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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00117



RNA: SRP_00117
Rfam family: Metazoa_SRP

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((((((((...))))..(((((....)))))(((((((((((....(((.....((((((........(((..((((.((.((((.((...(((....((((.((((..((((((((((((..(((((((((((((....)))))))))))))..)))).......((((.......(((....(((....)))....)))......)))).))))))))...))))))))..)))..)))))))).)))))))..))))))...)))..))))))))))).)))))))))..
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((((....))))).......((........))......((((......(((((...(((((((.....(((.(((((...(((((((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...)))))))...))))))))).))))))))))))))).....)))))......))))......
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ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.(....).)))))....(((........))))))).((((((((..(((((...((.((((.....(((.((((((...(((.((((.((..(((.((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))))...)))).))))))))).))).))))))))))))).)).....)))))..))))))))......
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((........)))))....(((((....))))).....((((((((................(.....(((.(((((((..(((.((((.....(((.((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))........((((....(..(((....(((....)))....)))....).)))))))))))))..))))))))...))).)))..)))).))))))))))))))(((((((...))))))).))))))))......
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((........)))).....(((........))).....(((.((....(((((((.(((((((.....(((.(((((((..((((((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((.(((((((....))))))).))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..))))))))...))))))...)))))))))))))))))))))))))..)).)))))....)).)))......
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Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((..(((..((....))..)))..)))))....)))).((((((((..(((((...((.((((.....(((.(((((((..(((.((((.....(((.((((((.(((((.((((((((.((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))........((((.......(((....(((....)))....)))......)))).))))))))..)))))))...)))).)))..)))).))))))))))))))))).)).....)))))..))))))))......
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Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((..((((.(...).))...))..)))))....)))).((((((((...((((...))))........(((.(((((((..(((.((((.....(((.((((((.(((((.((((((((.((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))........((((.......(((....(((....)))....)))......)))).))))))))..)))))))...)))).)))..)))).))))))))))))).(((((((...))))))).))))))))......
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((........))))))...(((((....))))).))).((((((((((((((.....[[[[[....[[[[[[[..((((((((((....)))).......)))))).........))))))....(((((((((((((....)))))))))))))..((((((............(((........)))..........)))))).......]]]]]]]((((((.......................))))))....]]]]](((((((...))))))).))))))))......
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((..[[[[[[[[[.((((((..((bbbb(eee(aa(ffffffffffff...ffffff(.iiiiii))aaaaaaa(cc.ccccc(..{{{{.{{{{{)))))).)CCCCC.ggg.ggggggggg}}}}}(((((((((((((....)))))))))))))..gggg((.ddddddddd....)IIIIIIhhh(<<....)))).))GGGG}}}})HHHGGGGGGGGG.)AAAAAAA..)FFFFCC)FFF.GGG.]]]]]])FFFFFFFF>>]]]..FFFAAEEEBBBB...DDDDDDDDD
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PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((....)))))))....(((.(...)..)))))).((((((((...(((((...(((((((.....(((.(((((...(((((((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))...))))))))).))))))))))))))).....)))))...)))))))).....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..((((...))))....)).)))))....)))).((((((((..(((((...((.((((.....(((.(((((((..(((..(((.....(((.((((((.(((((.((((((((.((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))........((((.......(((....(((....)))....)))......)))).))))))))..)))))))...)))).)))..)))..))))))))))))))))).)).....)))))..))))))))......
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((...)))).......)))))....)))).((((((((..(((((...))))).......(((.(((((((..(((.((((.....(((.((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))).......(((((......(((....(((....)))....)))....).)))).))))))))..)))))))...)))).)))..)))).))))))))))))).(((((((...))))))).))))))))......
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((((..(((((((((....((((....(((((.((((....((((....))))....)))).))))).)))).)))))..)))).....((((((...((((((.........((((......(((((((((((((....)))))))))))))...))))..............((((((((((((.....................)))).)))).....................)))).))))))..)))))).....(((((((...)))))))....)))))))))..
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RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..((((...))))....)).)))))....)))).((((((((..(((((...((.((((.....(((.(((((((..(((..(((.....(((.((((((.(((((.((((((((.((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))........((((.......(((....(((....)))....)))......)))).))))))))..)))))))...)))).)))..)))..))))))))))))))))).)).....)))))..))))))))......
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RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((((((((...))))..(((((....)))))((((((((..(.((.(((.((((((((((......((((...)))).)))))).....((((((...((((((((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))........((((.......(((....(((....)))....)))......)))))))))))))..))))((.........))...))))))..)))))))))).))).))...)..)))))))).)))))))))..
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..))..)))))....((((..(..))))))))).(((((((((((..(((......)))))...(((.(((((((..(((.(((...)))(..).(((((.(((((..(((((((.(((((((((.((((((((..)..))))))).))))))))).......(((((.(...(.((((.((.((..)).)).).).)))..).).)))))))))))...)))))))).)).....(.......)))))))))))))).(((((((...))))))))))))))))......
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................(..(........)..).....................(....(..(.........((.......((.(((((....((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....))))))))))).)....))))))).............))......................).........)...)............
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((........................(((......)))..))).((((((((..............(((.....(((.(((((((..(((..(((.....(((.(((.((.(((((.((((((((.((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))........((((.......(((....(((....)))....)))......)))).))))))))..)))))))....))).)))..)))..))))))))))))))))................))))))))......
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..((((...))))....)).)))))....)))).((((((((..(..((...((.((((.....(((.(((((((..(((..(((.....(((.((((((.(((((.((((((((.(((..((..(((((((((....)))))))))..))..)))........((((.......(((....(((....)))....)))......)))).))))))))..)))))))...)))).)))..)))..))))))))))))))))).)).....))..)..))))))))......
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((........)))))....(((((....)))))..(((.......))).(((.....))).((((..(((((...((((((((((....)))).......))))))..........((((....)))).(((((((((....)))))))))....((((..((......))...))))..((((((((.....................)))).))))..))))).(((((((((((((((.....))..)).)))))))...((((((.....)))))).)))).)))).....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((....)))).(((.....)))..(((((....))))).((((.......))))...((((.(((((......(((.....)))..((((....)))).(((.....))).(((..((((.((((....)))).(((((((((....)))))))))...)))).((((................))))...))).....))))).((((.....[[[[[)))).((((((..]]]]]................))))))....)))).((((((.....))))))...............