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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00142



RNA: SRP_00142
Rfam family: Archaea_SRP

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RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.....(((((((.......)))))))..((((((.............(((((.........(((((.....(((((((...))))))).)))))..((((.((((((........((((((....))))))))))))....((((((....)))))).((((((.....))))))))))..)))))............(((((.((((............)))).)))))))))))..((((((((....((((.(((((....))))).......))))...))))))))...))))..
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Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((......((((((.......)))))).........................(((((((....(((((((.(.....))))).))).)))))))....(((..(......(((((((((((((((((((.((..((((((((.((((((....))))))..)))))))).....((((((....((((....(((....)))....)))).))))))..))..)))).))))))))...)))))))...)..)))...........(((((..(....).)))))...........))))..
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Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((..((((((((((.......)))))))...(((((((........)).))))).))).....(((((.....((((((.....)))))).)))))..........(((.......))).(((....))).(((((((..(((((((((....))))...((((((.....)))))).(((.....)))..)))))..........))))))).......(((((((....)))))))..((((((((.........(((((....)))))((((.....)))).))))))))...))))..
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((..(((.((((((..ccccc))))))....(((((((...CCCCC)).))))).))).....(((((<<<<<((((((..bbb)))))).)))))......BBB>>....aaa.))))((((AAA.)))).....>>>.(((((((((....)))))).((((((.....)))))).......dddd.....))).....((((.DDDD.(((((......[[[[[))))]]]]].{{{{..))))).....}}}}.((((....(((((.((....)))))))....)))).........