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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00088



RNA: SRP_00088
Rfam family: Bacteria_large_SRP

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CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((...(((.(((...((((....)))).......((((((....)).)))).......)))..))).)))....................................................(((.((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))))))......................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((..((((((((((...(((((...)))))..((((((((....)).)))))))))))))))).((((((..(((((((((((((....(((((((.(((((((.....(((((((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).))).))))....)))))))))..))))))))))))))..)).)))))))))))..)))...))).)))))..
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................((((((((.((((....((((...((((.....(((((((((((....)))))))))))...)))).....))))......))))....))))))))....................................................
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................(((((((((.........(((...............((((((((((((((((((((((..((((.....(((((((((((....)))))))))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))...........)))........))))))))).....................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .............((.....................(((((.........)))))...))(((((.....(((.(((((((((((((((.(.(((((.(((((((((.....(((((((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).)))))....)))))))))..)))))))))))))))))).)))))))))))).)))....))))).....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................(((((((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).)))))....)))))))))...................................................
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((....(((((...........)))))..(((((...........)))))........(((((.....(((.((((((((((((..((((.((((((.(((((((.....(((((((((.(((((((.(((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))))...)))))....)))))))))..)))))))))))))))))..)))))))))))).)))....))))).))).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((.((.....))))))(((((...)))))..((((((((....)).))))))....(((((.....(((.(((((((((((((((.(.(((((.(((((((((.....(((((((((.(((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))))).).)))))).)).)))))....)))))))))..)))))))))))))))))).)))))))))))).)))....))))).....
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(........................................................................(..((((((.........(((((...............((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))...........)))))........))))))..)................)..
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((..............(((((.((.........))...)))))...............................(..(((.((.........((.((...............((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))...........)).))........)).)))..)................)).
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((...(((((...)))))..((((((.........))))))))))))))))))).(((.((((((((((((..((((.....((((((((((.....(((((((((.(((((..((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...))))))....)))))....)))))))))..))))))))))...))))..)))))))))))).)))..........))))
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.(((((((((((....(((((...)))))..((((((((....)).)))))).)))))))))))..(((.((((((((((((..((((.((((((.(((((((.....(((((((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).)))))....)))))))))..)))))))))))))))))..)))))))))))).)))..........))))
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...[[[[[..)))).((((((((..................((..........]]]]]))....(((.((((((((((((((.((.((((((.((((((((.....(((((((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).)))))....)))))))))..)))))))))))))))))).)))))))))))).)))....))))))))))
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MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((........................................................((((((....(((((((((((((((((...(.((((((((.(.((((.....(((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))))))))..)))).))))))))))..).))))))))))))))))...)))))).))).
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.((((((((((((...(((((...)))))..((((((((....)).))))))))))))))))))..(((.((((((((((((..(((.((((((.((((((((.....(((((((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).)))))....)))))))))..)))))))))))))))))..)))))))))))).)))..........))))
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((.......[[[[[..(((((...{{{{{{..)))))....))))))))))))).....((((((((((((......((((.((((((((((.....(((((((((.(((((..(((((...........)))))......(((((((...}}}}}}.........))))))).....)))))....)))))))))..)))))))))))))).....))))))))))))........]]]]].))))
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................((((((((.(((....((((.....((.(((.......((((....)))).......((((((((...(((.((......(((....)))....)))))))).)))))..............))).))......)))))))..)))).))))........................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))....................................................
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................((((((.(((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).)))))))...).)))))....................................................
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................((((((.(((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).)))))))...).)))))....................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................((((((..((((((((((((((..((((.....(((.....(((....))).....)))...))))....)))))).)).))))))....).)))))....................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((((((((....[[[[[[[[..(((((...........)))))....))))))))))))).(((.(((((((((((((((...((((((.((((((((.....((((..(((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).))).))))....)))..))))..)))))))))))))).))).)))))))))))).)))....]]]]]]]]..
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((..((((((...))))).)((((((((....)).))))))))))))))))))).(((.(((((((((((((.(((.((((((.((((((((.((..(((((((((.(((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))))).).)))))).)).)))))....))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))).)))..........))))
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((...((((((...........)))))).(((((...........)))))........(((((.((((....((((((((((((..((((.....((((((((((.....(((((((((.(((((..((((((.(((((.....((((..................))))...)))))...))))))....)))))....)))))))))..))))))))))...))))..))))))))))))..))))..))))).))))
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................(((((((((((....................................................................(((....)))....................................................................)))))))))))...................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................((((((((.((((....((((...((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....))))......))))....))))))))....................................................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((...........))))))...................................................................................((((((((.(((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).)))))....))))))))....................................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.((((((((((((...(((((...)))))..((((((((....)).))))))))))))))))))..(((.(((((((((((((((...(((((((.(((((((.....((((..(((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).)))))....)))..))))..)))))))))))))).))).)))))))))))).)))..........))))
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((...(((((((((((...(((((...)))))..((((((((....)).))))))))))))))))))).(((.(((((((((((((((...(((((((.(((((((.....((((..(((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).)))))....)))..))))..)))))))))))))).))).)))))))))))).)))..............
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((...(((((...)))))..((((((((....)).))))))))))))))))))).(((.(((((((((((((((...((((((.((((((((.....((((..(((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).))).))))....)))..))))..)))))))))))))).))).)))))))))))).)))..........))))
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((....))))))).((((((((.(((((((((((((((((((((((((..)).))))))))))).).)..)))))))))..((((((((.((((((((((......)((..))..(((((((((((((.(((((.(...((((((((((((..))))))))))))..))))))...)))))).)).)))))....(((......)))))))))))))))).).))).((........)).....))))))..)))
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........((((.(..(((((.((.........))...)))))..........)...))))(...(...(..(....(.((((((......((((((....(....(.....((((((((.(((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).))).))))....))))))))....)..)...)))))).....)))))))...).)...).....).......
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.....((((.(..(((((.((.........))...)))))..........)...))))(..(....(((.(((((((((((....((.((((.((..(((((.......((((((((.(((((..((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....))))))....)))))....))))))))....)))))..))))))...)))).))))))))).))).....))...))))
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (..(.((((((((((((...(((((...)))))..((((((((....)).))))))))))))))))))..(((.((((((((((((..(((.((((((.((((((((.....((((..(((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).)))))....)))..))))..)))))))))))))))))..)))))))))))).)))........)..)..
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((..((((......(((((((...))))).))..))))...)))))..........(((((.....(((.((((((((((((..(((.(((((((.(((((((.....(((((((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).)))))....)))))))))..)))))))))))))))))..)))))))))))).)))....))))).....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.((((..((((((...(((((...)))))..((((((((....)).))))))))))))..))))..(((.((((((((((((..((((.((((((.(((((((.....((((..(((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).)))))....)))..))))..)))))))))))))))))..)))))))))))).)))..........))))
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((.....((((.(((..((((.....))))..((((((((....)).))))))....((((....))))...)))...((((((....)))))).....(((((.......))))).)))).....(((((...........)))))..............))).((((.............))))..(((..(((....)))...(((.......))).((((.....))))..((((......))))...)))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.((((((((((....((((.....))))..((((((((....)).)))))).)))))))))).(((((.......<<<<<<<<<<))))).(((........[[[[)))...>>>>>>>>>>]]]].....aaaaa....((((.......))))....)))).(((...AAAAA.....))).(((((..(((....)))...(((.{{{...)))..(((.}}}.)))...((((......))))...)))))..