|
|
|
GAGUAUUACUGGACUAGACCGGGGAGCUAGGCACUCCCUGUGACCCGUGCCGAAAUGCGGGGGCGACUGUCUGGUGAGGGCAACCAGGCCUUUGGCAGUCUUCAUGAAAUCGUAGAGUCUCUGUCCUUUUGGAUCGGGGGUUUGCAUAUGCAACUUCAAAGGAUGAUGCAUAUACAAUCUGUCGGGAAAACCCCGCCAGGCCCGGAAGGGAACACCGGUAUUCCGAACCAUCGAUGCUGAGAGGGUGCGGGGAGGAGAGGAAGUGGAGGACGCUACCAAAACACCUGGUCUGAACCAGAUGUGUCCAGUAUUAUGG |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
..(((.((((((((....((((((((.......))))))....((((..........))))))....((((((((...((....(.((..(((((.(((.(((.(.(..((.(....(((((((((((((.(.(((.(((.(((.(((((((.(.((....)).).))))))).))).)..((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).))..))))...))))))..))))))).).)).....).).))).))).)))))....)).).))..)))))))).)))))))).)))..
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((.(((((((((((((((((..........((((((((.((((.(((((....((((((..(((((((.(((..((....))..)))...))))))).((.(((....(((((.((((.((((....)))).)))).))))).((((((.(.((....)).).)))))).........))).))...))))))....(((....))).....)))))...(((....))).........))))))))))))....((.((((.....)))).))......)))))))))..........)))))))).))).) |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................(.((((((((.......))))))....((((..........)))))))...........((((.........))))..............................(..(.....)..).((.(..((.((..(((.(.((....)).).)))..)).))...).))(((......(((.....(((....))).....)))...)))............................................................................................ |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((..(((((((.....(((((((.......)))))))...(((((........))))).......(((((((...((..((((((..(((((..((((((.((...((......(((((((((((((((((((((((((...(((((((...((....))...)))))))..))))).((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))....))))).))))))))..)))))))......))..))))))))....)))))...))))))))..)))))))..)))))))..))).. |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((((...((((((((((.......))))))....((((..........))))))))......(((((...((....(...((((((((.((((((((((.........(((((..((((((((((((.....(((((.((((((((((....)))))))))).)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).....)))).))))))))....)))))......))))))))))....))))))))....).))...)))))......)))))))...... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.((((((((.....(((((((.......)))))))...((((((......)))))).......(((((((..((...((((((..(((((..((((((((.....(......((((((((((((((((((((.((((((.(((((((.(.((....)).).))))))).)))((((.((((.....)))).))))(((....)))................))).))))).)))))))))..))))))...).....))).)))))....)))))...))))))))..)))))))..)))))))).))).. |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................(((((.......)))))..............................................((((.............................((((((.((((((((((((.......(.(((((((..............))))))).).........(((.....(((.....(((....))).....)))..)))........)))).))))))))...))))))..............................))))............................. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.((((((((......((((((.......))))))....(((((........))))).......((((((........((((((..(((((.(((((((((....((.(....(((((((((((((.(.((((.((((((.(((((((.(.((....)).).))))))).)))....(((((......(((.....(((....))).....)))...)))))))).)))))...))))))..))))))).).))....))))))...))).)))))...)))))).....))))))..)))))))).))).. |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.((((((((.....(((((((.......)))))))...((((((......))))))......((((((((..((...((((((..(((((.(((((((((....((......((((((((((((((((((((.((((((.(((((((.(.((....)).).))))))).)))((((.((((.....)))).))))(((....))).....(((....))).))).))))).)))))))))..))))))...))....))).)))))..).)))))...))))))))..)))))))).)))))))).))).. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((...(((((((((.......))))))....((((..........))))))).....((((((..(((...((((((((((((((..(((((((((..(......(((((((((((((((((((.((..(((((.((((((.(((....))).)))))).)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))..)))).))))))))..)))))))...)..))))))))).....)))))))).)))))))))..))))))...)))))))....... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((((((((((((((..........((((((....((((((((.....(((((((((((((((.(((............)))...)))))))...(((....)))...)))))))).((((((((((((.((((((.(((((((...(((.....))))))))))....((((.((((.....)))).))))(((....))).............)))))).))))).))))))))))))))).))).)))..((((.....)))).........)))))))))..........))))))))...... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.((((((((.....(((((((.......))))))).(.(((.(((......))).))))...((((((((..((...((((((..(((((.(((((((((....((......((((((((((((((((((((.((((((.(((((((...((....))...))))))).))).(((.((((.....)))).))).(((....))).....(((....))).))).))))).))))))))..)))))))...))....))))))...))).)))))...))))))))..)))))))).)))))))).))).. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.((((((((.....(((((((.......)))))))...((((((......)))))).......(((((((..((...((((((..(((((.(((((((((............((((((((((((((((((((.((((((.(((((((...((....))...))))))).)).((((.((((.....)))).))))(((....))).....(((....))))))).))))).))))))))..))))))).........)))).)))..)).)))))...))))))))..)))))))..)))))))).))).. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((......((((...((.((((((.......))))))....((((..........)))).)).....(((((((.(....(((.(..(((((((((.(((..(((((((.....((((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))))))))))).....((((((....(((((....(((....)))....))))).))))))))).))))).))))))))..))))))))..)))))))))..)...).)))))))))....))))).))).).))..))))......))). |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.((((((((.....(((((((.......)))))))...(((.(((......))).))).(((((((.(((..((....))..)))...))))))).(((((....))).)).((((((((((((((((((((.(((.((.(((((((...((....))...))))))).))..(((.((((.....)))).))).(((....))).....(((....))).))).))))).))))))))..))))))).....((.((((.....)))).))....((.(((((....))))).)).)))))))).))).. |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((((.....(((((((.......)))))))...((((((......))))))......((((((((.......((((((..(((((..((((((..............((((((((((((((((((((.((((((.(((((((..............)))))))......((((((.....[[[[[[....(((....)))....))))))...)))))).))))).))))))))))]]]]]].))))).......))))))....)))))...))))))....)))))))).))))))))...... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((..((((((((((.......))))))....((((...(.....))))))))).....(((((((..((....(...((((((((.(((((((((((((......(((((((((((((((((((.((..(((((.((((((((((....)))))))))).)))))....((((((.....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..)))).))))))))..)))))))...)))))))))))))....))))))))....).))..)))))))....)))))......... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((..((((((((((.......))))))....((((...(.....))))))))).....(((((((..((....(...((((((((.(((((((((((((......(((((((((((((((((((.((..(((((.((((((((((....)))))))))).)))))....((((((.....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..)))).))))))))..)))))))...)))))))))))))....))))))))....).))..)))))))....)))))......... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.(((((((((((((((((..........((((((((.((((.(((((....((((((..(((((((.(((..((....))..)))...))))))).((.(((....(((((.((((.((((....)))).)))).))))).((((((...((....))...)))))).........))).))...))))))....(((....))).....)))))...(((....))).........))))))))))))....((.((((.....)))).))......)))))))))..........)))))))).))).. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.((((((((...(.(((((((.......))))))))(.(((.(((......))).))))(((((((.(((............)))[[[))))))).(((((....))).)).((((((((((((((((((((.((((((.(((((((..............))))))).)))((((.((((.....)))).))))(((....))).....(((....))).))).))))).))))))))..)))))))........((((.....))))...]]](((.(((((....))))).))))))))))).))).. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((((.....(((((((.......)))))))...((((((......))))))......((((((((.......((((((..(((((..((((((..............((((((((((((((((((((.((((((.(((((((..............)))))))....((((.((((.....)))).)))).((((.........)))).....)))))).))))).))))))))))).)))).............))))))....)))))...))))))....)))))))).))))))))...... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((....(((((((((.......))))))....((((..........)))))))........((((...((........((((((.(.((((((.............(((((....(((((.(((..((..(((((..(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).))...))).).))))(....))))))..........))))))....).))))))......))...)))).......))))......... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.(((((((((((((((((..........((((((((.((((.(((((....((((((..(((((((.(((..((....))..)))...))))))).((.(((....(((((.((((.((((....)))).)))).))))).((((((.(.((....)).).)))))).........))).))...))))))....(((....))).....)))))...(((....))).........))))))))))))....((.((((.....)))).))......)))))))))..........)))))))).))).. |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((...)).((((((.((((((((..........((((((((.((((.(((((....((((((..(((((((.(((..((....))..)))...))))))).((.(((....(((((.((((.((((....)))).)))).))))).((((((...((....))...)))))).........))).))...))))))....(((....))).....)))))...(((....))).........))))))))))))....((.((((.....)))).))......))))))))..((.....))))))))........ |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.((((((((....((((((((.......))))))....((((..((.....(((((((((((((((.(((..((....))..)))...))))))).(((((....))).)))))))))).((((..(((((..((((((.(((((((.(.((....)).).))))))).)).((((.((((.....)))).))))(((....))).....(((....)))))))..)))).)..))))))..))))..))...((.((((.....)))).))...(((.(((((....))))).))))))))))).))).. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((((...(((..(.(((((((((.((((...)((((((........))))))).)).))))))))).)))..((..)).)(((((..((((((..)))(((....)))(((((((((((.....((((((.(((((..)))))))))))((((((..........))))))((...))..(((((.((....(((((.............))))).(((.(((......)))))))))))))...)))))))..)))).).))..)))))(((.((((..(..))))).))))))))))))))... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................................(...(.(...(((......))..........)...(.(.(...(..(...(............(......((((((((.(.(((((((.((..(....(..((((.(.((....)).).)))))....).....((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).)..).))).))))).)...))))))).).....................)......)..)........).)...).).).........) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.(((((((((((((((((..................................(((((..(((((((.(((..((....))..)))...)))))))....((....))......)))))..((((..(((((..(((....(((((((.(.((....)).).))))))).....(((.((((.....)))).))).(((....)))................)))..)))).)..))))...............((.((((.....)))).))......)))))))))..........)))))))).))).. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.(((((((((((((((((..........((((((((.((((.(((((....((((((..(((((((.(((..((....))..)))...))))))).........(((((((.(((((((((....))).)))))).(((.(((((((...((....))...))))))).))))))).))).....))))))....(((....))).....)))))...(((....))).........))))))))))))....((.((((.....)))).))......)))))))))..........)))))))).))).. |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((......)))(((((.......))))).....(((((........))))).((((..(((((((.......))))))).(((............))).))))....(((((((((....))).))))))..(((....))).((((...((((............))))..((((.....)))).....((((...((((((....)).))))...........(((.....))).)))).....)))).((((.....))))..........(((((....)))))..(((........))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((........((((((...aaa.))))))....(((((AAA.....))))).(((...(((((((.<<<<<.))))))).(((....>>>>>...)))..))).(((.((((((((....))).)))))...(((....))).)))....((((............))))...(((.....))).))))..((((..{{{{...))))..}}}}...((((....(((.....)))...............((((..[[[)))).(((.......)))(((.....)))....]]]......)))) |
