RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00091

RNA: SRP_00091
Rfam family: Fungi_SRP

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Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.........((.....))..((((((((.........((((.((((((((((...(((((......))))).((((.((.(((((.((((((((.(((((((((..((.....(((((((((((........)))))))))))...(((((.(..(((((((((((.((....)))))))...).))))).).)))))))..((((((.....(((...((((....))))...)))...)))))))))))))))..))).)))))....))))).))))))...)))))))))).)))).....)))))))).........))
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.....)))..(((.((..(((((((((........((((.(((((((((((..(((((......))))).(((((...(((((.((((((((..((((((((..((.....(((((((((((........)))))))))))...(((((....(((((.(((((.........))))).....)))))...)))))))..((((((.....(((...((((....))))...)))...))))))))))))))...))).)))))....)))))..)))))..))))))))))).))))....)))))))))..)).)))...
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............(((((..(((((((............................((((((....))))))...........(((.(((((((..(((((((((....................................................((((.(((((.((....))))))).....)))).............((((((((..((((....(((....)))....)))))))))))))))))))))...)).)))))....))).................................)))))))..)))))....
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CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................((((((((.........((((.((((((((((...(((((......))))).((((..(.(((((.((((((((.((((((((((........(((((((((((........)))))))))))...(((((....(((((.((((.((.........)).)))).)))))...))))).....(((((.(..........(((....)))........).)))))))))))))))..))).)))))....))))).).))))...)))))))))).)))).....))))))))...........
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.......))..(((.(...(((((((((........((((.(((((((((....(((((......))))).........(((((.(((((.(..((((((((((...((((.(((((((((((........))))))))))).....))))...(((((.(((((.((....))))))).....))))).............(((((.....(((....(((....)))....)))...)))))))))))))))....).)))))....)))))...........))))))))).))))....)))))))))..).)))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.......))......((..(((((((((......(.((((.(((((((((((..(((((......))))).((((.((.(((((.((((((((.((((((((((.(......(((((((((((........)))))))))))..((((((.(..(((((.((((.((.(.....).)).)))).))))).).)))))))...(((((.(.(.((.(..((((....)))).))).).).)))))))))))))))..))).)))))....))))).))))))..))))))))))).)))).)..)))))))))..)).......
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.......))..........((((.((((........(......(.(..(.....(.....................((.(((((.((((((((.((((((((((...(..............................................(((((((((((.((....)))))))...).))))))............(((((.(...(((....(((....)))....))).).)))))))))))))))..))).)))))....))))).)).........)).).)......)....)))).))))...........
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.....)))..........((((((((.........((((.(((((((((((..(((((......))))).(((((...(((((.(((((....((((((((((........(((((((((((........)))))))))))...(((((....(((((.(((((.........))))).....)))))...))))).....(((((.....(((...((((....))))...)))...)))))))))))))))......)))))....)))))..)))))..))))))))))).)))).....))))))))...........
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.....)))..........((((((((.........((((.((((((((((...(((((......))))).((((.((.(((((.((((((((.(((((((((.........(((((((((((........)))))))))).).((((((....(((((((((((.((....)))))))...).)))))...))))))....(((((.....(((...((((....))))...)))...))))).)))))))))..))).)))))....))))).))))))...)))))))))).)))).....))))))))...........
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.......))..........((((((((.........((((.(((((((((((..(((((......))))).((((.((.(((((.((((((((.(((((((((.........(((((((((((........)))))))))))...(((((....(((((.(((((.((....))))))).....)))))...)))))....((((((.....((((..((((....)))).)).))...)))))))))))))))..))).)))))....))))).))))))..))))))))))).)))).....))))))))...........
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.....))).....(((...((((((((.(......).....................................(.(((((((((((((((((.(((((((((.(((..........................(....................(((((.(((((.((....))))))).....)))))))))........((((((((..(((((..((((....)))).).)))))))))))))))))))))..))).))))))...))))))))).........................))))))))))).........
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.....)))..........((((((((.........((((.((((((((((...(((((......))))).((((.((.(((((.((((((((.(((((((((.......(.(((((((((((........))))))))))).....)(.....(((((.(((((.((....))))))).....)))))....)........(((((.....(((...(((......)))...)))...))))).)))))))))..))).)))))....))))).))))))...)))))))))).)))).....))))))))...........
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................(((((((((........((((.[[[[[[[[[[[..(((((......))))).[[[[[...[[[[[.[[[[[....(((((((((.(((((((.(((((((((((........))))))))))).....)))....(((((((((..)))).{{{{{{{{......)))))))))........((((((...............(((....))).......))))))))))))))).)))).]]]]]....]]]]]..]]]]]..]]]]]]]]]]]}}}}}}}}.)))))))))...........
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.....)))....((((...(((((...................................................(...((((.(((((((..(((((((((.................................................((..(((.(((((.((....))))))).....))).))............((((((...((((..(.(((....)))..).)))).)))))).)))))))))...)).)))))....))))...).............................)))))...)))).....
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PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((........((.....))..[[[[[[[[)))......((((.((((((((((...(((((......))))).((((.((.(((((.((((((((.(((((((((..((.....(((((((((((........)))))))))))...(((((....(((((.(((((.((....))))))).....)))))...)))))))..((((((.....(((...((((....))))...)))...)))))))))))))))..))).)))))....))))).))))))...)))))))))).)))).....]]]]]]]]...........
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((...)))).)(((.....(((((((((........((((.(((((((((((..((((((...).))))).((((.((.(((((.((((((((.((((((((((........(((((((((((.((...)))))))))))))...(((((....(((((((((((.((....)))))))...).)))))...))))).....(((((.....((((..((((....)))).).)))...)))))))))))))))..))).)))))....))))).))))))..))))))))))).))))....))))))))).....)))...
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................(((((((((........((((.(((((((((((..(((((......))))).(((((...(((((.(((((....(((((((((.........(((((((((((........)))))))))))..((((((....(((((.((((...............)))).)))))...))))))...((((((...........((((....)))).........)))))))))))))))......)))))....)))))..)))))..))))))))))).))))....)))))))))...........
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................(((((....)))))............(((.(((......(((((((((.....................................................(((.(((((.((....))))))).....)))...............(((((.....(((....(((....)))....)))...))))).)))))))))(......))))....)))...................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.....)))..........((((((((.........((((.((((((((((...(((((......))))).((((.((.(((((.((((((((.(((((((((..((.....(((((((((((........)))))))))))...(((((.(..(((((((((((.((....)))))))...).))))).).)))))))..((((((.(...(((...((((....))))...))).).)))))))))))))))..))).)))))....))))).))))))...)))))))))).)))).....))))))))...........
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((((.....))....)))))...(((....((((.(((((((((((..(((((......))))).((((.((.(((((.((((((((.(((((((((..((.....(((((((((((........)))))))))))...(((((....(((((.(((((.((....))))))).....)))))...)))))))..((((((.....(((...((((....))))...)))...)))))))))))))))..))).)))))....))))).))))))..))))))))))).))))....)))))))).((......)).
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.....)))..........((((((((.........((((.((((((((((...(((((......))))).((((.((.(((((.((((((((.((((((((((.((.....(((((((((((........)))))))))))...(((((.(..(((((((((((.((....)))))))...).))))).).)))))))...(((((.(...(((...((((....))))...))).).)))))))))))))))..))).)))))....))))).))))))...)))))))))).)))).....))))))))...........
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.....)).))(((((((((.(((.(((.((..((.((((..((((((((..(((((((......))))))).((.((((((((.((((((((((((((((((((..)))..(((((((((((((..)))..)))))))))).((((((((((..(((....)))..)).)).))).)))(((((..))).)).......(((((((.(.(.((((((((((..)))))).)).)))).)))))))))))))))).))).)))))....)))))))))).(...)))))))))..))))....))))))).))))))))))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((...))))..................................................................................................................................................................................................(......)........................................................(.....(..)).............................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.....)))..........((((((((.........((((.((((((((((...(((((......))))).((((.((.(((((.((((((((.(((((((((..((.....(((((((((((........)))))))))))...(((((.(..(((((((((((.((....)))))))...).))))).).)))))))...(((((.(......(..((((....)))).).....).))))).)))))))))..))).)))))....))))).))))))...)))))))))).)))).....))))))))...........
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.....)))..........((((((((.........((((.((((((((((...(((((......))))).((((.((.(((((.((((((((.(((((((((..((.....(((((((((((........)))))))))))...(((((....(((((((((((.((....)))))))...).)))))...)))))))..((((((.....(((...((((....))))...)))...)))))))))))))))..))).)))))....))))).))))))...)))))))))).)))).....))))))))...........
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((....((((....)))).(((.........)))))).(((......(((((......))))).((((((..((.....))..)))...(((((.((....))))))).(((((((........)))))))...)))...)))...((((((.(((((.((....)))))))......((((..((((..........)))).........((((....))))............))))....(((((((((............)).)))))))..)))))).(((((((.........)))))))..........
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.....))).....(((....))).((((.........))))...(((......(((((......))))).((((((.((........)))))...(((((.((....))))))).(((((((........))))))){{{)))...))).((((((((.(((((.((....))))))).....)))))..((((......<<<<))))......)))((((....)))).((((>>>...>}}}..((((....[[[[[[[[[..[[[[[)))).]]]....]]]]]..]]].]]]....))))..................

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