|
|
|
ACGGCUGUAAUGGUCAAACGGUGAAGGCUCUCGCACAAAGGCCCGCCACUCCCCAAUCCCACCCCCGUCAGAUCCCCUCCGUUCGACGCCCAGCCCGAACGCCGCGGUGGCCGCCCGCUCGUACAGGUAACUUACGAUGUCGGAAACACUUUACCGUGGCCCUAAGCAAUGGAGAUGACACUUCAGGGAGGCUUCACUCUGCAGAGAACUCUCCCCCGUCGCGUGGCGGGCUGGAUUACGAUCGCGGAGGGCGUGGGUUGGGGUGGUGGGACGGAGAAUGCCAACACCUUUUUUUUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
..(((.......))).((.((.........(.(((......(..((((((((..((((..((....))..))).....(..(.(((.(.((((((((.((((.((((...(((.(.(.(((((.((....))))))))).)))..................(...)....(((((.....(((....(((......)))....)))...))))).)))).))))..))))))))....)..))).)..)........).)))))))))..........)).).)...)).))......
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.((((.....))).....((((..(((((((.(.......(((((((..((((((.(((((............(((((((((((....((((((((.((((.((((.(((((((((((((((.((....))))))).).)))............))))))........(((((......)))))(((((..(((.((....)).)))..))))))))).))))..))))))))....)))..)))))))).))))))))))))))))))..)))))..)))..))))........)) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.(((..((((.....((((..((((..........)))))))).((((((....(((((((..(((....(((((((((((....((((((((...(((((((((((((.....(((((.((....)))))))...))).......)))))))))).....((..(((((......)))))((((((.....(((....)))...)))))).....))....))))))))....)))..))))))))..)))...)))))))..))..))))...))))))))).......... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................(((((..(((((((......................................................(((.(((((((..(((((((((....((((...(((((.((....))))))).))))...........................((((((((..((((....(((......)))....)))))))))))))))))))))...)))))))....)))...................................)))))))..)))))........ |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................((.((((..(((((((.......(.(((((((..((((((.(((((............(((((((((((..(.((((((((.(((((((((((.....(((((((((.((....))))))).).)))........)))))))............((((......)))).((((((.(((..((....))))).)))))).....))))..)))))))).)..)))..)))))))).)))))))))))))))))).).))))..)))..)))).))....... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................((((..(((((((.......(.(((((((..((((((.(((((............(((((((((((....((((((((.((((((((((..........(((((.((....)))))))...............))))))...........................((((((.(((..((....))))).)))))).....))))..))))))))....)))..)))))))).)))))))))))))))))).).))))..)))..)))).......... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.......)))..(.((((..(((..(........(.((((((((.((.((((((.((....))......((((((((....((.((((((((.((((.((((..((...(((.(((((.((....)))))))...)))...(((......))).......))...(((((.....(((....(((......)))....)))...))))).)))).))))..))))))))....))...))))))))...)))))))))))))))).)...)...)))..)))).)........ |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.......)))(((.((((..(((((((.......(.(((((((..((((((.(((((...(....)...(((((((((((..(.((((((((.((((.((((.(((((((((((((((.((....))))))).).)))............))))))........(((((......)))))((((((.(((..(((())))))).)))))))))).))))..)))))))).)..)))..)))))))).)))))))))))))))))).).))))..)))..)))).)))...... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((.......))...........(((((((.......................(.((................((.((((..((((.((((((((.(((((((((...(((((((((((((.((....))))))).).))..........)..))))...........(((((.(...(((....(((......)))....))).).))))).)))))))))..))))))))....)).)))))).)).....)))...............))).).)))................ |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((.....))))....((((..(((((((.........((((((((..(((((.(((((............(((((((((((....((((((((.((((.((((.(((((((((.(((((.........)))))...)))(((...)))...))))))........(((((......)))))((((((.(((..........))).)))))))))).))))..))))))))....)))..)))))))).))))))))))))))))))...))))..)))..)))).......... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((.....))))....((((..(((((((.........(((((((..((((((.(((((............(((((((((((....((((((((.((((.((((.(((((((((((((((.((....))))))).).)))............)))))).........((((......)))).((((((.(((.((....)).))).)))))))))).))))..))))))))....)))..)))))))).))))))))))))))))))...))))..)))..)))).......... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.......)))....((((..(((.(((.........(((((((..((((((.(((((............(((((((((((....((((((((.((((.((((.(((((((((.(((((.((....)))))))...)))............))))))..........((........))(([[[[[[.[[[....))....]]].]]]]]])))).))))..))))))))....)))..)))))))).))))))))))))))))))...)))...)))..)))).......... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((.....))))....((((..(((((((.((........................................(..(((.(((((((((((((((.(((((((((.(((((((((.(((((.((....)))))))...)))............)))))).........(((((((..(((((..((((......)))).).))))))))))).)))))))))..)))))))))...)))))))))..).....................)))))..))))..)).....))..... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((.....))))....((((..(((((((.........(((((((..((((((.(((((............(((((((((((....((((((((.((((.((((.(((((((((((((((.((....))))))).).)))............)))))).........((((......)))).((((((.(((.((....)).))).)))))))))).))))..))))))))....)))..)))))))).))))))))))))))))))...))))..)))..)))).......... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((...)))))....((((..(((((((.........(((((((((((.....(((((............(((((((((((....((((((((.....(((((((((((((((.(((((.........)))))...)))............))))))........(((((......)))))((((((.....((((..))))...))))))..))))))...))))))))....)))..)))))))).)))))..)))))))))))...))))..)))..)))).......... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((.....)))...(((((...(((((....................................................(..(((.(((((((..(((((((((.((..(((...(((((.((....))))))).)))..)).........................((((((...((((..(.(((......)))..).)))).)))))).)))))))))...)))))))....)))...)................................)))))...)))))........ |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((.....)))...(((((...(((((....................................................(..(((.(((((((..(((((((((.((..(((...(((((.((....))))))).)))..)).........................((((((...((((..(.(((......)))..).)))).)))))).)))))))))...)))))))....)))...)................................)))))...)))))........ |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((.....))))....((((..(((((((.........(((((((..((((((.(((((............(((((((((((....((((((((.((((.((((.(((((((((.(((((.((....)))))))...)))............))))))........(((((......)))))(((((..(((.((....)).)))..))))))))).))))..))))))))....)))..)))))))).))))))))))))))))))...))))..)))..)))).......... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((...)))))(((.((((..((((((((........(((((((..((((((.(((((............(((((((((((....((((((((.((((.((((.(((((((((((((((.((....))))))).).)))............))))))........(((((......)))))((((((.(((..........))).)))))))))).))))..))))))))....)))..)))))))).)))))))))))))))))).).))))..)))..)))).)))...... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((...)))))....((((.....((((.........(((((((((((.....(((((............((((((((.......((((((((.((((.((((.((((((...........(((((....................)))))))))))........(((((......)))))((((((..................)))))))))).))))..)))))))).........)))))))).)))))..)))))))))))...)))).......)))).......... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................................................(((.(((......(((((((((....((((...(((((.((....))))))).))))............................(((((.....(((....(((......)))....)))...))))).)))))))))(.....))))....)))......................................................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((.....))))....((((..(((((((.(.......(((((((..((((((.(((((...(....)...(((((((((((....((((((((.((((.((((.((((((..(((((((.((....))))))).)).(....)........))))))........(((((......)))))(((((..(((.((....)).)))..))))))))).))))..))))))))....)))..)))))))).))))))))))))))))))..)))))..)))..)))).......... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...............)).((..(((((((.........(((((((..((((((.(((((............(((((((((((....((((((((.((((.((((.(((((((((.(((((.((....)))))))...)))............))))))........(((((......)))))(((((..(((.((....)).)))..))))))))).))))..))))))))....)))..)))))))).))))))))))))))))))...))))..)))..))............ |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((.....))))....((((..(((((((((......))((((((..((((((.(((((...(....)...(((((((((((....((((((((.((((.((((.((((((..(((((((.((....))))))).)).(....)........))))))........(((((......)))))(((((..(((.((....)).)))..))))))))).))))..))))))))....)))..)))))))).)))))))))))))))))....))))..)))..)))).......... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((.....))))(((((((((((((((((.(.(...)(((((((((..(((((.(((((...((..))...(((((((((((....((((((((.(((((((((.((..((.(.((....(((....(..((........))((((......)))).((........))).(((...((......))....))).)))...))))..)..))))).)).))))))))))))...).))..)))))))).)))))))))))))))))).))))))..)))))))))))))...... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................(((.(..))))...(..(.....(.......(............................)..............(.(((((......)))).).).....................................................................)..................).)... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((.....))))....((((..(((((((.........(((((((..((((((.(((((...(....)...(((((((((((....((((((((.((((.((((.((((((...((((((.((....))))))).)..(....)........)))))).........((((......)))).(((((..(((.(......).)))..))))))))).))))..))))))))....)))..)))))))).))))))))))))))))))...))))..)))..)))).......... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((.....))))....((((..(((((((.........(((((((..((((((.(((((............(((((((((((....((((((((.((((..(((.(((((((((((((((.((....))))))).).)))............))))))........(((((......)))))(((((..(((.((....)).)))..))))))))..))))..))))))))....)))..)))))))).))))))))))))))))))...))))..)))..)))).......... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((.....))))....((((..(((.((.......)))))))))....(((....(((((((.(((.((..........))))).((((..((((.....((((.......)))).((((.((....))))))...))))...............(((((..((..(((((......))))).((((......))))..............((((((....)))))).............))..))))).))))..))))))).)))...(((...........)))........ |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((.....)))).....((((.cccc.))))......((((.............{{{((((.(((......ddddddddddd))).......DDDDD((((((((....)).))).((((.((....)))))).((((DDD......bbb....)))..BBB.....[[[[..))))]]]].DDD.))))....(((((.......aaaaa((((((.<<<)))))).......>>>...)))))))))..AAA.AA}}.((((.....}CCCC..))))............... |