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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00104



RNA: SRP_00104
Rfam family: Fungi_SRP

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.....))))).(((.....((((((((.....((((((.(((((((((((((.(((..(((((((..(((((.(((((((((..(((((((((.....((((....)))).....)))))))..)).....(((((......((((((.........)))))).......)))))))))))))).......)))))))))))).....))).))))))))))))).)))))).)))))))).....))).........
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................(((....(((((((................................(((.(((((((..(((((((((.....((((...(((((.((....)))))))....))))..........((((((.(...((((....(((....)))....))))))))))))))))))))...)))))))....))).......................................)))))))...))).....
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Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((..........))))....((((((((...(.((((((.(((((((((((((((((.((((((((((.((((.(((((((((..(((((((((.(((.((((....)))))))..)))))))..)).....(((((......((((((.........)))))).......))))))))))))))..)))).))))...))))))))))....))))))))))))).))))))))))))))).................
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((.......))...........((((((..........(((.((((..........(((.((((((.((((((((.(((((((((....(((((((((((((.((....)))))))).)))))))..........(((((.....((((....(((....)))....)))).))))).)))))))))..))))))))....)))))))))..............)))).)))......)))))).................
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MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.....))))).(((.((..((((((((.....((((((.(((((((((((((((((.((((((((((.((((.(((((((((..(((((((((.((((.(((....)))))))..)))))))..)).....(((((......((((((.........)))))).......))))))))))))))..)))).)))...)))))))))))....))))))))))))).))))))).)))))))...))))).........
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PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.....))))).(((.((..((((((((.....((((((.((((((((((((((((.(((((((((((.((((.(((((((((..(((((((((.(((.((((....)))))))..)))))))..)).....(((((......((((....(((....)))....))))..))))))))))))))..)))).)))...)))))))))))....))))))))))))).)))))).))))))))...))))).........
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...)))))).(((.((..((((((((.....((((((.(((((((((((((((((.((((((((((.((((.(((((((((....(((((((.((((.(((....)))))))..))))))).........(((((......((((((.........)))))).......))))))))))))))..)))).)))...)))))))))))....))))))))))))).))))))).)))))))...))))).........
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((......)))))))...((((((((.....((((((.((((((((((((((((((....((((((.((((.(((((((((....(((((((.....((((....)))).....))))))).........(((((......((((((.........)))))).......))))))))))))))..)))).))))))......)))))....))))))))))))).)))))).)))))))).................
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RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.....))))).(((.((..((((((((.....((((((.((((((((((((((((((.(((((((((.((((.(((((((((..(((((((((.(((((.((....)))))))..)))))))..)).....(((((......((((....(((....)))....))))..))))))))))))))..)))).)))...)))))))))))....))))))))))))).)))))).))))))).)..))))).........
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((....(((......((((((..((((...))))..))))))...........(((((.(((((((((.((((.(((((((((..(((((((((.(((((.((....)))))))..)))))))..)).....(((((......((((....(((....)))....))))..))))))))))))))..)))).)))...)))))))))))))).))))).(((((((((((...))))).....))))))..........
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.....))))).(((.((..((((((((.....((((((.((((((((((((((((.(((((((((((.((((.(((((((((..(((((((((.(((.((((....)))))))..)))))))..)).....(((((......((((....(((....)))....))))..))))))))))))))..)))).)))...)))))))))))....))))))))))))).)))))).))))))).)..))))).........
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RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((...)))))...................................................................................(((.........................(...)..................(((((.........)))))....................................................(..((..............)).).))).................
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.....))))).(((.((..(((((((......((((((.((((((((((((((((..((((((((((.((((.(((((((((..(((((((((.((((.(((....)))))))..)))))))..)).....(((((......((((....(((....)))....))))..))))))))))))))..)))).)))...))))))).)))....))))))))))))).))))))..)))))).)..))))).........
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.....))))).(((.((..((((((((.....((((((.((((((((((..(.(((.((((((((((.((((.(((((((((..(((((((((.(((((.((....)))))))..)))))))..)).....(((((......((((....(((....)))....))))..))))))))))))))..)))).)))...)))))))....))).)..)))))))))).)))))).))))))))...))))).........
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((.....)))......((((((.((((.....)))).)))))).....(((........))).((((.....(((((.....)))))...(((((.((((.(((....)))))))..))))).(((....)))..)))).....((((((.........)))))).......((((.((((...........))))..(((.....))).....))))..((((((((((.....)))).....))))))..........
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((....{{{{))))))...}}}}.(((([[[[[....)))).....(((.]]]]]..))).((((.....(((((.....)))))...(((((.((((.(((....)))))))..))))).(((....)))..)))).((((((((((.........))))))...<<<<(((..((((...........))))..(((.....))))))...)))).((((((.............>>>>.))))))..........