RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00160

RNA: SRP_00160
Rfam family: Fungi_SRP

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Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(..............(((((.((..((((((((((.(((((((.(((((.(((.....)))..((((..((((((((....(((...((((((.(((.(.(((((((....((((.((..((..(((((.......(((....))).....)))))..))))))))...(((((((((((((.((....)))))))))).)))))...((((..((.(((((.((..((.....))...)))))))))..))))......((((....(((......)))....))))...)))))))).))).))))))....)))...))))..))))))))..((((((....))))))......))))).))))))).(((...)))....)))))))).))..)))))))..........)
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((((.....(((((.((..((((((((((.((((((..(((((.((((...)))).(((((..((((((((....(((...((((((.(((...(((((((....((((............))))....((((..(((....((((...(((((((((.....(((((((((((((.((....)))))))))).)))))...((((.....((((..((((...........))))))))....))))....))))....)))))))))...)))))))......)))))))..))).))))))....)))...))))..))))))))).((((((....))))))......)))))..)))))).(((...)))....)))))))).))..)))))))...))))....
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................(((((....(((((((.....................................................((((((....))))))................................(((.(((((((.........(((((.((((.....((((...(((((.((....)))))))....)))).............................................((((((((...((((....(((......)))....)))))))))))))))).)).)))..)).)))))....)))..............................................................)))))))...............)))))...
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............(((((.((....((((((((.(((((((.(((((..(.......)...((((..((((((((..........((((((.(((...(((((((.............................(((((.....................)))))(((((((((((((((.........)))))))).))))).))...........((..(((((.......)..)))))).......((((((..........))))))..................)))))))..))).))))))..........))))..))))))))..((((((....))))))......))))).)))))))..(.....).....)))))))).....)))))))...........
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............(((((.......((((((((.(((((((.(((((...............((...((((((((..........((((((.((....(((((((..............................................................(((((((((((((.........)))))))).)))))...................(((...........)))..................................................)))))))...)).))))))..........))))..)))).))...((((((....))))))......))))).)))))))..............)))))))).......)))))...........
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((........))..(((((.((..((((((((((.(((((((.(((((.(((.......)))...((.(((((.((..........((((((....))))))........)).).)))).))............(((.((((((..........(((...((((....(((((((((((((.((....)))))))))).))))).............((...((((...........))))....))..(((((.....((((....(((......)))....))))..))))).))))....)))....))))))....)))............((((((....))))))......))))).))))))).(((...)))....)))))))).))..)))))))...........
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............(((((.((..((((((((((.(((((((.(((((.(((.....))).(((((..((((((((....((....((((((.(((.(.(((((((....(((..(((.............))).(((((..((...............)))))))(((((((((((((((.((....)))))))))).))))).)).........((((..((((((.....))..))))))))...((((((((..........))))))..........)))))...)))))))).))).))))))....))....))))..))))))))).((((((....))))))......))))).))))))).(((...)))....)))))))).))..)))))))...........
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((.......))................(((................................................................................((.................(.((((.(((((.......(((.((((((((((....((((.(((.((((.((....))))))).))..))))..............................................(((((....((((....(((......)))....)))).)))))..))))))).)))..))))))))....)))..).).............................)).........................)))............................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((........)))))))....((((((((.(((((((.(((((.(((......))).(((.......[[[[..)))....(((((((....)))))))...]]]].(((.[[[........)))..]]].(((((((((.....))))....[[[[)))))..(((((((((((((.........)))))))).)))))....]]]]...(((((..[[[[)))))......]]]]..(((((((....[[[[[[[......(((......)))......)))))))......]]]]]]]..(((...[[[[[.......[[[[[)))....]]]]]..]]]]]........))))).))))))).(((...)))....)))))))).......................
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((...)))).(((((.((..((((((((((.(((((((.(((((.((((...)))).(((((..((((((((....((....((((((.(((...(((((((....((((.((......)).)))).(((.(((((..((((...........))))))))))))((((((((((((.((....)))))))))).))))(((.((((..((.(((((.((..((.....))...)))))))))..))))..))).((((....(((......)))....))))...)))))))..))).))))))....))....))))..))))))))).((((((....))))))......))))).))))))).(((...)))....)))))))).))..)))))))...........
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............(((((.((..((((((((((.(((((((.(((((..............(((...((((((((....(((...((((((.(((...(((((((..............................(((([[[..................))))...(((((((((((((.........)))))))).)))))....((......((((..((((((.....))..)))))))).....)).........................]]]..........)))))))..))).))))))....)))...))))..)))).)))..((((((....))))))......))))).)))))))..............)))))))).))..)))))))...........
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(.(((.....))))....(.((..((((((((((........((((((.(((......)))...)))))).((((.........))))........................(..(((................(((((((.(.......(((.((((((((((..((((....(((((((.((....))))))))......))))).....................................((((....(((.(..(((((..((((......)))).).))))))))))))))))))).)))..))).)))))...)))))))..........................................................(((....)))..)))))))).))..)))..
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((...)))).(((((.((..((((((((((.(((((((.(((((.((((...)))).(((((..((((((((....((....((((((.(((...(((((((.....(((............)))......(((((..(((.............))))))))(((((((((((((((.((....)))))))))).))))).))((((..((.(((((.((..((.....))...)))))))))..))))......((((....(((......)))....))))...)))))))..))).))))))....))....))))..))))))))).((((((....))))))......))))).))))))).(((...)))....)))))))).))..)))))))...........
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((........)))))))....((((((((.((((((.((((((.((((...))))..(((.............)))....((((((((..))))))))....[[[[[[[[..........[[[[..[[[[...[[[[[[.........[[[[[[[[)))))).(((((((((((((.........)))))))).)))))..............]]]]]]]]..............(((((((..(((((.....((((....(((......)))....))))..))))).........)))))))]]]]]]........]]]]]]]]...(((((((..))))))).....]]]]]]]])))))).(((...)))....)))))))).......................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((.....))).....((((.....(((((.........................................................((......))..............................((...(((.(((((((.........(((((.((((...(..(((...(((((.((....)))))))....)))...)...........................................((((((....((((..(.(((......)))..).)))).)))))).)))).)).)))..)).)))))....)))..))...........................................................)))))................))))....
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((.....))).....((((.....(((((.........................................................((......))..............................((...(((.(((((((.........(((((.((((...(..(((...(((((.((....)))))))....)))...)...........................................((((((....((((..(.(((......)))..).)))).)))))).)))).)).)))..)).)))))....)))..))...........................................................)))))................))))....
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............(((((.((..((((((((((.(((((((.(((((.(((.....))).(((((..((((((((....(((...((((((..((((.((((((..(((.(((.(((((.((.....((((...(((((.((............))....)))))..(((((((((((((.((....)))))))))).)))))..))))..)).)))))))).)))......)).)))).........(((((.....((((....(((......)))....))))..))))).))))....))))))....)))...))))..))))))))).((((((....))))))......))))).))))))).(((...)))....)))))))).))..)))))))...........
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((([[[)))).(((((.((..((((((((((((((((((.(((((.((((...)))).(((((..((((((((.......((({{{{{{.{{{...{{{{{{{....((((............)))).....(((((..((((...........)))))))))(((((((((((((((.((....)))))))))).))))).)){{{{..{{.{{{{{.{{.{..)))......}}}}}}}}}}..}}}}......((((....(((......)))....))))...}}}}}}}..}}}.}}}}}}..........))))..)))))))))(((((((....)))))).)....))))).)))))))((((...))).)).)))))))).))..)))))))...]]].....
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................(((((....))))).................................(((.(((.............(((((.((((.....((((...(((((.((....)))))))....))))..............................................(((((......(((....(((......)))....)))...))))).)))).)).)))(.....))))....)))............................................................................................
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RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.((((((.....((((...)))).....(((((.....((((...(((.....)))..)))))))))..)))))).((....((((((..((((.((((((..(((.(((.(((((.((.....((((...(((((.((............))....)))))..(((((((((((((.((....)))))))))).)))))..))))..)).)))))))).)))......)).)))).........(((((.....((((....(((......)))....))))..))))).))))....))))))...(((((((.(((..((((.((...((((((....))))))...)).))))))))))))))......))...)))).((((.........))))...........
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............(((((.((..((((((((((((((((((.(((((.(((.....))).(((((..((((((((....(((...((((((.(((.(.(((((((.................(((((.......(((....))).....))))).(((((..((.(((((((((((((((.((....)))))))))).))))).)).))...((.(((((.((..((.....))...)))))))))(((((((((........)))(((......)))))))))))))))))))))).))).))))))....)))...))))..))))))))).((((((....))))))......))))).))))))).(((...)))..).)))))))).))..)))))))...........
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(((...(.(((((.((((((((((((((.((..((((.(((((((.....(.(((...((((((((.((((((.((...((((((((..))))))))....((((.((...(........)....))))))...)))))))))))))).))....))).)..)))))))))))..(((((...((((((..(((((((..)..))..))))((((.((.(...........)))))))(((((((((((((((....))))))))).............))))))(((((((...).)(((((((.((((..)))).))).))))....(((((((..))))))).)))))))))).)..)))))(((...)))..)))))))))).))))))))))))..))).....
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................((.....(.............((.............................)).......(.(.(................(.(((......)))....).........................................................................................).).))............................))......
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((.....))..(((((.((..((((((((((.(((((((.(((((.((((...))))..(((...((((((((....(((...((((((.(((.(.(((((((............................................................(((((((((((((((.((....)))))))))).))))).)).((......(((((.((..((.....))...))))))).....))......................................)))))))).))).))))))....)))...))))..)))).)))..((((((....))))))......))))).))))))).(((...)))....)))))))).))..)))))))...........
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((...)))).(((((.((..((((((((((.((((((..(((((.(((.....)))..((((..(((((.((((.((.((((((((((.((((...(((((((...((...(((..((......)).)))..))..)))))))...))))..(((((..((.(((((((((((((((.((....)))))))))).))))).)).))....)))))..)))).)))))).)))))).)))))....(((((.....((((....(((......)))....))))..)))))..))))....(((((((.((......)).))).))))....((((((....))))))......)))))..)))))).(((...)))....)))))))).))..)))))))...........
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((........)))).((((.......))))......((((((..(((.......)))..)).)))).......((((....((((((....)))))).(((....((((............)))).....(((((.....................)))))..(((((((((((((.((....)))))))))).)))))...))).......)))).((((...........)))).((((((..((.......))...))))))......((((......................)))).((((..(((((.......))))).......(((......))).)))).(((((..((.....)).)))))..(((((((((...........)).)))))))......
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((.....)))..((((.....))))....((((.(((..{{((((.(((.....)))..[[[..))))]]]..((((.....(((((((....))))))).......((((............))))...))))...((((.....))))))).....}})))).(((((((bbbb........)))).BBBBddd..)))DDD....(((((((((..eeee)))))......EEEEffffff(((.(((((.....<<<<.))))).>>>>...............)))..))))...FFFFFF....(((((.......))))).((((.(((((....))))).(((..ccc)))......(((..CCC)))..aaaaaaa)))).......AA.AAAAA........

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