|
|
|
AGCUGUCAUGGCCGAAGGGAGACCUCCCGCAUCCGCGAGGUGUGUGUGGCUUGGGGGUCACCUGAUCCCCCAAACAGCGGACUUGGUGCCUGGUUCGAAUCGCCGGGUCGCGAGAUUUUGUCCUUCACGGGGCAACUUCUUCUCCCGCACUCGUGCGAGUAGUCCACGACCGGCUGUCGGUGCGCUAAGCCCUGGCCCGUACCCUCGAGGGAAGCGAUUCUGCAGAGACCGGGCCCCCCGGCGAUGGCGGCACCAGAUCACACCGCCGCUGCACACCCACCGCGCUGAAUGGGAUGGUCGACUUUCUUUUUUUUUUU |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.((.......))..((((((((((..((.................((((.(.(((((((....))))))).)..(((((...(.((((.(((((.(..(((((((((..(.(((.((((((.....))))))...))).).(.((.(((.(((((.((....))))))).....))).)).)..(...)....((((((....(((....(((....)))....)))..)))))).)))))))))....).)))))....))))).))))).....))))...........))..))))....))))))........
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..((....)).(((((..(((((((((..((.(((.((((.(((((..(((((((((....)).))))))).((((((...(((((.((((((((.(((((((((....((((..(((((((....)))))))..))))..((((..(((.(((((((..(((.(((.(((..(((((.((.....)).)))))))).....)))..)))....)))).))))))..))))...)))))))))..))).)))))....)))))))))))))))).)))).))).)).))))).))))..))))).........)) |
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.....))).(((((..(((((((((....(((..((((.(((((..(((((((((....)).))))))).((((((..((((((((..(((...(((((((((..((((((..(((((((....))))))).....)))..)))..(((((.........)))))..((((((....))....))))..((((((..(((....)))..(((....)))......)))))).)))))))))))))))))))).........))))))))))).))))))).....))))).))))..)))))........... |
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................((.(((((((..........................((((((....))))))................(((.(((((((..(((((((((......................................((((.(((((.((....))))))).....))))..............((((((((..((((....(((....)))....)))))))))))))))))))))...)).)))))....))).............................)))))))......)).......... |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((..(((((((((..((.(((.((((.(((((..(((((((((....)).))))))).((((((....((((.((((((((.(((((((((....((((..(((((((....)))))))..))))........(((....)))..................................((((((....(((...((((....))))...)))..)))))).)))))))))..))).)))))....)))).))))))))))).)))).))).)).))))).))))..)))))........... |
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((..(((((((((..((.(((.((((.(((((..(((((((((....)).))))))).((((((.........(((((.((.(((((((((.....(((..(((((((....)))))))..))).....................................................((((((....(((....(((....)))....)))..)))))).)))))))))..))..))))).........))))))))))).)))).))).)).))))).))))..)))))........... |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.......)).(((((..((((((((......(((.((((.(((((..(((((((.........))))))).((((((...(((((.(((((.(..(((((((((....((((..((((((......))))))..))))(((.((((....)))).).)).........((((............))))..((((((....(((....(((....)))....)))..)))))).)))))))))....).)))))....)))))))))))))))).)))).))).....)))).))))..)))))........... |
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.......)).(((((..(((((((((..((.(((.((((.(((((..(((((((((....)).))))))).((((((...(((((.((((((((.(((((((((..(.((((..(((((((....)))))))..))))....((((((((())))))......((((.....))))..))).....)...((((((....(((...((((....))))...)))..)))))).)))))))))..))).)))))....)))))))))))))))).)))).))).)).))))).))))..)))))........... |
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.......))...(((..((((.((................................................((((..(..((((.((((((((.((((((((((...(................................(((((((((((.((....)))))))...).))).)))............(((((.(...(((....(((....)))....))).).)))))))))))))))..))).)))))....))))).)))).....................))..))))..)).......)...... |
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.....))).(((((..(((((((((.....(((.((((.(((((..(((((((.........))))))).((((((...(((((.(((((....(((((((((....((((..(((((((....)))))))..))))....((((((((((.........)))))..........))))).........((((((..(((....)))..(((....)))......)))))).)))))))))......)))))....)))))))))))))))).)))).)))....))))).))))..)))))........... |
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.....))).(((((..(((((((((..((.(((.((((.(((((..(((((((((....)).))))))).((((((...(((((.((((((((.(((((((((....((((..(((((((....))))))).....))))(((...(((((.((....))))))).))).....((.((.....)))).((((((....(((...((((....))))...)))..)))))).)))))))))..))).)))))....)))))))))))))))).)))).))).)).))))).))))..)))))........... |
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.......)).(((((..(((((((((....(((..(((((((((((((((((((.........)))))))...((((....((((([[..(({{.(((((((((....((((..(((((((....)))))))..))))..........((((.........))))...((.(((.....(((....((((aaaaa.....aaa.))))<<))).>>..)))AAA.))AAAAA.)))))))))))}})))))]]......)))).)))))))))..)))))).....))))).))))..)))))........... |
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.....)))...(((...((((((((................(.........................).........((((((((((((((((.(((((((((.(((.................................(((((.(((((.((....))))))).....)).))).))).........(((((((..(((((..((((....)))).).))))))))))).)))))))))..))).))))))...)))))))......................)))).))))...))...).......... |
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.....))).(((((..(((((((((..((.(((.((((.(((((..(((((((((....)).))))))).((((((...(((((.((((((((.(((((((((....((((..(((((((....)))))))..))))...(((...(((((.((....))))))).))).....((.((.....)))).((((((....(((...((((....))))...)))..)))))).)))))))))..))).)))))....)))))))))))))))).)))).))).)).))))).))))..)))))........... |
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((..(((((..))))).....((((.((((((........((((((((..))))))))....((((((..((((((((........((((((((((((.((((..(((((((....))))))).....)))).(((((..))))).........)))).((((..[[[[[.....))))..((((((..((((..))))..................))))))..))))))))...))))))))....]]]]]))))))))))))...))))..........))))))................. |
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.....))).....((..(((((..............................((......))..................((((.(((((((..(((((((((...................................((..(((.(((((.((....))))))).....)))..))............((((((...((((..(.(((....)))..).)))).)))))).)))))))))...)).)))))....)))).............................))))).......)).......... |
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.....))).....((..(((((..............................((......))..................((((.(((((((..(((((((((...................................((..(((.(((((.((....))))))).....)))..))............((((((...((((..(.(((....)))..).)))).)))))).)))))))))...)).)))))....)))).............................))))).......)).......... |
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.....))).(((((..(((((((((..((.(((.((((.(((((..(((((((((....)).))))))).((((((....((((.((((((.((.(((((((((((.((((..(((((((....))))))).....)))).)).))))).))))....))...))))))..((((((((((((.(((..((((((..(((....)))..(((....)))......))))))....)))..))))).)))).)))..)))).))))))))))).)))).))).)).))))).))))..)))))........... |
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((...)))).(((((..(((((((((.....(((.((((.(((((..(((((((((....)).))))))).((((((...(((((.((((((((.(((((((((....((((..(((((((....)))))))..))))...(((...(((((.((....))))))).))).....((.((.....)))).(((((((...(((...((((....))))...)))).)))))).)))))))))..))).)))))....)))))))))))))))).)))).)))....))))).))))..)))))........... |
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((..(((((((((....((((.((((((((((((..(((((((....)))))))............((((((((........(((((((((....((((..(((((((....)))))))..))))....((((....))))............((((((((.....((((...((((..............)))).)))).....))))...))))....)))))))))...))))))))........))))).)))))))...)))).....))))).))))..)))))........... |
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................(((((....))))).................(((.(((......(((((((((.......................................(((.(((((.((....))))))).....)))................(((((.....(((....(((....)))....)))...))))).)))))))))(......))))....)))...................................................... |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.....))).(((((..(((((((((..((.(((.((((.(((((..(((((((((....)).))))))).((((((....((((.((((((.((.(((((((((((.((((..(((((((....))))))).....)))).)).))))).))))....))...))))))..((((((((((((.(((..((((((..(((....)))..(((....)))......))))))....)))..)))).))))).)))..)))).))))))))))).)))).))).)).))))).))))..)))))........... |
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((.........((((....)))).((((.(((.((((.(((((..(((((((((....)).))))))).((((((....((((.((((((.((.(((((((((((.((((..(((((((....))))))).....)))).)).))))).))))....))...))))))..((((((((((((.(((..((((((..(((....)))..(((....)))......))))))....)))..)))).))))).)))..)))).))))))))))).)))).))).)).)).)))))).((...))........... |
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.....))).(((((..(((((((((..((.(((.((((.(((((..(((((((((....)).))))))).((((((....((((.((((((((.(((((((((..((((((..(((((((....)))))))..)))).........(((((.((....)))))))((((((.((((..((((..((....)).....(((....))).))))...))).).)).))))))..)))))))))..))).)))))....)))).))))))))))).)))).))).)).))))).))))..)))))........... |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((..))).(((((((.(((((((((.(..((((((((.((((...((((((((((..))).))))))).((((((.(..((((..((.((((((..(((.(((((.(((((((((((((....)))))))))))))(((..((((..))))))).......))))))))..))(((((((((..(((.((((((.((.((((((((((....)))))))))))))))))).)..))...))))).))))))))))))))))))))).)))).))))))))..))))))).)))....)))))))........ |
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((...)))).....................................................................................................................................................................................((.......(............................................................(................................)..).........))...... |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.....))).(((((..(((((((((..((.(((.((((.(((((..(((((((((....)).))))))).((((((...(((((.((((((((.(((((((((.....(((..(((((((....)))))))..))).....................................................((((((..(((....)))..................)))))).)))))))))..))).)))))....)))))))))))))))).)))).))).)).))))).))))..)))))........... |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.....))).(((((..(((((((((..((.(((.((((.(((((..(((((((((....)).))))))).((((((...(((((.((((((((.(((((((((....((((..(((((((....)))))))..))))..((((..(((.(((((((..(((.(((.(((..(((((.((.....)).)))))))).....)))..)))....)))).))))))..))))...)))))))))..))).)))))....)))))))))))))))).)))).))).)).))))).))))..)))))........... |
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((....((((..((((....)))).(((((....)).)))..)))).((((((.........)))))).))))).((((..((((.((((.......)))).(((....))).(((((((....)))))))......(((.((((....)))).((((......((((.....)))).((((...((((((.........)).)))).))))...)))).))).((((.....))))....(((((............)))))...)))).((((..........))))..)))).................. |
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.....))).(((((((....)))).(((((....)).))).((((.[[[[[[[)))).....]]]]]]]....((((((.{{{{...))))))...}}}}.((((....)))).((((((....))))))..)))......((((....))))..((((.....<<<<)))).>>>>..((((.....))))........((((..(((....))).((((...((((.....))))....(((((............))))).))))...((((..........))))....))))................ |