|
|
|
GGCCUAGCAACGUGGGCCUGUAACCCAAGUGGGGGCAUGUGGGAAAUGGGACUUUAGUUCGGCCCAUUGGAUCGGAUCCAGUGUUAGCUGCUUGCUGGGCUGCCCAUUCCAAGCCGAGAGUUGAGCUGUGUGAGCCGGACGAAGGUCUGGCUUGGUCAGCUCCUAAAGCGGAGGGCAAUGCGUGAGGCUGGUUUCACAGAGCAGCGACAACCUCCCGCUCUCGGCAGUGGAAGGAUAACGGGCCGGUGCUGCUUGGACCCACCAUGGUUCACUGAGCUGACUCUUAAUAGGACCAUUUCUUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((......)))))).....((((..)))).....(.(((((((((..((((((.((((..((.((((((((.(((((.(.(((.((....((((.(((.((.(((((.(((((((((.((((((..((((((((((....))))))))))..))))))((..)).(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))))....))).))))))))))))))).)).....)))))).))..)))).)..))).))..))))))))).)
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..((...((((.......))))..)).))).....(((((((((..(((((((((((..((((((((...))))))))..(((.((..(((((.(((.((.(((((.(((((((((.((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).......(((((....(((.((...(((......)))..)))))....))))).)))))))))..)))))))....))).))))))).)))((((((......)))))))))))))))........))..))))))))))) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((.((.(((.(((....))).((((...(((........(((.(((((......))))).)))))).))))........))).)).))))((..((((.(((((((((.((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).......(((((............((((.((.....)).)))).....))))).)))))))))..)))).))..................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((......)))))).((..(((....)))...))..(((((.((((.((..((((((((((.......(((.((((((...........))))))))).((.((((..(((((((((.((((((...(((((((((....)))))))))...)))))).......(((((((..(((((((((....))))))...))))).....))))).)))))))))...)))))).....))))))).)))....)).))))..(((((((..((((......))))...)))))))))))).. |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((......))))))......................(((((((((...............................................................(((((((((.((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).......((((((...................................)))))))))))))))...................................................................))))))))).. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((........))).......(((....))).........((((.(...((((((((.((.(((.(((((.((((((((...((((......((((((((....(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))......)))))))).)))).))))))))......))))).))))).)))...))).))...).)))).... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((........))).......((......)).......(((((((((..((...((((((.((..((((((((((((((...((((.....(((((((((....(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).......(((((.............(((......)))...........))))).)))))))))..)))))......))))))))))))).)))))))).....))))))..)))))))).......))..))))))))).. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((........))))).......(..............)((((((((.........((((((((((((((...))))))).....................((.(((((.(((((((((.((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).......(((((....(((((((((....))))))...))).......))))).)))))))))..))))))).....)))))))...........((......))(((...(((....)))......)))))))))))... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((......)))))).....(((....)))........((((((((..((...(.(((((.((.((((((((.(((((.(..(((.....(((((.(((.((.(((((.(((((((((.((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))))....))).)))))))).)))))).)).....)))))).)).))))).)......))..))))))))... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..........)))).....(((....))).....(.(((((((((..((..((((.(((.((.((((((((.(((((.((....((....((((.(((.((.(((((.(((((((((.((((((..((((((((((....))))))))))..))))))(....).(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))))....))).))))))..))))))).)).....)))))).)).)))))))......))..))))))))).) |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((......)))))).......((.(((....))).))((((((((..((..(((((((((((((((((...)))))))....((.(((.....))).))((.(((((.(((((((((.((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).......(((((((..((((((((((())))))))...))))).....))))).)))))))))..))))))).....))))))).)))...((((((......))))))..(((....))).....))..))))))))... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((........))))).(...(((....)))..).....((((((((..((..........(((...(((.((((((((.((.(((......((((((((.((.(((((.((((((((..((((((.(((((((((((....))))))))))).)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))..)))))))....)))))))).)))))))))))))......)))...))).............))..))))))))... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((........))))).((..(((....))).))....(((((((((..((......((..(((.((((.(((((((((.(.((((.......(((((((.((.(((((.((((((((..((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))..)))))))....)))))))..))))))))))))).....).)))).)))..)).........))..))))))))).. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.....[[[[[)))).....(((....)))..]]]]]....((((((......[[[[[.))))))....]]]]].(((..[[[[)))....]]]]...((((.(((((.(((((((((.((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..))))).......)))).((((..[[[[[[[[[))))..]]]]]...]]]].......................... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((......)))))).((..(((....))).))....(((((((((..(((((((((((..((((((((...))))))))..(((.((..(((((.(((.((.(((((.(((((((((.((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))))....))).))))))).))).(((((......))))).)))))))))........))..))))))))).. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((......))))))......................(((((((((..((.....(((((((...........((((((...........)))))).......(((((.(((((((((.((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..))))).......)))))))....(((((((((......)))))...))))...........))..))))))))).. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((......)))))).....(((....)))......((((((((((..((((((((((((((((((((((((((((((.((.(((.....(((((((((.((.(((((.((((((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))).......((((....(((.((...(((......)))..)))))....))).).)))))))))..)))))))....))))))))))))))))))))))).....)))))))))))))))))..)).))..)))))))))). |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((......))))))......((....)).......((((((((((..((.(((((((((((((((((((((((((((.(.((((.....(((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).......(((((.((.(........(((.((.....)).))).)..))))))).)))))))))..)))))))....)))))))))))))))))))))).....))))))))))))))))))..)..))..)))))))))). |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((......)))))).((..(((....))).))....(((((((((..(((((((((((..((((((((...))))))))..(((.((..(((((.(((.((.(((((.(((((((((.((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))))....))).))))))).))).(((((......))))).)))))))))........))..))))))))).. |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((......)))))).....((((..)))).....(((((...((((....(((((((((.((((((((...))))))))...[[[[[[.)))))))))))))(((((.(((((((((.((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).......(((((.......(((((((..)))))))..]]]]]].....))))).)))))))))..)))))......(((((.......)))))..))))).(((((((...(((....)))......)))))))....... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((......)))))).((..(((....))).))...................(((.((((.((.((((((((.((((.....(((.((..(((((.(((.((.(((((.(((((((((.((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))))....))).))))))).))))))).)).....)))))).)).)))))))..................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((......)))..(((....))).))......(((((((.........((.(.....).))..((((((((.((.(((.......(((((((.((.(((((.((((((((..((((((((((.(((((((....))))))).)))))))))).......((((.......(((....(((......)))....))).....))))..))))))))..)))))))....)))))))..)))))))))))))................................))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((........)))))(((..(((....))).)))..((((((((((..((...(((.(..(((((((((.((((((((...((((......((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((......((((...((((...).)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))......))))))))).).))).......))..)))))))))). |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.(...)..)))))(((..(((....))).)))...(((((((((..((..(((((((.((((((((((((((((((.(.((((......((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((......(((...((((......)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).))))))))))))).....))))))))))))))))..)....))..))))))))).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((........)))))(((..(((....))).)))..((((((((((..((...(((....(((((((((.((((((((...((((......((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((......((((...((((...).)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))......)))))))))...))).......))..)))))))))). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.(...)..)))))(((..(((....))).)))...(((((((((..((..(((((((.((((((((((((((((((.(.((((......((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((......(((...((((......)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).))))))))))))).....))))))))))))))))..)....))..))))))))).. |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..(...)...))))(((..(((....))).)))...(((((((((..(...((((((..((((((((((((((((((...((((......((((((((.((.(((((.((((((((..((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((......((....((((......))..))..))....)))))).))))))))..)))))))....)))))))).)))).)))))))).....)))))))))).)))))..).....)..))))))))).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((...[[[)))))).....(((....)))....]]](((((((((..(((((((((((..((((((((...))))))))..(((.((..(((((.(((.((.(((((.(((((((((.((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).......(((((....(((.((...(((......)))..)))))....))))).)))))))))..)))))))....))).))))))).))).(((((......))))).)))))))))........))..))))))))).. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.(...)))))))(((..(((....))).)))...(((((((((....(((((((((..((((((((...))))))))..(((.....(((((.(((.((.(((((.(((((((((.((((((.(((((((((((....)))))))))).))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))))....))).)))))...)))((((((.(...))))))))))))))))............))))))))).. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((......))))))......((((((((......((((((....((((....))))....((((((((...))))))))...(((((((.......(((((((((........)))).((((((..((((((((((....))))))))))..))))))..........)))))....((((((....)))))).))))))).......))))))..(((((................)))))..)))))))).......(((((((..((((......))))...)))))))....... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((........)))))......................(((((((((...........................(((((...............................(((((((((...............................................................................................)))))))))...........................)))))...................................))))))))).. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................(((....)))........................................((((((.....(((........(((((((.((.(((((.((((((((..((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))..)))))))....)))))))...)))...))))))........................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((......)))..(((....))).))....(((((((((.........((.(.....).))..((((((((...((((.......(((((((.((.(((((.((((((((..((((((..((.(((((((....))))))).))..)))))).......(((((....(((.((...(((......)))..)))))....)))))..))))))))..)))))))....)))))))..)))).))))))))................................))))))))).. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((......)))))).....(((....))).......(((((((((..(((((((((((..((((((((...))))))))..(((.((..(((((.(((.((.(((((.(((((((((.((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).......(((((....(((.((...(((......)))..)))))....))))).)))))))))..)))))))....))).))))))).))).(((((......))))).)))))))))........))..))))))))).. |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((..((((.....(((((((..((((.(((....))).)))).((((((..((((((.((((.((((((((...))))))))...))))...))))))...))))))(((.(((((((((.((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).......(((((....(((.((...(((......)))..)))))....))))).)))))))))..))).......)))))))..)))))).(((.....))).(((((...(((....)))......)))))......... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((......))))))(((..(((....))).)))...(((((((((..(((((((((((((((((((((...)))))))((((((.(((.....))).))((.(((((.(((((((((.((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).....(.(((((......(....)((((.((.....)).)))).....)))))))))))))))..))))))).)))))))))((((..((((((.....))).))).)))))))))))........))..))))))))).. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((...)))))))((.(((((....)))))))...(((((((((..(.(((((((((.((........))(.(((((...........))))).)...((.(((((..((((((((((((((((((.((((((...))))))((((...))))(((((......)))))....((((((((((..)))))))..).)))).)))).)))).))))))))...))))))).....(((((((((((......)).))))..))))).)))))))))(((...).)).)))))))))).. |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................(..........)..........(...(........(((.(((.((.((((..(((((((((.(((.(...(((((..(((....)))..)))))....)))).......(((((......(((...(((..........))).)))....))))).)))))))))...))))))....))).)))........)..................).............................. |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((........)))))((...(((....)))..))...(((((((((..((..((.(((...(..(((((.((.(((((...((((......((((.(((.((.((((..(((((((((.((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).......(((((.....((((...(((..........))).))).)..))))).)))))))))...))))))....))).)))).)))).))))).))......)))))..)...)))..))....))..))))))))).. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((......)))))).(....(......)...)....(((((((((..(((((((((((..(((((((.....)))))))..(((.((..(((((.(((.((.(((((.(((((((((.((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).......(((((.............(((......)))...........))))).)))))))))..)))))))....))).))))))).))).(((((......))))).)))))))))........))..))))))))).. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((......)))))).((..(((....))).))....(((((((((..((..((.(((((.((.((((((((.(((((.(.((((.....(((((.(((.((.(((((.(((((((((.((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))))....))).))))))))))))))).)).....)))))).)).)))))..))....))..))))))))).. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((......)))))).((..(((....))).)).....((((((((..(((((((((((..((((((((...))))))))..(((.((..(((((.(((.((.(((((.(((((((((.((((((...(((((((((....)))))))))...)))))).......(((((....(((.((...(((......)))..)))))....))))).)))))))))..)))))))....))).))))))).))).(((((......))))).)))))))))........))..))))))))... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((...((((((.....((((............))))......(((....))).)))))).((((.....)))).))).(((.....))).((((..........))))....((((.((((...(((((((((....)))))))))...)))).(((.......))).))))..((((((....))))))..(((.(((.........)))..(((((................))))).)))...((((((......)))))).((((......))))..(((.......))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |