|
|
|
GGUAGCUAGGUCUAUGCAACAGAGAAUCACGAACUCCGCCAGGCCUGGAAGGGAGCAACGGUAGUGACACUCUCUGUGUGCGUAGGUUGCCUAGCUACCAUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.(.(.(((((.(.((..(...((((.((((.....(((.....(((....))).....)))..))))...)))))..........)).))))))......).)
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((.((((.....(((.....(((....))).....)))..))))...))))))).)))))))...)))))))))....)) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((.((((.....(((.....(((....))).....)))..))))...))))))).))))))))...)))))))))).... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((((((....(((((..((((.....(((((((((((....)))))))))))..))))....))))).....)))))...))))))))...... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((.((((...((((.(((....)))...))))........))))...))))))).)))))))...))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............(((((((....((((.....(((.....(((....))).....)))..))))......)))).)))...................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((.(((((((.((((.....(((.....(((....))).....)))..))))...)))))))..))))))...))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((.((((...((((.((((()))))...))))........))))...))))))).)))))))...))))))))))).... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((.((((...((((.(((.[[[)))...))))....]]].))))...))))))).))))))))...)))))))))).... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))..))))....)))))).)))))))...))))))))....... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((.((((...((((.(((....)))...))))........))))...))))))).)))))))...))))))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((.((((.....(((.....(((....))).....)))..))))...))))))).)))))))...))))))))))).... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((.((((.....(((.....(((....))).....)))..))))...))))))).)))))))...))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((.((((.....(((.....(((....))).....)))..))))...))))))).)))))))...))))))))))).... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((...))))))))))..))))))))..)))))))).)))))))...))))))))))).... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((...((((((((((.((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).)).))))...))))))...)).... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((.((((.....(((.....(((....))).....)))..))))...))))))).)))))))...))))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((.((((...((((.((((..))))...))))........))))...))))))).)))))))...))))))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((((((((((((((((..((((.....((((..(.(((....)))..).))))..))))....)))))).))))))))...))))))))...... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((.((((...((((.(((....)))...))))........))))...))))))).)))))))...))))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((.((((.....(((.....(((....))).....)))..))))...))))))).)))))))...))))))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.......(((((((.((((...((((..............))))........))))...)))))))...........))))))))))).... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((.((((....(((((..((((.....((((....(((....)))....))))..))))....))))).....))))....))))))))...... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((.((((...((((.(((....)))...))))........))))...))))))).)))))))...))))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((.((((...((((.(((....)))...))))........))))...))))))).)))))))...))))))))))).... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((.((((...((((.(((....)))...))))........))))...))))))).)))))))...))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((.((((((....(((.((((((((..)))))))).))).))))))...)))))).)))))))...))))))))))).... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((((((..(..(.(..((((.....(((.....(((....))).....)))..)))).....).).)...)))))...))))))......).. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((.((((.....(((.....(((....))).....)))..))))...))))))).)))))))...))))))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((.((((.....(((.....(((....))).....)))..))))...))))))).)))))))...))))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((...............((((..............))))..((((.((.......)))))).)))))))....)))))))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((...[[[))))...................((((....]]]))))..........((((((.((((.....))))...(((.....))))))))).... |