CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00174



RNA: SRP_00174
Rfam family: Bacteria_large_SRP

UGGGUUGAUGAGCGUGAAGCCUUCGCUCGGUUGGAUUUUUCUUCAUUGCUACUCUUGGCUUGCAGGAAUUCCUCAUUUGAGGCAUCGUAAUUGUUUGGUCUGCCCUUGACAAGUUGGUGUGAAGGUUGGGUCUUGCGCAAUGGGAACCUUGUGAACCAUGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCAUUAAGCAGUGUUCUCAUGUGCCGCGAGUCGCCUGGCCCGAGCUAACUAUCAGGGUAACGCAGAUGAUUGCAUGUCGAUGUGAGGUGCGCGACACUAA
Reference structure (ext) [ sec struct ] .(.((((...(.(.((.(.((..(.....)..)).)...(...(.............)...))).)....((((((....(((((.(((((((((((...(((.(((((..(((((((.....((((((((((((((((.(((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...)))).)))))))))...))))))..))))))))...))))))).))))))).)..))))))))))))))))...)))))))...)))).)...
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((.........))))))........(((((.((..((((....)))).)).)))))..((((((....(((((.(((((..((((((.((((((.((..(((((((.....(((..(((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...)))).)))))))).)).))))))..)))..)))...))))))).)))))))))).))))..))))))))))...))))))....)))).)).)
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................................(((.((((((((((..(.(((.....((((....(((....)))....))))...))))...)))))).)).)).)))......................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((.........)))))).........(((((....((((....))))....)))))..((((((....(((((.(((((((((((...((((((.....(((((((.....((((((((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...)))).)))))))).))).)))))..))))))))...)))))))...))))))...))))))))))))))))...))))))....)))).))).
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................((((((((.((((....((((....((((.....(((((((((((....)))))))))))...))))....))))......))))...))))))))............................................................
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................(((((((((((((....((((....((((.....(((((((((((....)))))))))))...))))....))))......)))))..))))))))............................................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((((.........))))))..................(((......)))...........((((((....(((((.((((((((((((..((((((.((..(((((((.((..((((((((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...)))).)))))))).)).))))))..)))))))))).))))))).)))))))).).))))))))))))))))...)))))).............
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................((((((((((((((((((((((...((((.....((((....(((....)))....))))...))))...)))))).)).))))))..))))))))............................................................
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((....(((((.........)))))..........(((((((..((........)).)).)))))..((((((....(((((.(((((((((((...((((((.((..((((((......((((((((((((((((.(((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...)))).)))))))))...))))))..))))))))....)))))).))))))))...))))))))))))))))...))))))........)))..
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((((.........))))))..........(((.((..(((......))).)).)))....((((((....(((((.(((((((((((((.((((((.((..(((((((.((..((((((((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...)))).)))))))).)).))))))..)))))))))).))))))).)))))))))).))))))))))))))))...)))))).............
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(............................................................................(....(..((((((.........(((((..............((((((((((((((((((((((...((((.....((((....(((....)))....))))...))))...)))))).)).))))))..))))))))...........)))))........))))))..)...)............)..........
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(.....................................................................................................................((((((((((((.((((((((...((((.....((((....(((....)))....))))...))))...)))))).))..)))))..)))))))....................................................)........
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((((....[[[[[))))))...(((..(((((.....((((....))))....))))).)))......]]]]]...(((((((((((...((((((.....(((((((.....(((..(((((((((..((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...)))).))))))))....))))))..)))..)))...)))))))...))))))...)))))))))))........(((.[[[[)))..]]]]..
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((.........)))))).........(((((((..((((....)))).)).)))))..((((((....(((((.(((((((((((((.((((((.((..(((((((.....((((((((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...)))).)))))))).)).))))))..))))))))...))))))).)))))))))).))))))))))))))))...))))))....)))).))).
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(((((.........)))))...................((........))...........((((((....(((((.(((((((((((((.((((((.((..(((((((.....((((((((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...)))).)))))))).)).))))))..))))))))...))))))).)))))))))).))))))))))))))))...)))))).............
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.................................................................(((((.(...(((((.(.(((((((((((.((.((((((((.((.(((....(((((((((((((((((((((((...((((.....((((....(((....)))....))))...))))...)))))).)).))))))..)))))))))..)))).))))))))))))).)))))))))).)))))...))))))......)).))..
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((.....................................................................((((....((((((.((((((((((...((.((((((((..(.(((.....(((.((((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))).))))))).)).))))))..)))).)))...))))..))))))))))...))))))))))))))))...)))))).............
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((.........))))))............(.(...((((....))))..).)......((((((....(((((.(((((((((((((.(((((.(((..(((((((..(..((((((((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...)))).)))))))).)).))))))..)))))))))..))))))).)))))))))).))))))))))))))))...))))))....)))).))).
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((((.........))))))...........(((((.......(((((.....)))))...(((((..)))))(((((..........((((((((((((..(((((((.......((((((((((((..((((((((((((..........))))(((....)))................))))))))....)))))[[[[[..)))))))))))))).))))))....))))))..........))))))))))...]]]]].....
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(((((.........)))))..............((.((((............))))))...((((((....(((((.(((((((((((((.((((((.((..(((((((.....((((((((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...)))).)))))))).)).))))))..))))))))...))))))).)))))))))).))))))))))))))))...)))))).............
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................((((((((((((((((((((((...((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...))))...)))))).)).))))))..))))))))............................................................
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................((((((((((((((((((((((...((((.....((((....(((....)))....))))...))))...)))))).)).))))))..))))))))............................................................
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................((((((((((((((((((((((...((((.....((((....(((....)))....))))...))))...)))))).)).))))))..))))))))............................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................(((((((.((((((((((((((...(((.(...)(((.(.(.(((....)))..).))))....)))...)))))).)).))))))...)))))))............................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((..[[[[[[...))))..]]]]]]((((....(((((.((..((((....)))).)).)))))..((((((....(((((.(((((..((((((.(((((.(((..(((((((.....(((..(((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...)))).)))))))).))).)))))..)))..)))...))))))).)))))))))).))))..))))))))))...))))))....)))).....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((.((....))))))))..................((((.[[[)))).....]]]...((((((((..(((((.(((((((((((((.(((((.(((..(((((((.....((((((((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...)))).)))))))).)).))))))..))))))))...))))))).)))))))))).)))))))))))))))))).))))))....)))).))).
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((((.........))))))((((.....(((((....((((....))))....)))))..((((((....(((((.(((((((((((...((((((.....(((((((.....((((((((((((((..((((((((..........((((..................))))........))))))))....))))))..))))))))...)))))))...))))))...))))))))))))))))...))))))....)))).....
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................((((((((.((((....((((....((((.....((((....(((....)))....))))...))))....))))......))))...))))))))............................................................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................(((((.((.((((....((((....((((.....((((....(((....)))....))))...))))....))))......))))...)).)))))............................................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((((.........))))).........(((((.((..((((....)))).)).)))))..((((((....(((((.(((((..((((((.((((((.((..(((((((.....(((..(((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...)))).)))))))).)).))))))..)))..)))...))))))).)))))))))).))))..))))))))))...))))))....)))).))).
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.(((((((((.........))))).)))).....((((.((..((((....)))).)).))))..))).(((....(((((.(((((..((((((.((((((.((..(((((((.....(((..(((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...)))).)))))))).)).))))))..)))..)))...))))))).)))))))))).))))..))))))))))...))).((((.....))))..
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.....((((((.........))))))((((....(((((.((..((((....)))).)).)))))..((((((....(((((.(((((..((((((.(((((.(((..(((((((.....(((..(((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...)))).)))))))).))).)))))..)))..)))...))))))).)))))))))).))))..))))))))))...))))))....)))).))).
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(..)((.(((((.((((.(((((((...(((..)))((((((.((.(..((((.(...(((((....((((..))))................)))))..(..))))))..)))))))))...(((.(((((((((((((((((.(((....(((((((((((((..)))))))))))).).)))).))))))).))).)))))).).))(.(((((...........))))))..((((........))))))).)))))))))))))))(..)
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.((..........................................................................................(.((............(..(..(.....((((((((((((((((((((((..((.((.....((((....(((....)))....))))...))))...)))))).))).)))))..))))))))......))...).....................))....)........)).)).......
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((..(........................(..((......)))........(............)......(((((....((((...((((((((((......((((((.(....(((.....((((((((((((((..((((((..((.((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))....))))))..))))))))...)))...).)))))).....))))))))))..))))...)))))......)...).).
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((((.........)))))...............((..((((....)))).))........((((((....(((((.(((((..((((((.((((((.((..(((((((.((..(((..(((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...)))).)))))))).)).))))))..)))..))))).))))))).)))))))))).))))..))))))))))...))))))....)))).))).
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........((((................................((........))...........((((((....(((((.(((((((((((...(((((.(((..(((((((.....((((((((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...)))).)))))))).)).))))))..))))))))...))))))).))))))))...))))))))))))))))...)))))).))))........
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((((.........))))).........(((((.((..((((....)))).)).)))))..((((((....(((((.(((((..((((((.(((((.(((..(((((((.....(((..(((((((((((((((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...)))..)))))))).))).)))))..)))..)))...))))))).)))))))))).))))..))))))))))...))))))....)))).))).
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((((.........))))))..((((......))))..((((....))))..((((.....((((....))))..(((........))).))))...(((....))).((((((((.....)))).))))..(((..((((..((.((......))))...)))).....((((................)))).........))).((((((........)).))))..((((..((((.....)))).)))).((((.....))))..
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................