|
|
|
GUCGAGCUUAGUAAUGUGGGCUUGUAACCCAAAUGGGGGCAUUAAUGUGGUGGAAUGUUGGGCUGUACCAGAUGGUUGGGCUUGGUGGGCUAAUUUCUGACUUGCCCUAUCCAAGCUUAGAGUUGGAUCAUGUGGCCCAAUUGAAGAAAUGGACUACUUGAUUCGUAAAGUGGGGCGGAAUGCGUGAGGCUGGUUUCACAGAGCAACGAUAAGUUUCCGCUCUAAGCGGUGGAAGGAUAACGAGUCGGUGUUCUCUGAGUCCAGUAAUGCCUGAUGGGCUGCUCUAAUUAAACCACCACUUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((((((......)))))))....((((..)))))))...((.(((((((..((((((((.((.(((...(((.((((((((.(((.((....((((((((.((..((((.(((((((((.((((((.((((.(((.((....)).))).)))).)))))).(..)..(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))).))....))))))))))))).))))))))......)))...))))).))).))).))..))))))).)).
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.((((((((......))))))))...(((....))).........(((((((...(((((((.((.(((...(((((((((..(.((((......((((((((.(((.((((.((((((....((((((.((((.(((.((....)).))).)))).)))))).........(((((((..(((....(((......)))....)))......)))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).)..)))))).....)))...))))).)).)))))....)))))))...) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((........))))).....(((....)))..............................((........))....(((.((.(.......).)).)))...((((.(((((((((.((((((.((((.(((.((....)).))).)))).)))))).......(((((.......((((((....)))))).............))))).)))))))))..))))...................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((......))))))))...(((......)))....((.(((((((...((((((((((.((((....(((((((((((((((.............)))).).))))))))))..)))))).....)))))))).......(((((........)))))..((((((((((........(((((((.((((.(((((..((((..(((((((((......))))))..))).....))))..))))).)))).))).....))))......))))))).)))...))))))))).. |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................(((....))).........(((((((.............................................................(((((((((((((((((((((..................)))))))))))).....................................................))))))))).................................................................))))))).... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((........))).......(((....))).........((((.(...((((((((.((.(((.(((((.((((((((.((((......((((((((....(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))......)))))))).)))).))))))))......))))).))))).))).))).))...).)))).... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................................(((((.........................((((((((.((((......((((((((....(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))......)))))))).)))).))))))))...............................)))))..... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((........)))))))...(((....))).......(.(((((((...(((((((.((.(((.....((((((((((.((((......((((((((.(((.((((.(((((((((.((((((.((((.(((..........))).)))).))))))............(((..((((((((....))))))...))...........))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))))..........))))).)))).)))....))))))).).. |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((......))))))))...(((....))).........(((((((...(((((((.(..(((...((((((((((((.((((......((((((((.(((.((((.(((((((((.((((((.((((.(((.((....)).))).)))).))))))..................((.....(((......))).....))..........)))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))).....)))...))).).)).)))))....))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......)))))))....(((....))))))...((.(((((((..((((((((.(..(((...(((.((((((((.(((.((....((((((((.((..((((.(((((((((.((((((.((((.(((..........))).)))).)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))).))....)))))))))).)))))))))))......)))...))).).))).))).))..))))))).)). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((......))))))))...(((....)))......((.(((((((...(((((((.((.(((...((((((((((((.((((......((((((((.(((.((((.((((((((((((((((.((((.(((.((.....))))).)))).)))))))...........((((((((((((((())))))))...))).(.....).)))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).)))))))))).....))...))))).)))).)))....))))))).)). |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((........))))))(...(((....)))..)......(((((((...(((((......(((...((..(((((((((((((......((((((((.((..((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))).))....)))))))).))))))))))))).......))...))).....)).)))....))))))).... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((..........)))))....(((....))).........(((((((.....((.......(((...((..(((((((((((((......((((((((.((..((((.(((((((((.((((((.(((((((((((....))))))))))).)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))).))....)))))))).))))))))))))).......))...))).......))......))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((..[[[[[[))))))....(((....))).]]]]]]..(((((((...(((((......(((...((((((((((((.((((......((((((((.(((.((((.((((((((((((((((.((((.(((..........))).)))).)))))))......((((.......(((....(((......)))....)))......)))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))).....)))...)))......)))))....))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((......))))))))...(((....))).........(((((((...(((((((.((.(((...((((((((((((.((((......((((((((.(((.((((.(((((((((.((((((.((((.(((.((....)).))).)))).)))))).....(((((((.....((.....))..))))))).((((........))))..)))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))).....)))...))))).)).)))))....))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((......))))))))...((......)).........(((((((...(((((((.((.(((...((((((((((((.((((......((((((((.(((.((((.(((((((((.((((((.((((.(((..........))).)))).))))))......................................................)))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))).....)))...))))).)))).)))....))))))).... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......)))))))....(((....))))))...((((((((((..((((((((.((((((((((((((((((((((((((.....(((((((((.((.(((((.((((((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))).......((((....(((.((...(((......)))..)))))....))).).)))))))))..)))))))....))))))))))))))))))))))).....)))))))))))))).)))).))..)))))))))). |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((......))))))).....((....)).))....((((((((((..(((((((((.(((((..(((((((((((((.((((.....(((((((((.(((.((((.(((((((((.((((((((((((((((((....))))))))))))))))))........((((......(.....((((......))).....))....))))..)))))))))..)))))))....)))))))))))).)))))))))).....))))..)))))))).))))).)..)))))))))). |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((......))))))))...(((....))).........(((((((....((((......))))....((((((((((.((((.............))))...))))))))))....((((((.((((.(((.((....)).))).)))).))))))......((((((((....(((.(((((((.((((.((((((.((((..(((((((((......)))))).....)))..)))).)))))).)))).))).....)))).)))..))))))))......))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((......))))))))...((((..)))).........(((((((...(((((((((((((((....((((((((((.((((.............))))...))))))))))..))))....)))))))))))........((((((..(((((((((....((((((((((((((((((((..)))))))...))).........))))))))))...............))))))))).........)))))).....((((...)))).............))))))).... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................(((..(((....))).)))...............(((((((.((.(((...((((((((((((.((((......((((((((.(((.((((.(((((((((.((((((.((((.(((.((....)).))).)))).)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))).....)))...))))).)).)))))............... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................(((....)))........................................((((((((...........((((((((((...((((.(((((((((.((((((.((((((((.((....)).)))))))).)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))).))....))))))))......))))))))......................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((........)))))(((..(((....))).)))..((((((((((..((...(((.(..(((((((((.((((((((.((((......((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((......((((...((((...).)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))......))))))))).).))).....))..)))))))))). |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((.......)))(((..(((....))).)))..((((((((((..((((((((....((((((((((((((((((.((((......((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((......(((...(((((...).)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))).....)))))))))...))).))).))..)))))))))). |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((........)))))(((..(((....))).)))..((((((((((..((...(((....(((((((((.((((((((.((((......((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((......((((...((((...).)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))......)))))))))...))).....))..)))))))))). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((.......)))(((..(((....))).)))..((((((((((..((((((((....((((((((((((((((((.((((......((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((......(((...(((((...).)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))).....)))))))))...))).))).))..)))))))))). |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((.......)).(((..(((....))).)))...(((((((((..((((.((.....((((((((..(((((((..((((......((((((((.((.(((((.((((((((..((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((......(((...(((((...).)))..).)))....)))))).))))))))..)))))))....)))))))).))))..))))))).......))))))))....))..)).))..))))))))).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((.[[[[[))))))))...(((....)))..]]]]]..(((((((...(((((((.((.(((...((((((((((((.((((......((((((((.(((.((((.((((((....((((((.((((.(((.((....)).))).)))).)))))).........(((((((..(((....(((......)))....)))......)))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))).....)))...))))).)).)))))....))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((.(...)))))))))...(((....))).........(((((((.((.((((......))))))..(((((((((((((((.((((...)).)))))).).))))))))))...(((((((.((((.(((..........))).)))).)))))))(.((.((((((((....(((.(((((((.((((.((((((.((((..(((((((((......)))))).....)))..)))).)))))).)))).))).....)))).)))..)))))))).)))..))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.......((((.......)))).....))))......(((((((...((((((.....((((....((((((((((.((((.............))))...))))))))))..)))).....((((((((..............((((((........))))))........((((...(((((.((((.((((((.((((...((((((((......))))))))........)))).)))))).)))).))))).))))....))))))))))))))....))))))).... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................((((.(((((((((...............................................................................................)))))))))..))))...................................................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................(((....)))........................................((((((...(((........(((((((.((.(((((.((((((((..((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))..)))))))....)))))))...)))...))))))......................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................(((....)))........................................((((((((.(((.......((((((((((...((((.(((((((((.((((((.((((((((.((....)).)))))))).)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))).))....))))))))..))).))))))))......................................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((......))))))))...(((....))).........(((((((...(((((((.((.(((...(((((((((..(.((((......((((((((.(((.((((.((((((....((((((.((((.(((.((....)).))).)))).)))))).........(((((((..(((....(((......)))....)))......)))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).)..)))))).....)))...))))).)).)))))....))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((..((........)).)).(((...(((.....)))....))).(((((((...(((((((.((.(((...((((((((((((.((((......((((((((.(((.((((.((((((...(((((((.((((.(((.((....)).))).)))).)))))))........(((((((..(((....(((......)))....)))......)))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))).....)))...))))).)).)))))....))))))).... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......)))))))....(((....))))))......(((((((...(((((((.((.(((...(((((((((..(.(..(......((((((((.(((.((((.(((((((..(((((((.((((.(((.((....)).))).)))).))))))).........((((((..(((....(((......)))....)))......)))))))))))))..)))))))....)))))))).)..).)..)))))).....)))...))))).)).)))))....))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.(((........)))))).((.((((((..)))))))).....((((((((((......((((((((..))))))))((((((((((.............)))).).))))).(((((((.(((.(((((((((((..)).....((((((..((((((..)))))(.(((((((..((((((((((..)))))))..).)).....))))))))((((..(.............)..)))).(((..)))...)))))))..).)))))))).))))))))))..)))))))))).... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................(.....)...(((..((((((.(.......(((((((.((..(((..(((.(((((.((((((.((((.(....((......))).)))).)))))).......(((........(((...(((..........))).)))......))).))))).)))...))).))....)))))))..)...).......)..................)...........)))...))).. |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((......))))))((...(((....)))..))...(.(((((((..((...(((....(((...(((.((((((((.((.(......(((((((.((...(((..(((((((((.((((((.((((.(((.((....)).))).)))).)))))).......(((((......(((...(((..........))).)))....))))).)))))))))...))).)).....))))))).))).)).))))))......)))...)))...))).....))..))))))).).. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((......))))))))...(((....))).........(((((((...(((((((.((.(((...(((((((((..(.(..(......((((((((.(((.((((.(((((((...((((((.((((.(((..........))).)))).))))))..........(((((...(((....(((......)))....))).......))))))))))))..)))))))....)))))))).)..).)..)))))).....)))...))))).)).)))))....))))))).... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((......))))))))...(((....))).........(((((((...(((((((.(..(((...((((((((((((.((((......((((((((.(((.((((.(((((((((.((((((.((((.(((.((....)).))).)))).)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))).....)))...))).).)).)))))....))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((..(......)..)))))...(((....))).........(((((((...(((((((.((.(((...(((((((((..(.(..(......((((((((.(((.((((.((((((....((((((.((((.(((.((....)).))).)))).)))))).........(((((((..(((....(((......)))....)))......)))))))))))))..)))))))....)))))))).)..).)..)))))).....)))...))))).)).)))))....))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((......))))))))..(((..((((....))))..(((......))).(((......)))...))).((((((((.((((.............))))...))))))))..((((((..........)))))).......(((.((((((........)))))).(((((....((((((....))))))..(((........)))))))).)))...(((((.(((((.((......)))))))...((((((...........))))))............)))))...... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((......))))))))..(((..((((....))))..(((...<<<))).(((......)))...))).(((((....((((.....>>>.....)))).(((((.((.....))))))).....)))))..........(((((..[[[[..))))).]]]].(((((((....((((((....))))))..(((........)))))))))).....(((((.(((((......{{{{.)))))}}}}....(((...(((.....))).))).........)))))...... |