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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00090



RNA: SRP_00090
Rfam family: Bacteria_large_SRP

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Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((..(((((((.(((...))).))))...(((((...........)))))))).....(((((.((...((((..(.((((((((...((((((((((.((((((.....(((((((((.(((((((.((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))))...)))))....)))))))))..))).)))))))))))..)))))))))).)...)))).)).))))).))))))
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((....(((((((((......(((((((....((.....))....)))))))..)))))))))......(((((((.((((((((.....(((((((((..((((.....((((..(((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).)))))....)))..))))..))))..)))))))))....)))))))).))).))))..........))))))
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................................((((...((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).....))))...................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((((...........)))))).((((((((((((....)).))))))......(((((((..(((......(((((((.....((((((((.((((((.....(((((((((.(((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).))).))))....)))))))))..))).)))))))))))....))))))))))..)))))))..))))..))))))
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................((((((((.((((....((((...((((.....(((((((((((....)))))))))))...)))).....))))......))))....)))))))).......................................................
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................((((((((.(((((((((((((..((((.....(((((...(((....)))...)))))...))))....)))))).)).)))))....)))))))).......................................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((((...........)))))).....((((((((....)).))))))....(((((......(((((((.((((((((.....((((((((.((((((.....(((((((((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).)))))....)))))))))..))).)))))))))))....)))))))).))).))))....))))).))))))
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................(((((((((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).)))))....)))))))))......................................................
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.....((((...........))))...(((((...........)))))........(((((......(((((((.((((((((.....((((((((.((((((.....(((((((((.(((((((.((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))))...)))))....)))))))))..))).)))))))))))....)))))))).)))).)))....))))).))))))
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((((.(.......).)))))).....(((((((((()))).))))))....(((((.(((..(((((((.(((((((((..(.((((((((.((((((.....(((((((((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).)))))....)))))))))..))).))))))))))).)).)))))))).))).))))))).))))).))))))
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(.........................................................................(..((((((.........(((((..............((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))...........)))))........))))))..).................)....
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((................................................................................................................((((((((((.((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).))..)))))...)))))....................................................))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((..((((((....((((((.[[[[[[[.........))))))..]]]]]]].......((((((.[[[[(((((..((((((((......)))))))).))))))))))).......(((........)))..]]]].....))))))...(((....)))....((((((..(((......)))..)))))).......((((.(((((.......(((((...........)))))......))))).))))..))))))
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((....(((((((((......(((((((....((.....))....)))))))..))))))))).(((((.(((((..((((((((......)))))))).))))).)))))......((((.((((((((((((.((((...(((.((....(((....)))....)))))..))))...))))))).)).)))))))..((((.((((((.(((...(((((((......)).)))))..))).))).))).))))))))))
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((....((((.[[[[......[[))))..(((((...........)))))]]..]]]](((((......(((((((.((((((((.....(((((((((.(((((.....(((((((((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).)))))....)))))))))..)))).))))))))))....)))))))).))).))))....))))).))))))
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((........................................................(((((.(....(((((((.((((((((((.((.((((((((.(((((.....(((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))))))))..)))).))))))))))))).)))))))).))).))))...)))))).))))).
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((........................................................(((((..(...(((((((.((((((((((.((.((((((((..((((.....((((..(((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))..))))..))))..)))))))))))).)))))))).))).))))...)))))).))))).
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((....(((((((((......(((((((....((.....))....)))))))..))))))))).(((((.(((((..((((((((......)))))))).))))).)))))......((.((((((((((((((.((((...(.((((....(((....)))....)))))..))))...))))))).)).)))))))...(((.((((((.(((...(((((((......)).)))))..))).)))).)).))).))))))
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((((...[[[[[[..)))))).(((((...]]]]]]..))))).....(((((((((((((...((((((..((((((((((((......................)))))))))))).......((((((........(((((((.............((((((................))))))......))))))).))))))....)))))).................))))))))...)))))))))))
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................(((((.....(((((((((..((((............(((.(((((((((((((..........((((....(((....)))....))))..........))))))).))).)))))).............))))..)))))))))....)))))............................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...))))....)))))).)).))))))...)))))))).......................................................
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...)))))))).......................................................
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...)))))))).......................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................((((((((.(((((((((((((..(((......(((.....(((....))).....)))....)))....)))))).)).)))))....)))))))).......................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((....(((((((((......(((((((....((.....))....)))))))..)))))))))......(((((((.((((((((((...(((((((((..((((.....((((..(((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).))).))))....)))..))))..))))..))))))))).)).)))))))).)))).)))..........))))))
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((....(((((((((...((([[[[[[[)))..............]]]]]]]..))))))))).(((((.(((((..((((((((......)))))))).))))).)))))......(((.(((((((((((((.((((...(.((((....(((....)))....)))))..))))...))))))).)).)))))))..((((.((((((.(((..((((((((......)).))))).)))).)))).)).))))))))))
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((((...........)))))).(((((...........)))))........(((((.(((((...((((.((((((((.....(((((((((......((((((((((((((.(((((..(((((((.((((.....((((..................))))...))))...)))))))....)))))....)))))))))...))))))))))))))....)))))))).))))..))))).))))).))))))
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................((((((((.((((....((((...((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....))))......))))....)))))))).......................................................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................((((((((.(((((((.(((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))..)).)))))....)))))))).......................................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((....(((((((((......(((((((....((.....))....)))))))..)))))))))......(((((((.((((((((((...(((((((((..((((.....((((..(((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).)))))....)))..))))..))))..))))))))).)).)))))))).))).))))..........))))))
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.(((((.....(((....(((((((...))))).))..)))....))))).)).((....(((((.(((((...((((.((((((((((...(((((((((..((((.....((((..(((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).)))))....)))..))))..))))..))))))))).)).)))))))).))))..))))).)))))..))...
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((...(((((...)))))..((((((((....)).))))))))))))))).)))).(((((((.((((((((((...(((((((((..((((.....((((..(((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).))).))))....)))..))))..))))..))))))))).)).)))))))).)))).)))..........))))))
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((....))))))....(((((((((((((...........))))))...(((......)))..(......)(((((.((((.(.(.((((((.((.(..........)...))..((((((((((((((((((....(((.((((((((((..)))))))))))))...)))..)))))))).)).)))))((((((........))))).)..)))))).)))))))))).).(........).))))))).)))))
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.....((((.(..(((((.((.........))...)))))..........)...))))((...(...((((.(...(..((((......(.((((((....((......((((((((.(((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).))).))))....))))))))...))....)))))).).....)))).....)..)))))..)..))...))))))
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.....(((((.....(((.........(((((...........))))).)))..)))))....(...((((......((((((......((((((((..((((......((((((((.(((((..(....(..((((.....((((....(((....)))....))))...))))......)..)....)))))....))))))))...))))..)))))))).....))..)))).....))))...)......))))))
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((....(((((((((...................(((((.........))))).)))))))))......(((.(((.((((((((.....(((((((((..((((.....((((..(((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).)))))....)))..))))..))))..)))))))))....)))))))).)))..)))..........))))))
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.(((((..((((......(((((((...))))).))..))))...))))).))..(....(((((......(((((((.((((((((.....(((((((((..((((.....(((((((((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).)))))....)))))))))..))))..)))))))))....)))))))).))).))))....)))))....)..
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((....(((((((((......(((((((....((.....))....)))))))..))))))))).((..(.(((((..((((((((......)))))))).))))).)..)).........((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).))))).....((((.(((((.(((...(((((((......)).)))))..))).))))).))))..))))))
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((((...........)))))).(((.((((((((....)).))))))....((((.....))))....((((((((((......))))))).))).(((.((............))))).((((.............)))).))).(((..........((((.((((....))))))))..((((.((.....)))))).(((.......(((((((......)).)))))......)))...)))...))))))
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((((...........)))))).((((((((((((....)).))))))....((((.....))))....((((((((((......))))))).))).(((.((.....[[[[[..)))))..(((..]]]]]......))).))))..........((((((((((..(((......)))..))))))......{{{{((((......)))).(((.((......))))))))).............}}}}))))))