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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00152



RNA: SRP_00152
Rfam family: Plant_SRP

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Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((......)))))).....((((..)))).....(.(((((((((..((((((.((((..((.((((((((.(((((.(.(((.((....((((.(((.((.(((((.(((((((((.((((((..((((((((((....))))))))))..))))))((..)).(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))))....))).))))))))))))))).)).....)))))).))..)))).)..))).))..))))))))).)
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((..((...((((.......))))..)).))).....(((((((((..(((((((((((..((((((((...))))))))..(((.((..(((((.(((.((.(((((.(((((((((.((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).......(((((....(((.((...(((......)))..)))))....))))).)))))))))..)))))))....))).))))))).)))((((((......)))))))))))))))........))..)))))))))))
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........((((.((.(((.(((....))).((((...(((........(((.(((((......))))).)))))).))))........))).)).))))((..((((.(((((((((.((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).......(((((............((((.((.....)).)))).....))))).)))))))))..)))).)).....................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((......)))))).((..(((....)))...))..(((((.((((.((..((((((((((.......(((.((((((...........))))))))).((.((((..(((((((((.((((((...(((((((((....)))))))))...)))))).......(((((((..(((((((((....))))))...))))).....))))).)))))))))...)))))).....))))))).)))....)).))))..(((((((..((((......))))...))))))))))))..
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((......))))))......................(((((((((...............................................................(((((((((.((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).......((((((...................................)))))))))))))))...................................................................)))))))))..
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((........))).......(((....))).........((((.(...((((((((.((.(((.(((((.((((((((...((((......((((((((....(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))......)))))))).)))).))))))))......))))).))))).)))...))).))...).))))....
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((........))).......((......)).......(((((((((..((...((((((.((..((((((((((((((...((((.....(((((((((....(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).......(((((.............(((......)))...........))))).)))))))))..)))))......))))))))))))).)))))))).....))))))..)))))))).......))..)))))))))..
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((........))))).......(..............)((((((((.........((((((((((((((...))))))).....................((.(((((.(((((((((.((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).......(((((....(((((((((....))))))...))).......))))).)))))))))..))))))).....)))))))...........((......))(((...(((....)))......)))))))))))...
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((......)))))).....(((....)))........((((((((..((...(.(((((.((.((((((((.(((((.(..(((.....(((((.(((.((.(((((.(((((((((.((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))))....))).)))))))).)))))).)).....)))))).)).))))).)......))..))))))))...
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((..........)))).....(((....))).....(.(((((((((..((..((((.(((.((.((((((((.(((((.((....((....((((.(((.((.(((((.(((((((((.((((((..((((((((((....))))))))))..))))))(....).(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))))....))).))))))..))))))).)).....)))))).)).)))))))......))..))))))))).)
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((......)))))).......((.(((....))).))((((((((..((..(((((((((((((((((...)))))))....((.(((.....))).))((.(((((.(((((((((.((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).......(((((((..((((((((((())))))))...))))).....))))).)))))))))..))))))).....))))))).)))...((((((......))))))..(((....))).....))..))))))))...
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((........))))).(...(((....)))..).....((((((((..((..........(((...(((.((((((((.((.(((......((((((((.((.(((((.((((((((..((((((.(((((((((((....))))))))))).)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))..)))))))....)))))))).)))))))))))))......)))...))).............))..))))))))...
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((........))))).((..(((....))).))....(((((((((..((......((..(((.((((.(((((((((.(.((((.......(((((((.((.(((((.((((((((..((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))..)))))))....)))))))..))))))))))))).....).)))).)))..)).........))..)))))))))..
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.....[[[[[)))).....(((....)))..]]]]]....((((((......[[[[[.))))))....]]]]].(((..[[[[)))....]]]]...((((.(((((.(((((((((.((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..))))).......)))).((((..[[[[[[[[[))))..]]]]]...]]]]..........................
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((......)))))).((..(((....))).))....(((((((((..(((((((((((..((((((((...))))))))..(((.((..(((((.(((.((.(((((.(((((((((.((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))))....))).))))))).))).(((((......))))).)))))))))........))..)))))))))..
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((......))))))......................(((((((((..((.....(((((((...........((((((...........)))))).......(((((.(((((((((.((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..))))).......)))))))....(((((((((......)))))...))))...........))..)))))))))..
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((......)))))).....(((....)))......((((((((((..((((((((((((((((((((((((((((((.((.(((.....(((((((((.((.(((((.((((((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))).......((((....(((.((...(((......)))..)))))....))).).)))))))))..)))))))....))))))))))))))))))))))).....)))))))))))))))))..)).))..)))))))))).
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((......))))))......((....)).......((((((((((..((.(((((((((((((((((((((((((((.(.((((.....(((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).......(((((.((.(........(((.((.....)).))).)..))))))).)))))))))..)))))))....)))))))))))))))))))))).....))))))))))))))))))..)..))..)))))))))).
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((......)))))).((..(((....))).))....(((((((((..(((((((((((..((((((((...))))))))..(((.((..(((((.(((.((.(((((.(((((((((.((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))))....))).))))))).))).(((((......))))).)))))))))........))..)))))))))..
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((......)))))).....((((..)))).....(((((...((((....(((((((((.((((((((...))))))))...[[[[[[.)))))))))))))(((((.(((((((((.((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).......(((((.......(((((((..)))))))..]]]]]].....))))).)))))))))..)))))......(((((.......)))))..))))).(((((((...(((....)))......))))))).......
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((......)))))).((..(((....))).))...................(((.((((.((.((((((((.((((.....(((.((..(((((.(((.((.(((((.(((((((((.((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))))....))).))))))).))))))).)).....)))))).)).))))))).....................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((.(((......)))..(((....))).))......(((((((.........((.(.....).))..((((((((.((.(((.......(((((((.((.(((((.((((((((..((((((((((.(((((((....))))))).)))))))))).......((((.......(((....(((......)))....))).....))))..))))))))..)))))))....)))))))..)))))))))))))................................)))))))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((........)))))(((..(((....))).)))..((((((((((..((...(((.(..(((((((((.((((((((...((((......((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((......((((...((((...).)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))......))))))))).).))).......))..)))))))))).
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.(...)..)))))(((..(((....))).)))...(((((((((..((..(((((((.((((((((((((((((((.(.((((......((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((......(((...((((......)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).))))))))))))).....))))))))))))))))..)....))..)))))))))..
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((........)))))(((..(((....))).)))..((((((((((..((...(((....(((((((((.((((((((...((((......((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((......((((...((((...).)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))......)))))))))...))).......))..)))))))))).
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.(...)..)))))(((..(((....))).)))...(((((((((..((..(((((((.((((((((((((((((((.(.((((......((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((......(((...((((......)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).))))))))))))).....))))))))))))))))..)....))..)))))))))..
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((..(...)...))))(((..(((....))).)))...(((((((((..(...((((((..((((((((((((((((((...((((......((((((((.((.(((((.((((((((..((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((......((....((((......))..))..))....)))))).))))))))..)))))))....)))))))).)))).)))))))).....)))))))))).)))))..).....)..)))))))))..
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...[[[)))))).....(((....)))....]]](((((((((..(((((((((((..((((((((...))))))))..(((.((..(((((.(((.((.(((((.(((((((((.((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).......(((((....(((.((...(((......)))..)))))....))))).)))))))))..)))))))....))).))))))).))).(((((......))))).)))))))))........))..)))))))))..
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.(...)))))))(((..(((....))).)))...(((((((((....(((((((((..((((((((...))))))))..(((.....(((((.(((.((.(((((.(((((((((.((((((.(((((((((((....)))))))))).))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))))....))).)))))...)))((((((.(...))))))))))))))))............)))))))))..
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((......))))))......((((((((......((((((....((((....))))....((((((((...))))))))...(((((((.......(((((((((........)))).((((((..((((((((((....))))))))))..))))))..........)))))....((((((....)))))).))))))).......))))))..(((((................)))))..)))))))).......(((((((..((((......))))...))))))).......
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((........)))))......................(((((((((...........................(((((...............................(((((((((...............................................................................................)))))))))...........................)))))...................................)))))))))..
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................(((....)))........................................((((((.....(((........(((((((.((.(((((.((((((((..((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))..)))))))....)))))))...)))...))))))...........................................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((.(((......)))..(((....))).))....(((((((((.........((.(.....).))..((((((((...((((.......(((((((.((.(((((.((((((((..((((((..((.(((((((....))))))).))..)))))).......(((((....(((.((...(((......)))..)))))....)))))..))))))))..)))))))....)))))))..)))).))))))))................................)))))))))..
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((......)))))).....(((....))).......(((((((((..(((((((((((..((((((((...))))))))..(((.((..(((((.(((.((.(((((.(((((((((.((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).......(((((....(((.((...(((......)))..)))))....))))).)))))))))..)))))))....))).))))))).))).(((((......))))).)))))))))........))..)))))))))..
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((..((((.....(((((((..((((.(((....))).)))).((((((..((((((.((((.((((((((...))))))))...))))...))))))...))))))(((.(((((((((.((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).......(((((....(((.((...(((......)))..)))))....))))).)))))))))..))).......)))))))..)))))).(((.....))).(((((...(((....)))......))))).........
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((......))))))(((..(((....))).)))...(((((((((..(((((((((((((((((((((...)))))))((((((.(((.....))).))((.(((((.(((((((((.((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).....(.(((((......(....)((((.((.....)).)))).....)))))))))))))))..))))))).)))))))))((((..((((((.....))).))).)))))))))))........))..)))))))))..
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.((...)))))))((.(((((....)))))))...(((((((((..(.(((((((((.((........))(.(((((...........))))).)...((.(((((..((((((((((((((((((.((((((...))))))((((...))))(((((......)))))....((((((((((..)))))))..).)))).)))).)))).))))))))...))))))).....(((((((((((......)).))))..))))).)))))))))(((...).)).))))))))))..
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................(..........)..........(...(........(((.(((.((.((((..(((((((((.(((.(...(((((..(((....)))..)))))....)))).......(((((......(((...(((..........))).)))....))))).)))))))))...))))))....))).)))........)..................)..............................
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((........)))))((...(((....)))..))...(((((((((..((..((.(((...(..(((((.((.(((((...((((......((((.(((.((.((((..(((((((((.((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).......(((((.....((((...(((..........))).))).)..))))).)))))))))...))))))....))).)))).)))).))))).))......)))))..)...)))..))....))..)))))))))..
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((......)))))).(....(......)...)....(((((((((..(((((((((((..(((((((.....)))))))..(((.((..(((((.(((.((.(((((.(((((((((.((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).......(((((.............(((......)))...........))))).)))))))))..)))))))....))).))))))).))).(((((......))))).)))))))))........))..)))))))))..
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((......)))))).((..(((....))).))....(((((((((..((..((.(((((.((.((((((((.(((((.(.((((.....(((((.(((.((.(((((.(((((((((.((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))))....))).))))))))))))))).)).....)))))).)).)))))..))....))..)))))))))..
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((......)))))).((..(((....))).)).....((((((((..(((((((((((..((((((((...))))))))..(((.((..(((((.(((.((.(((((.(((((((((.((((((...(((((((((....)))))))))...)))))).......(((((....(((.((...(((......)))..)))))....))))).)))))))))..)))))))....))).))))))).))).(((((......))))).)))))))))........))..))))))))...
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((...((((((.....((((............))))......(((....))).)))))).((((.....)))).))).(((.....))).((((..........))))....((((.((((...(((((((((....)))))))))...)))).(((.......))).))))..((((((....))))))..(((.(((.........)))..(((((................))))).)))...((((((......)))))).((((......))))..(((.......)))..
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................