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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00089



RNA: SRP_00089
Rfam family: Bacteria_large_SRP

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Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((((((..(.....)..))))))..(((((...........)))))........((((((...(((..(((((((((((((.((((.((((((..((((.....((((..(((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).)))))....)))..))))..))))..)))))))))))).)))))))))))..)))...)))))).)))))).)
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................................((((...(((((...((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....))))).....))))....................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((...(((((((((((((..........)))..))))))..))....))...))((((((...(((..(((((((((((((....(((((((.((((((.....(((((((((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).))).))))....)))))))))..))).))))))))))..)).)))))))))))..)))...)))))).))))))).
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................(((((...........)))))....................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................((((((((.((((....((((...((((.....(((((((((((....)))))))))))...)))).....))))......))))....))))))))........................................................
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................((((((.............((((((((((((((((((((((..((((.....(((((..((((....))))..)))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))..........))))))........................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....((((...........))))....(((((...........)))))........((((((...(((..(((((((((((((....(((((((.((((((.....(((((((((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).)))))....)))))))))..))).))))))))))..)).)))))))))))..)))...)))))).))))))).
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................((((((((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).)))))....))))))))........................................................
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....((((...........))))....(((((...........)))))........((((((...(((..(((((((((((...((.(((((((.((((((.....(((((((((.(((((((.((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))))...)))))....)))))))))..))).))))))))))...)))))))))))))..)))...)))))).))))))).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((((((.(.......).)))))...(((((...........))))).)).....((((((...(((..(((((((((((((..(.(((((((.((((((.....(((((((((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).)))))....)))))))))..))).))))))))))).)).)))))))))))..)))...)))))).))))))).
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(....................................................................(...(..((((((.........(((((..............((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))...........)))))........))))))..)...)............)......
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((...........................................................................(((.((((.......(((((..............((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))...........)))))......)))).)))...................))))...
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((..........[[[[[...))))))..]]]]]........((((((...(((..(((((((((((......((((((((..((((.....((((..(((.(((((..(((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...)))))))....)))))....)))..))))..))))..)))))))).....)))))))))))..)))...)))))).))))))).
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(.((.((((..((...))..)))))).).((((((....)).))))......((((((...(((..(((((((((((((.((((.((((((..((((.....(((((((((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).)))))....)))))))))..))))..)))))))))))).)))))))))))..)))...)))))).))))))).
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((((((...........))))))..(((((...........)))))........((((((...(((..(((((((((((......((((((((.(((((.....(((((((((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).)))))....)))))))))..)))).))))))))).....)))))))))))..)))...)))))).))))))).
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((.........................................................((((((...(((((((.((((((((((.((.((((((((.(((((.....(((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))))))))..)))).))))))))))))).)))))))).)))))))...)))))).))))))..
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((.........................................................((((((...((((((((((((((((((.((.((((((((.(((((..(...((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...))))))))..))))).))))))))))))).))))))))))))))))...)))))).))))))..
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(.((.((((..((....)).)))))).)..(((((....)).))).......((((((...(((..((((((((((((..(((.(((((((.(((((.....(((((((((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).)))))....)))))))))..)))).))))))))))).).)))))))))))..)))...)))))).))))))).
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((((([[[[[[[....))))))..(((((...........)))))........((((((........(((((((((((......(((((((............(((((((((.(((((..(((((((((((..........))))(((....)))..................)))))))....)))))....)))))))))..]]]]]]]))))))).....)))))))))))........)))))).))))))).
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((((........(((((((........((((....(((.......(((((.............(((...............................................................))).............)))))...........)))....))))..........))))))).....)))))))).........................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))........................................................
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))........................................................
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))........................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................((((((((((((((((((((((..(((......(((.....(((....))).....)))....)))....)))))).)).))))))...))))))))........................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((((((...........))))))..(((((...........)))))........((((((...(((..(((((((((((((.((.((((((((..((((.....((((..(((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).))).))))....)))..))))..))))..)))))))))))).)))))))))))..)))...)))))).))))))).
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(.....((.((((.(((....)))))))))...((((((....)).))))......((((((...(((..(((((((((((((.(((.(((((((.(((((.....(((((((((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).)))))....)))))))))..)))).))))))))))))).)))))))))))..)))...)))))))))))))).
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((((((...........))))))..(((((...........)))))........((((((........(((((((((((......((((((((...........(((((((((.(((((..(((((((.((((.....((((..................))))...))))...)))))))....)))))....)))))))))........)))))))).....)))))))))))........)))))).))))))).
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................((((((((.((((....((((...((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....))))......))))....))))))))........................................................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................(((((..................)))))...................................................................((((((((.(((((((.((((...((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....))))..)).)))))....))))))))........................................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((((((.(....)....))))))..(((((...........)))))........((((((...(((..(((((((((((((.((((.((((((..((((.....((((..(((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).)))))....)))..))))..))))..)))))))))))).)))))))))))..)))...)))))).))))))).
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((.((((....(((((....(((((........))).))..))).))..)))))).(((....((((((...(((..(((((((((((((.((((.((((((..((((.....((((..(((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).)))))....)))..))))..))))..)))))))))))).)))))))))))..)))...))))))....)))..
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((((((.(....)....))))....(((((...........)))))))).....((((((...(((..(((((((((((((.((.((((((((..((((.....((((..(((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).))).))))....)))..))))..))))..)))))))))))).)))))))))))..)))...)))))).))))))).
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((....)))))).((..))(((((.(((((...........))))).).)))).(((((..((((((((.((..))))))))).)(((((((.((((((.(..)((((((((((((((((((((((((.((((....(((((((((((((..)))))))))))).).))))...)))))).))).)))))..).)))))))))..))).))))))))))(((((......))))).........)))))..)))))).
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............(((..(..(((((.((..........))...)))))..........)....)).((.....((........(((.........((((((((...(((......((((((((.(((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).))).))))....))))))))...)))...))))))))........)))........)).....))......)....
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............(((.(..(((((.((..........))...)))))..........)....)))((.....(((..(...((.((((......((((((((.((...(((...((((((((.(((((..((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....))))))....)))))....))))))))..)))..)))))))))).....)))..)))..)..))).....))...........
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((......(((...........))).....(((((...........)))))........((((((...(((..(((((((((((((.(((.(((((((..((((.....((((..(((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).)))))....)))..))))..))))..)))))))))))).)))))))))))..)))...)))))).))))))).
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((((((...........))))))..(((((...........)))))........((((((...(((..(((((((((((...(((.(((((((..((((.....(((((((((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).)))))....)))))))))..))))..))))))))))...)))))))))))..)))...)))))).))))))).
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(..(((..(.....)..)))..)..(((((...........)))))........((((((...(((..(((((((((((((.((((.((((((..((((.....((((..(((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).)))))....)))..))))..))))..)))))))))))).)))))))))))..)))...)))))).))))))).
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((((((...........))))))..(((((...........))))).((((....((((....(((((((.....))))))).(((((.....)).)))..)))).((((.........))))....(((((((.....)).)))))..(((((((.((........))..)).))))).(((((...(((....)))(((....)))....))))).(((((........)))))..))))........))))))).
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((......(((...aaaaaa..)))(((.....)))..AAAAAA((((.((((....)))).......(((((((.....))))))).(((((.....)).)))))))...((((....<<<<<))))....(((((((..{{{)).)))))..(((((((.((..[[[[..))..)).))))).((((.]]]]}.))))..((((....))))........((((((........))))))}}>>.....>>>.))))))).