|
|
|
GGACUAGGCCGGGCGGUUUGGCUCCGCCCGACACCCGUGAGACAGUCAUCAGCGGGGGCCGAACACCGGGCGCGUCCGACCGCCGCGGUCGGCCCCGGAAGCCAACGUGGAAGCCUCGUCCGUCGGGGACGGCGGUCCGCGGCGUGCGCCCGCAGGGGCGUUCCGUCGUGGUUCGACGGUGGCAACCCGCCAGGCACGGAAGUGAGCAGCGGACCACCGAACGCCCGUCGCUCGACGGGUCGCGGGGUGGAGAAGGCGACCGGGACUACCCGGCCGGGAACGCCGGGCUACCCCGACUGUCCAC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((..((((((((((.......))))))....(((((.............)))))))))......((((...(((((.(...(.(((((((.(((((..(((..(.(....(((((((((((((.(.(((((((.(((((..(.((((((....)))))).)..).))))..)..((((((....((((....(((....)))....)))).))))))..)).)))))...))))))...))))))).).)..)))..))))).....))))))).)...).)))))...))))...))))..
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((....((.(((((((.......)))))))....))....(((((((......(((((((((...(((((((.(.....))))).))))))))..(((..(((.........((((((((((((((((((((((..((((((((.((((((....))))))..)))))))).....((((((....((((....(((....)))....)))).))))))..)).))))).))))))))...)))))))......)))..)))......((((((.(....)))))))...)))))))))))).) |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((((((.......))))))....((((...............))))))))...........(((.........)))...............................((((.....)))).((((.((((((((.((((((....))))))..)))))))).))).).(((.....((((....(((....)))....))))..)))...........................................((((....(((((.((....)))))))....))))......... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..((((((((((.......))))))....(((((((........))).))))))))......((((.....(((((((...))))))).(((((..(((.........(((((((((((((((..((((((.(((((((..((((((....))))))...))))))).....((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).....)))))))))))))))...))))))......)))..)))))....((((((.......))))))....))))...)))).. |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((...((((((((((.......))))))....((((...............)))))))).....(((((...(((.(((...(((((((((.((((((((((.........(((((..((((((((((((.....(((((.(((((((((....)))))).))).)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).....)))).)))))))).....)))))......)))))))))).....)))))))))...))).)))...)))))...))).. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((.......)))))))......(((.(((((((.......((((((((...(((((((........)))).)))))))))))((..(((.........(((((((((((((((((((((((.((((((((.((((((....))))))..)))))))).))).((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).....))))).)))))))))...))))))......)))..)).......((((((.......)))))).......)))))))))) |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((.......))))))....(((((.............)))))...........(((...(((((.(......(.(.((.(((((..(((..(......((((((((((((((((((((....((((((((.((((((....))))))..)))))))).....((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).....))))).)))))))))...))))))...)..)))..)))))....)).).).......).)))))...))).......... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..((((((((((.......))))))....(((((..((......)).)))))))))......((((...(((((.(...(.(((((((.(((((..(((..(.(....(((((((((((((.(.(((((...((((((((.((((((....))))))..)))))))).....((((((....((((....(((....)))....)))).))))))...).)))))...))))))...))))))).).)..)))..))))).....))))))).)...).)))))...))))...)))).. |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((((((.......))))))).)..).(((.(((((((.......((((((((...(((((((........)))).)))))))))))((..(((..(......(((((((((((((((((((((((.((((((((.((((((....))))))..)))))))).))).((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).....))))).)))))))))...))))))...)..)))..))(((....((((((.......))))))....))))))))))))) |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((...(((((((((.......))))))....((((...............)))))))....................(..((.(((((((.(((((.((((..(......((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))).))))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))).)))).))))))))...)))))))...)..)))).))))).....)))))))))...)................)))).. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..((((((((((.......)))))))...[[[[[......)))....]]]]].........(((((.(((.[[[[[)))....]]]]].)))))..(((.........(((((((((((((((((((((((.((((((((.((((((....))))))..)))))))).))).((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).....))))).))))))))...)))))))......)))..(((......[[[[[[)))....]]]]]]...........)))).. |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((((((.......)))))))...)).(((.(((((((......(((((((((...(((((((.((...)))))).))))))))(((((..(((.........(((((((((((((((((((((((.((((((((.((((((....))))))..)))))))).))).((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).....))))).))))))))...)))))))......)))..)))))....((((((.(....)))))))...)))))))))))))) |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((.......)))))))......(((.(((((((.......((((((((...(((((((........)))).)))))))))))......................((((((((((((((((..((((((((.((((((....))))))..)))))))).....((((((....((((....(((....)))....)))).))))))..)).))))).)))))))))....(((((((....((((.((((.....[[[..))))...))))]]]))))))))))))))))) |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..((((((((((.......))))))....((((...............))))))))....((((((((.(((((((.(..((((((((.((((.((((((.((....((((((((((((((((((((((((..((((.(((((((((....))))))).)).)))).....(((((((...(((((....(((....)))....)))))))))))))))).)))).))))))))...)))))))).)).)))).))))))....)).)))))).)..)))))))).))))))).)))).. |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((((((.......)))))))...)).(((.(((((((.......((((((((...(((((((.((...)))))).))))))))))).(...((.....))...)(.(((((.....)))))..)..((((((((.((((((....))))))..)))))))).....((((((....((((....(((....)))....)))).))))))..((((((((....)))))).)).(((((((....(((..(((((....)))))........)))...))))))))))))))))) |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.....(((((((.......)))))))..((((((............((((((((((((....[[[[[[[[......[[[[[[[[))))))))........(((.........)))((((((....)))))).]]]]]]]]]]]]]]]]...((((((((....((((((((..(((((....)))))...(((....))).....)))))))).))))))))..))))..))))))..((((((((....((((.(((((....))))).......))))...))))))))...)))).. |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..((((((((((.......))))))....((((.........(....))))))))).....((((((..(((((((...(((((((((.(((((((((((((......(((((((((((((((((((.((..(((((.(((((((((....)))))).))).)))))....((((((.....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..)))).))))))))...)))))))...))))))))))))).....)))))))))...)))))))..))))))..)))).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..((((((((((.......))))))....((((.........(....))))))))).....((((((..(((((((...(((((((((.(((((((((((((......(((((((((((((((((((.((..(((((..((((((((....)))))).))..)))))....((((((.....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..)))).))))))))...)))))))...))))))))))))).....)))))))))...)))))))..))))))..)))).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..((((((((((.......))))))....(((((((........))).))))))))........[[[[.))))...]]]]((((((((.(((((..(((.........((((((((((((((((((((((..((((((((.((((((....))))))..)))))))).....((((((....((((....(((....)))....)))).))))))..)))).))).))))))))...)))))))......)))..)))))....(((((.((....))))))).....)))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((.......)))))))......(((.(((((((.......((((((((...(((((((.((...)))))).))))))))))).....(((...)))..............(((.........((((((((.((((((....))))))..)))))))).....((((((....((((....(((....)))....)))).))))))..[[[[[[[[.)))]]]]]].]].(((((((....((((.(((((....))))).......))))...))))))))))))))))) |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.....(((((((.......)))))))..((((((.............(((((.........(((((.....(((((((...))))))).)))))..((((.((((((........((((((....))))))))))))....((((((....)))))).((((((.....))))))))))..)))))............(((((.((((............)))).)))))))))))..((((((((....((((.(((((....))))).......))))...))))))))...)))).. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((....(((((((((.......))))))....((((...............))))))).......((((.......((....((((((.((.((((((.............(((((....(((((.(((..((..(((((..((((((((....)))))).))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))...))).).))))(.....))))))..........)))))).....)).))))))....)).......))))....))).. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((..((((..((((((((((((..(((...(....)...)))....)).)))))))))).((.((((..((((...((((.(((.((.(((((..(((..(......((((((((((((((((((((((..((((((((.((((((....))))))..)))))))).....((((((....((((....(((....)))....)))).))))))..)).))))).))))))))...)))))))...)..)))..))))).)))))))))))))..)))).))....)))).)))))).. |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((((((.......)))))))...(((((..((......)).((.((((((((...(((((((.((...)))))).)))))))))))....))..))).))..))))((((((.((((..(((.(((((((.((..((((((....)))))).((((((.....))))))((((.....))))..(((....))).)).))))))).)))....)))).))...)))))))).((((((((....((((.(((((....))))).......))))...))))))))......... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.....(.(((((((.......))))))).)..))(((.(((((((....(((((((((((...(((((((.(.....))))).)))))))))))((...((.....))...))...((((((((((((((((..((((((((.((((((....))))))..))))))))..)).((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).....))))).))))))))).)))(((((((....((((.(((((....))))).)(....))))...))))))))))))))))) |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((.((((((((((..)).)))))))...(((((((........))).))))((((((..(.(((((..)))).).)..).)))))(((.((..))))).(((((((((((((((.(.......)(((.(((((((((((((((..))))(((..((((((((((...))))))).)))..)))..((((..(..)))))))))))))))).)))...((((((((..)))))))).)))))))))))))))....((((((..(((((((...))..)))))..))))))))))))).. |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................(.(.(((..(.......)..)))...(........)....).)...........(.(....((..((....(.........((((((((...(((((((.(((..(((..(((.((((((....))))))..)))..))).....(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..)).).))).))))..)....)))))))......).............)).))..........).).................. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((......((((((.......)))))).........................(((((((....(((((((.(.....))))).))).)))))))....(((..(......(((((((((((((((((((.((..((((((((.((((((....))))))..)))))))).....((((((....((((....(((....)))....)))).))))))..))..)))).))))))))...)))))))...)..)))...........(((((..(....).)))))...........)))).. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((.......)))))))......(((.(((((((......(((((((((...(((((((.(.....))))).))))))))(((((..(((.........((((((((((((((((((((((..((((((((.((((((....))))))..)))))))).....((((((....((((....(((....)))....)))).))))))..)).))))).))))))))...)))))))......)))..)))))....((((((.(....)))))))...)))))))))))))) |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..((((((((((.......)))))))...(((((((........)).))))).))).....(((((.....((((((.....)))))).)))))..........(((.......))).(((....))).(((((((..(((((((((....))))...((((((.....)))))).(((.....)))..)))))..........))))))).......(((((((....)))))))..((((((((.........(((((....)))))((((.....)))).))))))))...)))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..(((.((((((..ccccc))))))....(((((((...CCCCC)).))))).))).....(((((<<<<<((((((..bbb)))))).)))))......BBB>>....aaa.))))((((AAA.)))).....>>>.(((((((((....)))))).((((((.....)))))).......dddd.....))).....((((.DDDD.(((((......[[[[[))))]]]]].{{{{..))))).....}}}}.((((....(((((.((....)))))))....))))......... |