|
|
|
GGACUAGGUCGGGCAGUUAGGCCCUGCUCUUCACCCGCGAAAUAGGUCUUUAGCGGGGACCGAACACGGGCGCGUCCGGUCAGACCGGCGCGGGCCCCGGAAGCCAACGUAGAAACCUCGUCCUUCGGGGACAGCGGUUCCGCGUACCCCUUCCGCAGGGAAGGGUUCGCGCGGUUUAUCGGUGGUACCCCGCCAGGCGCGGAAGCGAGCAGCGGACCAUCGGACGUGCGUCGCUCGAGGGAUCGCGGGGUGGAGGAGGCAACCGGGAUUCCCCACGUCGGAACGCCGGGCAACCUCGCUGUCCAC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((..((((((((((.......))))))....(((((..............))))))))).....((((...(((((((....((((((..((.(((((..(((..(.(....(((((((((((((.(.((.((((..((((..(.(((((((....))))))).)...))))..).(((((((....((((....(((....)))....)))).))))))).)))..)))...))))))...))))))).).)..)))..))))).....)).))))))...)))))))...))))..))))..
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((....(((.(((.......((((((.((.((.(((((.(((......))).)))))))..)).)).))))..(((((((....((((((.(((.(((((..(((..(.(....((((((((((((((((((.(((...((((((..(((((((....)))))))...))))))....((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))).)))..))).))))))))...)))))))..))..)))..)))))....))).))))))...)))))))..))).)))...).) |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((((((.......))))))....((((................))))))))...........((...........))................................((((.....)))).(.((...((((((.(((((((....))))))).).)))))..))..).(((.....((((....(((....)))....))))..)))...................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((((..(((((((((....(((.........)))....))))))).))......(((...(((((((....((((((.(((.(((((..(((.........((((((((((((((((((.(((...((((((..(((((((....)))))))...))))))....((((((((...((((....(((....)))....))))))))))))...)))))).))))))))...)))))))......)))..)))))....))).))))))...)))))))..))).))))))).. |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((...((((((((((.......))))))....((((................))))))))....(((((...(((.(((....((((((((((.((((((((((.........(((((..((((((((((((......(((((((((((((((....)))))))))).)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).....)))).)))))))).....)))))......))))))))))....))))))))))...))).)))...)))))..))).. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((((.((((((((.((....(((((.(((......))).)))))....)).)).))))..(((((((....((((((.(((.(((((..(((..(......((((((((((((((((((.(((...((((((..(((((((....)))))))...))))))....((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))).)..))))).)))))))))...))))))...)..)))..)))))....))).))))))...)))))))...)).))))))).. |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((.......))))))....(((((..............)))))............(...(((((((....((((((.(((.(((((..(((..(......((((((((((((((((((.......((((((..(((((((....)))))))...))))))....(((((((....((((....(((....)))....)))).)))))))......))).))))))))...)))))))...)..)))..)))))....))).))))))...)))))))...)........... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..((((((((((.......))))))....(((((.(((......))).))))))))).....((((...(((((((.....(((((.(((.(((((..(((..(......(((((((((((((.((...(((...(((((((.(((((((....))))))).).))))))....(((((((....((((....(((....)))....)))).))))))).)))...))...))))))...)))))))...)..)))..)))))....))).)))))....)))))))...))))..)))).. |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((((.((((((((.((....(((((.(((......))).)))))....)).)).))))..(((((((..(.((((((.(((.(((((..(((..(......((((((((((((((((((.(((.(.((((((..(((((((....)))))))...))))))....((((((((...((((....(((....)))....))))))))))))))..))))).)))))))))...))))))...)..)))..)))))....))).))))))..))))))))...)).))))))).. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((...(((((((((.......))))))....((((................))))))).....(..(((..(((((((..(.(((((((((..(((((.((((..(......((((((((((((((((((((((...(((((((((((((((....))))))).))))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)).))))).))))))))...)))))))...)..)))).))))).....)))))))))..))))))))..))).)..)))).. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..(((.((((......)))).))).(((.[[[[[)))...........]]]]]..(((........((((.(((((...)))))))))[[[..)))..]]]..........(((..((((((((((((.(((...((((((..(((((((....)))))))...))))))....((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))).)))..))).)))))))))....)))((((..[[[[...[[[[..[[[[))))...]]]]..]]]]....]]]]...)))).. |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((((.((((......)))).)).(((((((((((....((((.(((.(((.((.(((.....((((.((((((((...))))).))).)))))))...))..))).))))))).(((((((((((((.(((...((((((..(((((((....)))))))...))))))....((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))).)))..))).))))))))))))).))))))))((((...((((..((((.......))))..))))....)))).)))))).. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((......[[(({{{.{{{{{{.))......(((((.(((......))).)))))..........}}}}..(((((((....((((((.(((.(((((..(((.........((((((((((((((((((.((....((((((..(((((((....)))))))...))))))....((((((((...((((....(((....)))....))))))))))))....))))).)))))))))...))))))......)))..)))))....))).))))))...)))))))...}}.}}}))]].. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..((((((((((.......))))))....((((................))))))))...((((((((.(((((((.((..(((((((((.((((.((((((.((....((((((((((((((((((((((((...((((((((((((((....)))))))))).)))).....(((((((...(((((....(((....)))....)))))))))))))))).)))).))))))))...)))))))).)).)))).))))))....))))))))).)).))))))))))))))).)))).. |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((...((.((((......)))).)).((((((((((((....((.(((.....))).(((.....((((.((((((((...))))).))).)))))))...))..((.((....))))((((((((((((.((((..((((((..(((((((....)))))))...))))))....((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))).).)))))).))))))))))))))).))))))((((...((((..((((.......))))..))))....))))...)))).. |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.(((((((((((.......)))))).....[[[[[.....)))))..(((((((.(((....)))....(((((((....((((((.(((.(((((..(((.........(((((((((((((((....((((..))))....(((((((....)))))))..((((((.....((((((((...((((....]]]]].........)))))))))))).))))))...)))))))))...))))))......)))..)))))...)))..))))))...)))))))..))))))))))).. |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.ggg.ggg.)))).(((((((((.(((.iiii.)))...ffff(ee))))))).hhhh..(((.ccccccccccc.)EEFF.bbbbbbbbb(aa.aaaaa..))).FF..hhhhhhhhhhhh(<<<<<<<<<((((((((..GGG.{{{{(.[[[[()BBBBBBBBBAAAAA.[[[[[[.[[[[[[[[...))))))))jjj(dd.)}}}}))CCCCCCCCCCC.)JJJ)HHHHHHHH.]]]]]]]]HHHH.......IIII.)]]]]..AAHHHH..]]]]]]DD.GGG>>>>>>>>>.. |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..((((((((((.......))))))....((((.........(.....)))))))))....((((((..(((((((....((((((((((.(((((((((((((......(((((((((((((((((((.((...(((((((((((((((....)))))))))).)))))....((((((.....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..)))).))))))))...)))))))...)))))))))))))....))))))))))...)))))))..)))))).)))).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..((((((((((.......))))))....((((.........(.....)))))))))....((((((..(((((((....((((((((((.(((((((((((((......(((((((((((((((((((.((...(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..)))).))))))))...)))))))...)))))))))))))....))))))))))...)))))))..)))))).)))).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((((.((((((((.((.((.(((((.(((......))).)))))))..)).)).))))..(((((((....((((((.(((.(((((..(((.........((((((((((((((((((.(((...((((((..(((((((....)))))))...))))))....((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))).)))..))).))))))))...)))))))......)))..)))))....))).))))))...)))))))...)).))))))).. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..(((.(((([[[...)))).)))((((((((((((....((.(((.................((((.((((((((...))))).))).))))...)))))..((.((....))))((((((((((((.((....(((((((.(((((((....))))))))..))))))....((((((((...((((....(((....)))....))))))))))))....))))).))))))))))))))).))))))((((...((((..((((.......))))..))))....))))]]])))).. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((......((((......))))..((((((.(((((((.....((((...(((((((((((...((((....))))...(((((.((((((((((((((((...((((...((((..(((((...)))))...))))..))))....)))))).......))))))))))))))).)))))....)))))).)))).......(((((......................))))).....)))))))...))))))....((((..((((.......))))..))))...........)))).. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((....(((((((((.......))))))....((((................)))))))......((((.......((.....((((((.(((.((((((.............(((((....(((((.(((..((...(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))...))).).))))(.....))))))..........))))))....))).))))))....)).......))))...))).. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((((.((((((((.((.((.(((((.(((......))).)))))))..)).)).))))..(((((((....((((((.(((.(((((..(((..(......((((((((((((((((((.(((...((((((..(((((((....)))))))...))))))....((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))).)))..))).))))))))...)))))))...)..)))..)))))....))).))))))...)))))))...)).))))))).. |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.......(((......))).((((((((((((((((....((.((((..(((((.(((....))).((((.((((.....))))))))..)))))))))))...............((((((((((((.(((...((((((..(((((((....)))))))...))))))....((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))).)))..))).))))))))))))).))))))))..))))...(((....)))..))).((..((.((....))..))..))... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((...)))(((((((.((((((((.((.((.(((((.(((......))).)))))))..)).)).))))..(((((((....((((((.(((.(((((..(((..(......((((((((((((((((((.(((...((((((..(((((((....)))))))...))))))....((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))).)))..))).))))))))...)))))))...)..)))..)))))....))).))))))...)))))))...)).))))))).. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((...)))(((((((((((.(.(((((((((((((((((........))))))))((((((((..))))).)))(......).((((((.(((.((..)))))).)))))..(((((((((((((((((((((.((.(((((...(((((((...).))))))....))))).....(((.((..(.(((((((((((..)..))))))))))))).))).))))).))).))))))))).)).))))).)))))).))((((((.((((((..)).))))).)))))..)))))))))))).. |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................((................((((............)...))).....(....(.(.(..(...((....(.........(((((((((.((((((((.(((...((((((..(((((((....)))))))...))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)))..))).)))))))....)))))))......)..............))..).............)..).)...))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((((.((((((((.((....(((((..............)))))....)).)).))))..(((((((....((((((.(((.(((((..(((..(......((((((((((((((((((.(((...((((((..(((((((....)))))))...))))))....((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))).)))..))).)))))))))...))))))...)..)))..)))))....))).))))))...)))))))...)).))))))).. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((..((((((((.((.((.(((((.(((......))).)))))))..)).)).))))..(((((((....((((((.(((.(((((..(((.........((((((((((((((((((.(((...((((((..(((((((....)))))))...))))))....((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))).)))..))).))))))))...)))))))......)))..)))))....))).))))))...)))))))...))..)))))).. |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..(((.((((......)))).........(((((..............))))).))).....(((((((((.(((.....))))))))...))))...((((.........(((((.....)))))....((((.((((((((((..((.....))..))))..))))))...)))).))))...((((.....))))..(((((..((((....(((..((.....))..)))....))))...((((.((((..........)))))))).((((....)))).....))))).)))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((........((((..[[[[[))))......(((((......]]]]]...)))))(((((........<<<<..)))))...((((>>>>....))))............(((((..((((.....)))).((((....{{{.{{{{...))))......}}}}.}}}..)))))...(((((....)))))..(((((....aaa........aaaaa...)))))..(((AAA.......))).AAAAA..((((...((((..((((.......))))..))))....))))...)))).. |