|
|
|
GGCUGUGAUGGCUUUUAGUGGAAGUGUACUUCUUGCGCACUCUCAGAUUUGUUAAAUUGUGUAAAAGAUUCUCUUGAGUUUUUUCGCUGUGUUCAAAGUGUCCAGUUCGAUCCUCGCGGUUUGAAUUUUCUUGACUACUUGAGGAAUCAGUACUGUCAGAUUCUGCUAAUUAAUAGCACCACCACUGGAGGGAAGCAAUUCAGCACAGUAAUGCUAUCCGUGACGGAGGCGAUACUGGAUGGCACAUUGUUCCGUUAGUUAAUAGUCUGGGAAAGCCUUAGUGUGACGACUCUAUUUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((.......)))..(((.((..((.(((...(.(....((.....(((.(((((...(((.(((((((((....))))))))))))......(((.(((((((((....((.((((((...(((.(((..(.(.((((.((....)))))).))..)))))).(.....)..(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).)))))).)).......)))))...)))).))).....))))).))).....)).......).)..)))))..))))).....
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.......(((((...(((.(((.......))).)))..(((((((((.(((((...(((.(((((((((....)))))))))))).(((((......((((((((((.(((((((((...(((((....((((((((.((....))))))..))))))))).........((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))))))))).)))..))).)))))))))))).............))))))))))))))))))).(((.((....)).)))...)) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.....))))...((((((..((((((....((....((((((((.((((((.(((...(((((((((....))))))))).((((((((.......((((((..((((...(((((((((..((((((((....)))))))))))).)))))..)))).(((((.....))))).....))))))............))))))))..(((((((((((..........))).))))))))...........)))))))))))))))))..))...)))...)))..))))))... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................(((((.......((((.................................((((((....))))))................(((.(((((((..(((((((((........(((....(((((.((....)))))))...))).............((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))))))))).)))...)).)))))....))).......................................))))...)))))... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.....(((((....))))).......(((((((((.(((((...(((.(((((((((....))))))))))))............((((((((((.(((((((((........................(((((.(......).)))))(((((.....))))).......................................)))))).)))..))).)))))))..................)))))))))))))))))))...................... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((........((((....))))........((((((((..(((.........(((((((((....)))))))))................(((((((((..(..(((((...........................(............)...((((.......)))).......................................)))))...)...))).)))))).....................))).))))))))..))....................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.............(((.(((.......))).)))...((((((((((..(.((.(...(((((((((....)))))))))..).)).).))))((((((((((...(((((((((...(((...(((.(((..((.((....))))....))))))))).........(((((......((((....(((....)))....))))...))))))))))).)))...))..))))...))))....................))))))..)))).(((.((....)).)))..... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((...(((((((.().))))).....))(((((((((.(((((...(((.(((((((((....))))))))))))......(((.((((((((((((.(((((((((.(.(((....((((......))))(((((.(......).)))))(((((.....)))))(((....)))..........))).((........)).).)))))).)))..))).)))))))...)).))).........)))))))))))))))))))...(..........)....... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.......))....((.((..((((((...........((..((...............................................(((((((.((((((((.((((((((((...((((....((((((((.((....))))))..))))))))...........(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))))))))).)))..))).)))))....))))))).................))..))........)))).))..))))...... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((....((((((..(((.(((.......))).)))...((((((((.(((((...(((.(((((((((....))))))))))))((((((......((((((((((.(((((((((...(((((....((((....(((....))).....)))))))))(((((.....)))))(((....)))...(((....)))((((......))))..)))))).)))..))).)))))))))))))(((......)))))))))))))))))))))).))))................. |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((....(((.(((.......))).)))..(((((((((.(((((.......(((((((((....)))))))))((((........))))((((((..((((.(.(((((((((..((((((((....)))))))))))).))))).))))).(((((.....))))).....)))))).(((.((((((((...(((((.((((.((((...)))))))).)))))..)))...)))))))).....)))))))))))))).)))).(((.((....)).)))..... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((..........................((((((((..(((((...(((.(((((((((....))))))))))))............((((((((((.(((((((((..........((.[[[.[[...))......]]...]]]......(((((.....)))))......(((....(((....)))....))).........)))))).)))..))).)))))))..................))))).)))))))))))))...................... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.....)))).....(.....(((((((...........................................(...........)...(((((((((((((((((((.((((((((((((((((....(((.(((((.((....)))))))...)))))))))........((((((.(..(((((..((((....)))).).)))))))))))))))))).)))..))).))))))...)))))))).)).........................))))))))............. |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((....(((.(((.......))).)))..((((((((.((((((...(((.(((((((((....))))))))))))..............((((.(((..((....))..))).....(.(((((((.(((....))))))..)))))....(((((.....)))))......))))..((...(..((((...(((((.(((..((((...)))).))).)))))..)))...)..)..)).....)))))))))))))).)))).(((.((....)).)))..... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((.(((((((((..))))).....))))((((((((.............(((((((((....))))))))).((((((((.......((((((....((((((.......................))))))..(((..)))........(((((.....))))).....))))))............))))))))..(((((((((...............)))))))))...................))))))))))))))...................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.....))).....((((.......(((............................................................((...((((.(((((((..(((((((((.....((..((....(((((.((....)))))))...)).))............((((((....((((..(.(((....)))..).)))).)))))).)))))).)))...)).)))))....))))...))..................................)))...)))).... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.....))).....((((.......(((............................................................((...((((.(((((((..(((((((((.....((..((....(((((.((....)))))))...)).))............((((((....((((..(.(((....)))..).)))).)))))).)))))).)))...)).)))))....))))...))..................................)))...)))).... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((....(((((...(((.(((.......))).)))..(((((((.(((((((...(((.(((((((((....)))))))))))).(((((......((((((((((.(((((((((...(((((....(((((((.(((....))))))..))))))))).........((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))))))))).)))..))).)))))))))))).............))))))))))))))))))).))))................. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((...(((.(((.......))).)))..((((((((.((((((.(((((.(((((((((....)))))))))))).(((.........((((((....................((((.[[[[[[[....))))...]]]..]]]].....(((((.....))))).....)))))).{{{.{{{{{(((...(((((.((((.((((...)))))))).)))))..))))))}}}}}}}}...))))))))))))))))))))).(((..........)))..... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((...............(((((....))))).......(((((((((........((((((((((((((....))))))))).((((...........((((((..((((...(((((((((..((((((((....)))))))))))).)))))..)))).(((((.....))))).....))))))...........)))).(((((.((((.((((...)))))))).)))))....))))).................))))))))).))))...................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................(((((....))))).................(((.(((......(((((((((.........((....(((((.((....)))))))...))...............(((((......(((....(((....)))....)))...))))).)))))).)))(......))))....)))...................................................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((....(((((...(((.(((.......))).)))..(((((((((.(((((...(((.(((((((((....)))))))))))).(((((......((((((((((.(((((((((...(((((....((((((((.((....))))))..))))))))).........((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))))))))).)))..))).)))))))))))).............))))))))))))))))))).))))................. |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((....(((((((.......(((((.....))))).....((((((.(((((...(((.(((((((((....)))))))))))).(((((......((((((((((.(((((((((...(((((....((((((((.((....))))))..))))))))).........((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))))))))).)))..))).)))))))))))).............))))))))))).))))))).)))).((.......))..... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((....(((((...(((.(((.......))).)))..(((((((.(((((((...(((.(((((((((....))))))))))))((((((......((((((((((.(((((((((...(((((....(((((((.(((....))))))..))))))))).........((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))))))))).)))..))).)))))))))))))............))))))))))))))))))).))))................. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((.(((((((((.....)))).).))))..((((....((((...(((((((((...(((..))).)))))((((((..)))..)))((((((((((((((((((((.(((((((((((..(((((..))))..(((..))).(((((((((((((...))))))..))))))).))))))..)))))).((((..))))...))))))).)))).))).))))))..)))).............))))...))))..)))))).(((((......)))))..... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((...))))).........................................................................................................................................(....................)..........((..........((......)).......))...................................................................................... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((............................((((((((.((((((...(((.(((((((((....)))))))))))).((((.......((((((((((.(((((((((............(((((((..((....)).)))..))))......(((.......)))......((((....(((....)))....))))........)))))).)))..))).))))))).)))).............))))))))))))))..)))...................... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.....))))...((((((..(((....((...((..(((((((((.(((((...(((.(((((((((....))))))))))))......(((.((((((((((((.(((((((((...(((((....((((((((.((....))))))..))))))))).........((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))))))))).)))..))).)))))...)))).))).........))))))))))))))..))...))....)))..))))))... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.....))).(((.(((((((....)))).))).(((..................))).))).(((((....)))))....((((........))))...(((((((((.....))).)))))).....(((((..(((....))).((((((.......(((((.....)))))......(((((.........))))).)))))).((((..((.....)).)))).....(((..((.....))))).........))))).(((.....))).(((.((....))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.(((..<<<<<....(((((....)))))...((((..................)))).((((((((....))))))))..(((........))).<<<<<<(((..((....))..)))...........(((....[[[[[[.)))...)))]]]]]]((((.....))))......>>>>>>..>>>>>.....((((......)))).(((.....))).(((((...{{{......)))))}}}.((((........))))...))))..((((.((....))))))... |