|
|
|
GCCUGGAGGGUGUCACGCCCCUCUGUCACCUGAGUUGGGAGGCACUGUGUGCCUGGGACUGCCCCACACACCCUAGGCCUCCCUUGGCCUGGUUGCACCAUGGUGCCAUGCAGAGACUGCGCCCACUGAAAGACAGCUGCCCUCACUGGCACCGCCUGGCAACAUUGGCGGUGUCUUGGAGGCUAUGAUGCGGAGGGGACUGGGCAAGGCUGGCAACAGAGCAGCCAAAACCUCCCACAGCUGUCAGUUCAGGGAACACGCAGUUGAGUGGUGCUGCAGCAGGUUGGGCUGAGGGUGCAAGGUAGGACUGGGCAUACC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((((((........))))))....(((((.)))))))))...((((((((((..((..((....((((((.((....(((.((((((.(((.......(((((((.(...(((((((.((.((((..((((((((.(.(((..(((((((((((....))..))))))))).))).)..((...)).(((((....(.(((....(((....)))....))).)..)))))..))))))))...))))))....)))))))).))))))))).).))))))))))).))))))...))..)).)))))))))).
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((...))))))))....(((.....)))))))...((((((((((..(((((.....((((((.(((((.....((((((((.(((((((..(((...)))..(((((((.((.((((..(((((((((((((...(((((((((..........)))))))))......((......)).)))))...((((..(((.((((.........))))...)))))))))))))))...))))))....)))))))..))))))).))..))))))))))).))))))...)))))..)))))))))). |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((........))))))(((.((.......)).)))...((((((((((..(((((.....((((((.(((((.....((((((..(((.....((((((((.....(((((((.(..(((((.((((((((.((((...(((((((((((....))..)))))))))...)))).........(((((...........(((((.........)))))....)))))..))))))))..))))).)....)))))))..))))))))))).))))))))))).))))))...)))))..)))))))))). |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((........))))..................................................................................(((((.....(((((((.....(((..(((((((.....(...((((.((((..........)))).))))...).......................(((....(((....)))....)))............)))))))...))).......)))))))..))))).............................................. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((........))))))....((......)).))))...((((((((((..(((((.....((((((.(((((..((((..(((...(((((((.((.....))...(((((((.((.((((..((((((((.((((...(((((((((..........)))))))))...))))......((.(((((....(.(((....(((....)))....))).)..)))))))))))))))...))))))....)))))))..)))))))..)))))))..))))).))))))...)))))..)))))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((........))))))(((.(((.....))).)))...((((((((((..(((((.....((((((.(((((.....((((((.((((...()((((((((.(...(((((((.((.(((((.((((((((.((((...(((((((((((....))..)))))))))...)))).......(.(((((...........(((((.........)))))....)))))).))))))))..)))))))....)))))))).))))))))))))))))))))))).))))))...)))))..)))))))))). |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((...)))))(((.[[[.[[[)))..]]].]]]...((((((((((..(((((.....((((((.(((((.....((((((.(((((.....(((((((.....(((((((....(((((.((((((((.((((...(((((((((..........)))))))))...)))).........(((((......(((....(((....)))....)))....)))))..))))))))..)))))......)))))))..))))))))))))))))))))))).))))))...)))))..)))))))))). |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((...)).))))))....((......)).))))...((((((((((..(((((.....((((((.(((((.....((((((.(((((.....(((((((.....(((((((.((.(((((.((((((((.((((...(((((((((((....))..)))))))))...)))).........(((((......(((....(((....)))....)))....)))))..))))))))..)))))))....)))))))..))))))))))))))))))))))).))))))...)))))..)))))))))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((((((........))))))....((.......)).)))...((((((((((..(((((.....((((((.(((((.....((((((.((((.....((((((((.....(((((((.((.(((((.((((((((.((((...(((((((((((....))..)))))))))...)))).........(((((......(((....(((....)))....)))....)))))..))))))))..)))))))....)))))))..))))))))))))))))))))))).))))))...)))))..)))))))))). |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((...)).))))))....((......)).))))...((((((((((..(((((.....((((((.(((((.....((((((.((((.....((((((((.....(((((((.((.(((((.((((((((.((((...(((((((((.(....)...)))))))))...)))).......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))).))))))))..)))))))....)))))))..))))))))))))))))))))))).))))))...)))))..)))))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((...(((((...))))){{{{{{.............))))...((((((((((..(((((.....((((((..(((((([[[[[[[[[...(((((..)))))..[[[[[.[[[[[[[....[[[[[.[[[[[[[[[[[[[...(((((((((..........)))))))))..)))))).........]]]]]...((((...(((((...}}}}}}))))).......))))]]]]]]]]..]]]]]......]]]]]]]........]]]]].]]]]]]]]]...))))))...)))))..)))))))))). |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((((((.((...))))))))....(((.....))).)))...((((((((((..(((((.....((((((.(((((.....(((((.(((((.....((..((((.....(((((((.((.(((((.((((((((.((((...(((((((((((....))..)))))))))...)))).........(((((......(((....(((....)))....)))....)))))..))))))))..)))))))....)))))))..))))..))))))))))))))))).))))))...)))))..)))))))))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((...)).))))))....((.(...))).))))...((((((((((..(((((.....((((((.(((((.....((((((.((((.....((((((((.....(((((((.((.(((((.((((((((.(((((..(((((((((..........))))))))).).))))......((.(((((....(.(((....(((....)))....))))...)))))))))))))))..)))))))....)))))))..))))))))))))))))))))))).))))))...)))))..)))))))))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((...(((((...)))))........((((...))))))))...((((((((((..(((((.....((((((.(((((..((((........((((....))))..(((((.(((((((....(((((.((((((((........(((((((((..........)))))))))................(((((...........(((((.........)))))....)))))..))))))))..)))))......)))))))........))))).))))..))))).))))))...)))))..)))))))))). |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(.....)))))))....((......)).))))...(((((((..(..(((((.....((((((.(((((.....((((((.(((((.....(..((((.....(((((((.((.(((((.((((((((.((((...(((((((((((....))..)))))))))...)))).........(((((......(((....(((....)))....)))....)))))..))))))))..)))))))....)))))))..))))..))))))))))))))))).))))))...)))))..)..))))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.(((((.((...))))))).(((.........(((((((.(((((((..((((.....)))))))))...)))))))))..((((((.((((.....((..((((.....(((((((.((.(((((.((((((((.((((...(((((((((((....))..)))))))))...)))).........(((((......(((....(((....)))....)))....)))))..))))))))..)))))))....)))))))..))))..)))))))))))).)))..))).(((..((.....))..))).... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(.....)))))))....(((.....)))))))...(((((((..(..(((((.........(((((((......)))))))(((((((..((..((((.....(((((((.((.(((((.((((((((.((((...(((((((((((....))..)))))))))...))))......((.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))..))))..)).((((.......))))..))))))))))))..)..))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.((((((.((........)).)))))).)..)))((((((...)))))).((.(((.((((..(.((((.(((((((((.((((((.(((((.(((((..)))))(((...)))...((.(((((.((((((((.(((((..((((((((((........))))))))))..)))))(......).(((((...((((.(((((((((..)))))))))))).).)))))..))))))))..)))))))..(((.((((..))))))).))))))))))))))..)))))..).))).))...)))))).))) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(.....)))))))....((......)).))))...(((((((..(..(((((.....((((((.(((((.....(((((..((((......(..((((.....(((((((.((.(((((.((((((((.((((...(((((((((((....))..)))))))))...)))).......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))).))))))))..)))))))....)))))))..))))..).)))).)))))))))).))))))...)))))..)..))))))). |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(.....)))))))....((......)).))))...(((((((..(..(((((.........(((((((......))))))).((((((..((..((((.....(((((((.((.(((((.((((((((.((((...(((((((((((....))..)))))))))...)))).........(((((......(((....(((....)))....)))....)))))..))))))))..)))))))....)))))))..))))..)).((((.......))))..)))))).)))))..)..))))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((........))))))............(((.((((.....)))).(((.....)))......))).((((......)))).(((.((((....))))..((((.....))))...)))......(((((((((...((.((((((((((....))..))))))))(((...............))).))...))))..((((.((......))))))..((((((((...............))))....(((((........)))))....)))).)))))...((((.((......))..))))... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((.....)).)))))....((((....((((((((.[[[.)))).(((..bbb))).....((((.((((BBB]..)))).(((.((((....))))..((((.....))))...)))........<<<(((......))).(((((((....))..))))).(((.....)))..........))))..((((>>>...))))..]])..(((((..............)))))..aaa)))).AAA..{{{{{.....)))}}}}}(((.......)))....((((.((......))..))))... |