RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00158

RNA: SRP_00158
Rfam family: Fungi_SRP

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Reference structure (ext)		[ sec struct ]	..((.......))...((((.(..(.(.(.((((.(.....((.((((..(.((...........)))..)))).))(((..(..((.....(......).....(.((.((...............)).)).))).)..))).................(...(..............((.((((....)))).))............)...).........(((.(.(((((...((((((.((((..(.......((((((((((.......(((....((((.(((((((.((....)))))))))...))))....))).............((((((.(...).))))))......((((((....(((((....(((......)))....))))).))))))))))))))))...)..))))...)))))).)))))).)))..(((...(...))))........).)))).).))..).)))).......
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.......(((((((((((.(((((.((..(((((((.(((((...)))))...))))))).((((((((((((....))))))).........(((....)))..(((((((((((.((...((((((((.....))))))))..)).)))))))))))...))))).(((((((((.(((......)))..(((((((..(((((((((((....))))))))))).(((((..((((((((((((((((((.((((((((((.((((..((.....)).((((((((((((.((....))))))).))).)))).)))).))))))))))....((((((.......))))))......(((((((...((((((...(((......)))...)))))))))))))...))))).....)))).))...))))))))))))...)))))))))))))))).))..)))))..)))))....))))))........)
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((((((((..((((((((..(((((((.(((((...)))))...)))))))(((((((((((((....))))))).........(((....)))..(((((((((((.((...((((((((.....))))))))..)).)))))))))))...)))))).((((((((.(((......)))..(((((((..(((((((((((....))))))))))).(((((..((((((((((((((........(((((((((((......(((((..((((((((((((.((....))))))).)))).)))...((((..(((((..(((((...(((((...........)))))..)))))....))))).(((....)))..)))))))))........)))))))))))..))))).))...))))))))))))...))))))))))))))).))))..)))).....))))..)))))).........
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................(((...(((((((...............................................................................................................................................................................((((((....))))))................(((..((((((........(((((.((((..............((((...(((((.((....))))))).....)))).............................................((((((((...((((....(((......)))....)))))))))))))))).)))))..))..))))....)))............................................)))))))..))).......
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((((((((.............(((((((.((((.....))))...)))))))(((((((((((((....)))))))).........((....))...(((((((((((.((...((((((((.....))))))))..)).)))))))))))....)))))(((((((((...............(((((((..(((((((((((....))))))))))).(((((..(((((((((((((.........(((((((((((.............((((((((((((.((....)))))))).))).)))...............((((..(((((.......)))))))))....((((((...((((((...(((......)))...))))))))))))))))))))))))))))....)...))))))))))))...))))))))))))))))................)))..)))))).........
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((((................(((((((.((((.....))))...))))))).((((((((((((....))))))))....................(((((((((((.((...((((((((.....))))))))..)).)))))))))))....)))).(((((((((...............(((((((..(((((((((((....)))))))))))...(((..((((((................(((((((((((.............(((.((((((((.........)))))).))..)))................(((...((((.......)))).)))......(((((...(((((....................)))))))))).)))))))))))..............))))))))).....)))))))))))))))).....................)))))).........
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((........))....(((.(.........((((((.((((.....))))...))))))((((((..(((((......)))))((..............))....(((((((((((.(....((((((((.....))))))))...).)))))))))))....))))))(((((((..(((......)))..(((((((.((((((((((((....))))))))))).(((((...((((((((((((.........(((((((((((((((..(((.(((.....(((((((.((....)))))))))....))))))..))))).....................................((((....(((((....(((......)))....))))).))))..))))))))))))))....))...)))))).))))).).))))))).))))))).......(((((.......)))))).)))........
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((((((((..((((......(((((((.(((((...)))))...)))))))(((((((((((((....))))))))........(((....)))..(((((((((((.((...((((((((.....))))))))..)).)))))))))))....)))))(((((((((.(..........)..(((((((..(((((((((((....))))))))))).(((((..((((((((((((((((......(((((((((((((((......(((((((((((((((.((....)))))))).))).)))..))))))).....(((((..(((((.......))))))))))...((((((...((((((...(((......)))...)))))))))))))))))))))))))))))).))...))))))))))))...))))))))))))))))......)))....).))))..)))))).........
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((.....((((............................................................................................................(....................................................................................................(.....((((((.(((((((........((((((((((...........((((...((((((((.((....)))))))).))....)..))).........................................(((((.....((((....(((......)))....))))..))))).))))))))))..))))).))....))))))...).......).........................)).)).....)))..........
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((((.(((((.((((((...(((((((.(((((...)))))...)))))))))))))(((((((....)))))))...))))).(((....)))..(((((((((((......((((((((.....)))))))).....)))))))))))(((.......((((((((.(((......)))..(((((((..(((((((((((....))))))))))).(((((..(((((((..((((.........(((((((((((((((..(((....((((((((((((.........))))).))).)))))))..)))).....(((((..(((((.......))))))))))...((((((...((((((...(((......)))...)))))))))))))))))))))))...))))......))))))))))))...))))))))))))))).......)))............)))))).........
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((((((((((.(((((.((...((((((.(((((...)))))...)))))).(((((.(((((((....))))))).........(((....)))..(((((((((((.((...((((((((.....))))))))..)).)))))))))))....)))))(((((((((.(((......)))..(((((((..(((((((((((....))))))))))).(((((..((((((((((((((........(((((((((((...((.....)).(((((((.((((.((....))))))..))).)))).(((((((..(((.((((........))))...)))..))))))).((((((...((((((...(((......)))...)))))))))))))))))))))))..))))).))...))))))))))))...)))))))))))))))).))..)))))..)))))....)))))).........
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((((((((............(((((((.(((((...)))))...)))))))(((((((((((((....)))))))).........((....))...(((((((((((.((...((((((((.....))))))))..)).)))))))))))[[[.)))))(((((((((.(((......)))..(((((((..(((((((((((....)))))))))))((..((..((((((((((((((((......(((((((((((.............((((((((((((.........)))))).)).))))...............((((..(((((.......)))))))))....((((((...((((((...(((......)))...)))))))))))))))))))))))))))))).)))...))))))))))....))))))))))))))))......]]]......))))..)))))).........
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.....))))......((.(((((((((.((((.(((((...)))))...)))).........(...........................................)....(.............................................................................................(((((.((....................................(((.((((((((((...........................((....))..............(((((((.(...............................................(((((..((((......)))).).))))))))))))))))))))))..))).)))))...))).......................................))))))))).....).).......
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((((((((((.((((((((...((((((.(((((...)))))...)))))).(((((.(((((((....))))))).........(((....)))..(((((((((((.((...((((((((.....))))))))..)).)))))))))))....))))).((((((((.(((......)))..(((((((..(((((((((((....))))))))))).(((((..((((((((((((((........(((((((((((...((.....)).(((((((.((((.((....))))))..)))).))).(((((((..(((.((((........))))...)))..))))))).((((((...((((((...(((......)))...)))))))))))))))))))))))..))))).))...))))))))))))...))))))))))))))).))))..))))..)))))....)))))).........
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((((((((((.(((((.....(((((((.(((((...)))))...)))))))((((((((((((((..)))))))))........(((....)))..(((((((((((......((((((((.....)))))))).....)))))))))))....)))))(((((((((...............(((((((..((((((((((((..)))))))))))).(((((..(((((((.(((((.........((((((((((..............((((.(((((((.........)))))))...)))).(((((((.............(((((.......))))))))))))(((((((...((((((...(((......)))...))))))))))))))))))))))))))))........))))))))))))...)))))))))))))))).....)))))....))))))..))))).........
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.....)))......(((....(((((...................................................................................................................................................................................((......)).............(....((((..((((((........(((((.((((...........((..(((...(((((.((....))))))).....)))..))...........................................((((((....((((..(.(((......)))..).)))).)))))).)))).)))))..))..))))....))))..).........................................)))))...))).......
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.....)))......(((....(((((...................................................................................................................................................................................((......)).............(....((((..((((((........(((((.((((...........((..(((...(((((.((....))))))).....)))..))...........................................((((((....((((..(.(((......)))..).)))).)))))).)))).)))))..))..))))....))))..).........................................)))))...))).......
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((((((((((.(((((.((..(((((((.((((.....))))...)))))))(((((((((((((....))))))).........(((....)))..(((((((((((.((...((((((((.....))))))))..)).)))))))))))...)))))).((((((((.(((......)))..(((((((..(((((((((((....))))))))))).(((((..(((((((.(((.((..((....((((..(((((((((..(((.(((...(((((((((.((....)))))))).))).))))))..))))))...(((((..(((((.......))))))))))..(((((((...((((((...(((......)))...))))))))))))).)))..)))).))..)))))...))))))))))))...)))))))))))))))..))..)))))..)))))....)))))).........
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((.(((((((((((.((((((((..(((((((.(((((...)))))...)))))))(((((((((((((....))))))).........(((....)))..(((((((((((......((((((((.....)))))))).....)))))))))))...))))))(((((((((.(((......)))..(((((((..(((((((((((....))))))))))).(((((..((((((((((((((((......(((((((((((.............((((((((((((.((....))))))).)))).))).(((((((..(((.((((........))))...)))..))))))).((((((...((((((...(((.(...))))...)))))))))))))))))))))))))))))).))...))))))))))))...))))))))))))))))))))..))))..)))))....)))))))).......
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................(((((....))))).................(((..(((...........(((((.((((..............((((...(((((.((....))))))).....))))..............................................(((((......(((....(((......)))....)))...))))).)))).)))))(.....))))....)))...............................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((((((((((.(((((.((..(((((((.((((.....))))...)))))))(((((((((((((....))))))).........(((....)))..(((((((((((.((...((((((((.....))))))))..)).)))))))))))...)))))).((((((((.(((......)))..(((((((..(((((((((((....))))))))))).(((((..(((((((((((((...((....((((..(((((((((..(((.(((..(..(..((((.((....))))))..).)..))))))..))))))...(((((..(((((.......))))))))))..(((((((...((((((...(((......)))...))))))))))))).)))..)))).)))))).))...))))))))))))...)))))))))))))))..))..)))))..)))))....)))))).........
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((((((((((.(((((((((..((((((.((((.....))))...))))))(((((((.((((((....))))))(((.......(((....)))..(((((((((((.((...((((((((.....))))))))..)).)))))))))))))))))))))((((((((.(((......)))..(((((((..(((((((((((....))))))))))).(((((..(((((((.(((.((..((....((((..(((((((((..(((.(((...(((((((((.((....)))))))).))).))))))..))))))...(((((..(((((.......))))))))))..(((((((...((((((...(((......)))...))))))))))))).)))..)))).))..)))))...))))))))))))...))))))))))))))))))))..))))..)))))....)))))).........
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((((.(((((((((((((..((((((((((((((((.((((((((...(((.(((((.(((((........))))).(((((((..(.(.(...).))..).))))))...)))).))))((((........)))).((((((((.((..(((((..))))).((((((.((......))....((.((...((((((((.((.......)))))))))).))))...)))))).(((((...(((((....((......))...)))))))))).......)).)))))))))))))))))))).))((((.(((((..((((((..((..)))))).))(..)(((((...))))).)))))))))....)))))))))))))...(((.((((((((((........)))))))))).)))(((((.(..(...)).)).)))..(((....))).)).))).))..)))...))))).........
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.....)))......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((((((((((.((((......(((((((.(((((...)))))...)))))))(((((((((((((....)))))))..........((....))...(((((((((((.((...((((((((.....))))))))..)).)))))))))))...)))))).((((((((.(((......)))..(((((((..(((((((((((....))))))))))).(.(((..(((((((((((((.........((((..((((..............(((.((.(((((.((....)))))))..))..)))...............((((..(((((.......)))))))))....((((((...((((((...(((......)))...)))))))))))).))))..))))...)))).))...)))))))))).)...))))))))))))))).......))))..)))))....)))))).........
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((((((((((.(((((.((..(((((((.(((((...)))))...)))))))(((((((((((((....))))))).........(((....)))..(((((..((((.((...((((((((.....))))))))..)).))))..)))))...)))))).((((((((.(((......)))..(((((((..(((((((((((....))))))))))).(..((..((((((((((((((........((((..(((((((((..(((.(((.....(..((((.((....))))))..)....))))))..))))))...(((((..(((((.......))))))))))..(((((((...((((((...(((......)))...))))))))))))).)))..))))..))))).))...)))))))))..)...)))))))))))))))..))..)))))..)))))....)))))).........

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