|
|
|
GGAGGCCCUGUCGGUUCUCCCGCAACACUAUCCUGUGGACUCGGUCAGAUCCGGAAGGAAGCAGCCGCAGCAGGAGACGUGUGUGCCGGGAUGUAGCUGGCGGGGCCUCCACCAAUU |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.(.((.((((((((((.((((((.((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))...)))))...))))))).))).)).).......
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).))))).).)))))))))))))).......)) |
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((.((((.((((((...(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....)))).))..))))...))).................... |
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).))).))))...))))))))))))))))....... |
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................(((....))).......................................................... |
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..)))))).)).)))))...))))).................. |
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................((((......(((((((((((....)))))))))))...))))........................................... |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).))))).).))))))))))))))))....... |
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((((((((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).))))).).))))))))).............. |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.((((((.((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))...)))))...))))))))))))))))....... |
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((((((.((((((.(...((((....(((....)))....))))).)))))).).)))).)).))))).).))))))))))))))))....... |
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((....((((....((((((.[[[[[.....(((....))).....))))))..]]]]].))))...))))).....)))))))))))))))....... |
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((...(((..........((((......((((....(((....)))....))))...)))).............))).....)))................... |
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((((..((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...))))....)))))...))))))))))))))))....... |
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).)))))...))))))))))))))))....... |
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).))))).).))))))))))))))))....... |
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).)))))...))))))))))))))))....... |
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((((((((((((...(((.((((((((..))).)))))))))))))))))).)))).))).)))).).))))))))))))))))....... |
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((........((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)))))).)).))))).).))))))........))....... |
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((((((((((((((((...(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....)))).)).))))).).))))))))............... |
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................... |
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((..((((((((.((((((...((((......((((....(((....)))....))))...))))....)))).))..)))).).)))..)))............... |
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).)))))...))))))))))))))))....... |
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((((..((((....((((((..((((......))))..........))))))........))))....)))))...))))))))))))))))....... |
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((......................................................................................))))))))))))....... |
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................((((....(((....)))....)))).................................................. |
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))........................... |
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................((((....(((....)))....)))).................................................. |
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................((((((((((((.(((((.....((((..(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))........................... |
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................((((....(((....)))....)))).................................................. |
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................(((.....(((....))).....))).................................................. |
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).))).))))...))))))))))))))))....... |
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((((((((((..(((((([...(((((....(((....)))....))))])))))))...)))).)).)))))...))))))))))))))))....... |
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((((..((((..((((((.....((((..................))))..)))))).....))))..)))))...))))))))))))))))....... |
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................((((....(((....)))....)))).................................................. |
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................(((.....(((.....(((....))).....)))..)))............................................. |
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................((((....(((....)))....)))).................................................. |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).))))).).))))))))))))))))....... |
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((..((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).))))....))))))))))))))))....... |
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).))).)))).).))))))))))))))))....... |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((...((((((..(..(((((..((((..))))..)))))))).))))....)))).)).))))).).))))))))))))))))....... |
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..................................(....(.(..(....(.........(......(.....)...)....)....).....).).......).)........... |
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((.(((((..((((...((((......((((....(((....)))....))))...))))....))))....)))))...)))))))................ |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).))))).).))))))))))))))))....... |
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).)))))...))))))))))))))))....... |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).)))))...))))))))))))))))....... |
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((.(((((.........)))))..((((......))))..)))......((((((.......)).))))..........)))))))))))))))....... |
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((.(((((......[[[)))))..((((......))))..)))......(((.((.]]]...)))))............)))))))))))))))....... |