CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00125



RNA: SRP_00125
Rfam family: -

GCCUGGAGGGUGUCACGCCCCUCUGUCACCUGAGUUGGGAGGCACUGUGUGCCUGGGACUGCCCCACACACCCUAGGCCUCCCUUGGCCUGGUUGCACCAUGGUGCCAUGCAGAGACUGCGCCCACUGAAAGACAGCUGCCCUCACUGGCACCGCCUGGCAACAUUGGCGGUGUCUUGGAGGCUAUGAUGCGGAGGGGACUGGGCAAGGCUGGCAACAGAGCAGCCAAAACCUCCCACAGCUGUCAGUUCAGGGAACACGCAGUUGAGUGGUGCUGCAGCAGGUUGGGCUGAGGGUGCAAGGUAGGACUGGGCAUACC
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((((((........))))))....(((((.)))))))))...((((((((((..((..((....((((((.((....(((.((((((.(((.......(((((((.(...(((((((.((.((((..((((((((.(.(((..(((((((((((....))..))))))))).))).)..((...)).(((((....(.(((....(((....)))....))).)..)))))..))))))))...))))))....)))))))).))))))))).).))))))))))).))))))...))..)).)))))))))).
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.((...))))))))....(((.....)))))))...((((((((((..(((((.....((((((.(((((.....((((((((.(((((((..(((...)))..(((((((.((.((((..(((((((((((((...(((((((((..........)))))))))......((......)).)))))...((((..(((.((((.........))))...)))))))))))))))...))))))....)))))))..))))))).))..))))))))))).))))))...)))))..)))))))))).
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((........))))))(((.((.......)).)))...((((((((((..(((((.....((((((.(((((.....((((((..(((.....((((((((.....(((((((.(..(((((.((((((((.((((...(((((((((((....))..)))))))))...)))).........(((((...........(((((.........)))))....)))))..))))))))..))))).)....)))))))..))))))))))).))))))))))).))))))...)))))..)))))))))).
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((........))))..................................................................................(((((.....(((((((.....(((..(((((((.....(...((((.((((..........)))).))))...).......................(((....(((....)))....)))............)))))))...))).......)))))))..)))))..............................................
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((........))))))....((......)).))))...((((((((((..(((((.....((((((.(((((..((((..(((...(((((((.((.....))...(((((((.((.((((..((((((((.((((...(((((((((..........)))))))))...))))......((.(((((....(.(((....(((....)))....))).)..)))))))))))))))...))))))....)))))))..)))))))..)))))))..))))).))))))...)))))..)))))))))).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((........))))))(((.(((.....))).)))...((((((((((..(((((.....((((((.(((((.....((((((.((((...()((((((((.(...(((((((.((.(((((.((((((((.((((...(((((((((((....))..)))))))))...)))).......(.(((((...........(((((.........)))))....)))))).))))))))..)))))))....)))))))).))))))))))))))))))))))).))))))...)))))..)))))))))).
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((((...)))))(((.[[[.[[[)))..]]].]]]...((((((((((..(((((.....((((((.(((((.....((((((.(((((.....(((((((.....(((((((....(((((.((((((((.((((...(((((((((..........)))))))))...)))).........(((((......(((....(((....)))....)))....)))))..))))))))..)))))......)))))))..))))))))))))))))))))))).))))))...)))))..)))))))))).
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((...)).))))))....((......)).))))...((((((((((..(((((.....((((((.(((((.....((((((.(((((.....(((((((.....(((((((.((.(((((.((((((((.((((...(((((((((((....))..)))))))))...)))).........(((((......(((....(((....)))....)))....)))))..))))))))..)))))))....)))))))..))))))))))))))))))))))).))))))...)))))..)))))))))).
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((((........))))))....((.......)).)))...((((((((((..(((((.....((((((.(((((.....((((((.((((.....((((((((.....(((((((.((.(((((.((((((((.((((...(((((((((((....))..)))))))))...)))).........(((((......(((....(((....)))....)))....)))))..))))))))..)))))))....)))))))..))))))))))))))))))))))).))))))...)))))..)))))))))).
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((...)).))))))....((......)).))))...((((((((((..(((((.....((((((.(((((.....((((((.((((.....((((((((.....(((((((.((.(((((.((((((((.((((...(((((((((.(....)...)))))))))...)))).......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))).))))))))..)))))))....)))))))..))))))))))))))))))))))).))))))...)))))..)))))))))).
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((...(((((...))))){{{{{{.............))))...((((((((((..(((((.....((((((..(((((([[[[[[[[[...(((((..)))))..[[[[[.[[[[[[[....[[[[[.[[[[[[[[[[[[[...(((((((((..........)))))))))..)))))).........]]]]]...((((...(((((...}}}}}}))))).......))))]]]]]]]]..]]]]]......]]]]]]]........]]]]].]]]]]]]]]...))))))...)))))..)))))))))).
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((((.((...))))))))....(((.....))).)))...((((((((((..(((((.....((((((.(((((.....(((((.(((((.....((..((((.....(((((((.((.(((((.((((((((.((((...(((((((((((....))..)))))))))...)))).........(((((......(((....(((....)))....)))....)))))..))))))))..)))))))....)))))))..))))..))))))))))))))))).))))))...)))))..)))))))))).
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((...)).))))))....((.(...))).))))...((((((((((..(((((.....((((((.(((((.....((((((.((((.....((((((((.....(((((((.((.(((((.((((((((.(((((..(((((((((..........))))))))).).))))......((.(((((....(.(((....(((....)))....))))...)))))))))))))))..)))))))....)))))))..))))))))))))))))))))))).))))))...)))))..)))))))))).
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((...(((((...)))))........((((...))))))))...((((((((((..(((((.....((((((.(((((..((((........((((....))))..(((((.(((((((....(((((.((((((((........(((((((((..........)))))))))................(((((...........(((((.........)))))....)))))..))))))))..)))))......)))))))........))))).))))..))))).))))))...)))))..)))))))))).
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.(.....)))))))....((......)).))))...(((((((..(..(((((.....((((((.(((((.....((((((.(((((.....(..((((.....(((((((.((.(((((.((((((((.((((...(((((((((((....))..)))))))))...)))).........(((((......(((....(((....)))....)))....)))))..))))))))..)))))))....)))))))..))))..))))))))))))))))).))))))...)))))..)..))))))).
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.(((((.((...))))))).(((.........(((((((.(((((((..((((.....)))))))))...)))))))))..((((((.((((.....((..((((.....(((((((.((.(((((.((((((((.((((...(((((((((((....))..)))))))))...)))).........(((((......(((....(((....)))....)))....)))))..))))))))..)))))))....)))))))..))))..)))))))))))).)))..))).(((..((.....))..)))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.(.....)))))))....(((.....)))))))...(((((((..(..(((((.........(((((((......)))))))(((((((..((..((((.....(((((((.((.(((((.((((((((.((((...(((((((((((....))..)))))))))...))))......((.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))..))))..)).((((.......))))..))))))))))))..)..))))))).
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.((((((.((........)).)))))).)..)))((((((...)))))).((.(((.((((..(.((((.(((((((((.((((((.(((((.(((((..)))))(((...)))...((.(((((.((((((((.(((((..((((((((((........))))))))))..)))))(......).(((((...((((.(((((((((..)))))))))))).).)))))..))))))))..)))))))..(((.((((..))))))).))))))))))))))..)))))..).))).))...)))))).)))
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.(.....)))))))....((......)).))))...(((((((..(..(((((.....((((((.(((((.....(((((..((((......(..((((.....(((((((.((.(((((.((((((((.((((...(((((((((((....))..)))))))))...)))).......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))).))))))))..)))))))....)))))))..))))..).)))).)))))))))).))))))...)))))..)..))))))).
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.(.....)))))))....((......)).))))...(((((((..(..(((((.........(((((((......))))))).((((((..((..((((.....(((((((.((.(((((.((((((((.((((...(((((((((((....))..)))))))))...)))).........(((((......(((....(((....)))....)))....)))))..))))))))..)))))))....)))))))..))))..)).((((.......))))..)))))).)))))..)..))))))).
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((........))))))............(((.((((.....)))).(((.....)))......))).((((......)))).(((.((((....))))..((((.....))))...)))......(((((((((...((.((((((((((....))..))))))))(((...............))).))...))))..((((.((......))))))..((((((((...............))))....(((((........)))))....)))).)))))...((((.((......))..))))...
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((.....)).)))))....((((....((((((((.[[[.)))).(((..bbb))).....((((.((((BBB]..)))).(((.((((....))))..((((.....))))...)))........<<<(((......))).(((((((....))..))))).(((.....)))..........))))..((((>>>...))))..]])..(((((..............)))))..aaa)))).AAA..{{{{{.....)))}}}}}(((.......)))....((((.((......))..))))...