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GCUGGAGGCGGUGGCACGUGCCUGUAGUCCCAGCUACUUAGGAGGCUGAGGCGGGAGGAUUGCUUGAGCCCAGGAGUUCUGGUCUGUAGUGCACCAUGCCCGUUGGGUGCCUGCACAAAGUUCAGCAUCAAUAUGGUGACCUUCCGGGAGCAGGGGACCAGCAGGUUUCCUAAGAAGGGGUGAACCGGCGCAGGUUGGAAAAGGAGCAGGUCAAAACUUCCAUGCUGAUCAGUGGUGGGAUCACAUCUGUGAAUAGCCACUGCACUCCAGCCUGGGCAACUUAUUGAGACCCCGUCUCUAAA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((..................................................................................(((((..................)))))....)))))).............(((((.............................)))))............................................................................................................................ |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.(.....(((....))).....).))))).............((((((((......(.....(((((((....((((..(((((((.(((.(((((.......((((((...(((.(((.(((....))).))).)))((((.....(((((((....)))))))..............)))).)))))).......)).))))))............(((...(((..(((....)))..))).....))))))))))..)))))))))))...).........)))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((..........)))).....(((..........))).....((((.(.....(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((.(((((((....))))))).))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...)))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))....).))))..... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((......))))(((...(((.(((((.(....).))))).)))...))).(((((((.(((((((....(((((.(((((((.(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))...........((.....((((....(((....)))....))))...))....))))))).)..))))))))...))))))...)))))))))))).))))))))))))..)).)))))............... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......))))))).....(((........))).)))..(((((((.(..(((((((.(((((((....(((((.(((((((.(((((..((..(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).)))).....((((..(....)..(((....(((....)))....))).....)))).)))))))....))))))))...)))))))).)))))))))))).))))))))))))..)).)))))..))))))))..... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((.((((.((((((((((..((((..((((....((((.((((((.....)))))).))))...)))).)))).)))))).))))..)))).(((((...(((((.....(.(((.(((....))).))).)........)))))...))))).((((((.((((..((......)).((.(((((((((.....((((((.........)).))))...(((((((....((((....))))...)))))))...))))))))).))..))))..))))))))))))))).. |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((.((((..)))).((((((((((((........)))))........)))))))....(((((((....((((..(((((.(((((..........))))))))))......(((((((........((((((.((((....((((((((....)))))))).............))))...................))))))........))))))).(((((((....(((((..)))))...)))))))....)))))))))))..............))))))))).. |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((.((((((....(((.(.(((.(((((.(....).))))).))).).)))..)))....(((((((....((((..(((((((..((((......(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).)))).....((((.((....))((((....(((....)))....))))....)))).)))))))....)))))))...)))))))...)))).)))))))..)))))))))))..))).))................. |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(...))))))))....(((..(...)...)))))).((((((((....(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))...)))))))).... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((.((((.((((((((((..((((..((((....((((.((((((.....)))))).))))...)))).)))).)))))).))))..)))).(((((...(((((...(((.(((.(((....))).))).)))......)))))...))))).((((((.((((................(((((((((.....((((((.........)).))))...(((((((...(((((....)))).).)))))))...))))))))).....))))..))))))))))))))).. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((......)))........(((..........)))................(((.....(((((((..........(((((((............((((((....(((.....(((((((.(((.((((...((((........))))))))....))).........(((((.....(((.....(((.........))))))...))))).)))))))......)))......))))))........)))))))......))))))).......)))............... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................(((..........))).....((((.......(((((....((((((..............................((((((((.(((((...((((((((((..(((((..((((((....))))))..)))))..)))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))....)))))))...))))))..(......)............))))))......)))))......))))..... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((.(((.((((((....(((.(.(((.(((((.(....).))))).))).).)))..)))....(((((((....((((..(((((((..((((......(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).)))).....((((.((....))((((....(((....)))....))))....)))).)))))))....)))))))...)))))))...)))).)))))))..)))))))))))..))).)))...))........... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((.((((.((((((((((..((((..((((..(.((((.((((((.....)))))).)))))..)))).)))).)))))).))))..)))).(((((.(.(((((.(.(((.(((.(((....))).))).)))...)..))))).).))))).((((((.((((....((....)).((.(((((((((.....((((((.........)).))))...(((((((....((((....))))...)))))))...))))))))).))..))))..))))))))))))))).. |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((.((((.((((((((((..((((..((((..(.((((.((((((.....)))))).)))))..)))).)))).)))))).))))..)))).(((((.(.(((((.(.(((.(((.(((....))).))).)))...)..))))).).))))).((((((.((((....((....)).((.(((((((((.....((((((.........)).))))...(((((((....((((....))))...)))))))...))))))))).))..))))..))))))))))))))).. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((((((((((..)))).))))))))))).(((....)))..((((((((((..(((((..))(((((..(..((((.((((((.(((((((......))))))))))))).(((..(((((......)))))..)))((((((...(((((((....)))))))..)))))).((..))......(((((((((((((........)))).))))).))))(((((((((....((((....))))...))))))).)).)))))))))))))))(((..))).)))))))).... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(.............................................(((((.......)))))...(...........)).)..(......(((.(.......((((.((.(((.(...(((((((.(((.((.((..(((..(....)..)))..)).)).)).)........(((((......((.....((......)).....))....))))).)))))))....).)))))....))).)......................).)))..................)........ |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((..((...(((....))).))..(((...((.(((((....)))))...)).)))(((.(...(((((((.....(((..(((((((....((....((.(((((.((.(((.(...(((((((.(((.((.((..((((.(....).))))..)).)).)))......(..(((.(((.((..(........)....))......)))...))).))))))))....).)))))..))).)).))..))...)))))))..))).))))))).....).)))....)))...).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((.((((.((((((((((..((((..((((..(.((((.((((((.....)))))).)))))..)))).)))).)))))).))))..)))).(((((.(.(((((.......(((.((......)).)))..........))))).).))))).((((((.((((....((....)).((.(((((((((.....((((((.........)).))))...(((((((....((((....))))...)))))))...))))))))).))..))))..))))))))))))))).. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((..(((......)))..)).....((..........)).....((((((((............(((((((....((((..(((((((............((((((....(((.....(((((((.(((.((.((..((((........))))..)).)).))).(((......)))....(((((....)))))....((((..........)))).)))))))......)))......))))))........)))))))..))))))))))).............)))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((.((((.((((((..((..((((..((((....((((.(((((.......))))).))))...)))).)))).))..)).))))..)))).(((((...(((((.......(((.(((....))).)))((.....)).)))))...))))).((((((.((((....((....)).((.(((((((((.....((((((.........)).))))...(((((((....((((....))))...)))))))...))))))))).))..))))..))))))))))))))).. |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.((((........)))).(((((....))))).(((....))).(((((.....))))).....((((.....))))..(((((.(((((..........))))))))))..........((((.....))))....(((.......)))..))).(((((.((((.....))))....(((((....)))))....((((((((.........)).)))....(((((((....((((....))))...)))))))...))).)))))...........((((.....)))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((...((((........)))).(((((....))))).(((....))).(((((.....))))).((((......)))).((..{{{{{.{{.))..(((.....)))}}}}}}}..((((....((((.....)))).((((((.......))).(((....))).((((....)))).....(((((....)))))...)))[[[[[[.....))))]].]]]]...(((((((....((((....))))...)))))))...<<<)))..>>>.........((((.....)))).... |
