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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00124



RNA: SRP_00124
Rfam family: Metazoa_SRP

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Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((.......))))......(((.......))).......(((.......(...(((((((((((((.(((((.......((((((((((((((.(.(((((((((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))..).....)))))))...)))))))...))))).....))))))))))))))......)))..
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CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((..............))....................................................................................................((((((......))))))....................(((......(((....(((....)))....)))....))).........................................................................
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((..(...)..)))))....((((.....))))))))..(((((((((......((((..((..(((..((((......(((...((((((((((((.((((((((((.(((..(((((((......)))))))..))).)))).......(((((....(.(((....(((....)))....))).)..))))).))))))..)))....)))))))....))..)))..))))..)))..))..))))......))))))))).
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DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((.........)))).........(.(......))......(((.(....(((.(..(.(((((.((.(((.(((((.(((((((..((((((.(.(.((((((((((.((((..(((((((....))))))).).))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))..)......))))))..)))...)))))))))...))))).))))))))))....).)))...
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Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.((((.........)))).((..(((((...)))))..))....)))).(((((((((((((((.((.(((((...((((..(((..((.(((((((((((((((((((((.((...((((((((....))))))))....)))))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))).))))....)))))))....))..))).))))....))))).)).)))))))..))))))))..
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((.........)))))....(((((...)))))......(((((((((......((((..((..(((..((((......(((.....((((((((((((((((.((((.(((..((((((((....))))))))..))).))))....((.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))).))))....)))))))........)))..))))..)))..))..))))......))))))))).
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Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((.........)))))((..(((((...)))))..))...((((((((......(((((((.((.(((((...((((..(((..((.((((((((((((((((.((((.((...((((((((....))))))))....))))))....((.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))).))))....)))))))....))..))).))))....))))).)).)))))))..))))))))..
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((.........))))))...(((((...)))))......(((((((((.........((((((...........)))))).(((((((((((((...(((((((((...((((.(((((((((..))))))))).................)))).....)))))))))(((....)))............(((((.......)))))...)))))))..((((....((((..))))....))))..))))))..))))))))).
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................((((((........................(((..................((((.(((((..(((((())))))..))))).))))......(.((((.......(((....(((....)))....))).....)).)))................))).....................).)))))......................
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PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((((.......))))))....(((.......))).)))...((((((....(...(((((((((((((.(((((.......((((((((((((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).)))).....(.(((((......(((...((((....)))..).)))....))))))))))))).)).....))))))))...))))))...))))).....))))))))))))))...))))))..
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((..((((.........)))).....(((.......))).)))...(((.((....(...(((.((((((((...((((.......((((((((((((((.(((((((((((((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))).....(.(((((......(((...((((....)))..).)))....))))))))))))).)).....))))))))...))))))...)))).......)))))))).))))...)).)))..
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((.........))))))...(((((.[[)))))...]].(((((((((.........(((((.(((......)))))))).(((((((((((((..(((((((.((((.((...((((((((....))))))))...)).))))....((.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))....)))).)))..)))))))..((((.((.(((....)))))..))))..))))))..))))))))).
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RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((.........))))))...(((((...)))))......(((((((((..((((...((((((...........))))))......)))).((((.........((((......((((((((....))))))))......)))).......(((((((.(((((......(((((......((((......(((((.......)))))......)))).......)))))......))))))))))))..))))..))))))))).
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................(((.......))).......(((.......(..(....)......................(((((((((((((...((((((((((..(((((..((((((....))))))..)))))..))).....(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))........)))))))...))))))...........................)......)))..
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RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((((...((((((.(((((....))))).)))..........)))..))))....(((((...)))))))))))))).(((((((((((((((((((((..((((.((...((((((((....))))))))...)).))))....(((.((((......(((....(((....)))....)))....))))))).)))).))))....)))))))..((((.((.(((....)))))..))))..))))))............
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.(....)..)))))....((((.....))))))))..((((((..(.........(((((.(((......)))))))).((((((((((((((((((((((.((((.((...((((((((....))))))))...)).))))....((.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))).))))....)))))))..((((.((.(((....)))))..))))..))))))..)..)))))).
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((...))))))))....((((.....))))))))..((((((((((((..(((((((((.(.((...).).))))))(((..(.((((((((((((((((((((((((((.((((((........)))))))).)))))))).))..(((((((..((.(...))).(((((((..)))))))...)))))))(((..))))))))))))))))))..)))....((((.(((...))).))))))))..)))))))))))).
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (...................................................................................(.......)...(.(.........)).).((...........................................((.(....((((...(((....(...........)....)))..........(...........((....).)..........)..))))....)))..........))......
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((.(....)..)))))....((((.....))))......((((((..(......(((((((.((.(((((...((((..(((..((.(((((((..((((((..((((.((...((((((((....))))))))...)).))))....((.(((((......(((....(((....)))....)))....))))))).....))).)))..)))))))....))..))).))))....))))).)).)))))))..)..)))))).
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((.........))))))...((((.....))))......((((((..(.........((((((.((......)))))))).(((((((((((((..(((((((.((((.((...((((((((....))))))))...)).))))....(((.((((......(((....(((....)))....)))....)))))))....)))).)))..)))))))..((((.((.(((....)))))..))))..))))))..)..)))))).
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((.........))))))..(((....)))(((....))).............((((.((((((.((......))))))))....(((((..............(((....))).(((((((......)))))))..)))))..((((..........))))......)))).(((.(((............))).(((.((........))))).((((........)))).....))).............((((....))))..
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................................................................................................................................................................................