|
|
|
GCCGGAGCCUUGCUCUGUAACCUUCGGGGGCUUUCACCAGCUGAACAGGGAGCUGUCUGGACCAGCAUAGGGUGCUUGCGGCGUUGACGUGGUGCUCUGCUUGGCUGUGUGUCGGAGGCCUCCGGGUGCCCCCUUGCAGAAGGGGCGCGCCCCCUCCGUUAAAGUAGAGGAACUGGGUCAGGCCGGCAACGGAGCAGCCCACCUCGCGCACGUCUGCCGUUGCAGAACCACACCGCGGAGCCUGUCAUCACCUGCGCCCCAGGCGAUCCUGUGAAGCUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((((...)))))....(((..)))))).......((((..((((((.(((..........((.((((..(.(.(((((.((..(((((((.(((((..(((.((((((((((((.....((((((.(((((....))).)).))))))))))))(...)((..(((...(((((....(((....)))....)))))))).))))))))..)))...)))))....)))))))))))).)).).).)))).))....)))..))))))..))))..
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.((((((...))))))...((....)).(((....((((....((((....)))))))).....(((((((((((((.(((((....(((((((...((((.((.(((((.((((((.....((((((((((((....)))))).)))))))))))).....((.((((...(((((....(((....)))....)))))))))..))...(((((....)))))..))))).)).))))..).))))))..))))).))))).)))))))).)))..) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((...............))))))))....((((..((((((....((((((....((...(((((...(((((..((..(((((..(((((..((((((((((((((((.....((((((((((((....)))))).))))))))))))........((((...(((((....(((....)))....))))))))))))))))...)))...))))))))))....))..))).))...)))))..)).))))))..))))))..)))).. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((.................)))))).....((((..((((((...(((((((....((...(((((.....(((.....(((((((.(((((..(((.......((((((.....((((((((((((....)))))).))))))))))))........((((...(((((....(((....)))....)))))))))..........)))...)))))....)))))))..)))......)))))))...))))))).))))))..)))).. |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((.....))))....((....))............((..((((.(.....(((((.................(..((.....(((((((.(((((..(((..((((.(((((....................................)))))................((((....(((....)))....))))........))))...)))...)))))....)))))))..))....)............)))))...).))))..)).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((...)))))....((....))))).......((((..((((((.(((...(((....((...(((((.(...(((..(..(((((((.(((((..(((.((((((((((((.....((((((((((((....)))))).))))))))))))........((((...(((((....(((....)))....)))))))))..))))))..)))...)))))....)))))))).)))....).)))))..)).))))))..))))))..)))).. |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((....((.......))))))))))....((((..((((((...(((((((....((...(((((.(.(((((.....(((((((.(((((.((((.((((((((((((.....((((((((((((....)))))).)))))))))))).....((.((((...(((((....(((....)))....)))))))))))))))).).))))..)))))....)))))))..))).)).).)))))))...))))))).))))))..)))).. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((..((((...)))).)))))).(((((((.[[[[.......)))))))..]]]](((.[[[...)))...]]](((.....(((((((.(((((.(((((((((((((((((.....((((((((((((....)))))).))))))))))))........((((...(((((....(((....)))....))))))))))))))))...))))..)))))....)))))))..)))............((((...))))............... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((..((((...)))).)))))).(((((....(((((........))))).(((...)))(((((((((((((.(((((....((((((....((((.((.(((((.((((((.....((((((((((((....)))))).)))))))))))).....((.((((...(((((....(((....)))....)))))))))..))...(((((....)))))..))))).)).))))....))))))..))))).))))).))))))))))))).. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((...)))))....((....))..........((((..((((((....((((((....((...(((((...(((((.....(((((((.(((((..(((.((((((((((((.....((((((((((((....)))))).))))))))))))........((((...(((((....(((....)))....)))))))))))))))....)))...)))))....)))))))..))).))...)))))))...))))))..))))))..)))).. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((...)))))).........).((((.....(((((........)))))..........(((((((((((((.(((((....((((((....((((.((.(((((.((((((.....((((((((((((....)))))).)))))))))))).....((.((((...(((((....(((....)))....)))))))))..))...(((((....)))))..))))).)).))))....))))))..))))).))))).)))))))).)))).. |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((...[[[[[......))))))((((((...((((....((((....)))))))).....(((((((((((((.(((((....((((((((((((((..........((((((.....((((((((((((....)))))).))))))))))))...)))))))).........(((((.(((....]]]]])))....(((((....(((((....))))).......))))).))))).))))))..))))).))))).)))))))))))))). |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((...))))))...((....)).(((....((((....((((....)))))))).....(((((((((((((.(((((....((((((....((((.((.(((((.((((((.....((((((((((((....)))))).)))))))))))).....((.((((...(((((....(((....)))....)))))))))..))...(((((....)))))..))))).)).))))....))))))..))))).))))).)))))))).)))... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((...))))))...........(((((....(((((...[[[[.)))))]]]]......(((((((((((((.(((((....(((((((...((((....(((((.((((((.....((((((((((((....)))))).))))))))))))........((((...(((((....(((....)))....)))))))))......((((((....))))).))))))....))))..).))))))..))))).))))).))))))))))))).. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((...)))))).........(((((((...((((....((((....)))))))).....(((((((((((((.(((((....((((((((((((..((((((.((((((.(((((..((((((((((((....)))))).))))))((((..........))))....)))))...)))))).....)))))).............(((((....)))))........))))))).....)))))..))))).)))))).)))))))))))))) |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((...))))))...((....)).(((....((((....((((....)))))))).....(((((((((((((.(((((....(((((((...((((.((.(((((.((((((.....((((((((((((....)))))).)))))))))))).....((.((((...(((((....(((....)))....)))))))))..))...(((((....)))))..))))).)).))))..).))))))..))))).))))).)))))))).)))... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((....((((((..((....)).(((......)))...)))))).))..))))).((......))..(((((.(((((....((((((....((((.((.(((((.((((((.....((((((((((((....)))))).)))))))))))).....((.((((...(((((....(((....)))....)))))))))..))...(((((....)))))..))))).)).))))....))))))..))))).)))))................ |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((...)))))....((....))))).......((((..((((((...(((((((....((...(((((...((((.(((..(((((((.(((((.(((((((((((((((((.....((((((((((((....)))))).))))))))))))........((((...(((((....(((....)))....))))))))))))))))...))))..)))))....))))))).)))))))...)))))..)).))))))).))))))..)))).. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((.(..........).))))))((((((..((((((((..)).((((((.((((((.((((((((((((((.(((.(....)))))))))))))..)).)))...)))))))).))))(((((((((((((..))))))).))))))((((..........))))).))))).((((((((((((((..(((..........((..)))))))))))))).((((..(..(..))..))..))..((((.....))))..).))))..)))))). |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((...))))))...((....))...........(((..((((......((((((..........((((....(........(((((((.(((((.((((.......((((((.....((((((((((((....)))))).))))))))))))........((((...(((((....(((....)))....)))))))))..........))))..)))))....)))))))......)....))))......))))))....))))..)))... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((((...)))).....((....))))).......((((..((((((...(((((((....((...(((((...((((.(((..(((((((.(((((.((((((((((.((((((.....((((((((((((....)))))).))))))))))))........((((...(((((....(((....)))....))))))))).))))))...))))..)))))....))))))).)))))))...)))))..)).))))))).))))))..)))).. |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((.....)))))........(((((((......)))...((((....))))..(((..((((.....)))).(((.......))).....)))....((((((.....(((....))).((((((((((......))))).))))).((((..........))))..((((......)))).......)))))).............(((((....)))))........((((.............)))).)))).(((...........))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((.....)))))....(((((..((((......))))..((((....))))..(((..((((..[[[)))).(((....{{{)))(((.}}}.))).((((.....]]]..))))))).(((((((((((....)))))).))))).((((..........))))...((((((((((......)))))..)))))..(((((....(((((....))))).......))))).)))))...((((...(((.....))).....))))...... |