|
|
|
GCCGUGCUAGAUGGGGAGUUAGCGGUGCCCUGUAACCUGCAAUCCGCUACAGCAGGAUCGAAGUCCUCAUAGAGGCUCUAACUUGUGGAGUCUGCCCUAUGUAAGUGGUGUUGAGAGUUGGGCCCCACGCAAUGGAAACCUGUGAACCUCGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCGAUAAGCAGUCAUUUUCAUGUGCCGUGGAUACGUCUGGCUUGAGCUAACUGCAUAGGUAACGUUCAUAAGUUAUUGUCGAAGUGAGGUGCACGGUU |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((..(((((((.(((...))).))))....(((((...........)))))))).....((((((...(((..(((((((((((...((.(((((((.((((((.....(((((((((.(((((((.((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))))...)))))....)))))))))..))).))))))))))...)))))))))))))..)))...)))))).))))))).
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((((((..(.....)..))))))..(((((...........)))))........((((((...(((..(((((((((((((.((((.((((((..((((.....((((..(((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).)))))....)))..))))..))))..)))))))))))).)))))))))))..)))...)))))).)))))).) |
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................((((...(((((...((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....))))).....)))).................................................................... |
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((...(((((((((((((..........)))..))))))..))....))...))((((((...(((..(((((((((((((....(((((((.((((((.....(((((((((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).))).))))....)))))))))..))).))))))))))..)).)))))))))))..)))...)))))).))))))). |
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................(((((...........))))).................................................................................................................................................................................................................... |
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................((((((((.((((....((((...((((.....(((((((((((....)))))))))))...)))).....))))......))))....))))))))........................................................ |
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................((((((.............((((((((((((((((((((((..((((.....(((((..((((....))))..)))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))..........))))))........................................ |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....((((...........))))....(((((...........)))))........((((((...(((..(((((((((((((....(((((((.((((((.....(((((((((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).)))))....)))))))))..))).))))))))))..)).)))))))))))..)))...)))))).))))))). |
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................((((((((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).)))))....))))))))........................................................ |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....((((...........))))....(((((...........)))))........((((((...(((..(((((((((((...((.(((((((.((((((.....(((((((((.(((((((.((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))))...)))))....)))))))))..))).))))))))))...)))))))))))))..)))...)))))).))))))). |
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(((((((.(.......).)))))...(((((...........))))).)).....((((((...(((..(((((((((((((..(.(((((((.((((((.....(((((((((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).)))))....)))))))))..))).))))))))))).)).)))))))))))..)))...)))))).))))))). |
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(....................................................................(...(..((((((.........(((((..............((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))...........)))))........))))))..)...)............)...... |
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((...........................................................................(((.((((.......(((((..............((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))...........)))))......)))).)))...................))))... |
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((..........[[[[[...))))))..]]]]]........((((((...(((..(((((((((((......((((((((..((((.....((((..(((.(((((..(((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...)))))))....)))))....)))..))))..))))..)))))))).....)))))))))))..)))...)))))).))))))). |
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(.((.((((..((...))..)))))).).((((((....)).))))......((((((...(((..(((((((((((((.((((.((((((..((((.....(((((((((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).)))))....)))))))))..))))..)))))))))))).)))))))))))..)))...)))))).))))))). |
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((((((...........))))))..(((((...........)))))........((((((...(((..(((((((((((......((((((((.(((((.....(((((((((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).)))))....)))))))))..)))).))))))))).....)))))))))))..)))...)))))).))))))). |
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((.........................................................((((((...(((((((.((((((((((.((.((((((((.(((((.....(((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))))))))..)))).))))))))))))).)))))))).)))))))...)))))).)))))).. |
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((.........................................................((((((...((((((((((((((((((.((.((((((((.(((((..(...((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...))))))))..))))).))))))))))))).))))))))))))))))...)))))).)))))).. |
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................ |
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................ |
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(.((.((((..((....)).)))))).)..(((((....)).))).......((((((...(((..((((((((((((..(((.(((((((.(((((.....(((((((((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).)))))....)))))))))..)))).))))))))))).).)))))))))))..)))...)))))).))))))). |
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(((((([[[[[[[....))))))..(((((...........)))))........((((((........(((((((((((......(((((((............(((((((((.(((((..(((((((((((..........))))(((....)))..................)))))))....)))))....)))))))))..]]]]]]]))))))).....)))))))))))........)))))).))))))). |
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((........(((((((........((((....(((.......(((((.............(((...............................................................))).............)))))...........)))....))))..........))))))).....))))))))......................................................... |
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))........................................................ |
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))........................................................ |
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))........................................................ |
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................((((((((((((((((((((((..(((......(((.....(((....))).....)))....)))....)))))).)).))))))...))))))))........................................................ |
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((((((...........))))))..(((((...........)))))........((((((...(((..(((((((((((((.((.((((((((..((((.....((((..(((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).))).))))....)))..))))..))))..)))))))))))).)))))))))))..)))...)))))).))))))). |
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(.....((.((((.(((....)))))))))...((((((....)).))))......((((((...(((..(((((((((((((.(((.(((((((.(((((.....(((((((((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).)))))....)))))))))..)))).))))))))))))).)))))))))))..)))...)))))))))))))). |
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((((((...........))))))..(((((...........)))))........((((((........(((((((((((......((((((((...........(((((((((.(((((..(((((((.((((.....((((..................))))...))))...)))))))....)))))....)))))))))........)))))))).....)))))))))))........)))))).))))))). |
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................ |
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................((((((((.((((....((((...((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....))))......))))....))))))))........................................................ |
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................(((((..................)))))...................................................................((((((((.(((((((.((((...((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....))))..)).)))))....))))))))........................................................ |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((((((.(....)....))))))..(((((...........)))))........((((((...(((..(((((((((((((.((((.((((((..((((.....((((..(((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).)))))....)))..))))..))))..)))))))))))).)))))))))))..)))...)))))).))))))). |
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.((((....(((((....(((((........))).))..))).))..)))))).(((....((((((...(((..(((((((((((((.((((.((((((..((((.....((((..(((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).)))))....)))..))))..))))..)))))))))))).)))))))))))..)))...))))))....))).. |
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(((((((.(....)....))))....(((((...........)))))))).....((((((...(((..(((((((((((((.((.((((((((..((((.....((((..(((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).))).))))....)))..))))..))))..)))))))))))).)))))))))))..)))...)))))).))))))). |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((....)))))).((..))(((((.(((((...........))))).).)))).(((((..((((((((.((..))))))))).)(((((((.((((((.(..)((((((((((((((((((((((((.((((....(((((((((((((..)))))))))))).).))))...)))))).))).)))))..).)))))))))..))).))))))))))(((((......))))).........)))))..)))))). |
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((..(..(((((.((..........))...)))))..........)....)).((.....((........(((.........((((((((...(((......((((((((.(((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).))).))))....))))))))...)))...))))))))........)))........)).....))......).... |
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((.(..(((((.((..........))...)))))..........)....)))((.....(((..(...((.((((......((((((((.((...(((...((((((((.(((((..((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....))))))....)))))....))))))))..)))..)))))))))).....)))..)))..)..))).....))........... |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((......(((...........))).....(((((...........)))))........((((((...(((..(((((((((((((.(((.(((((((..((((.....((((..(((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).)))))....)))..))))..))))..)))))))))))).)))))))))))..)))...)))))).))))))). |
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((((((...........))))))..(((((...........)))))........((((((...(((..(((((((((((...(((.(((((((..((((.....(((((((((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).)))))....)))))))))..))))..))))))))))...)))))))))))..)))...)))))).))))))). |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(..(((..(.....)..)))..)..(((((...........)))))........((((((...(((..(((((((((((((.((((.((((((..((((.....((((..(((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).)))))....)))..))))..))))..)))))))))))).)))))))))))..)))...)))))).))))))). |
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((((((...........))))))..(((((...........))))).((((....((((....(((((((.....))))))).(((((.....)).)))..)))).((((.........))))....(((((((.....)).)))))..(((((((.((........))..)).))))).(((((...(((....)))(((....)))....))))).(((((........)))))..))))........))))))). |
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((......(((...aaaaaa..)))(((.....)))..AAAAAA((((.((((....)))).......(((((((.....))))))).(((((.....)).)))))))...((((....<<<<<))))....(((((((..{{{)).)))))..(((((((.((..[[[[..))..)).))))).((((.]]]]}.))))..((((....))))........((((((........))))))}}>>.....>>>.))))))). |