|
|
|
UUUGUCGUGCUAGACGGGGAGGUAGCGGCGCCCUGUAACCCGCAAUCCGCUCUAGCGGGGUUGAAUUCCUCAUUUGAGGCAUCGUAAUUGUUUGGUCUGCCCUUGACAAGUGGUGUUGAAGGUUGGGUCUUGCGCAAUGGGAACCUGUGAACCAUGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCAUUAAUCAGUGCUUCUCAUGUGCCGCGAGGUUGCCUGGCCCGAGCUAACUAUCAAGGUAACGCAGGUGAUUGCAUGUCGAGGUGAGGUGCGCGACACUAA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
..((((((((..(((((((.(.(...).).))))....(((((...........)))))))).....(((((((...(((((..((((((((((...(((.(((((..((((((......((((((((((((((((.((((((.(((......((((....(((....)))....))))....)))...))))))))...))))))...))))))))...))).))).))))))).)..)))))))))).)))))..))))))).))))))))....
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((...((((((..((....)).))))))..(((((...........)))))........((((((((..(((((.(((((..((((((.((((.((((....((((.(((..(((..(((((((((((((((((.((((..........)))).............((((((....)))))))))))).)).))))))...)))..))))))))))....)))))))))).))))..)))))))))).)))))))).))))))))..)) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................(((((((((((((((((..(((......((((....(((....)))....))))....)))....)))))).)).))))))...)))................................................................. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((...((((((...........))))))..(((((...........)))))........(((((((...(((((.(((((((.....(((((((((((...(((((.(((..(((((((((((((((((((((((....(((...((((....(((....)))....))))...)))....))))))).))).))))))...))))))))))))).))..))))))....)))))))))))))))))..))))))).)))))))).... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................(((((...........))))).......................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................((((((((.((((....((((...((((.....(((((((((((....)))))))))))...)))).....))))......))))....))))))))............................................................ |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................................................(((((((((.......((((((.............((((((((((((((((((((((..((((.....(((((((((((....)))))))))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))..........))))))......)))))))))............................. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((...((((((.(.......).))))))..(((((...........)))))........((((((((..(((((.(((((((((((......((((((..((((((......(((((((((((((((((((((.(((((..........)))))((....))((((...((......))))))))))).)).)))))))...)))))))...))).))).)))))).....)))))))))))))))).)))))))).)))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................((((((((((((((((((((((..(((......((((....(((....)))....))))....)))....)))))).)).))))))...))))))))............................................................ |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((.....((((.(.(...).).))))....(((((...........)))))........(((((((...(((((.(((((((((((...(..((((((..((((((......((((((((((((((((.((((((.(((......((((....(((....)))....))))....)))...))))))))...))))))...))))))))...))).))).))))))..)..))))))))))))))))..))))))).)))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((...((((((.(.......).)))))).((((((...........))))).)......((((((((..(((((.(((((((((((((..(.((((((..((((((.(((..(((((((((((((((((((((.(((((..........)))))((....))((((...(((....)))))))))))).)).)))))))...))))))))))))).))).))))))).)).)))))))))))))))).)))))))).)))))))).... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((....(((((...........)))))....((...............))...........(.(.....(((...(((((((((((.(....((((((..............((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))...........))))))....))))))))))))..)))....).)...))))))...... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((...((((((.....[[[[..))))))...]]]]..(((((....)))))........((((((((..(((((.(((((.......(((((((((((....((((......(((..(((((((((..(((((((((((..........))))(((....)))....(((((....))))))))))))....))))))...)))..)))...))))....))))))....)))))..)))))))))).)))))))).)))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((...((((((..((....)).))))))..(((((...........)))))........((((((((..(((((.(((((((((((((.((((.((((..((((((.(((..(((((((((((((((((((((..((((..........))))(((....)))...((((((....)))))).))))).)).))))))...)))))))))))))).))).)))))))))).)))))))))))))))).)))))))).)))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((...((((((...........))))))..(((((...........)))))........((((((((..(((((.(((((((((((((....((((((...(((((......((((((((((((((((((((((.((((..........))))(((....)))((...((........)))))))))).)).))))))...))))))))...))).))..))))))..)).)))))))))))))))).)))))))).)))))))).... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((.........................................................(((((.(...(((((.(.(((((((((((.((.((((((((.(((((.....(((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))))))))..)))).))))))))))))).)))))))))).)))))...)))))).)))))....... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(....(((((.........................................................((((((....(((((.(((((((((((((.((.((((((((.(((((.....(((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))))..))))))).)).))))))...)))))))))..)))).))))))))))))).))))))))))))))))...)))))).)))))......) |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((...((((((..((....)).))))))..(((((...........)))))........((((((((..(((((.(((((((((((((.(((.(((((..((((((.(((..((((((((((((((((((((((.((((..........)))).((....))....((((((....)))))))))))).)).))))))...))))))))))))))).)).)))))))))).)))))))))))))))).)))))))).)))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((...((((((....[[[[[..))))))..(((((...]]]]]...)))))........((((((((..(((((.(((((((((((......((((((..............((((((((((((((..(((((((((((..........)))))............((((((....))))))))))))....))))))...))))))))...........)))))).....)))))))))))))))).)))))))).)))))))).... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................(((((.....(((((.(((((.........(((.(((((....((((.............(((((((..(((((((....(((...........(((....)))...........)))....)))))))....))))))).............))))....)))))))).........))))))))))....)))))............. |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((jjjjjjj(aaa(((((mmmm(.eeeeeee))))).(((((...((((((gg)))))).ii(()MM(((((ll)))))..iiiii(MM{{{{{{{{{(.cccccccc.cccc(.ddd(GG<<)))))ff(((kkkkk..LLkkkkkkk.)CCCCbbbbbbb.)}}}.hhhhhhh))))II.)>>DHHHHHHH.DDEEEEEEE))((((BBBBBBB}}}}}}.)))).))IIFF...KKKKKKK.KKKKK.CCCCCCCCIII...)AAAJJJJJJJ. |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................((((((((((((((((((((((..(((((...)(((.(.(.(((....)))..).))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))............................................................ |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...))))))))............................................................ |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................((((((((.(((((((((((((..(((......(((.....(((....))).....)))....)))....)))))).)).)))))....))))))))............................................................ |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((...((((((..((....)).))))))..(((((...........)))))........((((((((..(((((.(((((..((((((.((.((((((....((((.(((..(((..(((((((((((((((((.((((..........))))(((....)))...((((((....)))))))))))).))).)))))...)))..))))))))))....)))))))))).))))..)))))))))).)))))))).)))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((.(.((((((...........))))))..((((([[[........)))))]]].....((((((((..(((((.(((((((((((((.(((.(((((..((((((.(((..((((((((((((((((((((((.((((..........))))(((....)))...((((((....)))))))))))).)).))))))...))))))))))))))).)).)))))))))).)))))))))))))))).))))))))))))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((...((((((...........))))))..(((((...........)))))........((((((((..(((((.(((((((((((......(((((....(((((......((((((((...(((((......(((((..........)))))......(((((((...........)))))))..))))).........)))))))).......)))))))))).....)))))))))))))))).)))))))).)))))))).... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................((((((((.((((....((((...((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....))))......))))....))))))))............................................................ |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((...........))))))....................................................................................((((((((.(((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).)))))....))))))))............................................................ |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((...((((((..((....)).))))))..(((((...........)))))........((((((((..(((((.(((((..((((((.((((.((((....((((.(((..(((..((((((((((((((((((((((......((((....(((....)))....))))....))).).))))))).)).))))))...)))..))))))))))....)))))))))).))))..)))))))))).)))))))).)))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((........((((((..((....)).)))))).....)))).((((....)))).((((....((((((((..(((((.(((((..((((((.((((.((((....((((.(((..(((..(((((((((((((((((.((((..........))))(((....)))...((((((....)))))))))))).)).))))))...)))..))))))))))....)))))))))).))))..)))))))))).))))))))....))))..... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((...((((((..((....)).))))))..(((((...........)))))........((((((((..(((((.(((((..((((((.((.((((((....((((.(((..(((..(((((((((((((((((.((((..........))))(((....)))...((((((....)))))))))))).))).)))))...)))..))))))))))....)))))))))).))))..)))))))))).)))))))).)))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((((.((((((.(((......).))...).))))..(.(((((..))))).)((..))..)(((..)))((((.......))))))))((((((((((((.((...((..)).......((...((((..(((((.(((.....(((((((((((((..)))))))))))).)..)))...))))).))))....))((.((((((((((((........))..)).).).)))))).)))).))))))))))))....))))))(..) |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.......((.....((((.(..(((((.((..........))...)))))..........)...))))((..(...((.......(.(((((.......(.(.(.....(...(((...((((((((((((((((((((((..(((......((((....(((....)))....))))....)))....)))))).))).)))))...))))))))..))).)....).)..)......))))).)......))..))..)...)).........) |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(......(((.....(((((.....((...........(((((...........)))))..))..)))))(..(...((......(((((((........(.(.((....(...(((...((((((((((((((..((((((..(((......((((....(((....)))....))))....)))....))))))....))))))...))))))))..))).)..).).)..).......))))))).....))..))......)).....)...) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((...((((((..((....)).))))))......(((...((....))....)))....((((((((..(((((.(((((..((((((.(((.(((((...(((((......(((..(((((((((((((((((.((((..........))))(((....)))....((((......)))).)))))).)).))))))...)))..)))...)))).)..)))))))))).))))..)))))))))).)))))))).)))))))).... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((...((((((...........))))))..(((((...........)))))........(((((((...(((((.(((((((((((...((.((((((....((((......(((((((((((((((((((((((.(((......((((....(((....)))....))))....)))...))))))).)).))))))...))))))))...))))....))))))))...))))))))))))))))..))))))).)))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((...((((((..((....)).))))))..(((((...........)))))........(((((..(..(((((.((((((..(((((.((((.((((....((((.(((..(((..(((((((((((((((((.((((..........))))(((....)))...((((((....)))))))))))).)).))))))...)))..))))))))))....)))))))))).)))..))))))))))).)..))))).)))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((......))).(((...........))).....(((.((((((((....))).)))))....((((....)))).((((........))))....((((((((.....)))).))))..))).((((((((.(((..(((((..........))))))))...((((((.((........))))))))....)).)))))).(((((((((....)))........)))))).((((....)))).(((((............))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((.(((..<<<<<<.))).((((..>>>>>>...))))....(((....)))((((......((((....)))).((((........))))..)))).))))).(((((..{{{.{{{....(((([[[[[..))))(((((...]]]]]..)))))............((((((....)))))).{{{.)))))...}}}...}}}.(((....))).....}}}.......((((....)))).(((((............))))).... |
