RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00135

RNA: SRP_00135
Rfam family: -

			GGACGCCGAAGCAGCCGCGGCCUCUGGCUUGGACCCCGUGGCGUCGCCGGCCUCCGCGGAGGCAGGGGCCGGCCCGCCUUCAACUCAGCCGGACAGCCGGAGGCCGGAGACGGAGCACGGUCAGGCGGGCGGGGUGCAGUGCCAGCCCCAGCCGCAGAGCGGCUUCCUUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((.((((......(.((((...((((.(((.((((((.((((..(((((((((.((....)).))))))))).)))).......(.(((.....((((....(((....)))....))))..))).).)))))).)))..))))......)))).)..)))).)))...
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((....(((((.((((((((..((((((((.(((((((((((..(((((((((.((....)).))))))))).)))).........(((.....((((....(((....)))....))))..)))..))))))).))).))))).....))))).).)).))))).)))
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((..((((..((.(((.(((((((((((((((.....(((((...(((((((((.((....)).)))))))))..)))....))....)))...))))))))))))..(((........))).))).((((((((.........))))).)))))....))))..))...
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.........((((((....((((((((((...(((((.((((.((((((((((.((((((..(((....)))))))))......((......)))))))))))).))))...))))))))))).((((((((.........))))).))).)))))))))))))...
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................(((((....(((((.((((.((((((((((.((((((..(((....)))))))))................)))))))))).))))...))))).)))))...((((((.........))))).)...................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.((((........(((((.....(((..((((......((((.(((((((((.........((.((((((..............))))).)..))))))))))).))))......)))).)))((((.((........)).))))..)))))....)))).))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.........((((((....((((((((((...(((((.((((.((((((((((.((((((..((((()))))))))))......((......)))))))))))).))))...))))))))))).((((((((.........))))).))).)))))))))))))...
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((......(((((((..(((.....)))..)))))))...(((((((((...[[[[[[.)))))))))..]]]]]]..(((..((((....)))).[[[[[)))........]]]]].))))...(((((.........)))))((((((...))))))......
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((..((....))..)).(((((((((((((((.......((((..(((((((((.((....)).))))))))).))))..........)))...)))))))))))).....(((((.((.((..((((..(((((((...))..)))))..)))).)).)))))))....
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.((((......(.(((((..((((((((.(((((((((((..(((((((((.((....)).))))))))).)))).........(((.....((((....(((....)))....))))..)))..))))))).))).))))).....))))).)..)))).)))...
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.((((........((((((([[[[[[[[.[[[[[[[((((..(((((((((.((....)).))))))))).))))...................[[.)).(((....)))....]].........]]]]]]].]]].]]]]].....)))))....)))).)))...
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((..((....))..)).(((((((((((((((.......((((..(((((((((.((....)).))))))))).))))..........)))...)))))))))))).....(((((.((.((..((((..(((((((...))..)))))..)))).)).)))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.((((......(((((((((((((((....((((.((((...))))((((((..)))))).))))((([[[[[[[[..........)))..))))))))))))....)))....)))).]]]]]]]](((((.........)))))((((((...)))))))))...
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.((((........(((((..((((((((.(((((((((((..(((((((((.((....)).))))))))).)))).........(((.....((((....(((....)))....))))..)))..))))))).))).))))).....)))))....)))).)))...
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................(((((((((((((((.......((((..(((((((((...[[[....))))))))).))))]]].......)))...)))))))))))).(((.(((((.((.....((((.((((((.........))))).)))))....))))))).)))
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(((((....(((((..(((((....(((((((((((..(((((((((..........))))))))).))))..........((((....)))).(((((...........)))))......))))))).....))))).....)))))......)))))....
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.((((......(.(((((..((((((((.(((((((((((..(((((((((.((....)).))))))))).)))).........(((.....((((....(((....)))....))))..)))..))))))).))).))))).....))))).)..)))).)))...
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((..((((.........))))..((((((((.(((((((((((..(((((((((.((....)).))))))))).)))).........(((.....((((....(((....)))....))))..)))..))))))).))).)))))..)).(((((...))))).......
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.((((......(.(((((..((((((((.(((((((((((..(((((((((.((....)).))))))))).)))).........(((.....((((....(((....)))....))))..)))..))))))).))).))))).....))))).)..)))).)))...
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((..((((.............((((..((((.(((..(((((((((((((((((((.((((((..((((..))))))))))........(..)....))))))))))))))))..))))))))))(((.((((((((...).)).)))).)))).))))))))..))...
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.((((......(.(((((..((((((((.(((((((((((..(((((((((.((....)).))))))))).)))).........(((.....((((....(((....)))....))))..)))..))))))).))).))))).....))))).)..)))).)))...
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.((((........(((((..((((((((.(((((((((((..(((((((((.((....)).))))))))).)))).........(((.....((((....(((....)))....))))..)))..))))))).))).))))).....)))))....)))).)))...
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((.........))))....(((((((..............)))(((((....)))))...)))).(((((((..........((((....)))).(((((...........))))).)))))))(((((.........))))).((((.....)))).......
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((....[[[[.)))).(((]]]].)))......((.....)).(((((....))))).(((((..(((((((..........((((....)))).(((((...........))))).)))))))..(((.....))).))))).((((.....)))).......

---