RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00153

RNA: SRP_00153
Rfam family: Plant_SRP

			GCCGGUCUUAGCAACGUGGGCCUGUAACCCAAGUGGGGGCAUGUGGGAAAUGGGACUUUGGGUCAACCUAGUGGAUCGGGUCCAGUGUUAGCUGCUUACUGGUCUGCCCAUUCCAAGCCGGGAGUUGGGCUGAGUGACCUGGGCGAAGGGCUGGGUUGCGCACGUCCUAGAGUGGAGGGCAAUGCGUGAGGCUGGCUUCACAGAGCAGCGACUACCUCCCGCUCUCGGCAGUGGAAGGAUAACGGGCCGGUGCUACCUGGGUCCACCAUGCUUCACUAGGCUGACUCUUAAUAGGACCAUUUCUUUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((.((((......)))).))....((((..)))))))..(.(((((((((..((((((((((..((((((((.(((((((((.(.(((.((....((((((((.((.(((((.(((((((((.((..((.(((((((((.(....).))))))))).))..))((..)).(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))))....)))))))))))))))))))))).....).))))))))..)))))..))).))..))))))))).)
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.........))))).....(((....))))))....(((((((((..((..(((((..(((((((((..((((((((.((.(((.....((((((((..((.((((..(((((((((.(((...(((..(((......)))))).((((((((..(((((.......))))).....((((((....))))))...)).))))))...))).)))))))))...)))))).....))))))))))))))))))))).......)))))))))..))))).....))..)))))))))..
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((........))).......(((....))).........((((.(...((((((((.((.(((.(((((.((((((((...((((......((((((((....(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))......)))))))).)))).))))))))......))))).))).)).)))..))).))...).))))....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............(.((((.......)))).)...........(((((((((..((..((((((.(((((((((.(((((((((.(.((((.....(((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((.(((((((((.(....).))))))))).)).))))......(((((....(((((((((....))))))...))).......))))).)))))))))..)))))))....)))))))))))))))))))))).....).))))))))).)))))).....))..)))))))))..
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.((((......)))).)))...(((....)))........((((((((..((..((((((.(((((((((..((((((((.(..(((.....(((((((((.((.(((((.(((((((((.((..((.(((((((((.(....).))))))))).))..)).......(((((.....(.......(((......))).....).....))))).)))))))))..)))))))....)))))))))))).))))))))).......))))))))).)))))).....))..))))))))...
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.((..........)).))....(((....))))))..(.(((((((((..((((((((((.(((((((((.(((((((((.....(.((....((((((((.((.(((((.(((((((((.((((...(((((((((.(....).)))))))))....))))......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))))....)))))))))))...)))))))).....).))))))))).)))))..))).))..))))))))).)
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((.....((.((((.......)))).))..))))....(((((((((..((((((((((.(((((((((.(((((((((.(.((((.....(((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((.(((((((((.(....).))))))))).)).))))......(((((((..((((((((((())))))))...))))).....))))).)))))))))..)))))))....)))))))))))))))))))))).....).))))))))).))))))..)).))..)))))))))..
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((........))))))(...(((....)))..).....((((((((..((..........(((...(((.((((((((.((.(((......((((((((.((.(((((.((((((((..((((((.(((((((((((....))))))))))).)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))..)))))))....)))))))).)))))))))))))......)))...))).............))..))))))))...
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((......[[[[[)))).....(((....)))..]]]]](((((((((......((((((.(((((((((...(((((((...((((.....(((((((((....(((((.(((((((((...(((..........)))..(((....(((((((((.(((((.......)))))..)))((((((....))))))......)))))).)))...)))))))))..)))))......))))))))))))).))))....)))....))))))))).)))))).........)))))))))..
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.........))))).....(((....))))))....(((((((((..((..((((((.(((((((((.(((((((((.((.(((.....(((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((.(((((((((.(.....)))))))))).)).))))......(((((....(((((((((....))))))...))).......))))).)))))))))..)))))))....))))))))))))))))))....))).)).))))))))).)))))).....))..)))))))))..
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.........))))).....(((....))))))....(((((((((..((..((((((.(((((((((..((((((((.((.(((.....(((((((((.((.(((((.(((((((((.((((...(((((((((........)))))))))[[[.))))......(((((....]]]((((({{{...))))).....}}}.....))))).)))))))))..)))))))....)))))))))))))))))))))).......))))))))).)))))).....))..)))))))))..
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.((((......)))))).....(((....))))))...((((((((((..((((((((((((((((((((((((((((((.((.(((.....(((((((((.((.(((((.((((((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))).......((((....(((.((...(((......)))..)))))....))).).)))))))))..)))))))....))))))))))))))))))))))).....)))))))))))))))))..)).))..)))))))))).
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.(((((.........))))).....(((....))).))....(((((((((..((..((((((.(((((((((.(((((((((.(.((((.....(((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((.(((((((((.(.....)))))))))).)).))))......(((((....(((((((((....))))))...))).......))))).)))))))))..)))))))....)))))))))))))))))))....)).)).))))))))).)))))).....))..)))))))))..
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.........))))).....((((..)))))))....(((((((((......((((((.(((((((((..((((((((...((((.....(((((((((....(((((.(((((((((.((((...(((((((((........)))))))))....))))......(((((....((((((((((..)))))))...))).......))))).)))))))))..)))))......))))))))))))).)))))))).......))))))))).)))))).........)))))))))..
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((........)))))(((..(((....))).)))..((((((((((..((...(((.(..(((((((((.((((((((...((((......((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((......((((...((((...).)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))......)))))))))..).)))......))..)))))))))).
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((........)))))(((..(((....))).)))..((((((((((..((...(((....(((((((((.((((((((...((((......((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((......((((...((((...).)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))......)))))))))....)))......))..)))))))))).
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.........))))).....(((....))))))....(((((((((..((..((((((.(((((((((..((..((((.((.(((.....(((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((.(((((((((........))))))))).)).))))......(((((....(((((((((....))))))...))).......))))).)))))))))..)))))))....))))))))))))))))))..)).......))))))))).)))))).....))..)))))))))..
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.(......)))))).....(((....))))))....(((((((((..((((((((((.(((((((((.(((((((((.(.((((.....(((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((.((((((((.((.....)))))))))).)).))))......(((((....(((((((((....))))))...))).......))))).)))))))))..)))))))....)))))))))))))))))))....)).)).))))))))).))))))..)).))..)))))))))..
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((.......((((.......))))....)))))....(((((((((......((((((.(((((((((....((((.......(((((((........(((((((((......))))).))))...(((((((((........)))))))))....(((((.......))))).....((((((....)))))).))))))).........(((((......)))))..))))...(((((...........))))).......))))))))).)))))).........)))))))))..
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................(((....)))........................................((((((.....(((........(((((((.((.(((((.((((((((..((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))..)))))))....)))))))...)))...))))))...........................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.........))))).....(((....))))))....(((((((((..((..((((((.(((((((((.(((..((((.((.(((.....(((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((.(..(((..(.(....).)..)))..).)).))))......(((((.(..(((((((((....))))))...)))..)....))))).)))))))))..)))))))....))))))))))))))))))..)).....).))))))))).)))))).....))..)))))))))..
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.((((.........)))).(((..((.....))..)))....)).(((((..((..((((((.(((((((((..((..((((.((.(((.....(((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((.(((((((((........))))))))).)).))))......(((((....(((((((((....))))))...))).......))))).)))))))))..)))))))....))))))))))))))))))..)).......))))))))).)))))).....))..)))))......
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.........))))).....(((....))))))....(((((((((..((..((((((.(((((((((.(((..((((.(.((((.....(((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((.(..(((..(.(....).)..)))..).)).))))....(.(((((.(..(((((((((....))))))...)))..)....)))))))))))))))..)))))))....))))))))))))))))))..)).....).))))))))).)))))).....))..)))))))))..
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.((((((((..(.((((.(....))))))))))))))).))(((((((((..((((((((((((((((((((..(((.((((.............)))).)..))((((((((((....))))))))))....((((((((.(((((((((.((((..((.(((......)))))))))...(((((((..)))))))..).)))..((.(((((((((((((........).))).).))))).)))))..))))))))))..).))))))))))))))))))..)).))..)))))))))..
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................(....)..(..(((..(..(.(((........(((((((.((.((((..((((.((((..((((..((((((((..(....)..))))))))..).))).......(((((......(((...(((..........))).)))....))))).)))).))))...))))))....))))))).......)).)............)...)......)))......)..............
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.........))))).....(((....))))))....(((((((((..((..((((((.(((((((((.(((..((((.(.((((.....(((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((.(..(((..(.(....).)..)))..).)).))))......(((((....(((((((((....))))))...))).......))))).)))))))))..)))))))....))))))))))))))))))..)).....).))))))))).)))))).....))..)))))))))..
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.........))))).....(((....)))))).....((((((((..((..((((((.(((((((((.(((..((((.(.((((.....(((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((.(..(((..(........)..)))..).)).))))......(((((....(((((((((....))))))...))).......))))).)))))))))..)))))))....))))))))))))))))))..)).....).))))))))).)))))).....))..))))))))...
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((.........))))).....((((............))))..........(((((....)))))..((((((...((((....))))....)))))).(((((((((......)))).))))).((((.((((((........)))))).(((((.(((((.......)))))..)))))...((((((((....)))).(((.........)))...))))..(((..((((..((((.........)))).)))).))).(((......)))..)))).....(((.......)))..
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.((((....(((.(((<<<<<..))).{{{>>>>...>)).....)))))}}}.((((....)))).((((.....))))......(((((((..(((...bbbbbbbbb...)))BBBB.BBBBB...((((((((.....aaaaa))))))))....AAAAA.[[[[[[[[[.......((((((....)))))).))))))).....]]].]]]]]].)))).((((..((((..((((.........)))).)))).....(((......)))....(((.....))))))).......

---