CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00157



RNA: SRP_00157
Rfam family: Fungi_SRP

ACGGCUGUAAUGGUCAAACGGUGAAGGCUCUCGCACAAAGGCCCGCCACUCCCCAAUCCCACCCCCGUCAGAUCCCCUCCGUUCGACGCCCAGCCCGAACGCCGCGGUGGCCGCCCGCUCGUACAGGUAACUUACGAUGUCGGAAACACUUUACCGUGGCCCUAAGCAAUGGAGAUGACACUUCAGGGAGGCUUCACUCUGCAGAGAACUCUCCCCCGUCGCGUGGCGGGCUGGAUUACGAUCGCGGAGGGCGUGGGUUGGGGUGGUGGGACGGAGAAUGCCAACACCUUUUUUUUUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] ..(((.......))).((.((.........(.(((......(..((((((((..((((..((....))..))).....(..(.(((.(.((((((((.((((.((((...(((.(.(.(((((.((....))))))))).)))..................(...)....(((((.....(((....(((......)))....)))...))))).)))).))))..))))))))....)..))).)..)........).)))))))))..........)).).)...)).))......
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (.((((.....))).....((((..(((((((.(.......(((((((..((((((.(((((............(((((((((((....((((((((.((((.((((.(((((((((((((((.((....))))))).).)))............))))))........(((((......)))))(((((..(((.((....)).)))..))))))))).))))..))))))))....)))..)))))))).))))))))))))))))))..)))))..)))..))))........))
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((.(((..((((.....((((..((((..........)))))))).((((((....(((((((..(((....(((((((((((....((((((((...(((((((((((((.....(((((.((....)))))))...))).......)))))))))).....((..(((((......)))))((((((.....(((....)))...)))))).....))....))))))))....)))..))))))))..)))...)))))))..))..))))...)))))))))..........
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................(((((..(((((((......................................................(((.(((((((..(((((((((....((((...(((((.((....))))))).))))...........................((((((((..((((....(((......)))....)))))))))))))))))))))...)))))))....)))...................................)))))))..)))))........
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ................((.((((..(((((((.......(.(((((((..((((((.(((((............(((((((((((..(.((((((((.(((((((((((.....(((((((((.((....))))))).).)))........)))))))............((((......)))).((((((.(((..((....))))).)))))).....))))..)))))))).)..)))..)))))))).)))))))))))))))))).).))))..)))..)))).)).......
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................((((..(((((((.......(.(((((((..((((((.(((((............(((((((((((....((((((((.((((((((((..........(((((.((....)))))))...............))))))...........................((((((.(((..((....))))).)))))).....))))..))))))))....)))..)))))))).)))))))))))))))))).).))))..)))..))))..........
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((.......)))..(.((((..(((..(........(.((((((((.((.((((((.((....))......((((((((....((.((((((((.((((.((((..((...(((.(((((.((....)))))))...)))...(((......))).......))...(((((.....(((....(((......)))....)))...))))).)))).))))..))))))))....))...))))))))...)))))))))))))))).)...)...)))..)))).)........
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((.......)))(((.((((..(((((((.......(.(((((((..((((((.(((((...(....)...(((((((((((..(.((((((((.((((.((((.(((((((((((((((.((....))))))).).)))............))))))........(((((......)))))((((((.(((..(((())))))).)))))))))).))))..)))))))).)..)))..)))))))).)))))))))))))))))).).))))..)))..)))).)))......
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((.......))...........(((((((.......................(.((................((.((((..((((.((((((((.(((((((((...(((((((((((((.((....))))))).).))..........)..))))...........(((((.(...(((....(((......)))....))).).))))).)))))))))..))))))))....)).)))))).)).....)))...............))).).)))................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((.....))))....((((..(((((((.........((((((((..(((((.(((((............(((((((((((....((((((((.((((.((((.(((((((((.(((((.........)))))...)))(((...)))...))))))........(((((......)))))((((((.(((..........))).)))))))))).))))..))))))))....)))..)))))))).))))))))))))))))))...))))..)))..))))..........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((.....))))....((((..(((((((.........(((((((..((((((.(((((............(((((((((((....((((((((.((((.((((.(((((((((((((((.((....))))))).).)))............)))))).........((((......)))).((((((.(((.((....)).))).)))))))))).))))..))))))))....)))..)))))))).))))))))))))))))))...))))..)))..))))..........
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((.......)))....((((..(((.(((.........(((((((..((((((.(((((............(((((((((((....((((((((.((((.((((.(((((((((.(((((.((....)))))))...)))............))))))..........((........))(([[[[[[.[[[....))....]]].]]]]]])))).))))..))))))))....)))..)))))))).))))))))))))))))))...)))...)))..))))..........
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((.....))))....((((..(((((((.((........................................(..(((.(((((((((((((((.(((((((((.(((((((((.(((((.((....)))))))...)))............)))))).........(((((((..(((((..((((......)))).).))))))))))).)))))))))..)))))))))...)))))))))..).....................)))))..))))..)).....)).....
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((.....))))....((((..(((((((.........(((((((..((((((.(((((............(((((((((((....((((((((.((((.((((.(((((((((((((((.((....))))))).).)))............)))))).........((((......)))).((((((.(((.((....)).))).)))))))))).))))..))))))))....)))..)))))))).))))))))))))))))))...))))..)))..))))..........
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((...)))))....((((..(((((((.........(((((((((((.....(((((............(((((((((((....((((((((.....(((((((((((((((.(((((.........)))))...)))............))))))........(((((......)))))((((((.....((((..))))...))))))..))))))...))))))))....)))..)))))))).)))))..)))))))))))...))))..)))..))))..........
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((.....)))...(((((...(((((....................................................(..(((.(((((((..(((((((((.((..(((...(((((.((....))))))).)))..)).........................((((((...((((..(.(((......)))..).)))).)))))).)))))))))...)))))))....)))...)................................)))))...)))))........
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((.....)))...(((((...(((((....................................................(..(((.(((((((..(((((((((.((..(((...(((((.((....))))))).)))..)).........................((((((...((((..(.(((......)))..).)))).)))))).)))))))))...)))))))....)))...)................................)))))...)))))........
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((.....))))....((((..(((((((.........(((((((..((((((.(((((............(((((((((((....((((((((.((((.((((.(((((((((.(((((.((....)))))))...)))............))))))........(((((......)))))(((((..(((.((....)).)))..))))))))).))))..))))))))....)))..)))))))).))))))))))))))))))...))))..)))..))))..........
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((...)))))(((.((((..((((((((........(((((((..((((((.(((((............(((((((((((....((((((((.((((.((((.(((((((((((((((.((....))))))).).)))............))))))........(((((......)))))((((((.(((..........))).)))))))))).))))..))))))))....)))..)))))))).)))))))))))))))))).).))))..)))..)))).)))......
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((...)))))....((((.....((((.........(((((((((((.....(((((............((((((((.......((((((((.((((.((((.((((((...........(((((....................)))))))))))........(((((......)))))((((((..................)))))))))).))))..)))))))).........)))))))).)))))..)))))))))))...)))).......))))..........
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................(((.(((......(((((((((....((((...(((((.((....))))))).))))............................(((((.....(((....(((......)))....)))...))))).)))))))))(.....))))....))).........................................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((.....))))....((((..(((((((.(.......(((((((..((((((.(((((...(....)...(((((((((((....((((((((.((((.((((.((((((..(((((((.((....))))))).)).(....)........))))))........(((((......)))))(((((..(((.((....)).)))..))))))))).))))..))))))))....)))..)))))))).))))))))))))))))))..)))))..)))..))))..........
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((...............)).((..(((((((.........(((((((..((((((.(((((............(((((((((((....((((((((.((((.((((.(((((((((.(((((.((....)))))))...)))............))))))........(((((......)))))(((((..(((.((....)).)))..))))))))).))))..))))))))....)))..)))))))).))))))))))))))))))...))))..)))..))............
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((.....))))....((((..(((((((((......))((((((..((((((.(((((...(....)...(((((((((((....((((((((.((((.((((.((((((..(((((((.((....))))))).)).(....)........))))))........(((((......)))))(((((..(((.((....)).)))..))))))))).))))..))))))))....)))..)))))))).)))))))))))))))))....))))..)))..))))..........
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((.....))))(((((((((((((((((.(.(...)(((((((((..(((((.(((((...((..))...(((((((((((....((((((((.(((((((((.((..((.(.((....(((....(..((........))((((......)))).((........))).(((...((......))....))).)))...))))..)..))))).)).))))))))))))...).))..)))))))).)))))))))))))))))).))))))..)))))))))))))......
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................(((.(..))))...(..(.....(.......(............................)..............(.(((((......)))).).).....................................................................)..................).)...
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((.....))))....((((..(((((((.........(((((((..((((((.(((((...(....)...(((((((((((....((((((((.((((.((((.((((((...((((((.((....))))))).)..(....)........)))))).........((((......)))).(((((..(((.(......).)))..))))))))).))))..))))))))....)))..)))))))).))))))))))))))))))...))))..)))..))))..........
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((.....))))....((((..(((((((.........(((((((..((((((.(((((............(((((((((((....((((((((.((((..(((.(((((((((((((((.((....))))))).).)))............))))))........(((((......)))))(((((..(((.((....)).)))..))))))))..))))..))))))))....)))..)))))))).))))))))))))))))))...))))..)))..))))..........
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((.....))))....((((..(((.((.......)))))))))....(((....(((((((.(((.((..........))))).((((..((((.....((((.......)))).((((.((....))))))...))))...............(((((..((..(((((......))))).((((......))))..............((((((....)))))).............))..))))).))))..))))))).)))...(((...........)))........
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((.....)))).....((((.cccc.))))......((((.............{{{((((.(((......ddddddddddd))).......DDDDD((((((((....)).))).((((.((....)))))).((((DDD......bbb....)))..BBB.....[[[[..))))]]]].DDD.))))....(((((.......aaaaa((((((.<<<)))))).......>>>...)))))))))..AAA.AA}}.((((.....}CCCC..))))...............