|
|
|
GGACUAGGUCGGGCAGUUAGGCCCUGCUCUUCACCCGCGAAAUAGGUCUUUAGCGGGGACCGAACACGGGCGCGUCCGGUCAGACCGGCGCGGGCCCCGGAAGCCAACGUAGAAACCUCGUCCUUCGGGGACAGCGGUUCCGCGUACCCCUUCCGCAGGGAAGGGUUCGCGCGGUUUAUCGGUGGUACCCCGCCAGGCGCGGAAGCGAGCAGCGGACCAUCGGACGUGCGUCGCUCGAGGGAUCGCGGGGUGGAGGAGGCAACCGGGAUUCCCCACGUCGGAACGCCGGGCAACCUCGCUGUCCAC |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((..((((((((((.......))))))....(((((..............))))))))).....((((...(((((((....((((((..((.(((((..(((..(.(....(((((((((((((.(.((.((((..((((..(.(((((((....))))))).)...))))..).(((((((....((((....(((....)))....)))).))))))).)))..)))...))))))...))))))).).)..)))..))))).....)).))))))...)))))))...))))..))))..
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((....(((.(((.......((((((.((.((.(((((.(((......))).)))))))..)).)).))))..(((((((....((((((.(((.(((((..(((..(.(....((((((((((((((((((.(((...((((((..(((((((....)))))))...))))))....((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))).)))..))).))))))))...)))))))..))..)))..)))))....))).))))))...)))))))..))).)))...).) |
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((((((.......))))))....((((................))))))))...........((...........))................................((((.....)))).(.((...((((((.(((((((....))))))).).)))))..))..).(((.....((((....(((....)))....))))..)))...................................................................................... |
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((((..(((((((((....(((.........)))....))))))).))......(((...(((((((....((((((.(((.(((((..(((.........((((((((((((((((((.(((...((((((..(((((((....)))))))...))))))....((((((((...((((....(((....)))....))))))))))))...)))))).))))))))...)))))))......)))..)))))....))).))))))...)))))))..))).))))))).. |
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((...((((((((((.......))))))....((((................))))))))....(((((...(((.(((....((((((((((.((((((((((.........(((((..((((((((((((......(((((((((((((((....)))))))))).)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).....)))).)))))))).....)))))......))))))))))....))))))))))...))).)))...)))))..))).. |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((((.((((((((.((....(((((.(((......))).)))))....)).)).))))..(((((((....((((((.(((.(((((..(((..(......((((((((((((((((((.(((...((((((..(((((((....)))))))...))))))....((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))).)..))))).)))))))))...))))))...)..)))..)))))....))).))))))...)))))))...)).))))))).. |
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((.......))))))....(((((..............)))))............(...(((((((....((((((.(((.(((((..(((..(......((((((((((((((((((.......((((((..(((((((....)))))))...))))))....(((((((....((((....(((....)))....)))).)))))))......))).))))))))...)))))))...)..)))..)))))....))).))))))...)))))))...)........... |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..((((((((((.......))))))....(((((.(((......))).))))))))).....((((...(((((((.....(((((.(((.(((((..(((..(......(((((((((((((.((...(((...(((((((.(((((((....))))))).).))))))....(((((((....((((....(((....)))....)))).))))))).)))...))...))))))...)))))))...)..)))..)))))....))).)))))....)))))))...))))..)))).. |
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((((.((((((((.((....(((((.(((......))).)))))....)).)).))))..(((((((..(.((((((.(((.(((((..(((..(......((((((((((((((((((.(((.(.((((((..(((((((....)))))))...))))))....((((((((...((((....(((....)))....))))))))))))))..))))).)))))))))...))))))...)..)))..)))))....))).))))))..))))))))...)).))))))).. |
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((...(((((((((.......))))))....((((................))))))).....(..(((..(((((((..(.(((((((((..(((((.((((..(......((((((((((((((((((((((...(((((((((((((((....))))))).))))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)).))))).))))))))...)))))))...)..)))).))))).....)))))))))..))))))))..))).)..)))).. |
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..(((.((((......)))).))).(((.[[[[[)))...........]]]]]..(((........((((.(((((...)))))))))[[[..)))..]]]..........(((..((((((((((((.(((...((((((..(((((((....)))))))...))))))....((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))).)))..))).)))))))))....)))((((..[[[[...[[[[..[[[[))))...]]]]..]]]]....]]]]...)))).. |
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((((.((((......)))).)).(((((((((((....((((.(((.(((.((.(((.....((((.((((((((...))))).))).)))))))...))..))).))))))).(((((((((((((.(((...((((((..(((((((....)))))))...))))))....((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))).)))..))).))))))))))))).))))))))((((...((((..((((.......))))..))))....)))).)))))).. |
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((......[[(({{{.{{{{{{.))......(((((.(((......))).)))))..........}}}}..(((((((....((((((.(((.(((((..(((.........((((((((((((((((((.((....((((((..(((((((....)))))))...))))))....((((((((...((((....(((....)))....))))))))))))....))))).)))))))))...))))))......)))..)))))....))).))))))...)))))))...}}.}}}))]].. |
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..((((((((((.......))))))....((((................))))))))...((((((((.(((((((.((..(((((((((.((((.((((((.((....((((((((((((((((((((((((...((((((((((((((....)))))))))).)))).....(((((((...(((((....(((....)))....)))))))))))))))).)))).))))))))...)))))))).)).)))).))))))....))))))))).)).))))))))))))))).)))).. |
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((...((.((((......)))).)).((((((((((((....((.(((.....))).(((.....((((.((((((((...))))).))).)))))))...))..((.((....))))((((((((((((.((((..((((((..(((((((....)))))))...))))))....((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))).).)))))).))))))))))))))).))))))((((...((((..((((.......))))..))))....))))...)))).. |
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.(((((((((((.......)))))).....[[[[[.....)))))..(((((((.(((....)))....(((((((....((((((.(((.(((((..(((.........(((((((((((((((....((((..))))....(((((((....)))))))..((((((.....((((((((...((((....]]]]].........)))))))))))).))))))...)))))))))...))))))......)))..)))))...)))..))))))...)))))))..))))))))))).. |
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.ggg.ggg.)))).(((((((((.(((.iiii.)))...ffff(ee))))))).hhhh..(((.ccccccccccc.)EEFF.bbbbbbbbb(aa.aaaaa..))).FF..hhhhhhhhhhhh(<<<<<<<<<((((((((..GGG.{{{{(.[[[[()BBBBBBBBBAAAAA.[[[[[[.[[[[[[[[...))))))))jjj(dd.)}}}}))CCCCCCCCCCC.)JJJ)HHHHHHHH.]]]]]]]]HHHH.......IIII.)]]]]..AAHHHH..]]]]]]DD.GGG>>>>>>>>>.. |
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..((((((((((.......))))))....((((.........(.....)))))))))....((((((..(((((((....((((((((((.(((((((((((((......(((((((((((((((((((.((...(((((((((((((((....)))))))))).)))))....((((((.....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..)))).))))))))...)))))))...)))))))))))))....))))))))))...)))))))..)))))).)))).. |
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..((((((((((.......))))))....((((.........(.....)))))))))....((((((..(((((((....((((((((((.(((((((((((((......(((((((((((((((((((.((...(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..)))).))))))))...)))))))...)))))))))))))....))))))))))...)))))))..)))))).)))).. |
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((((.((((((((.((.((.(((((.(((......))).)))))))..)).)).))))..(((((((....((((((.(((.(((((..(((.........((((((((((((((((((.(((...((((((..(((((((....)))))))...))))))....((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))).)))..))).))))))))...)))))))......)))..)))))....))).))))))...)))))))...)).))))))).. |
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..(((.(((([[[...)))).)))((((((((((((....((.(((.................((((.((((((((...))))).))).))))...)))))..((.((....))))((((((((((((.((....(((((((.(((((((....))))))))..))))))....((((((((...((((....(((....)))....))))))))))))....))))).))))))))))))))).))))))((((...((((..((((.......))))..))))....))))]]])))).. |
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((......((((......))))..((((((.(((((((.....((((...(((((((((((...((((....))))...(((((.((((((((((((((((...((((...((((..(((((...)))))...))))..))))....)))))).......))))))))))))))).)))))....)))))).)))).......(((((......................))))).....)))))))...))))))....((((..((((.......))))..))))...........)))).. |
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((....(((((((((.......))))))....((((................)))))))......((((.......((.....((((((.(((.((((((.............(((((....(((((.(((..((...(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))...))).).))))(.....))))))..........))))))....))).))))))....)).......))))...))).. |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((((.((((((((.((.((.(((((.(((......))).)))))))..)).)).))))..(((((((....((((((.(((.(((((..(((..(......((((((((((((((((((.(((...((((((..(((((((....)))))))...))))))....((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))).)))..))).))))))))...)))))))...)..)))..)))))....))).))))))...)))))))...)).))))))).. |
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.......(((......))).((((((((((((((((....((.((((..(((((.(((....))).((((.((((.....))))))))..)))))))))))...............((((((((((((.(((...((((((..(((((((....)))))))...))))))....((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))).)))..))).))))))))))))).))))))))..))))...(((....)))..))).((..((.((....))..))..))... |
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((...)))(((((((.((((((((.((.((.(((((.(((......))).)))))))..)).)).))))..(((((((....((((((.(((.(((((..(((..(......((((((((((((((((((.(((...((((((..(((((((....)))))))...))))))....((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))).)))..))).))))))))...)))))))...)..)))..)))))....))).))))))...)))))))...)).))))))).. |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((...)))(((((((((((.(.(((((((((((((((((........))))))))((((((((..))))).)))(......).((((((.(((.((..)))))).)))))..(((((((((((((((((((((.((.(((((...(((((((...).))))))....))))).....(((.((..(.(((((((((((..)..))))))))))))).))).))))).))).))))))))).)).))))).)))))).))((((((.((((((..)).))))).)))))..)))))))))))).. |
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................((................((((............)...))).....(....(.(.(..(...((....(.........(((((((((.((((((((.(((...((((((..(((((((....)))))))...))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)))..))).)))))))....)))))))......)..............))..).............)..).)...))).... |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((((.((((((((.((....(((((..............)))))....)).)).))))..(((((((....((((((.(((.(((((..(((..(......((((((((((((((((((.(((...((((((..(((((((....)))))))...))))))....((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))).)))..))).)))))))))...))))))...)..)))..)))))....))).))))))...)))))))...)).))))))).. |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((..((((((((.((.((.(((((.(((......))).)))))))..)).)).))))..(((((((....((((((.(((.(((((..(((.........((((((((((((((((((.(((...((((((..(((((((....)))))))...))))))....((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))).)))..))).))))))))...)))))))......)))..)))))....))).))))))...)))))))...))..)))))).. |
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..(((.((((......)))).........(((((..............))))).))).....(((((((((.(((.....))))))))...))))...((((.........(((((.....)))))....((((.((((((((((..((.....))..))))..))))))...)))).))))...((((.....))))..(((((..((((....(((..((.....))..)))....))))...((((.((((..........)))))))).((((....)))).....))))).)))).. |
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((........((((..[[[[[))))......(((((......]]]]]...)))))(((((........<<<<..)))))...((((>>>>....))))............(((((..((((.....)))).((((....{{{.{{{{...))))......}}}}.}}}..)))))...(((((....)))))..(((((....aaa........aaaaa...)))))..(((AAA.......))).AAAAA..((((...((((..((((.......))))..))))....))))...)))).. |