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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00148



RNA: SRP_00148
Rfam family: Fungi_SRP

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Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((..((....)).(((((..(((((((((..((.(((.((((.(((((..(((((((((....)).))))))).((((((...(((((.((((((((.(((((((((....((((..(((((((....)))))))..))))..((((..(((.(((((((..(((.(((.(((..(((((.((.....)).)))))))).....)))..)))....)))).))))))..))))...)))))))))..))).)))))....)))))))))))))))).)))).))).)).))))).))))..))))).........))
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.....))).(((((..(((((((((....(((..((((.(((((..(((((((((....)).))))))).((((((..((((((((..(((...(((((((((..((((((..(((((((....))))))).....)))..)))..(((((.........)))))..((((((....))....))))..((((((..(((....)))..(((....)))......)))))).)))))))))))))))))))).........))))))))))).))))))).....))))).))))..)))))...........
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................((.(((((((..........................((((((....))))))................(((.(((((((..(((((((((......................................((((.(((((.((....))))))).....))))..............((((((((..((((....(((....)))....)))))))))))))))))))))...)).)))))....))).............................)))))))......))..........
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .............(((((..(((((((((..((.(((.((((.(((((..(((((((((....)).))))))).((((((....((((.((((((((.(((((((((....((((..(((((((....)))))))..))))........(((....)))..................................((((((....(((...((((....))))...)))..)))))).)))))))))..))).)))))....)))).))))))))))).)))).))).)).))))).))))..)))))...........
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ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((.......)).(((((..((((((((......(((.((((.(((((..(((((((.........))))))).((((((...(((((.(((((.(..(((((((((....((((..((((((......))))))..))))(((.((((....)))).).)).........((((............))))..((((((....(((....(((....)))....)))..)))))).)))))))))....).)))))....)))))))))))))))).)))).))).....)))).))))..)))))...........
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((.......)).(((((..(((((((((..((.(((.((((.(((((..(((((((((....)).))))))).((((((...(((((.((((((((.(((((((((..(.((((..(((((((....)))))))..))))....((((((((())))))......((((.....))))..))).....)...((((((....(((...((((....))))...)))..)))))).)))))))))..))).)))))....)))))))))))))))).)))).))).)).))))).))))..)))))...........
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((.......))...(((..((((.((................................................((((..(..((((.((((((((.((((((((((...(................................(((((((((((.((....)))))))...).))).)))............(((((.(...(((....(((....)))....))).).)))))))))))))))..))).)))))....))))).)))).....................))..))))..)).......)......
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.....))).(((((..(((((((((.....(((.((((.(((((..(((((((.........))))))).((((((...(((((.(((((....(((((((((....((((..(((((((....)))))))..))))....((((((((((.........)))))..........))))).........((((((..(((....)))..(((....)))......)))))).)))))))))......)))))....)))))))))))))))).)))).)))....))))).))))..)))))...........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.....))).(((((..(((((((((..((.(((.((((.(((((..(((((((((....)).))))))).((((((...(((((.((((((((.(((((((((....((((..(((((((....))))))).....))))(((...(((((.((....))))))).))).....((.((.....)))).((((((....(((...((((....))))...)))..)))))).)))))))))..))).)))))....)))))))))))))))).)))).))).)).))))).))))..)))))...........
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] .((.......)).(((((..(((((((((....(((..(((((((((((((((((((.........)))))))...((((....((((([[..(({{.(((((((((....((((..(((((((....)))))))..))))..........((((.........))))...((.(((.....(((....((((aaaaa.....aaa.))))<<))).>>..)))AAA.))AAAAA.)))))))))))}})))))]]......)))).)))))))))..)))))).....))))).))))..)))))...........
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.....)))...(((...((((((((................(.........................).........((((((((((((((((.(((((((((.(((.................................(((((.(((((.((....))))))).....)).))).))).........(((((((..(((((..((((....)))).).))))))))))).)))))))))..))).))))))...)))))))......................)))).))))...))...)..........
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.....))).(((((..(((((((((..((.(((.((((.(((((..(((((((((....)).))))))).((((((...(((((.((((((((.(((((((((....((((..(((((((....)))))))..))))...(((...(((((.((....))))))).))).....((.((.....)))).((((((....(((...((((....))))...)))..)))))).)))))))))..))).)))))....)))))))))))))))).)))).))).)).))))).))))..)))))...........
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((((..(((((..))))).....((((.((((((........((((((((..))))))))....((((((..((((((((........((((((((((((.((((..(((((((....))))))).....)))).(((((..))))).........)))).((((..[[[[[.....))))..((((((..((((..))))..................))))))..))))))))...))))))))....]]]]]))))))))))))...))))..........)))))).................
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PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.....))).....((..(((((..............................((......))..................((((.(((((((..(((((((((...................................((..(((.(((((.((....))))))).....)))..))............((((((...((((..(.(((....)))..).)))).)))))).)))))))))...)).)))))....)))).............................))))).......))..........
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.....))).(((((..(((((((((..((.(((.((((.(((((..(((((((((....)).))))))).((((((....((((.((((((.((.(((((((((((.((((..(((((((....))))))).....)))).)).))))).))))....))...))))))..((((((((((((.(((..((((((..(((....)))..(((....)))......))))))....)))..))))).)))).)))..)))).))))))))))).)))).))).)).))))).))))..)))))...........
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((...)))).(((((..(((((((((.....(((.((((.(((((..(((((((((....)).))))))).((((((...(((((.((((((((.(((((((((....((((..(((((((....)))))))..))))...(((...(((((.((....))))))).))).....((.((.....)))).(((((((...(((...((((....))))...)))).)))))).)))))))))..))).)))))....)))))))))))))))).)))).)))....))))).))))..)))))...........
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] .............(((((..(((((((((....((((.((((((((((((..(((((((....)))))))............((((((((........(((((((((....((((..(((((((....)))))))..))))....((((....))))............((((((((.....((((...((((..............)))).)))).....))))...))))....)))))))))...))))))))........))))).)))))))...)))).....))))).))))..)))))...........
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................(((((....))))).................(((.(((......(((((((((.......................................(((.(((((.((....))))))).....)))................(((((.....(((....(((....)))....)))...))))).)))))))))(......))))....)))......................................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.....))).(((((..(((((((((..((.(((.((((.(((((..(((((((((....)).))))))).((((((....((((.((((((.((.(((((((((((.((((..(((((((....))))))).....)))).)).))))).))))....))...))))))..((((((((((((.(((..((((((..(((....)))..(((....)))......))))))....)))..)))).))))).)))..)))).))))))))))).)))).))).)).))))).))))..)))))...........
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((.........((((....)))).((((.(((.((((.(((((..(((((((((....)).))))))).((((((....((((.((((((.((.(((((((((((.((((..(((((((....))))))).....)))).)).))))).))))....))...))))))..((((((((((((.(((..((((((..(((....)))..(((....)))......))))))....)))..)))).))))).)))..)))).))))))))))).)))).))).)).)).)))))).((...))...........
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.....))).(((((..(((((((((..((.(((.((((.(((((..(((((((((....)).))))))).((((((....((((.((((((((.(((((((((..((((((..(((((((....)))))))..)))).........(((((.((....)))))))((((((.((((..((((..((....)).....(((....))).))))...))).).)).))))))..)))))))))..))).)))))....)))).))))))))))).)))).))).)).))))).))))..)))))...........
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((..))).(((((((.(((((((((.(..((((((((.((((...((((((((((..))).))))))).((((((.(..((((..((.((((((..(((.(((((.(((((((((((((....)))))))))))))(((..((((..))))))).......))))))))..))(((((((((..(((.((((((.((.((((((((((....)))))))))))))))))).)..))...))))).))))))))))))))))))))).)))).))))))))..))))))).)))....)))))))........
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((...)))).....................................................................................................................................................................................((.......(............................................................(................................)..).........))......
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.....))).(((((..(((((((((..((.(((.((((.(((((..(((((((((....)).))))))).((((((...(((((.((((((((.(((((((((.....(((..(((((((....)))))))..))).....................................................((((((..(((....)))..................)))))).)))))))))..))).)))))....)))))))))))))))).)))).))).)).))))).))))..)))))...........
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.....))).(((((..(((((((((..((.(((.((((.(((((..(((((((((....)).))))))).((((((...(((((.((((((((.(((((((((....((((..(((((((....)))))))..))))..((((..(((.(((((((..(((.(((.(((..(((((.((.....)).)))))))).....)))..)))....)))).))))))..))))...)))))))))..))).)))))....)))))))))))))))).)))).))).)).))))).))))..)))))...........
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((....((((..((((....)))).(((((....)).)))..)))).((((((.........)))))).))))).((((..((((.((((.......)))).(((....))).(((((((....)))))))......(((.((((....)))).((((......((((.....)))).((((...((((((.........)).)))).))))...)))).))).((((.....))))....(((((............)))))...)))).((((..........))))..))))..................
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.....))).(((((((....)))).(((((....)).))).((((.[[[[[[[)))).....]]]]]]]....((((((.{{{{...))))))...}}}}.((((....)))).((((((....))))))..)))......((((....))))..((((.....<<<<)))).>>>>..((((.....))))........((((..(((....))).((((...((((.....))))....(((((............))))).))))...((((..........))))....))))................