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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00175



RNA: SRP_00175
Rfam family: Fungi_SRP

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Reference structure (ext) [ sec struct ] (((.......)))..(((.((..((.(((...(.(....((.....(((.(((((...(((.(((((((((....))))))))))))......(((.(((((((((....((.((((((...(((.(((..(.(.((((.((....)))))).))..)))))).(.....)..(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).)))))).)).......)))))...)))).))).....))))).))).....)).......).)..)))))..))))).....
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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.....))))...((((((..((((((....((....((((((((.((((((.(((...(((((((((....))))))))).((((((((.......((((((..((((...(((((((((..((((((((....)))))))))))).)))))..)))).(((((.....))))).....))))))............))))))))..(((((((((((..........))).))))))))...........)))))))))))))))))..))...)))...)))..))))))...
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................(((((.......((((.................................((((((....))))))................(((.(((((((..(((((((((........(((....(((((.((....)))))))...))).............((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))))))))).)))...)).)))))....))).......................................))))...)))))...
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(((((.....(((((....))))).......(((((((((.(((((...(((.(((((((((....))))))))))))............((((((((((.(((((((((........................(((((.(......).)))))(((((.....))))).......................................)))))).)))..))).)))))))..................)))))))))))))))))))......................
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........((........((((....))))........((((((((..(((.........(((((((((....)))))))))................(((((((((..(..(((((...........................(............)...((((.......)))).......................................)))))...)...))).)))))).....................))).))))))))..)).......................
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.............(((.(((.......))).)))...((((((((((..(.((.(...(((((((((....)))))))))..).)).).))))((((((((((...(((((((((...(((...(((.(((..((.((....))))....))))))))).........(((((......((((....(((....)))....))))...))))))))))).)))...))..))))...))))....................))))))..)))).(((.((....)).))).....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(((((...(((((((.().))))).....))(((((((((.(((((...(((.(((((((((....))))))))))))......(((.((((((((((((.(((((((((.(.(((....((((......))))(((((.(......).)))))(((((.....)))))(((....)))..........))).((........)).).)))))).)))..))).)))))))...)).))).........)))))))))))))))))))...(..........).......
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((.......))....((.((..((((((...........((..((...............................................(((((((.((((((((.((((((((((...((((....((((((((.((....))))))..))))))))...........(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))))))))).)))..))).)))))....))))))).................))..))........)))).))..))))......
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((....((((((..(((.(((.......))).)))...((((((((.(((((...(((.(((((((((....))))))))))))((((((......((((((((((.(((((((((...(((((....((((....(((....))).....)))))))))(((((.....)))))(((....)))...(((....)))((((......))))..)))))).)))..))).)))))))))))))(((......)))))))))))))))))))))).)))).................
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] .........((((....(((.(((.......))).)))..(((((((((.(((((.......(((((((((....)))))))))((((........))))((((((..((((.(.(((((((((..((((((((....)))))))))))).))))).))))).(((((.....))))).....)))))).(((.((((((((...(((((.((((.((((...)))))))).)))))..)))...)))))))).....)))))))))))))).)))).(((.((....)).))).....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(((((..........................((((((((..(((((...(((.(((((((((....))))))))))))............((((((((((.(((((((((..........((.[[[.[[...))......]]...]]]......(((((.....)))))......(((....(((....)))....))).........)))))).)))..))).)))))))..................))))).)))))))))))))......................
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.....)))).....(.....(((((((...........................................(...........)...(((((((((((((((((((.((((((((((((((((....(((.(((((.((....)))))))...)))))))))........((((((.(..(((((..((((....)))).).)))))))))))))))))).)))..))).))))))...)))))))).)).........................)))))))).............
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .........((((....(((.(((.......))).)))..((((((((.((((((...(((.(((((((((....))))))))))))..............((((.(((..((....))..))).....(.(((((((.(((....))))))..)))))....(((((.....)))))......))))..((...(..((((...(((((.(((..((((...)))).))).)))))..)))...)..)..)).....)))))))))))))).)))).(((.((....)).))).....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .........((((((.(((((((((..))))).....))))((((((((.............(((((((((....))))))))).((((((((.......((((((....((((((.......................))))))..(((..)))........(((((.....))))).....))))))............))))))))..(((((((((...............)))))))))...................))))))))))))))......................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.....))).....((((.......(((............................................................((...((((.(((((((..(((((((((.....((..((....(((((.((....)))))))...)).))............((((((....((((..(.(((....)))..).)))).)))))).)))))).)))...)).)))))....))))...))..................................)))...))))....
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.....))).....((((.......(((............................................................((...((((.(((((((..(((((((((.....((..((....(((((.((....)))))))...)).))............((((((....((((..(.(((....)))..).)))).)))))).)))))).)))...)).)))))....))))...))..................................)))...))))....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((....(((((...(((.(((.......))).)))..(((((((.(((((((...(((.(((((((((....)))))))))))).(((((......((((((((((.(((((((((...(((((....(((((((.(((....))))))..))))))))).........((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))))))))).)))..))).)))))))))))).............))))))))))))))))))).)))).................
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(((((...(((.(((.......))).)))..((((((((.((((((.(((((.(((((((((....)))))))))))).(((.........((((((....................((((.[[[[[[[....))))...]]]..]]]].....(((((.....))))).....)))))).{{{.{{{{{(((...(((((.((((.((((...)))))))).)))))..))))))}}}}}}}}...))))))))))))))))))))).(((..........))).....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((...............(((((....))))).......(((((((((........((((((((((((((....))))))))).((((...........((((((..((((...(((((((((..((((((((....)))))))))))).)))))..)))).(((((.....))))).....))))))...........)))).(((((.((((.((((...)))))))).)))))....))))).................))))))))).))))......................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................(((((....))))).................(((.(((......(((((((((.........((....(((((.((....)))))))...))...............(((((......(((....(((....)))....)))...))))).)))))).)))(......))))....)))......................................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((....(((((...(((.(((.......))).)))..(((((((((.(((((...(((.(((((((((....)))))))))))).(((((......((((((((((.(((((((((...(((((....((((((((.((....))))))..))))))))).........((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))))))))).)))..))).)))))))))))).............))))))))))))))))))).)))).................
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((....(((((((.......(((((.....))))).....((((((.(((((...(((.(((((((((....)))))))))))).(((((......((((((((((.(((((((((...(((((....((((((((.((....))))))..))))))))).........((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))))))))).)))..))).)))))))))))).............))))))))))).))))))).)))).((.......)).....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((....(((((...(((.(((.......))).)))..(((((((.(((((((...(((.(((((((((....))))))))))))((((((......((((((((((.(((((((((...(((((....(((((((.(((....))))))..))))))))).........((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))))))))).)))..))).)))))))))))))............))))))))))))))))))).)))).................
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........((((((.(((((((((.....)))).).))))..((((....((((...(((((((((...(((..))).)))))((((((..)))..)))((((((((((((((((((((.(((((((((((..(((((..))))..(((..))).(((((((((((((...))))))..))))))).))))))..)))))).((((..))))...))))))).)))).))).))))))..)))).............))))...))))..)))))).(((((......))))).....
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((...))))).........................................................................................................................................(....................)..........((..........((......)).......))......................................................................................
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(((............................((((((((.((((((...(((.(((((((((....)))))))))))).((((.......((((((((((.(((((((((............(((((((..((....)).)))..))))......(((.......)))......((((....(((....)))....))))........)))))).)))..))).))))))).)))).............))))))))))))))..)))......................
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.....))))...((((((..(((....((...((..(((((((((.(((((...(((.(((((((((....))))))))))))......(((.((((((((((((.(((((((((...(((((....((((((((.((....))))))..))))))))).........((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))))))))).)))..))).)))))...)))).))).........))))))))))))))..))...))....)))..))))))...
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.....))).(((.(((((((....)))).))).(((..................))).))).(((((....)))))....((((........))))...(((((((((.....))).)))))).....(((((..(((....))).((((((.......(((((.....)))))......(((((.........))))).)))))).((((..((.....)).)))).....(((..((.....))))).........))))).(((.....))).(((.((....)))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.(((..<<<<<....(((((....)))))...((((..................)))).((((((((....))))))))..(((........))).<<<<<<(((..((....))..)))...........(((....[[[[[[.)))...)))]]]]]]((((.....))))......>>>>>>..>>>>>.....((((......)))).(((.....))).(((((...{{{......)))))}}}.((((........))))...))))..((((.((....))))))...