|
|
|
GUGCUAGACGGGGAGUUAGCGGUGCCUUGUACCUGCAAUCCGCUGUAGCAGGGUUGAAUUCCUUGUUUGAGGCUAUAAUUUGUGGGGUUUGCCUCAUCUUGGUCAAUGUUGAGAAUUGGGUCCCACGCAACGGAAAUUCAUGAACUCCGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCGGUAAGUGAAAUCUUCCGUGUGCCGUGGAUAAAUCUGAUUUGAGUUGACCAGGUGAGUAACACUCAUAGAUUAUUGUCGAUUCAAGGUGCAC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((..(((((((.(((...))).))))...(((((...........)))))))).....(((((..(..(((.((((((((((((...((.(((((((.(((((((.....(((((((((.(((((((.(((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))))...)))))....)))))))))..))))))))))))))...)))))))))))))).))).)..))))).))))
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((((((((((((...(((((...)))))..((((((((....)).))))))))))))))))))..(((.((((((((((((..((((.((((((.(((((((.....((((..(((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).)))))....)))..))))..)))))))))))))))))..)))))))))))).)))..........)))) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...(((.(((...((((....)))).......((((((....)).)))).......)))..))).)))....................................................(((.((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))))))...................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..((((((((((...(((((...)))))..((((((((....)).)))))))))))))))).((((((..(((((((((((((....(((((((.(((((((.....(((((((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).))).))))....)))))))))..))))))))))))))..)).)))))))))))..)))...))).))))).. |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................((((((((.((((....((((...((((.....(((((((((((....)))))))))))...)))).....))))......))))....)))))))).................................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................(((((((((.........(((...............((((((((((((((((((((((..((((.....(((((((((((....)))))))))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))...........)))........)))))))))..................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((.....................(((((.........)))))...))(((((.....(((.(((((((((((((((.(.(((((.(((((((((.....(((((((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).)))))....)))))))))..)))))))))))))))))).)))))))))))).)))....)))))..... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................(((((((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).)))))....)))))))))................................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((....(((((...........)))))..(((((...........)))))........(((((.....(((.((((((((((((..((((.((((((.(((((((.....(((((((((.(((((((.(((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))))...)))))....)))))))))..)))))))))))))))))..)))))))))))).)))....))))).))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((.((.....))))))(((((...)))))..((((((((....)).))))))....(((((.....(((.(((((((((((((((.(.(((((.(((((((((.....(((((((((.(((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))))).).)))))).)).)))))....)))))))))..)))))))))))))))))).)))))))))))).)))....)))))..... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(........................................................................(..((((((.........(((((...............((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))...........)))))........))))))..)................).. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((..............(((((.((.........))...)))))...............................(..(((.((.........((.((...............((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))...........)).))........)).)))..)................)). |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((...(((((...)))))..((((((.........))))))))))))))))))).(((.((((((((((((..((((.....((((((((((.....(((((((((.(((((..((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...))))))....)))))....)))))))))..))))))))))...))))..)))))))))))).)))..........)))) |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.(((((((((((....(((((...)))))..((((((((....)).)))))).)))))))))))..(((.((((((((((((..((((.((((((.(((((((.....(((((((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).)))))....)))))))))..)))))))))))))))))..)))))))))))).)))..........)))) |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((...[[[[[..)))).((((((((..................((..........]]]]]))....(((.((((((((((((((.((.((((((.((((((((.....(((((((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).)))))....)))))))))..)))))))))))))))))).)))))))))))).)))....)))))))))) |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.........................................................(.(.((...(((((((.((((((((((.((.((((((((.(.((((.....(((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))))))))..)))).))))))))))))).)))))))).)))))))...)).))..))). |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((........................................................((((((....(((((((((((((((((...(.((((((((.(.((((.....(((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))))))))..)))).))))))))))..).))))))))))))))))...)))))).))). |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((((((((((((...(((((...)))))..((((((((....)).))))))))))))))))))..(((.((((((((((((..(((.((((((.((((((((.....(((((((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).)))))....)))))))))..)))))))))))))))))..)))))))))))).)))..........)))) |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((.......[[[[[..(((((...{{{{{{..)))))....))))))))))))).....((((((((((((......((((.((((((((((.....(((((((((.(((((..(((((...........)))))......(((((((...}}}}}}.........))))))).....)))))....)))))))))..)))))))))))))).....))))))))))))........]]]]].)))) |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................((((((((.(((....((((.....((.(((.......((((....)))).......((((((((...(((.((......(((....)))....)))))))).)))))..............))).))......)))))))..)))).))))........................................................................................ |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...))))....)))))).)).))))))...)))))))).................................................... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................((((((.(((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).)))))))...).))))).................................................... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................((((((.(((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).)))))))...).))))).................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................((((((..((((((((((((((..((((.....(((.....(((....))).....)))...))))....)))))).)).))))))....).))))).................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((((((((....[[[[[[[[..(((((...........)))))....))))))))))))).(((.(((((((((((((((...((((((.((((((((.....((((..(((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).))).))))....)))..))))..)))))))))))))).))).)))))))))))).)))....]]]]]]]].. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((..((((((...))))).)((((((((....)).))))))))))))))))))).(((.(((((((((((((.(((.((((((.((((((((.((..(((((((((.(((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))))).).)))))).)).)))))....))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))).)))..........)))) |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((...((((((...........)))))).(((((...........)))))........(((((.((((....((((((((((((..((((.....((((((((((.....(((((((((.(((((..((((((.(((((.....((((..................))))...)))))...))))))....)))))....)))))))))..))))))))))...))))..))))))))))))..))))..))))).)))) |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................................................................(((((((((((....................................................................(((....)))....................................................................)))))))))))................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................((((((((.((((....((((...((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....))))......))))....)))))))).................................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((...........))))))...................................................................................((((((((.(((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).)))))....)))))))).................................................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((((((((((((...(((((...)))))..((((((((....)).))))))))))))))))))..(((.(((((((((((((((...(((((((.(((((((.....((((..(((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).)))))....)))..))))..)))))))))))))).))).)))))))))))).)))..........)))) |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...(((((((((((...(((((...)))))..((((((((....)).))))))))))))))))))).(((.(((((((((((((((...(((((((.(((((((.....((((..(((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).)))))....)))..))))..)))))))))))))).))).)))))))))))).))).............. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((...(((((...)))))..((((((((....)).))))))))))))))))))).(((.(((((((((((((((...((((((.((((((((.....((((..(((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).))).))))....)))..))))..)))))))))))))).))).)))))))))))).)))..........)))) |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((....))))))).((((((((.(((((((((((((((((((((((((..)).))))))))))).).)..)))))))))..((((((((.((((((((((......)((..))..(((((((((((((.(((((.(...((((((((((((..))))))))))))..))))))...)))))).)).)))))....(((......)))))))))))))))).).))).((........)).....))))))..))) |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((.(..(((((.((.........))...)))))..........)...))))(...(...(..(....(.((((((......((((((....(....(.....((((((((.(((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).))).))))....))))))))....)..)...)))))).....)))))))...).)...).....)....... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.....((((.(..(((((.((.........))...)))))..........)...))))(..(....(((.(((((((((((....((.((((.((..(((((.......((((((((.(((((..((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....))))))....)))))....))))))))....)))))..))))))...)))).))))))))).))).....))...)))) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..(.((((((((((((...(((((...)))))..((((((((....)).))))))))))))))))))..(((.((((((((((((..(((.((((((.((((((((.....((((..(((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).)))))....)))..))))..)))))))))))))))))..)))))))))))).)))........)..).. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((..((((......(((((((...))))).))..))))...)))))..........(((((.....(((.((((((((((((..(((.(((((((.(((((((.....(((((((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).)))))....)))))))))..)))))))))))))))))..)))))))))))).)))....)))))..... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((((..((((((...(((((...)))))..((((((((....)).))))))))))))..))))..(((.((((((((((((..((((.((((((.(((((((.....((((..(((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).)))))....)))..))))..)))))))))))))))))..)))))))))))).)))..........)))) |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.....((((.(((..((((.....))))..((((((((....)).))))))....((((....))))...)))...((((((....)))))).....(((((.......))))).)))).....(((((...........)))))..............))).((((.............))))..(((..(((....)))...(((.......))).((((.....))))..((((......))))...))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.((((((((((....((((.....))))..((((((((....)).)))))).)))))))))).(((((.......<<<<<<<<<<))))).(((........[[[[)))...>>>>>>>>>>]]]].....aaaaa....((((.......))))....)))).(((...AAAAA.....))).(((((..(((....)))...(((.{{{...)))..(((.}}}.)))...((((......))))...))))).. |