|
|
|
CUGAUAGCUGGGUCCCGCGCAACGGUAGGUUAUGAACCCCGCCAGAUCCGGAAGGAAGCAACGGUAGUAGCUGAUUCCGUGUGCCGCGGGGGAGCCCAGCUAUCAGUUGU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
...(...(((((((((.((((.(((.(.(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))...).))))).....)).)))).)))))........)..
|
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................(((.((((.(.(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))...).)))))))........................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))....)))).))).))))))...)))))))))))).... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................. |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................................(((....)))...................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((.((((....((((...((((.....(((((((((((....)))))))))))..)))).....))))......))))....))))))))......... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((.(((((((((((((.(((((.....(((((((((((....)))))))))))..)))))...)))))).)).)))))....))))))))......... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))....)))).)).))))))...))))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((((((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))....)))).))).)))))...))))))))......... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))....)))))...))))))...))))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((.(((((((..(..(((.....(((....))).....)))).))))))..).)))).)).))))))...))))))))))))).... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((.(((.....)))..((((((...[[[[[[....(((....)))....[[[[..))))))....]]]].....]]]]]]..))))))))))))).... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))..))))....)))))).)).))))))...))))))))......... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(....((((((((.(((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))..))))....)))))).)).)))))....))))))))....).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((....(((.[[[.....)))..]]]...(((....)))(((.[[[[.....)))....]]]]....))))))...))))))))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((..((((((..(((..((....(((....))).))...))).))))))....)))).)).))))))...))))))))))))).... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((..((((((..(((..((....(((....))).))...))).))))))....)))).)).))))))...))))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))....)))).)).))))))...))))))))))))).... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((.(((..((((...)))))))...((((((((((.((((((((..)))))))))))))).))))))))))))).)))))))))))).... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.....((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).)).))))))...)))))).....)).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(..(((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))))).)).))))))...)))))))))......). |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((..((((((....(..(.....(((....)))..)...)...))))))....)))).))).)))))...))))))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((...(((..((((...))))))).......(((((...(((..........)))..))))).....))))))...))))))))))))).... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((..((((((..(((..((....(((....))).))...))).))))))....)))).))).)))))...))))))))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((((((((((((((((((.((((.....((((..(.(((....)))..).))))..)))))...)))))).)).))))))...))))))))......... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((..((.......))...)))((.....((((....(((....)))....))))..)).......................................... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((..((.......))...)))((.....((((....(((....)))....))))..)).......................................... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................. |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................(......(((.....(((....))).....)))...).......................................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((..((....)).(((.....)))((((....(((....))).(((((((.(((.....))))))).))).)))))))).)))))))))))).... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((..((((((..(((..((....(((....))).))...))).))))))....)))).))).)))))...))))))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((.((((((..((((((.............(((....)))..........))))))....)))).))..)))))...))))))))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((..((((..((((...)))).......................((((....))))...))))....)))))))...)))))))))))).... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((.................................(((....))).....................................))))))))......... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((.((((....((((...((((.....((((....(((....)))....))))..)))).....))))......))))....))))))))......... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((.(((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))..))))....)))))).)).)))))....))))))))......... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((..((((((..(((..((....(((....))).))...))).))))))....)))).)).))))))...))))))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((..((((((..(((..((....(((....))).))...))).))))))....)))).)).))))))...))))))))))))).... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((..((((((..(((..((....(((....))).))...))).))))))....)))).))).)))))...))))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((.((((((.(....(((.((..((((..))))..)).))).).))))))...)))).)).)))..)))).)))))))))))).... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((((((((((((((((.(..((((.....(((.....(((....))).....)))..))))....).)))).))).)))))...))))))).......... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((((.(((((..((((.(.(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))...).))))....)))))....)))))).)......... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((.((((((..((((((..(((..(.....(((....)))..)...))).))))))....)))).))..)))))...))))))))))))).... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))....)))).)).))))))...))))))))))))).... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))....)))).)).))))))...))))))))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((..((((((..(((..((....(((....))).))...))).))))))....)))).)).))))))...))))))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.((((((((......((((.((........)))))).....((((....((((....)))).))))...)).))))))....)))))))))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((...((((.......(((.....))).......................((((....))))...[[[.))))..]]]....))))))))))))).... |