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GCAUUGCUGGUGCAGCGCAGCGCGGACGCCCGAACCUGGUCAGAGCCGGAAGGCAGCAGCCAUAAGGGAUGCUUUGCGGGUGCCGUUGCCUUCCGGCAAUGCUUUU |
| Reference structure (ext) |
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[ sec struct ] |
((((((((((.((((((((.((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...)))....))))))..)).))))))...))))))))))....
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Afold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(..((.(((((.(((...))).).))))..............((((((((((((((.((.(((((....))))).)).)))...)))))))))))...))..)) |
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CMfinder(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................((((....(((....)))....))))............................................ |
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CRWrnafold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((((((((.((((((..(((....(((((....)))))..(((....)))....)))....))))))..))).)))))...)))))))))).... |
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Carnac(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
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Carnac(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................(((....))).................................................... |
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CentroidAlifold(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((....(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).)))))......)))))....... |
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CentroidAlifold(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................(((((((((((....)))))))))))............................................ |
|
CentroidFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidHomfold‑LAST
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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ContextFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((..(((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).)))))).)...))))))...)))))))))).... |
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Contrafold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Cylofold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((.[[[[))))..]]]]...((((((....((((....{{{{{{{{{{{{{.))))(((((....)))))))))))..}}}}}}}}}}}}}......... |
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DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................((((....(((....)))....))))............................................ |
|
DotKnot
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[ FASTA input ] |
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|
Fold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((((((((.(((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).))))))..)).))))))...)))))))))).... |
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HotKnots
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MCFold
(ext)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..((.((((((.(..(((((((..(((((....)))))((((((((..((....))))))))))))))))))))))))))))))))))))).... |
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MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((...((((.((((((((.(((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).)))).)).))).))).)..))))))...)).... |
|
MXScarna(20)
|
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....................................((((....(((....)))....))))............................................ |
|
Mastr(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................((((....(((....)))....))))............................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
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|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
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Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................((((....(((....)))....))))............................................ |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
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PETfold_2.0(20)
|
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....................................((((....(((....)))....))))............................................ |
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PETfold_pre2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
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.............((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))...)))))).)).))))................... |
|
PETfold_pre2.0(20)
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[ FASTA input ] |
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....................................((((....(((....)))....))))............................................ |
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PPfold(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................(((.....(((....))).....)))............................................ |
|
PknotsRG
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((....(.(((....((.((((((...(((((....)))))..(((....)))..((((....)))).))))))))..))))..)))))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......((((((....((((((...(((((....))))).....((((...........))))...)))))).))))))...)))))))))).... |
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RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................((((...................(((....)))............................)))).................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................(((.....(((.....(((....))).....)))...)))...................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................((((....(((....)))....))))............................................ |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((...((.(((..((((.((((((............(((....))).(((.((.....)).)))....))))))))))))))).)))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((((((((.(((((((((((....(((((....)))))..(((....)))....))).)).))))))..)).))))))...)))))))))).... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((...))((.((((((............(((....)))((((.((.....)).))))...)))))))))))))...)))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((........))).((..)..)(...).(((..)))..((((((((((((((((.(..............)))))..)))))))))))))))))).... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..(.....................(.((((.....((((......(.....).....))))...)))..............)................))..).. |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................................................(......(((....................))).....)......... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((((((((.(((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).))))))..)).))))))...)))))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((...((.(((..((((.((((((............(((....))).(((.((.....)).)))....))))))))))))))).)))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((....))))...(((.(((.((((((...(((((....))))).(((((....((.....)).)))))..))))))))).((((....))))..)))... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.[[[[))))....]]]].(((.((((((...(((((....))))).....(((..((.....))..)))...))))))))).((((....))))........ |
