(((....))))))....)))))))))))))))(((((..(...(((((((((((....))))))))))).)))))).))))))))).)))))))))...))).))))))))....)))))))))))))))))).)..)))((...))..))))).)....... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((...))))).........................................................................................((..................................................(((....(..(.....)..).)))........................................................................................).).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((................((((((((.....(((((.(((((((((((((((((((((.(((((((.((((.((((..((.(((((..((..(((((..(.(((.(((....))))))..)..))))).(((....))).))......((((....(((....)))....)))))))))...))..))))..)))).)))...)))).)))))))....)))))))))))))).))))).))))).))).....)))))......... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.....))))..(((.((..((((((((.....((((..((((((((((((..(((((((.(((((((.((((.((((..((.(((...)))..(((((....((((.((....)))))).....))))).........(((((......((((....(((....)))....))))..))))).))..))))..)))).)))...)))).)))))))......))))))))))))..)))).))))).)))..)))))............ |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.....))).....(((((.(((((.....)))))..)))))...((((..........)))).(((...((((...((((((((.....)))).))))....(((.(((....)))))).)))).((((.(((........))).....((((..................))))..(((......)))..))))..((((((.....))).....((((....))))..))).(((((.............)))))..)))....... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.....))))....(((((.(((((.....)))))..)))))...((((..........)))).(((...((((...((((((((.....)))).))))....(((.(((....)))))).)))).((((((((........))))....((((...[[[[[..........))))...<<<<<<<<.....))))..>>>>>>>>.....]]]]].((((....)))).(((((.{{{{........)))))}}}}...)))....... |
