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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00141



RNA: SRP_00141
Rfam family: Bacteria_small_SRP

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Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((((((((((.((((((.(((((((((((((...(.(((....(((....)))....))).))))))))..)))))))...)))))....)))))))))))))))...
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((((((((((((((((..((....(((....(((....)))....))).))..))))..)))))).)).)))))....)))))))))))))...))
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........((..((.(((((((((((...(((((((....(((....(((....)))....))).))))))).....)))).)).)))))....))..))............
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((((((((((((((((((((....(((....(((....)))....))).))))))))..)))))).))).))))....)))))))))))))))...
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................(((....))).......................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).)).)))))....))))).............
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................(((((((((((....)))))))))))...............................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((((((((((((((((((.......))))))(((....)))..................)))))).)).)))))....)))))))))))))))...
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((((((((((((((((((((.((((((((....(((....(((....)))....))).))))))))...))))).)).))))).)..))))))))..........
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.((((((.(((((((((((((.....(((....(((....)))....)))..)))))))..)))))))...)))))....)))))))))))))))...
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((((((((((((.....)))))))(((....)))..................)))))).)).))))).)..)))))))))))))))...
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((........((((((..(((((..[[[[[[....(((....)))...)))))..........))))))..]]]]]].....)))))))))))))))...
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((((....((((((.((((....(((.....((((....(((....)))....))))..)))......))))..)).)))).......)))))...........
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............(............(...((((.......(((....(((....)))....)))....)))).....).................)................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((((..((((((((((....(((.(((....(((....)))....)))..)))))))..))))))....)))))....)))))))))))))))...
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((((((((((((((....(((....(((....)))....))).))))))))..)))))).)).)))).))..)))))))))))))))...
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((((((((((((((((..((....(((....(((....)))....))).))..))))..)))))).)).)))))....)))))))))))))))...
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.((((((((((((((((((((.....(((....(((....)))....)))..)))))))..)))))).)).)))))....)))))))))))))))...
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((.(((((((((((((.(((((((((((..)))))..))))))))))))))))(((((((....)))))))))))))))))))))))))))))...
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).))).))))...)))))))))..........
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((.(.(((((((((((((((...(((((((...((((....(((....)))....))))))))))).....)))).)).))))).)..))).).))..........
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((..((((((((.((.(((.............((((....(((....)))....))))............)))..))..)))).).)))..)))...........
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((((((((((.(.....(((....(((....)))....)))..).)))))..)))))).)).))))).)..)))))))))))))))...
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((((..((((((((((((((..((((......)))).............))))))))..))))))....)))))....)))))))))))))))...
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................((((((((((((((((((....((.(((.....((....)).....)))..)))))))..)))))).)).)))))......................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................(((.....(((....))).....)))...............................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................(((....(((....)))....)))................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...)))))).)).)))).......................
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................((((....(((....)))....))))...............................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...)))))).)).)))).......................
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................((((....(((....)))....))))...............................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................(((.....(((....))).....)))...............................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((((((((((((((((..((....(((....(((....)))....))).))..))))..)))))).))).))))....)))))))))))))))...
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((((((((((((((....(((....(((....)))....))).))))))))..)))))).)).))))).)..)))))))))))))))...
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((((..((((((((((((((..((((......)))).............))))))))..))))))....)))))....)))))))))))))))...
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........((((.................................(((....))).....................................))))..............
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................(((.....(((.....(((....))).....)))..)))..........................................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................((((....(((....)))....))))...............................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((((((((((((((((..((....(((....(((....)))....))).))..))))..)))))).)).)))))....)))))))))))))))...
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((((((((((..((....(((....(((....)))....))).))..))))..)))))).)).)))).))..)))))))))))))))...
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((((((((((((((((..((....(((....(((....)))....))).))..))))..)))))).))).))))....)))))))))))))))...
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((((((((((((((....(((((((((((..))))))))))).)))))))))..))))).)).))))).))..))))))))))))))...
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (.............................((((((.....(((....(((....)))....))).............................))))).....).)......
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........((((.(.(((((..(((((..((((.......(((....(((....)))....)))....))))....)))))....)))))...).).)))............
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((((((((((..((....(((....(((....)))....))).))..))))..)))))).)).))))).)..)))))))))))))))...
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((((((((((((.....(((....(((....)))....)))..)))))))..)))))).)).))))).)..)))))))))))))))...
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((((((((((((((((..((....(((....(((....)))....))).))..))))..)))))).)).)))))....)))))))))))))))...
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((((((...(((.......))).(((......))).......((((...............)))).)).)))))....)))))))))))))))...
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((..[[[))).............(((((.((((.....{{{{))))..}}}}.]]]..((((...............)))).)))))....((((((.....))))))....