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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00099



RNA: SRP_00099
Rfam family: Plant_SRP

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Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((......))))))))..................((((((((((...........(.((((((....((.((((((.....((((((((.((((.((.(((((.((((((((((((..(((((((((((((....)))))))))))))..))))).(((.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))).)..)))))))....)))).)))))))))))))).))......)))))).).(((((....)))))..))))))))))
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McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((......)))))))....(((..)))))))...((((((((((.......((((((((((.........(((((.....(((((((((((((((.............))))))....(((((((((((((....)))))))))))))............(((((...(((((((...))))..........)))....)))))((((((...))))))..............)))))))))))))))))))...))))).....((((((..))))))..))))))))))
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RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((......))))))))..................((((((((((..((((((..................(((((.....(((((((((.((((....(((((........(((((..(((((((((((((....)))))))))))))..)))))........((((((..((((...))))..((((....((((......)))))))).)))))))))))......)))).))))))))))))))....(((((..........)))))..))))))..))))))))))
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RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((......)))))))....((....))))))...((((((((((..((((((.....((((((..((((.((((((.....((((((((.((((.((.(((((..(((((.(((((..((((..(((((((....)))))))..))))..)))))((((.(((((......(((....(((....)))....)))....))))))))))))))....)))))))....)))).)))))))))))))).)).))...))))))((....))...))))))..))))))))))
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UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((((......)))))))....((....)).)))...(((..(((((..((((((.....((((((..((((.((((((.....((((((((..(((.((.(((((..(((((.(((((..((((..(((((((....)))))))..))))..))))).(((((.(((......(((....(((....)))....)))....)))))))).)))))....)))))))....)))..)))))))))))))).)).))...))))))((....))...))))))..)))))..)))
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((......)))))))..((((................)))).((((((................))))))........((((....)))).((((.............)))).(((..(((((((((((((....)))))))))))))..))).(((((((..((((........................)))).....(((.(((((.....))))).....(((((....)))))...)))..((((....))))...))).(((((....))))).)))).......
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((.((((((......)))))).((((((.<<<............))).(((((((.(((.....)))>>>.)))))))..........)))..(((((....))))).((((((....[[[[[[[.....)))))).]]]]]]].(((....))).......)).((...((((((..(((.....))).....((((..........)))).{{{{.))))))..........}}}}.((((....))))..((((....))))....)).(((((....)))))............