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CUCUUAUUUAGACCUAUGCAAUAGGAUUUUAGGGUAACGCUUCAGGGUAGGAAUACAGCAGAGUCCCCUAAUUUCUUGUGUGCCUUAGCCAUCUGAAUAGGAG |
Reference structure (ext) |
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[ sec struct ] |
((((((((((((.(((.((.((((((..((((((....((((....(((....)))....)))).))))))..)))))))...).)))...))))))))))))
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Afold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.(((.(((((((((..((((((....((((....(((....)))....)))).))))))..)))))).)))..)))...)))))))))))) |
CRWrnafold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.((..(((((((((..((((((....((((....(((....)))....)))).))))))..)))))).)))...))...)))))))))))) |
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................... |
CentroidAlifold(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((.(((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..)))))).)).)))))...)))))....... |
CentroidFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.(((.(((((((((..((((((..((.((.....(((....)))...)).)).))))))..)))))).)))..)))...)))))))))))) |
CentroidHomfold‑LAST
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((.(((.(((((((((..((((((....((((....(((....)))....)))).))))))..)))))).)))..)))...)))))))))... |
ContextFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.(((.((.((((((..((((((....((((....(((....)))....)))).))))))..)))))))...).)))...)))))))))))) |
Contrafold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.(((.(((((((((..((((((..((.((.(...(((....))).).)).)).))))))..)))))).)))..)))...)))))))))))) |
Cylofold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((...)))))...((((((((.......((((.[[[[[[...........)))).]]]]]]....))))))))...)))))))))))) |
DotKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.(((.(((((((((..((((((....((((....(((....)))....)))).))))))..)))))).)))..)))...)))))))))))) |
Fold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.(((.(((((((((..((((((....((((....(((....)))....)))).))))))..)))))).)))..)))...)))))))))))) |
HotKnots
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.(((.(((((((((..((((((....((((....(((....)))....)))).))))))..)))))).)))..)))...)))))))))))) |
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.(((.(((((((((..((((((............(((....))).........))))))..)))))).)))..)))...)))))))))))) |
MCFold
(ext)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((..)))))))))))))))))))))))))))).))))))))...)))))))))))) |
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(.((((((.((((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..))))).))).))))...)))))).).... |
Mastr(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................... |
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.(((.(((((((((..((((((....((((....(((....)))....)))).))))))..)))))).)))..)))...)))))))))))) |
McQFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((...)))))...((((((((.......((((..................))))...........))))))))...)))))))))))) |
Murlet(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................(((.....(((....))).....)))....................................... |
PETfold_2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((((((((((..(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))................ |
PETfold_pre2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((((((((((..(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))................ |
PknotsRG
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.(((.(((((((((..((((((....((((....(((....)))....)))).))))))..)))))).)))..)))...)))))))))))) |
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.(((.(((((((((..((((((....((((....(((....)))....)))).))))))..)))))).)))..)))...)))))))))))) |
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((........((((((..((((((...............................))))))..))))))............)))))))))))) |
RNAalifold(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................(((.....(((.....(((....))).....)))..))).................................. |
RNAfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.(((.(((((((((..((((((....((((....(((....)))....)))).))))))..)))))).)))..)))...)))))))))))) |
RNAshapes
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.(((.(((((((((..((((((....((((....(((....)))....)))).))))))..)))))).)))..)))...)))))))))))) |
RNAsubopt
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.(((.(((((((((..((((((....((((....(((....)))....)))).))))))..)))))).)))..)))...)))))))))))) |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((...(((((.............)))))...(((.((((((((((....(......)...)))))...)))))))).((........)))))))))) |
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................(..(.(........(.((................(......)............))).........).)..).. |
Sfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.(((.(((((((((..((((((....((((....(((....)))....)))).))))))..)))))).)))..)))...)))))))))))) |
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.(((.(((((((((..((((((....((((....(((....)))....)))).))))))..)))))).)))..)))...)))))))))))) |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.(((.(((((((((..((((((....((((....(((....)))....)))).))))))..)))))).)))..)))...)))))))))))) |
Vsfold4
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.....))))....(((((((.(((.......((((...............)))).......))))))))))....)))))))))))) |
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((......((((.....))))......(((.....))).[[[[))))).....((((((..]]]]...))).)))....((((..........)))).. |