RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00118

RNA: SRP_00118
Rfam family: -

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Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((..(((.(((((...)))))...(((....))).))).((((((((..(((....((((.(((((((((((.((((......((((((...((.((((((((((.((((((..((((((((((((.(((....))))).)))))))))).........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))).))).)))))))....))...)))))).)))).)))))))))))))))....)))..))))))))....))
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((..(((((((.....((((......))))))))))).....(((....((((.(((((((((((((((((((((........)))))))))).(((.(((((((..((((((((((((.(((....))))).))))))))))....)))))))((((....(((((..(((........)))........((.(((((((((...))))))))))).....))))))))))))..)))))))))))))))....))).)))))..))).....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((..............)).....(((....)))....(((((((((..(((....((((.(((((((((((((((((((((.(....).)))))))))).(((..(((.((((((((((((((((((......))))..)))))))))).......................(...(((....)))....).........(((((((((...)))))))))........)))).))))))..)))))))))))))))....)))..))))))))).....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................((((.........(((.....(((....))).....)))..............(((((......(((....(((....)))....)))....)))))...)))).......................................................................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((..........)))))....(((....)))....(((((((((..(((....((((.(((((((((((.((((......((((((...((.((((((((((.((((((..((((((((((.(.(((....))).).)))))))))).........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))).))).)))))))....))...)))))).)))).)))))))))))))))....)))..))))))))).....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.(.......))))))....((((()))))....(((((((((..(((..(.((((.(((((((((((((((((((((.(....).))))))))))((((..(((.((((((((((((((((((......))))..))))))))))..........((.......))(((.(.(((....)))..).))).......(((((((((...)))))))))........)))).))))))).))))))))))))))).)..)))..))))))))).....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((....[[[[[[)))...((((......)))).]]]]]].....((((((...))))))((((((((((((((((((........))))))))))......[[[[[[[[((((((((((...(((....)))...))))))))))....))))))))((((...(((((...(((....)))..............(((((((((...))))))))).......))))).))))..]]]]]]]]..(((...[[[[[)))..]]]]].........
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.(.......))))))...((((......)))).(((((((((..(((....((((.(((((((((((.((((.(....((((((...((.((((((((((.((((((..((((((((((((.(((....))))).)))))))))).....(((.((((.....)))).)))(((........))).(((.......))))))))).))).)))))))....))...))))))))))).)))))))))))))))....)))..))))))))).....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((([[..[[......)))]]...]]............(((((((((..(((....((((.(((((((((((((((((((((........))))))))))((((..(((.(((((((((((((((((({{{{..))))..)))))))).....(((.((((.((((....(((....(((....)))....)))....)))))))).)))..}}}}............)))))).))))))).)))))))))))))))....)))..))))))))).....
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.(.......))))))...((((......)))).(((((((((..(((....((((.(((((((((((.(((.((....((((((...((.......(((..((((((..((((((((((((.(((....))))).))))))))))....))))))(((.....))))))..((((....)..)))...........(((((((((...)))))))))....))...))))))))))).)))))))))))))))....)))..))))))))).....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((....(((((((......((((..))))...)))))))......(((((...)))))(((((((((.(((((((((.[[[[[[.)))))))))(((((.(((((((..((((((((((((((......)))))..)))))))))....))))))).(((...)))))))).(((....)))..............(((((((((...)))))))))....((((.]]]]]].)))).))))))))))))))(((((.....))))).........
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((..(((((...)))))...))))).........(((((((((..(((....((((.(((((((((((.((((......((((((...((.((((((((((.((((((..((((((((((((.(((....))))).)))))))))).........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))).))).)))))))....))...)))))).)))).)))))))))))))))....)))..))))))))).....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.(.......))))))...((((......)))).(((((((((..(((.((.((((.(((((((((((.(((.((....((((((.................((((((..((((((((((((.(((....))))).))))))))))....))))))(((.....))).....(((........)))........((.(((((((((...))))))))))).......))))))))))).)))))))))))))))))..)))..))))))))).....
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........(((((((.....((((......)))))))))))..((((((....((((.(((((((((((((((((((((........)))))))))).....(((((((..((((((((((((((......)))))..)))))))))....))))))).((((...(((((...........................(((((((((...))))))))).......))))).))))....)))))))))))))))..((((....)))).))))))..
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RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.((....(((((((((....(((....))))).)))))))))...(((....((((.(((((((((((.((((......((((((...((.((((((((((.((((((..((((((((((((.(((....))))).)))))))))).........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))).))).)))))))....))...)))))).)))).)))))))))))))))....)))..))).(((....)))
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((.......))).......(((....))).)))(((((((((..(((....((((.(((((((((((.((((......((((((...((.(((.(((((..((((((.(((((((((((((.(((....))))).)))))))))).)..))))))(((.....)))))))).(((....)))....)))....((.(((((((((...)))))))))))..))...)))))).)))).)))))))))))))))....)))..))))))))).....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((......).)).).)))(((((..)))))...(((((((((..(((..(.((((.(((((((((((((.(((..(..(((((((((((((((((((((..(((((...((((((((((((.(((..)..)))).))))))))))..(..)..(((.(((((((.(((((((((((..)))))))))))))).))))))))))))..)).)))))))..).)))))))))))))))))))))))))))))))))..).))..))))))))).....
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((..............)))..................(((((((((..(((....((((.(((((((((((.............((((.................((((((..((((((((((((.(((....))))).))))))))))....)))))).................(((....)))..............((((((((.....)))))))).........))))........)))))))))))))))....)))..))))))))).....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((..(((((...)))))...))))).........(((((((((..(((....((((.(((((((((((...((((....((((((...((.((((((((((.((((((..((((((((((((.(((....))))).)))))))))).........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))).))).)))))))....))...))))))))))..)))))))))))))))....)))..))))))))).....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((.((((.....))))..((((......))))..))))).....(((((.....))))).((((...((((((((((........))))))))))........(((((.((((((((((((((......))))..)))))))))).........((((.....))))...)))))........))))..((((((.((((((((.....))))))))........(((((((((.......)).))))))).(((((.....))))).))))))..
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.((.......))))))...((((......)))).(((<<<<<<..(((((.....))))).(((....((((((((((.{{{{{..))))))))))........(((((.((((((((((((..((....)).)).))))))))))....}}}}}((((.....))))...)))))....))).((((((........)).))))((((([[[[[)))))..((((..]]]]].)))).(((((((....))))))).)))..>>>>>>........

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