CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00101



RNA: SRP_00101
Rfam family: -

GCCCGGAUAUGUACUAGCUAUUUAUAUUGCGAGGACUGGAAAGUUGCAGCAAGAAAUAGUCUGAAAGUGCUAAGUCCGGGUUUUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((((.(((..(.((((((....((((....(((....)))....))))..))))))...)..)))....))))))))....
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((.(((((((...((((...((((....))))...)))).))))))).....)))).)).))))))))....
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..(((((.(((((((....(((...((((....))))...)))..))))))).....)))))...))))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..(((((.(((((((...((((...((((....))))...)))).))))))).....)))))...))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..(((((.(((((((...((((...((((....))))...)))).))))))).....)))))...))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..((((...((((((...((((....(((....)))....)))).)))))).......))))...))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..(((((((((((((...((((...((((....))))...)))).))))))).)...)))))...))))))))....
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..(((((...........(((((([[[[[[.....)))))).......]]]]]]...)))))...))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..(((((..((((((...((((...((((....))))...)))).))))))......)))))...))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..(((((((((((((...((((...((((....))))...)))).)))))).))...)))))...))))))))....
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..(((((((((((((...((((...((((....))))...)))).)))))).))...)))))...))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..(((((((((((((...((((...((((....))))...)))).)))))).))...)))))...))))))))....
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(((((((((((((..))))))))))))((((((.((((((((((..)))).)))))))))))))))))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..(((((((((((((...((((...((((....))))...)))).)))))).))...)))))...))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..(((((.(((((((...((((((...........))))))....))))))).....)))))...))))))))....
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..(((((((((((((...((((...((((....))))...)))).)))))).))...)))))...))))))))....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..(((((((((((((...((((...((((....))))...)))).)))))).))...)))))...))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.(((((((((((((...((((...((((....))))...)))).)))))).))...))))))..))))))))....
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((.(((((.........)))))(((((...........)))))..........................)))))).....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..(((((.(((((((...((((...((((....))))...)))).))))))).....)))))...))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..(((((((((((((...((((...((((....))))...)))).)))))).))...)))))...))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..(((((((((((((...((((...((((....))))...)))).)))))).))...)))))...))))))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..(((((((((((((...((((...((((....))))...)))).)))))).))...)))))...))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((((.(((((((.(.((((((((((((..))))))))))))))))))).)....)))))....)))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..(((((((((((((...((((...((((....))))...)))).)))))).))...)))))...))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..(((((((((((((...((((...((((....))))...)))).)))))).))...)))))...))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((.........)))).(((...((((....))))...))).....(((..........))).))))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((.........)))).(((...((((....))))...))).....(((..........))).))))))))....