RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00143

RNA: SRP_00143
Rfam family: Archaea_SRP

			GAUGGACUAGGUCGGGGGGCUAGGCCCCCCUCCUUGCCCGCACUGUGGUCUUGAGCGGGGACCGAACACCGGGGGCGUCCGGUCUGACGGACGUGGACCCCGUGAGCUAACGUGGAAGCCUCGUCCCACGGGGACGGCGGUCCGCGUGGUCGCACCUGCAGGGGUGCGCCCACGUGGUUAAACGAUGGCACUCCGCCAGGCACGGAAGUGAGCAGCGGACCAUCGAACACCCGUCGCUCGUGGGGUCGCGGGGUGGAGGAGGCAAACGGGAUUACCCGCGUCCGAACGCCGGGCCAUCCUGGCUGUCCGUUCCAUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((..((((((((((.......))))))....(((((.............))))))))).....((((((..(((((((.(...((...((((.(((((..(((..(.(....(((((((((((((.(.((((.((.((((((((.(((((((....))))))).)))))))).)...((((((...(((((....(((....)))....)))))))))))..).).))))...))))))...))))))).).)..)))..))))).)...)))..))...).)))))))..))))))..))))))).....
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...((..(((((((...))))))).((((.((((.....(((((((.....))))))).....))))..((((((......))))))...(((((((((....(((.((...)).)))(((((((((((((..((((((((((.(((((((....))))))).)))))))).....((((((...(((((....(((....)))....))))))))))).))..))))).)))))))).))))))))).))))..(((..((((((..(((((((....))).))))..))))))..)))))..))))))
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............((((((.......)))))).........................................................................................(((((.....)))))......(((((((.(((((((....))))))).)))))))........(((.....((((....(((....)))....))))..))).............................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((((((((((...)))))))......(((((.............))))))))).....((((((..(((((((....(((((((((..(((((..(((.........(((((((((((((((..((((((.((((((((.(((((((....))))))).)))))))).....((((((...(((((....(((....)))....))))))))))).....)))))))))))))))...))))))......)))..))))).....)))))))))...)))))))..))))))..))))))).....
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...((((((((((.......))))))....((((...............))))))))....((((((...(((.(((....((((((((((.((((((((((..(......(((((..((((((((((((.....(((((.((((((((((....)))))))))).)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).....)))).)))))))).....)))))...)..))))))))))....))))))))))...))).)))...))))).).....).)))))
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.(((..(((((((...))))))).))).)(((((.(.........).)))))....(.(((((((((..(((((((....(((((((((..(((((..(((..(......((((((((((((((((((((....((((((((.(((((((....))))))).)))))))).....((((((...(((((....(((....)))....))))))))))).....))))).))))))))...)))))))...)..)))..))))).....)))))))))...)))))))..)))))).))).)..))))).
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............((((((.......))))))....((((...............))))............((...(((((((....(((((((((..(((((..(((..(......((((((((((((((((((((....((((((((.(((((((....))))))).)))))))).....((((((...(((((....(((....)))....))))))))))).....))))).))))))))...)))))))...)..)))..))))).....)))))))))...)))))))...)).................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((((((((((...)))))))......(((((.(.........).))))))))).....((((((..((((((.....((((((((((.(((((..(((..(......(((((((((((((.(.((((..((((((((((.(((((((....))))))).)))))))).....((((((...(((((....(((....)))....))))))))))).))..)))))...))))))...)))))))...)..)))..))))).)...)))))))))....))))))..))))))..))))))).....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((..(((((((...))))))).))).)(((((.(.(....)..).)))))...((.(((((((((..(((((((.(..(((((((((..(((((..(((..(......((((((((((((((((((((..(.((((((((.(((((((....))))))).)))))))).....((((((...(((((....(((....)))....)))))))))))....)))))).))))))))...)))))))...)..)))..))))).....))))))))).).)))))))..)))))).))).)).))))))
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((...(((((((((.......))))))....((((...............))))))).......((((...(((((((....(((((((((...(((((((((..(......(((((((((((((((((((.((..(((((.((.(((((((....))))))).)).)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))..)))).))))))))...)))))))...)..)))))))))......)))))))))...)))))))...))))...).....))))).
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((...[[[[(((((((...))))))))))...(((((.............)))))]]]]...(((.(((.(((((((......)))))))...))).))).(((.[[[....)))..]]](((((((((((((....((((((((.(((((((....))))))).)))))))).....((((((...(((((....(((....)))....))))))))))).....))))).))))))))........((((((..((((..((((((..(((((((....))).))))..))))))..))))..)))))).
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...((.((((((((...)))))(((((((.((((.....(((((((.....))))))).....)))).(((((((......)))))))..(((((((((....(((.((...)).)))(((((((((((((..((((((((((.(((((((....))))))).)))))))).....((((((...(((((....(((....)))....))))))))))).))..))))).)))))))).))))))))).)))))))....((((((..(((((((....))).))))..)))))).))).))..))))))
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..(((..(((((((...))))))).)))..(((((.....[[[[....)))))]]]]..(((((((((..(((((((....(((((((((..(((((..(((.........((((((((((((((((((((....((((((((.(((((((....))))))).)))))))).....((((((...(((((....(((....)))....))))))))))).....))))).))))))))...)))))))......)))..))))).....)))))))))...)))))))..)))))).)))....))))))
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((..((((((((((.......))))))....(((((.............))))))))).....(((((((.(((((((.(...(((((((((.((((.((((((.((....((((((((((((((((((((((((..((((.((((((((((....)))))))))).)))).....(((((((...(((((....(((....)))....))))))))))))))).))))).))))))))...)))))))).)).)))).))))))....)))))))))..).)))))))).))))))......))))).).
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((....(..(((((((...))))))).)(((.((((.....(((((((.....))))))).....)))).(((((((......)))))))..(((((((((.....((.((...)).)).(((((((((((((..((((((((((.(((((((....))))))).)))))))).....((((((...(((((....(((....)))....))))))))))).))..))))).)))))))).))))))))).)))..((((..((((((..(((((((....))).))))..))))))..))))...))))).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((((((((((...)))))))......(((((.............)))))))))....((((((....))))))....((((((((((((((((((............[[[[[.(((((((((..((((((.((((((((.(((((((....))))))).)))))))).....((((((...(((((....(((....)))....))))))))))).....))))))))))))))))))))))))....]]]]]............)))))))))...((((((....)))))).))))))).....
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((..((((((((((.......))))))....((((........(.....)))))))))....(((((((..(((((((....((((((((((.(((((((((((((......(((((((((((((((((((.((..(((((.((((((((((....)))))))))).)))))....((((((.....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..)))).))))))))...)))))))...)))))))))))))....))))))))))...)))))))..)))))).)....)).))...
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((..((((((((((.......))))))....((((........(.....)))))))))....(((((((..(((((((....((((((((((.(((((((((((((......(((((((((((((((((((.((..(((((.((((((((((....)))))))))).)))))....((((((.....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..)))).))))))))...)))))))...)))))))))))))....))))))))))...)))))))..)))))).)....)).))...
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((((((((((...)))))))......(((((.............))))))))).....((((((..(((((((....(((((((((..(((((..(((.........((((((((((((((((((((..((((((((((.(((((((....))))))).)))))))).....((((((...(((((....(((....)))....))))))))))).))..))))).))))))))...)))))))......)))..))))).....)))))))))...)))))))..))))))..))))))).....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((......(((((((...)))))))(((((.((((.....(((((((.....))))))).....)))).(((((((......)))))))..(((((((((....(((.........)))(((((((((((((....((((((((.(((((((....))))))).)))))))).....((((((...(((((....(((....)))....))))))))))).....))))).)))))))).))))))))).)))))((((..((((((..(((((((....))).))))..))))))..)))).).))))))
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((......(((((((...)))))))(((((((((((...))))......))))))).......((((((..(((((((....(((((((((..(((((..............((((((((((((((((((((....((((((((.(((((((....))))))).)))))))).....((((((...(((((..................))))))))))).....))))).))))))))))............)))))..))))).....)))))))))...)))))))..))))))..))))))).....
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((....(((((((((.......))))))....((((...............))))))).......((((.......((.....((((((.(((.((((((.............(((((....(((((.(((..((..(((((..(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))...))).).))))(.....))))))..........))))))....))).))))))....)).......))))........).))...
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((((((((((...)))))))......(((((.(.........).))))))))).....((((((..(((((((....(((((((((..(((((..(((..(......((((((((((((((((((((..((((((((((.(((((((....))))))).)))))))).....((((((...(((((....(((....)))....))))))))))).))..))))).))))))))...)))))))...)..)))..))))).....)))))))))...)))))))..))))))..))))))).....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((...))).((((((...))))))((((((.((((.....(((((((.....))))))).....)))).(((((((......)))))))..(((((((((....(((.((...)).)))(((((((((((((..((((((((((.(((((((....))))))).)))))))).....((((((...(((((....(((....)))....))))))))))).))..))))).)))))))).))))))))).)))))).....((((....))))))).((.((((((((....)))))).)).)).......
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((((((((((...)))))))......(((((.(.........).))))))))).....((((((..(((((((....(((((((((..(((((..(((..(......((((((((((((((((((((..((((((((((.(((((((....))))))).)))))))).....((((((...(((((....(((....)))....))))))))))).))..))))).))))))))...)))))))...)..)))..))))).....)))))))))...)))))))..))))))..))))))).....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.(((((((((((...)))))((((((....(.(((.(.(((((.......))))).(((((.(((((((((((.(...))))))))...))))))).))..).))))(((((((((((((((((((((((((.((((((((.((((((......))))))).))))))).....((((((...(((((((((((((..))))))))))))))))))).))).))))).))))))))...)))))))))))))))....(((((..)))))...))))...)))))))))).(((.(......))))..
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................((..(......(.....)....(((.....).))...)...((..((..(....(((..((((.....(..(......(((((((.(((((((((((..(..(((..(((.(((((((....))))))).)))..))).....(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..)..).))).)))))))....))))))).)....).....))))..................))).....)..)).....))))......
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((....(((.(((((((...)))))))......(((((.(.........).))))).)))...((((((((..(((((((.(..(((((((((..(((((..(((..(......((((((((((((((((((((..((((((((((.(((((((....))))))).)))))))).....((((((...(((((....(((....)))....))))))))))).))..))))).))))))))...)))))))...)..)))..))))).....))))))))).).)))))))..)))))).))......)))..
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((((((((((...)))))))......(((((.............))))))))).....((((((..(((((((....(((((((((..(((((..(((.........((((((((((((((((((((..((((((((((.(((((((....))))))).)))))))).....((((((...(((((....(((....)))....))))))))))).))..))))).))))))))...)))))))......)))..))))).....)))))))))...)))))))..))))))..))))))).....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((.(((.(((((.......)))))......(((((.............))))).)))......(((((.((((((......))))))....))))).(((((........)).)))((((.....))))...))))).(((((.(((((((....))))))).)))))..((((.....))))..((((.......))))........((((............))))..((((((....)))))).((((...((.....(((....)))((((....))))..((((.....))))..))..))))..
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((......((((((.....)))))).(((..(((((....aaaa.....))))).AAAA......))).(((((((bbb...))))))).BBB.(((.(((((..[[[[..)).)))((((]]]].))))..))).((((((((.(((((((....))))))).))))..((((...{{{((((ccc..))))........CCC.....{{{)))).}}}....((((.}}}...))))...))))<<<<<<<.........(((....)))((((....))))..((((.....)))))))).>>>>>>>

---