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GCCCUUAGGGGAUAUGAUAUAUUAUUGUCGAACCGUGUCAGAUCUGGAAGGAAGCAGCACUAAGAUUUAUAGUAUAUGCAUGUCUUCCUAGGGGUAUCU |
| Reference structure (ext) |
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[ sec struct ] |
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Alterna
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CMfinder(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................((((....(((....)))....))))....................................... |
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CRWrnafold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...)))...)))))))).))))))).))))))))).... |
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Carnac(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................((((((.............................)))))).......... |
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CentroidAlifold(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((..(((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)))))))...))))....... |
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CentroidAlifold(20)
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[ FASTA input ] |
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CentroidFold
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[ FASTA input ] |
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(((((((((((((((((((((((((.(((.....((((....(((....)))....))))...)))..))))))))).))))))).))))))))).... |
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CentroidHomfold‑LAST
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[ FASTA input ] |
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ContextFold
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[ FASTA input ] |
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Contrafold
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Cylofold
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[ FASTA input ] |
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DAFS(seed)
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[ FASTA input ] |
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|
DAFS(20)
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DotKnot
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[ FASTA input ] |
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Fold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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HotKnots
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[ FASTA input ] |
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IPknot
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[ FASTA input ] |
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MCFold
(ext)
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[ sec struct ] |
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MXScarna(seed)
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MXScarna(20)
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..................................((((....(((....)))....))))....................................... |
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Mastr(seed)
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................................................................................................... |
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Mastr(20)
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[ FASTA input ] |
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MaxExpect
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[ FASTA input ] |
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McQFold
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[ FASTA input ] |
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Multilign(20)
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[ FASTA input ] |
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..((((((((((((..................................................................))))).)))))))...... |
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Murlet(20)
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[ FASTA input ] |
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..................................((((....(((....)))....))))....................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
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PETfold_2.0(20)
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..................................((((....(((....)))....))))....................................... |
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PETfold_pre2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
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PETfold_pre2.0(20)
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Pknots
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[ FASTA input ] |
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PknotsRG
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ProbKnot
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[ FASTA input ] |
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|
RDfolder
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[ FASTA input ] |
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|
RNASLOpt
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[ FASTA input ] |
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.((((..((((((((((((((((((.........((((..................))))........))))))))).)))))))))..))))...... |
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RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
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..................................((((....(((....)))....))))....................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................(((.....(((.....(((....))).....)))...)))................................. |
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RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................((((....(((....)))....))))....................................... |
|
RNAfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((.(((.....((((....(((....)))....))))...)))..))))))))).)))))).)))))))))).... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
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|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
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(.((....................((...(....((((....((......))....)))).........................)...)).))...). |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
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........................................................(.(.........(................)..........).) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
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TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
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(((((((((((((((((((((((((.(((.....((((....(((....)))....))))...)))..))))))))).))))))).))))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
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|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((....(((((......)))))....((((..[[[[[...........))))..]]]]].....(((....)))...)))))))))).... |