RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00127

RNA: SRP_00127
Rfam family: Fungi_SRP

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Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((..((..(((((...)))))...(((((((..((((((((((((.(((..(((((....)))))...)))...)))))))....)))))......((((((..((...)).))))))((.(((..(((((((...((((...((((((((((((((((......(((.((((..(((((.(((((((..((((((((.((....)))))))))).)))).)))...(((((.(((((......))))))).)))..((((((..((....)).))))))...((....)).)))))..))))..))))))))...)))))))))))(((....))).))))....)))))))))).))...))))))).....))...))
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((..((..(((((...)))))...(((((((..((...(((((((.(((..(((((....)))))...)))...)))))))(((((((((((...(((.(((...))).)))..))))).)))))).((((((...((((...(((((((((((((((((.....((..(((((((((((((((((((...(((((((.((....)))))))))..)))).)))).....((.((((....))))...((((.....(((((((((....))).))))))..))))...)).)))))))))))))..))))))...)))))))))))(((....))).))))....)))))).....))...))))))).....))..)).
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................(((((..(((((((...............................................................................................((((((...)))))).........(((.(((((((........(((((.((((.......((.....(((((.((....)))))))....)).............................((((((((..((((....(((......)))....)))))))))))))))).)))))...)))))))....)))..........................................)))))))..))))).....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((((...)))))(..(((((((..((((((((((((.(((..(((((....)))))...)))...)))))))....)))))......((((((..(.....).))))))((.((..((((((((...(((((..(((((((((((((((((.....((..(((((((((((.(((((((..((((((((.((....)))))))))).)))).))).....(((.((((....)))))))(((((...(((((((...........)))))).....).))))))))))))))))))..)))))))...))))))))))(((....))))))))....)))))))))).))...)))))))..).........
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((((...)))))(..(((((((.......(((((((.(((...((((....))))....)))...)))))))..(((..........((((((..........))))))...))).((((((((...(((((..(((((((((((((((((.........(((((((((((..((((((..((((((((.((....)))))))))).)))).))..........((((....))))...(((((....((((((...........)))))).......))))))))))))))))....)))))))...))))))))))(((....))))))))....))))))))........)))))))..).........
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.......))....((.(((..(((((((..((...(((((((..(...(((((....)))))......)..)))))))((((((.........((((((..........))))))..))))))(((((((...(((((..((((((((((((((((.......(..((((((((((..(((((((..((((((((.((....)))))))))).)))).))).........((((....))))..((((((...(((((....(((......)))....))))).)))))))))))))))).)...)))))...)))))))))))(((....))))))))....)))))))....))...)))))))..))).))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((((...)))))(..(((((((..((((((((((((.(((..(((((....)))))...)))...)))))))....)))))......((((((..((...)).))))))((.((..((((((((...(((((..(((((((((((((((((...(.((..(((((((((((((((((((..((((((((.((....)))))))))).)))).))))....(((.((((....)))))))(((((...((((((((((....))).)))))).....).)))))))))))))))))).))))))))...))))))))))(((....))))))))....)))))))))).))...)))))))..).........
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(..(((....((.................................................................................................................................(((((((.(((((......(((.((((((((((.....((((..((((((((.((....)))))))))).))))............................(((((....((((....(((......)))....))))..))))).))))))))))..))))))))....))))))).........................................))....))))......
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((....((((...))))....[[[[...))))..]]]]......(((.[[[[[...)))........(((((((((....)))))))))....((((((..........))))))]]]]]..((((((((...(((((..(((((((((((((((((.........(((((((((((((((((((..((((((((.........)))))))).)))).))))....(((.((((....)))))))(((((...(((((....(((......)))....))))).))))))))))))))))....))))))...)))))))))))(((....))))))))....))))))))((((((...))))))............
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((...(((((...)))))..........))))...(((((((.(((..(((((....))).))..)))...)))))))((((((.((......((((((..((...)).))))))))))))))(((((((...((((...((((((((((((((((......(((.(((((((((((.(((((((..((((((((.((....)))))))))).)))).))).....(((.((((....)))))))(((((...(((((....(((......)))....))))).))))))))))))))))..))))))))...))))))))))).(((....)))))))....))))))).((((((...))))))............
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((((...)))))...(((((((..(((..(((((((.(((..(((((....)))))...)))...)))))))......)))......((((((..........))))))((.((..((((((((...((((..((((((((((((((((((......((.(((((((((((.(((((((..((((((((.((....)))))))))).)))).))).........((((....))))...(((((...(((((....(((......)))....))))).))))))))))))))))..))))))))...))))))))))))(((....)))))))....)))))))))).))...)))))))............
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.....))).......(((..(((((((((.....(((((((.((..(.....)))...))))))).......................(.............)............................................((((((........(((.((((((((((...((((....((((((((.((....))))))))...).)))))........................((((((.(..(((((...(((......)))..).))))).))))))))))))))))..)))..))))...))..................................)).......)))))))..))).......
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((((...))))).................(((((((.(((..(((((....)))).)..)))...)))))))((((((.((......((((((..((...)).))))))))))))))(((((((...((((...(((((((((((((((((......((.(((((((((((.(((((((..((((((((.((....)))))))))).)))).))).....(((.((((....)))))))(((((...(((((....(((......)))....))))).))))))))))))))))..))))))))...))))))))))).(((....)))))))....))))))).((((((...))))))............
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PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.....)))......((((...(((((..................................................................................................................((...((((.(((((((........(((((.((((....((..(.....(((((.((....)))))))....)..))...........................((((((...((((..(.(((......)))..).)))).)))))).)))).)))))...)))))))....))))...)).....................................)))))...))))......
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.....)))......((((...(((((..................................................................................................................((...((((.(((((((........(((((.((((....((..(.....(((((.((....)))))))....)..))...........................((((((...((((..(.(((......)))..).)))).)))))).)))).)))))...)))))))....))))...)).....................................)))))...))))......
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((((...)))))...(((((((..((((((((((((.(((..(((((....)))))...)))...)))))))....)))))......((((((..((...)).))))))((.(((..(((((((...((((...((((((((((((((((......(((.((((..((((.((((((((..((((((((.((....)))))))))).)))).))))........((((....))))..((((((...(((((....(((......)))....))))).))))))))))..))))..))))))))...)))))))))))(((....))).))))....)))))))))).))...)))))))............
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((...(((((...)))))..........))))...(((((((((((..(((((....)))).)..))).).)))))))((((((.((.......(((((..........))))).))))))))(((((((..(((((..((((((((((((((((((.........(((((((((((((((((((..((((((((.((....)))))))))).)))).))))....(((.((((....)))))))(((((...(((((....(((.(...))))....))))).))))))))))))))))....))))))...))))))))))))(((....))))))).)..)))))))(((((((...)))))))...........
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((((...)))))...(((((((..((((((...((((.....(((((....))))).....(((((((((....)))))))))..))))..))))))...(((((......(((((((((.......(((((.(((((((((((((...............((((((....((((((((..((((((((.........)))))))).)))).))))..((((..((((....))))..((((((....((((((...........)))))).......)))))).))))..........)))))).))))))))))))).........))))))))))))))...)))))...)))))))............
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................(((((...)))))..........(((.(((............(((((.((((........(.....(((((.((....)))))))....)...............................(((((.....(((....(((......)))....)))...))))).)))).)))))(.....))))....))).............................................................
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RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((.((((((.......))))).).)).)))..(((((((..((.((((.............).))))))))))))((....))..((((((((((((........)))))))....(..)(((((((...(((((..((((((((((((((((((((.(......)(((((((((.((..(((.((((((..(....)..)(((.(((((((((..((((((((((.((((((...).))))))).)))).)))).....).)))))).)).))))))))))))))))))))))..)))..)))))))...))))))))))((((..)))))))))....))))))).((((((...)))))).((..)))))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((...)))).........................................................................................................................................................................................................................(..............................................................................((......)).................(..(.)).................................).....
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((((...)))))...((((((...((((((((((((.(((...((((....))))....)))...)))))))....)))))......((((((..((...)).))))))((.((...(((((((...((((...(((((((((((((((((......((.(..(..(((((.(((((((..((((((((.((....)))))))))).)))).))).........((((....))))...(((((...(((((....................))))).))))))))))..)..)..))))))))...)))))))))))(((....))).))))....))))))).)).))....))))))............
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((((...)))))...(((((((..((((((((((((.(((..(((((....))).))..)))...)))))))....)))))......((((((..((...)).))))))((.(((..(((((((...((((...((((((((((((((((......(((.(..(..((((.((((((((...(((((((.((....)))))))))..)))).))))........((((....))))..((((((...(((((....(((......)))....))))).))))))))))..)..)..))))))))...)))))))))))(((....))).))))....)))))))))).))...)))))))............
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((.((((.....))))...((((.........)))).((((....)))).....)))........(((((((((....)))))))))....((((((..........))))))..(((((.......(((((..........)).))).(((((...............)))))..(((.((((....))))........(((......)))....)))...))))).((((....))))...((((.....((((((...........))))))....((((.......))))....)))).(((((.((((....))))....))))).(((.....))).(((...(((((.....))))).)))........
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((....((((.....))))...((((.....<<<<))))))).(((((((.(((....))))))....(((((((((....)))))))))....((((((>>>>......))))))..))))....(((.....))).......((((....(((((...............)))))..{{{{{{....(((((((.((....)))))))))...))))......}}}}}}((((....))))..(((((.....((((((.....[[[[[.))))))....((((]]]]]..))))..)))))..(((((.((((....))))....))))).((.......)).(((...(((((.....))))).)))........

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