|
|
|
GCCGUGCUAGAUGGGGAGUUAGCGGUGCCCUGUAACCUGCAAUCCGCUACAGCAGGAUCGAAGUCCUCAUAGAGGCUCUAACUUGUGGAGUCUGCCCUAUGUAAGUGGUGUUGAGAGUUGGGCCCCACGCAAUGGAAACCUGUGAACCUCGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCGAUAAGCAGUCAUUUUCAUGUGCCGUGGAUACGUCUGGCUUGAGCUAACUGCAUAGGUAACGUUCAUAAGUUAUUGUCGAAGUGAGGUGCACGGUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((..(((((((.(((...))).))))....(((((...........)))))))).....((((((...(((..(((((((((((...((.(((((((.((((((.....(((((((((.(((((((.((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))))...)))))....)))))))))..))).))))))))))...)))))))))))))..)))...)))))).))))))).
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((((((..(.....)..))))))..(((((...........)))))........((((((...(((..(((((((((((((.((((.((((((..((((.....((((..(((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).)))))....)))..))))..))))..)))))))))))).)))))))))))..)))...)))))).)))))).) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................((((...(((((...((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....))))).....)))).................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((...(((((((((((((..........)))..))))))..))....))...))((((((...(((..(((((((((((((....(((((((.((((((.....(((((((((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).))).))))....)))))))))..))).))))))))))..)).)))))))))))..)))...)))))).))))))). |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................(((((...........))))).................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................((((((((.((((....((((...((((.....(((((((((((....)))))))))))...)))).....))))......))))....))))))))........................................................ |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................((((((.............((((((((((((((((((((((..((((.....(((((..((((....))))..)))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))..........))))))........................................ |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....((((...........))))....(((((...........)))))........((((((...(((..(((((((((((((....(((((((.((((((.....(((((((((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).)))))....)))))))))..))).))))))))))..)).)))))))))))..)))...)))))).))))))). |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................((((((((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).)))))....))))))))........................................................ |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....((((...........))))....(((((...........)))))........((((((...(((..(((((((((((...((.(((((((.((((((.....(((((((((.(((((((.((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))))...)))))....)))))))))..))).))))))))))...)))))))))))))..)))...)))))).))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(((((((.(.......).)))))...(((((...........))))).)).....((((((...(((..(((((((((((((..(.(((((((.((((((.....(((((((((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).)))))....)))))))))..))).))))))))))).)).)))))))))))..)))...)))))).))))))). |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(....................................................................(...(..((((((.........(((((..............((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))...........)))))........))))))..)...)............)...... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((...........................................................................(((.((((.......(((((..............((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))...........)))))......)))).)))...................))))... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((..........[[[[[...))))))..]]]]]........((((((...(((..(((((((((((......((((((((..((((.....((((..(((.(((((..(((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...)))))))....)))))....)))..))))..))))..)))))))).....)))))))))))..)))...)))))).))))))). |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(.((.((((..((...))..)))))).).((((((....)).))))......((((((...(((..(((((((((((((.((((.((((((..((((.....(((((((((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).)))))....)))))))))..))))..)))))))))))).)))))))))))..)))...)))))).))))))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((((((...........))))))..(((((...........)))))........((((((...(((..(((((((((((......((((((((.(((((.....(((((((((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).)))))....)))))))))..)))).))))))))).....)))))))))))..)))...)))))).))))))). |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((.........................................................((((((...(((((((.((((((((((.((.((((((((.(((((.....(((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))))))))..)))).))))))))))))).)))))))).)))))))...)))))).)))))).. |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((.........................................................((((((...((((((((((((((((((.((.((((((((.(((((..(...((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...))))))))..))))).))))))))))))).))))))))))))))))...)))))).)))))).. |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(.((.((((..((....)).)))))).)..(((((....)).))).......((((((...(((..((((((((((((..(((.(((((((.(((((.....(((((((((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).)))))....)))))))))..)))).))))))))))).).)))))))))))..)))...)))))).))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(((((([[[[[[[....))))))..(((((...........)))))........((((((........(((((((((((......(((((((............(((((((((.(((((..(((((((((((..........))))(((....)))..................)))))))....)))))....)))))))))..]]]]]]]))))))).....)))))))))))........)))))).))))))). |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((........(((((((........((((....(((.......(((((.............(((...............................................................))).............)))))...........)))....))))..........))))))).....))))))))......................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))........................................................ |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))........................................................ |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))........................................................ |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................((((((((((((((((((((((..(((......(((.....(((....))).....)))....)))....)))))).)).))))))...))))))))........................................................ |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((((((...........))))))..(((((...........)))))........((((((...(((..(((((((((((((.((.((((((((..((((.....((((..(((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).))).))))....)))..))))..))))..)))))))))))).)))))))))))..)))...)))))).))))))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(.....((.((((.(((....)))))))))...((((((....)).))))......((((((...(((..(((((((((((((.(((.(((((((.(((((.....(((((((((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).)))))....)))))))))..)))).))))))))))))).)))))))))))..)))...)))))))))))))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((((((...........))))))..(((((...........)))))........((((((........(((((((((((......((((((((...........(((((((((.(((((..(((((((.((((.....((((..................))))...))))...)))))))....)))))....)))))))))........)))))))).....)))))))))))........)))))).))))))). |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................((((((((.((((....((((...((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....))))......))))....))))))))........................................................ |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................(((((..................)))))...................................................................((((((((.(((((((.((((...((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....))))..)).)))))....))))))))........................................................ |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((((((.(....)....))))))..(((((...........)))))........((((((...(((..(((((((((((((.((((.((((((..((((.....((((..(((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).)))))....)))..))))..))))..)))))))))))).)))))))))))..)))...)))))).))))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.((((....(((((....(((((........))).))..))).))..)))))).(((....((((((...(((..(((((((((((((.((((.((((((..((((.....((((..(((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).)))))....)))..))))..))))..)))))))))))).)))))))))))..)))...))))))....))).. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(((((((.(....)....))))....(((((...........)))))))).....((((((...(((..(((((((((((((.((.((((((((..((((.....((((..(((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).))).))))....)))..))))..))))..)))))))))))).)))))))))))..)))...)))))).))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((....)))))).((..))(((((.(((((...........))))).).)))).(((((..((((((((.((..))))))))).)(((((((.((((((.(..)((((((((((((((((((((((((.((((....(((((((((((((..)))))))))))).).))))...)))))).))).)))))..).)))))))))..))).))))))))))(((((......))))).........)))))..)))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((..(..(((((.((..........))...)))))..........)....)).((.....((........(((.........((((((((...(((......((((((((.(((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).))).))))....))))))))...)))...))))))))........)))........)).....))......).... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((.(..(((((.((..........))...)))))..........)....)))((.....(((..(...((.((((......((((((((.((...(((...((((((((.(((((..((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....))))))....)))))....))))))))..)))..)))))))))).....)))..)))..)..))).....))........... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((......(((...........))).....(((((...........)))))........((((((...(((..(((((((((((((.(((.(((((((..((((.....((((..(((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).)))))....)))..))))..))))..)))))))))))).)))))))))))..)))...)))))).))))))). |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((((((...........))))))..(((((...........)))))........((((((...(((..(((((((((((...(((.(((((((..((((.....(((((((((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).)))))....)))))))))..))))..))))))))))...)))))))))))..)))...)))))).))))))). |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(..(((..(.....)..)))..)..(((((...........)))))........((((((...(((..(((((((((((((.((((.((((((..((((.....((((..(((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).)))))....)))..))))..))))..)))))))))))).)))))))))))..)))...)))))).))))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((((((...........))))))..(((((...........))))).((((....((((....(((((((.....))))))).(((((.....)).)))..)))).((((.........))))....(((((((.....)).)))))..(((((((.((........))..)).))))).(((((...(((....)))(((....)))....))))).(((((........)))))..))))........))))))). |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((......(((...aaaaaa..)))(((.....)))..AAAAAA((((.((((....)))).......(((((((.....))))))).(((((.....)).)))))))...((((....<<<<<))))....(((((((..{{{)).)))))..(((((((.((..[[[[..))..)).))))).((((.]]]]}.))))..((((....))))........((((((........))))))}}>>.....>>>.))))))). |