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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00103



RNA: SRP_00103
Rfam family: Metazoa_SRP

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Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....((((........))))))).(((((.(.(...(((((...(((((((....(((((.(((((((.(((((.(....(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))((...)).(((((.....((((....(((....)))....))))...))))).))))))).)..)))))))...))))))).).)))))))))))).)))))))))))).....)))))..).).)))))....
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............((......(((.(.(((....................))).).)))..(((((((((((((.....))))))).))).)))...((((((...((((....))))....)))))).((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))))........((......(((.....(((....))).....)))....))....................................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((..(((((....))))).((((((((....)))))..))).))).(((((...((..(((((...(((((((....(((((..((((((.(((((.((((((((((.....((((....((((((((....(((((..((((((....))))))..)))))))).)))....))..)))).....)))).)))))).......((((((......(((((((((....)))).)))))....))))))..)))))))))))..)))))))))))).....)))))..))..)))))....
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................(((((((....(((((((((((((..............((((....))))....(((((((.....(((((((((((((....))))))))))))).............(((((.............(((....)))...........))))).))))))).............................)))))))))))))))))))).........................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((......))))).......((..........))......((((.......(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...)))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))......)))).....
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((........))))...........((..........)).....................(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))........(((((.....((((....(((....)))....))))...))))).))))))).)..)))))))...)))))))...))))))))))))))))))))))))).........................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))......(((((........)))))((((...(((.(((((((.(((((((....(((((.(((((((.((((((((((.(.((((....))))..).)))))).((((.(((((..((((((....))))))..))))).)))).....................................((((((......(((((((((....))).))))))....))))))...))))))))))).))))))))))))..)).)))))..))).)))).....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))......(((((........))))).(((.(..(..(((((((.(((((((....(((((.(((((((.(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))((........))......((((....(((....)))....)))).........))))))).)..))))))))...))))))...)))))))))))).))))))))))))..)).)))))..).).)))......
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....((((........))))))).((((....(((.(((((...(((((((....(((((...(((((.(((((.(....(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))((...)).(((((.....((((....(((....)))....))))...))))).))))))).)..)))))))...))))))).).))))))))))...)))))))))))).....)))))..)))..))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))......(((((.((())).)))))((((.(.(((.(((((((.(((((((....(((((.(((((((.((((((((((.(.((((....))))..).)))))).((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))(((......)))....(((((....))))).......((((((......((((((((((())))).))))))....))))))...))))))))))).))))))))))))..)).)))))..)))))))).....
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((..........)))).....(((..........))).....((.(.......(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((.(((((((....))))))).))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...)))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))......).)).....
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((............))).........((((........))))...............(....(((((((....(((((((((((((.(((((..(...(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((.(((((((....))))))).))))).))))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....))))))))))))).)..)))))))...))))))).).)))))))))))))))))))))))))......)..................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((..(((((....)))))[[[[....((((........)))))))..]]]]...(((.(((((...(((((((....(((((.(((((((.(((((.........((((((.(((((...(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))......(((((.......((((....(((....)))....))))....))))))))))))....)))))))).)))........)))))))))))).)))))))))))).....)))))...))).........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((((((..((((((((((.(((((..((((....((((.((((.((....)))))).))))...)))).))))))))))).)))).(((((((...((((....))))....)))))))((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))((...))(((.((((.((.((...((((((..((((((..........))).))).))))))....)).)).)))).))).......))))))))......))))))((......))(((((...)))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...(((([[[[....))))]]]](((((...((..(((((((.(((((((....(((((.(((((((.(((((......(((((((((.(((((...((((((((((..(((((..((((((....))))))..))))){{)))................}}((((....(((....)))....)))).........)))))))....))))))))...))))))...)))))))))))).))))))))))))..)).)))))..))..)))))....
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......))))))).....(((........))).))).((((((((.(..(((((((.(((((((....(((((((((((((.(((((.((..((((((((((.(((((.(((((((((.(((.(((((((((((((....))))))))))))).)))......((((...(.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))))..))))))))...))))))))))))))))))))))))))))))))))..)).)))))..)))))))))....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......))))))).....(((((....))))).)))..(((((((.(..(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((.(((..(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))........(((((.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))))..)))))))...))))))))))))))))))))))))))))))))))).....)))))..)))))))).....
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...((((........))))....(((((...(((.(((((((.(((((((....(((((.(((((((.(((((......(((((((((.(((((...((((((.((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))(((......)))....(((((....))))).....(((.((.......))))).))))))....))))))))...))))))...)))))))))))).))))))))))))..)).)))))..))).)))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((....[[[[[[))))))..(((((.(((.((((((((((((...)))......(((...((((((((...)))))))).....)))..(((((((.((((..))))........)))))))...........))))))))))))..)))))......((((((((..(((((.....((((((..))))))..................)))))..((((....(((((((...]]]]]].........)))))))....)))).)))))))).....(((((...)))))....
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............(((..(((...(((.(((((........))))).)))...)))..)))....(((((((....(((((.(((((((.(((((......(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))........(((((.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))....)))))))...)))))))...)))))))))))).)))))))))))).........................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............((...((.........((((.(....).)))).........))...))....(((((((....(((.((((((((...((((......(((((((((.(((((...(((((((((((.(((.(.(((.(((....))).))).).))).))))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))....)))))))...)))))))...))))..)))))))).)))))))))).........................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ((ffffffffffffffff(hhhhhh.(((((ggg..gggggggg(aaaaaaaaa.))))).jjjj.((((((((.dd)))))))))).)FFFFFF(((((((iii((((({{)))))JJJJ)))))))...(((((((.)GGGGGGGG.bbbbbb.DD)))))}}AAAAAAccccc((((((..(((eeeeeeee)))...III.HHHHHH......[[[[[[GGG..(((.<<<<<<.FFFFFFFFFF))).AAA>>>>>>)))))).EEEEEEEE....))]]]]]]BBBBBB.CCCCC.
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((..(...)...)))))).((((((((....(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))...))))))))....
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................((((.....((..(...)...))))))..........(..(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((..(...(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))))))))))))..))))))))...)))))).).))))))))))))))))))))))))).....)))))..)............
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((..(...)...)))))).((((((((....(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))...))))))))....
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................((((.....((..(...)...))))))..........(..(((((...(((((((....(((((((((((((..((((..(...(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))))))))))))..)))))))...))))))).).)))).)))))))))))))))))))).....)))))..)............
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................((((.....((..........)))))).............(((((...(((((((....(((((((((((((..((((......(((((((((.(((((.((((((((.(((..(((.(.(((((((....))))))).).)))..)))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))).))))))))..))))))))...))))))...)))).)))))))))))))))))))).....)))))...............
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((((......)))))).....((((........))))))).(((((...((..(((((...(((((((....((((..(((((((.(((((......(((((((((.(((((...((((((.((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))......(((((.((.(((.((.....(((....))).)).)))))...))))).))))))....)))))))...)))))))...))))))))))))..))))))))))).....)))))..))..)))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...((((((...)).))))....(((((...(((.(((((((.(((((((....(((((.(((((((.(((((......(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))(((......)))....(((((....))))).....(((.((.(....)))))))))))))....))))))))...))))))...)))))))))))).))))))))))))..)).)))))..))).)))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...((((........))))....(((((.......(((((...(((((((....(((((.(((((((.(((((......(((((((...(((((...(((((((.....(((((..((((((....))))))..)))))..((((((......)))))).(((((....)))))....((((..........)))).)))))))....))))).....)))))))...)))))))))))).)))))))))))).....)))))......)))))....
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................((((........)))).....((((...............(((((((..........(((((((.(((((......(((((((...(((((...(((((((((((........((((((....))))))........))))........(((((.....((((..................))))...))))).)))))))....))))).....)))))))...))))))))))))......)))))))................)))).....
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................(((..........))).....((((.......(((((....((((((..............................((((((((.(((((...((((((((((..(((((..((((((....))))))..)))))..)))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))....)))))))...))))))..(......)............))))))......)))))......)))).....
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................((..(((.((((........)))).........)))..))....(((((((....(((.(((((((((..((((......(((((((((.(((((...(((((((((((.(((.(.(((.(((....))).))).).))).))))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))....)))))))...)))))))...)))).))))))))).)))))))))).........................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((((......)))))).....((((........))))))).(((((.(.((..(((((((.(((((((....((((..(((((((.(((((......(((((((((.(((((...((((((.((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))......(((((.(((.((.((.....(((....))).)).)))))...))))).))))))....)))))))...)))))))...))))))))))))..)))))))))))..)).)))))..))).)))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((..((((....))))((((((((((.(((((..((((....((((.((((.((....)))))).))))...)))).))))))))))).)))).(((((((...((((....))))....)))))))((((.(((((..((((((....))))))..))))).)))).....)).(((((......((((((((.(((.((((.((((((......(((((((((....)))).)))))....)))))).........))))..))).))))))))...........))))).........
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....((((........))))))).(((((.(.((..(((((...(((((((....((((..(((((((.(((((......(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))......(((((.((.(((.((.....(((....))).)).)))))...))))))))))))....)))))))...)))))))...))))))))))))..))))))))))).....)))))..))).)))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((..)..)))))))).).((((........))))....(((((.(.((((((((((((((((((..(..((((((.((((((.(((((.(.((..((((((((.(((((((..(((((.((((((((((..(((((......)))))..))))))))))...((((((.((((.(((((((..))))))..((......))))))).)))))))))))..).))))))))).))).))..)))))))))))))))).)))))))))))).)).)))))).)))))))))....
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((............................................(..(.........)..)....(...........)))).....((..(((.(.....((.(((((..(((((...(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))....))))))....))))).).....................).))).........))................
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (.((((((((......))))))))...)...((((........)))).((((.......(((((...(((((((.....((((.(((((((.(((((......(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))....)))))))...)))))))...)))))))))))).)))).))))))).....)))))......)))).....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((((......)))))).....((((........))))))).(((((.(.((..(((((...(((((((....((((..(((((((.(((((......(((((((((.(((((...((((((.((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))..................((((....(((....)))....))))..........))))))....))))))))...))))))...))))))))))))..))))))))))).....)))))..))).)))))....
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...((((........))))....(((((...((..(((((...(((((((....(((((.(((((((.(((((......(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))........(((((.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))....)))))))...)))))))...)))))))))))).)))))))))))).....)))))..))..)))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((((......)))))).....((((........))))))).(((((...(((.(((((((.(((((((....((((..(((((((.(((((......(((((((((.(((((...((((((((((..(((((..((((((....))))))..)))))..))).....((((.((....))((((....(((....)))....))))....)))).)))))))....)))))))...)))))))...))))))))))))..)))))))))))..)).)))))..))).)))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...((((........)))).((((.(((.((....)))))..(((((((.....))))))).))))..((((((.(((...((((....))))....))).((((.....))))..((((((....))))))....(((((((((((......))))...(((((....)))))..(((.((.((.......)))))))(((....))).((((.(((((....))).))..))))........)))))))....)))))).(((.......)))...
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((..<<<<)))))).(((.{{{{...)))..}}}}.((((.(((.((....)))))..(((((((.....))))))).)))).>>>>.((((((...((((....))))....))))))....((((..(((((((((....))))..(((....))).((((...[[[))))...(((((....))))).........)))))......]]]..(((....))).((((..((((....))))....)))).....(((.....)))...))))..((((.....))))....



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