|
|
|
AUGCUGUGAUGGCGUAUGGCAGAAGCGCGCAGAUUGUGUACUUUUGAUUCUUUAUUACAGUUUAAGUGUCCGGUUCGAUCUCUGCGGUCGCAAACUUGUGAAUUUGAGUAAUCAAUUCUUCAAGUUUCAGCAAUGAGUGGCAAUAUCGCUGGAGGGAAGCAAUUCAGCACAGCACGCUACCCGUAGAGAGGCGAAGCGGAUGGCACUUGGCUGGCUUUGGUAAGGAGUUAUAAGUAUCUUGUGUGUCGACUCCAAUUUUUUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((.......))))..((.......(((((.(..((((....(((...((((.(..(.........((((.(((((.(((((((((....(((((.(.((((.(((....))))))).)..)))))..(...)..(((((......((((....(((....)))....))))..)))))))))))))).......))))).).....))).......)..).))))...)))))))..).)))))....))...........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((((.(((...))).))))..((((((((.....((((((.((((((((((((((((((.(((((((((.((((.(((((((((..(((((((((.(((((.((....)))))))..)))))))..)).....(((((......((((....(((....)))....))))..))))))))))))))..)))).)))...)))))))))))....))))))))))))).)))))).))))))))...............)) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.....))))).(((.....((((((((.....((((((.(((((((((((((.(((..(((((((..(((((.(((((((((..(((((((((.....((((....)))).....)))))))..)).....(((((......((((((.........)))))).......)))))))))))))).......)))))))))))).....))).))))))))))))).)))))).)))))))).....)))......... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................(((....(((((((................................(((.(((((((..(((((((((.....((((...(((((.((....)))))))....))))..........((((((.(...((((....(((....)))....))))))))))))))))))))...)))))))....))).......................................)))))))...)))..... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................(((((((......((((((.(((((((((((((((((.((((((((((.((((.(((((((((..(((((((((.(((.((((....)))))))..)))))))..)).....(((((......((((((.........)))))).......))))))))))))))..)))).))))...))))))))))....))))))))))))).))))))..)))))))................. |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................((((.......((((((.((((((((((((.((((.((((((((((.((((.(((((((((....(((((((.(((.((((....)))))))..))))))).........(((((......((((((.........)))))).......))))))))))))))..)))).))))...)))))))))).....)))))))))))).))))))...))))................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((...((((.........)))).((.((.(.((((((.((((((((((...(((.(((((((((((.((((.(((((((((.....((((((.....((((....)))).....))))))(((....)))(((((......((((....(((....)))....))))..))))))))))))))..)))).)))...))))))))))).......)))))))))).)))))).).)).)).......))......... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((..........))))....((((((((...(.((((((.(((((((((((((((((.((((((((((.((((.(((((((((..(((((((((.(((.((((....)))))))..)))))))..)).....(((((......((((((.........)))))).......))))))))))))))..)))).))))...))))))))))....))))))))))))).)))))))))))))))................. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.......))...........((((((..........(((.((((..........(((.((((((.((((((((.(((((((((....(((((((((((((.((....)))))))).)))))))..........(((((.....((((....(((....)))....)))).))))).)))))))))..))))))))....)))))))))..............)))).)))......))))))................. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.....))))).(((.....((((((((.....((((((.((((((((((((((((((.(((((((((.((((.(((((((((....(((((((.(((((.........)))))..))))))).........(((((......((((....(((....)))....))))..))))))))))))))..)))).)))...)))))))))))....))))))))))))).)))))).)))))))).....)))......... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.....))))).(((.((..((((((((.....((((((.((((((((((((((((((.(((((((((.((((.(((((((((..(((((((((.(((((.((....)))))))..)))))))..)).....(((((......((((((.........)))))).......))))))))))))))..)))).)))...)))))))))))....))))))))))))).)))))).))))))))...)))))......... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.{{....))).}}((.....(((((((......((((((.(((((((((((((((((.((((((((((.((((.(((((((((..(((((((((.(((.((((....)))))))..)))))))[[))..]].(((((......((((....(((....)))....))))..))))))))))))))..)))).)))...)))))))))))....))))))))))))).))))))..))))))).....)).......... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.....)))))....(.....(((((((..........................(((((((((((((((.(((.((((((((((((.(((.(((.(((((.((....)))))))..))).)))))........((((.((...(((((..((((....)))).).))))))))))))))))))))..))).)))))...)))))))))).........................)))))))...).............. |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.....))))).(((.((..((((((((.....((((((.(((((((((((((((((.((((((((((.((((.(((((((((..(((((((((.((((.(((....)))))))..)))))))..)).....(((((......((((((.........)))))).......))))))))))))))..)))).)))...)))))))))))....))))))))))))).))))))).)))))))...)))))......... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((........[[[.....[[[[[[[[.....[[[[[[.[[[[[[[[[[[[[[[[.[[[[[[[[[...[[[[.[[[[[[[[[....(((((((.(((((.........)))))..))))))).........[[[[[.......(((((.........)))))))))))).]]]]]]]]]]]]]]..]]]]......]]]]]]]]]]]]....]]]]]]]]]]]]].]]]]]].]]]]]]]].....]]]......... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.....)))......((((....(((((...........................(.(..((((.(((((((..(((((((((..((..(((...(((((.((....)))))))....)))..))........(((((.....((((..(.(((....)))..).)))).))))).)))))))))...)))))))....))))..))...................................)))))...))))..... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.....)))......((((....(((((...........................(.(..((((.(((((((..(((((((((..((..(((...(((((.((....)))))))....)))..))........(((((.....((((..(.(((....)))..).)))).))))).)))))))))...)))))))....))))..))...................................)))))...))))..... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.....))))).(((.((..((((((((.....((((((.((((((((((((((((.(((((((((((.((((.(((((((((..(((((((((.(((.((((....)))))))..)))))))..)).....(((((......((((....(((....)))....))))..))))))))))))))..)))).)))...)))))))))))....))))))))))))).)))))).))))))))...)))))......... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((...)))))).(((.((..((((((((.....((((((.(((((((((((((((((.((((((((((.((((.(((((((((....(((((((.((((.(((....)))))))..))))))).........(((((......((((((.........)))))).......))))))))))))))..)))).)))...)))))))))))....))))))))))))).))))))).)))))))...)))))......... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((......)))))))...((((((((.....((((((.((((((((((((((((((....((((((.((((.(((((((((....(((((((.....((((....)))).....))))))).........(((((......((((((.........)))))).......))))))))))))))..)))).))))))......)))))....))))))))))))).)))))).))))))))................. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................(((.(((......(((((((((.....((((...(((((.((....)))))))....))))...........(((((......(((....(((....)))....)))..))))).)))))))))(.....))))....)))......................................................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.....))))).(((.((..((((((((.....((((((.((((((((((((((((((.(((((((((.((((.(((((((((..(((((((((.(((((.((....)))))))..)))))))..)).....(((((......((((....(((....)))....))))..))))))))))))))..)))).)))...)))))))))))....))))))))))))).)))))).))))))).)..)))))......... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((....(((......((((((..((((...))))..))))))...........(((((.(((((((((.((((.(((((((((..(((((((((.(((((.((....)))))))..)))))))..)).....(((((......((((....(((....)))....))))..))))))))))))))..)))).)))...)))))))))))))).))))).(((((((((((...))))).....)))))).......... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.....))))).(((.((..((((((((.....((((((.((((((((((((((((.(((((((((((.((((.(((((((((..(((((((((.(((.((((....)))))))..)))))))..)).....(((((......((((....(((....)))....))))..))))))))))))))..)))).)))...)))))))))))....))))))))))))).)))))).))))))).)..)))))......... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((..((((((.(......))))).)).(((((..((((...(..).(((........)))(((.(((((......))..))).)))((((((((((((.(((....)))))))).)))))))(((((.....(....)..).)))).))))..)))))))))))(.((((((.(((........))..(((((((((((((((.(((......))))))).))))))))).)).))))))).).....((......)) |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((...)))))...................................................................................(((.........................(...)..................(((((.........)))))....................................................(..((..............)).).)))................. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.....))))).(((.((..(((((((......((((((.((((((((((((((((..((((((((((.((((.(((((((((..(((((((((.((((.(((....)))))))..)))))))..)).....(((((......((((....(((....)))....))))..))))))))))))))..)))).)))...))))))).)))....))))))))))))).))))))..)))))).)..)))))......... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.....))))).(((.((..((((((((.....((((((.((((((((((..(.(((.((((((((((.((((.(((((((((..(((((((((.(((((.((....)))))))..)))))))..)).....(((((......((((....(((....)))....))))..))))))))))))))..)))).)))...)))))))....))).)..)))))))))).)))))).))))))))...)))))......... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.....)))......((((((.((((.....)))).)))))).....(((........))).((((.....(((((.....)))))...(((((.((((.(((....)))))))..))))).(((....)))..)))).....((((((.........)))))).......((((.((((...........))))..(((.....))).....))))..((((((((((.....)))).....)))))).......... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((....{{{{))))))...}}}}.(((([[[[[....)))).....(((.]]]]]..))).((((.....(((((.....)))))...(((((.((((.(((....)))))))..))))).(((....)))..)))).((((((((((.........))))))...<<<<(((..((((...........))))..(((.....))))))...)))).((((((.............>>>>.)))))).......... |