|
|
|
GGAAACCUUCUCGGUCUCUCGCAACGGUGUCUGGUUUACUCGGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCCAAAGUCGGAAUUACUGUGUGCCGAGAAGAAGCUGGGAAGGUUUCCGCC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.((((((.(((((((((((((...(.(((....(((....)))....))).))))))))..)))))))...)))))....)))))))))))))))...
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.(((((((((((((((((..((....(((....(((....)))....))).))..))))..)))))).)).)))))....)))))))))))))...)) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((..((.(((((((((((...(((((((....(((....(((....)))....))).))))))).....)))).)).)))))....))..))............ |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.(((((((((((((((((((((....(((....(((....)))....))).))))))))..)))))).))).))))....)))))))))))))))... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................(((....)))....................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).)).)))))....)))))............. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................(((((((((((....)))))))))))............................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.(((((((((((((((((((.......))))))(((....)))..................)))))).)).)))))....)))))))))))))))... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((((((((((((((((.((((((((....(((....(((....)))....))).))))))))...))))).)).))))).)..)))))))).......... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.((((((.(((((((((((((.....(((....(((....)))....)))..)))))))..)))))))...)))))....)))))))))))))))... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((((((((((.....)))))))(((....)))..................)))))).)).))))).)..)))))))))))))))... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((........((((((..(((((..[[[[[[....(((....)))...)))))..........))))))..]]]]]].....)))))))))))))))... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((....((((((.((((....(((.....((((....(((....)))....))))..)))......))))..)).)))).......)))))........... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(............(...((((.......(((....(((....)))....)))....)))).....).................)................ |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.(((((..((((((((((....(((.(((....(((....)))....)))..)))))))..))))))....)))))....)))))))))))))))... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((((((((((((((....(((....(((....)))....))).))))))))..)))))).)).)))).))..)))))))))))))))... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.(((((((((((((((((..((....(((....(((....)))....))).))..))))..)))))).)).)))))....)))))))))))))))... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.((((((((((((((((((((.....(((....(((....)))....)))..)))))))..)))))).)).)))))....)))))))))))))))... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((.(((((((((((((.(((((((((((..)))))..))))))))))))))))(((((((....)))))))))))))))))))))))))))))... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).))).))))...))))))))).......... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((.(.(((((((((((((((...(((((((...((((....(((....)))....))))))))))).....)))).)).))))).)..))).).)).......... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((..((((((((.((.(((.............((((....(((....)))....))))............)))..))..)))).).)))..)))........... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((((((((.(.....(((....(((....)))....)))..).)))))..)))))).)).))))).)..)))))))))))))))... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.(((((..((((((((((((((..((((......)))).............))))))))..))))))....)))))....)))))))))))))))... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................((((((((((((((((((....((.(((.....((....)).....)))..)))))))..)))))).)).)))))...................... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................(((.....(((....))).....)))............................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................(((....(((....)))....)))................................................ |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...)))))).)).))))....................... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................((((....(((....)))....))))............................................... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...)))))).)).))))....................... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................((((....(((....)))....))))............................................... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................(((.....(((....))).....)))............................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.(((((((((((((((((..((....(((....(((....)))....))).))..))))..)))))).))).))))....)))))))))))))))... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((((((((((((((....(((....(((....)))....))).))))))))..)))))).)).))))).)..)))))))))))))))... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.(((((..((((((((((((((..((((......)))).............))))))))..))))))....)))))....)))))))))))))))... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((.................................(((....))).....................................)))).............. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................(((.....(((.....(((....))).....)))..))).......................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................((((....(((....)))....))))............................................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.(((((((((((((((((..((....(((....(((....)))....))).))..))))..)))))).)).)))))....)))))))))))))))... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((((((((((..((....(((....(((....)))....))).))..))))..)))))).)).)))).))..)))))))))))))))... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.(((((((((((((((((..((....(((....(((....)))....))).))..))))..)))))).))).))))....)))))))))))))))... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((((((((((((((....(((((((((((..))))))))))).)))))))))..))))).)).))))).))..))))))))))))))... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.............................((((((.....(((....(((....)))....))).............................))))).....).)...... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((.(.(((((..(((((..((((.......(((....(((....)))....)))....))))....)))))....)))))...).).)))............ |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((((((((((..((....(((....(((....)))....))).))..))))..)))))).)).))))).)..)))))))))))))))... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((((((((((.....(((....(((....)))....)))..)))))))..)))))).)).))))).)..)))))))))))))))... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.(((((((((((((((((..((....(((....(((....)))....))).))..))))..)))))).)).)))))....)))))))))))))))... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.(((((((...(((.......))).(((......))).......((((...............)))).)).)))))....)))))))))))))))... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((..[[[))).............(((((.((((.....{{{{))))..}}}}.]]]..((((...............)))).)))))....((((((.....)))))).... |