CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00178



RNA: SRP_00178
Rfam family: Plant_SRP

GUCGAGCUUAGUAAUGUGGGCUUGUAACCCAAAUGGGGGCAUUAAUGUGGUGGAAUGUUGGGCUGUACCAGAUGGUUGGGCUUGGUGGGCUAAUUUCUGACUUGCCCUAUCCAAGCUUAGAGUUGGAUCAUGUGGCCCAAUUGAAGAAAUGGACUACUUGAUUCGUAAAGUGGGGCGGAAUGCGUGAGGCUGGUUUCACAGAGCAACGAUAAGUUUCCGCUCUAAGCGGUGGAAGGAUAACGAGUCGGUGUUCUCUGAGUCCAGUAAUGCCUGAUGGGCUGCUCUAAUUAAACCACCACUUUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....((((..)))))))...((.(((((((..((((((((.((.(((...(((.((((((((.(((.((....((((((((.((..((((.(((((((((.((((((.((((.(((.((....)).))).)))).)))))).(..)..(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))).))....))))))))))))).))))))))......)))...))))).))).))).))..))))))).)).
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (.((((((((......))))))))...(((....))).........(((((((...(((((((.((.(((...(((((((((..(.((((......((((((((.(((.((((.((((((....((((((.((((.(((.((....)).))).)))).)))))).........(((((((..(((....(((......)))....)))......)))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).)..)))))).....)))...))))).)).)))))....)))))))...)
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((........))))).....(((....)))..............................((........))....(((.((.(.......).)).)))...((((.(((((((((.((((((.((((.(((.((....)).))).)))).)))))).......(((((.......((((((....)))))).............))))).)))))))))..))))......................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...(((......)))....((.(((((((...((((((((((.((((....(((((((((((((((.............)))).).))))))))))..)))))).....)))))))).......(((((........)))))..((((((((((........(((((((.((((.(((((..((((..(((((((((......))))))..))).....))))..))))).)))).))).....))))......))))))).)))...)))))))))..
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................(((....))).........(((((((.............................................................(((((((((((((((((((((..................)))))))))))).....................................................))))))))).................................................................)))))))....
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((........))).......(((....))).........((((.(...((((((((.((.(((.(((((.((((((((.((((......((((((((....(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))......)))))))).)))).))))))))......))))).))))).))).))).))...).))))....
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................(((((.........................((((((((.((((......((((((((....(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))......)))))))).)))).))))))))...............................))))).....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((........)))))))...(((....))).......(.(((((((...(((((((.((.(((.....((((((((((.((((......((((((((.(((.((((.(((((((((.((((((.((((.(((..........))).)))).))))))............(((..((((((((....))))))...))...........))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))))..........))))).)))).)))....))))))).)..
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...(((....))).........(((((((...(((((((.(..(((...((((((((((((.((((......((((((((.(((.((((.(((((((((.((((((.((((.(((.((....)).))).)))).))))))..................((.....(((......))).....))..........)))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))).....)))...))).).)).)))))....)))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((....))))))...((.(((((((..((((((((.(..(((...(((.((((((((.(((.((....((((((((.((..((((.(((((((((.((((((.((((.(((..........))).)))).)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))).))....)))))))))).)))))))))))......)))...))).).))).))).))..))))))).)).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...(((....)))......((.(((((((...(((((((.((.(((...((((((((((((.((((......((((((((.(((.((((.((((((((((((((((.((((.(((.((.....))))).)))).)))))))...........((((((((((((((())))))))...))).(.....).)))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).)))))))))).....))...))))).)))).)))....))))))).)).
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((........))))))(...(((....)))..)......(((((((...(((((......(((...((..(((((((((((((......((((((((.((..((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))).))....)))))))).))))))))))))).......))...))).....)).)))....)))))))....
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((..........)))))....(((....))).........(((((((.....((.......(((...((..(((((((((((((......((((((((.((..((((.(((((((((.((((((.(((((((((((....))))))))))).)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))).))....)))))))).))))))))))))).......))...))).......))......)))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((..[[[[[[))))))....(((....))).]]]]]]..(((((((...(((((......(((...((((((((((((.((((......((((((((.(((.((((.((((((((((((((((.((((.(((..........))).)))).)))))))......((((.......(((....(((......)))....)))......)))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))).....)))...)))......)))))....)))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...(((....))).........(((((((...(((((((.((.(((...((((((((((((.((((......((((((((.(((.((((.(((((((((.((((((.((((.(((.((....)).))).)))).)))))).....(((((((.....((.....))..))))))).((((........))))..)))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))).....)))...))))).)).)))))....)))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...((......)).........(((((((...(((((((.((.(((...((((((((((((.((((......((((((((.(((.((((.(((((((((.((((((.((((.(((..........))).)))).))))))......................................................)))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))).....)))...))))).)))).)))....)))))))....
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((....))))))...((((((((((..((((((((.((((((((((((((((((((((((((.....(((((((((.((.(((((.((((((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))).......((((....(((.((...(((......)))..)))))....))).).)))))))))..)))))))....))))))))))))))))))))))).....)))))))))))))).)))).))..)))))))))).
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((......))))))).....((....)).))....((((((((((..(((((((((.(((((..(((((((((((((.((((.....(((((((((.(((.((((.(((((((((.((((((((((((((((((....))))))))))))))))))........((((......(.....((((......))).....))....))))..)))))))))..)))))))....)))))))))))).)))))))))).....))))..)))))))).))))).)..)))))))))).
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...(((....))).........(((((((....((((......))))....((((((((((.((((.............))))...))))))))))....((((((.((((.(((.((....)).))).)))).))))))......((((((((....(((.(((((((.((((.((((((.((((..(((((((((......)))))).....)))..)))).)))))).)))).))).....)))).)))..))))))))......)))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...((((..)))).........(((((((...(((((((((((((((....((((((((((.((((.............))))...))))))))))..))))....)))))))))))........((((((..(((((((((....((((((((((((((((((((..)))))))...))).........))))))))))...............))))))))).........)))))).....((((...)))).............)))))))....
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................(((..(((....))).)))...............(((((((.((.(((...((((((((((((.((((......((((((((.(((.((((.(((((((((.((((((.((((.(((.((....)).))).)))).)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))).....)))...))))).)).)))))...............
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................(((....)))........................................((((((((...........((((((((((...((((.(((((((((.((((((.((((((((.((....)).)))))))).)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))).))....))))))))......)))))))).........................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((........)))))(((..(((....))).)))..((((((((((..((...(((.(..(((((((((.((((((((.((((......((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((......((((...((((...).)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))......))))))))).).))).....))..)))))))))).
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(((.......)))(((..(((....))).)))..((((((((((..((((((((....((((((((((((((((((.((((......((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((......(((...(((((...).)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))).....)))))))))...))).))).))..)))))))))).
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((........)))))(((..(((....))).)))..((((((((((..((...(((....(((((((((.((((((((.((((......((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((......((((...((((...).)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))......)))))))))...))).....))..)))))))))).
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(((.......)))(((..(((....))).)))..((((((((((..((((((((....((((((((((((((((((.((((......((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((......(((...(((((...).)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))).....)))))))))...))).))).))..)))))))))).
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........((.......)).(((..(((....))).)))...(((((((((..((((.((.....((((((((..(((((((..((((......((((((((.((.(((((.((((((((..((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((......(((...(((((...).)))..).)))....)))))).))))))))..)))))))....)))))))).))))..))))))).......))))))))....))..)).))..)))))))))..
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((.[[[[[))))))))...(((....)))..]]]]]..(((((((...(((((((.((.(((...((((((((((((.((((......((((((((.(((.((((.((((((....((((((.((((.(((.((....)).))).)))).)))))).........(((((((..(((....(((......)))....)))......)))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))).....)))...))))).)).)))))....)))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((.(...)))))))))...(((....))).........(((((((.((.((((......))))))..(((((((((((((((.((((...)).)))))).).))))))))))...(((((((.((((.(((..........))).)))).)))))))(.((.((((((((....(((.(((((((.((((.((((((.((((..(((((((((......)))))).....)))..)))).)))))).)))).))).....)))).)))..)))))))).)))..)))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((.......((((.......)))).....))))......(((((((...((((((.....((((....((((((((((.((((.............))))...))))))))))..)))).....((((((((..............((((((........))))))........((((...(((((.((((.((((((.((((...((((((((......))))))))........)))).)))))).)))).))))).))))....))))))))))))))....)))))))....
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................((((.(((((((((...............................................................................................)))))))))..))))......................................................................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................(((....)))........................................((((((...(((........(((((((.((.(((((.((((((((..((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))..)))))))....)))))))...)))...)))))).........................................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................(((....)))........................................((((((((.(((.......((((((((((...((((.(((((((((.((((((.((((((((.((....)).)))))))).)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))).))....))))))))..))).)))))))).........................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...(((....))).........(((((((...(((((((.((.(((...(((((((((..(.((((......((((((((.(((.((((.((((((....((((((.((((.(((.((....)).))).)))).)))))).........(((((((..(((....(((......)))....)))......)))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).)..)))))).....)))...))))).)).)))))....)))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((..((........)).)).(((...(((.....)))....))).(((((((...(((((((.((.(((...((((((((((((.((((......((((((((.(((.((((.((((((...(((((((.((((.(((.((....)).))).)))).)))))))........(((((((..(((....(((......)))....)))......)))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))).....)))...))))).)).)))))....)))))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((....))))))......(((((((...(((((((.((.(((...(((((((((..(.(..(......((((((((.(((.((((.(((((((..(((((((.((((.(((.((....)).))).)))).))))))).........((((((..(((....(((......)))....)))......)))))))))))))..)))))))....)))))))).)..).)..)))))).....)))...))))).)).)))))....)))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((........)))))).((.((((((..)))))))).....((((((((((......((((((((..))))))))((((((((((.............)))).).))))).(((((((.(((.(((((((((((..)).....((((((..((((((..)))))(.(((((((..((((((((((..)))))))..).)).....))))))))((((..(.............)..)))).(((..)))...)))))))..).)))))))).))))))))))..))))))))))....
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................(.....)...(((..((((((.(.......(((((((.((..(((..(((.(((((.((((((.((((.(....((......))).)))).)))))).......(((........(((...(((..........))).)))......))).))))).)))...))).))....)))))))..)...).......)..................)...........)))...)))..
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((......))))))((...(((....)))..))...(.(((((((..((...(((....(((...(((.((((((((.((.(......(((((((.((...(((..(((((((((.((((((.((((.(((.((....)).))).)))).)))))).......(((((......(((...(((..........))).)))....))))).)))))))))...))).)).....))))))).))).)).))))))......)))...)))...))).....))..))))))).)..
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...(((....))).........(((((((...(((((((.((.(((...(((((((((..(.(..(......((((((((.(((.((((.(((((((...((((((.((((.(((..........))).)))).))))))..........(((((...(((....(((......)))....))).......))))))))))))..)))))))....)))))))).)..).)..)))))).....)))...))))).)).)))))....)))))))....
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...(((....))).........(((((((...(((((((.(..(((...((((((((((((.((((......((((((((.(((.((((.(((((((((.((((((.((((.(((.((....)).))).)))).)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))).....)))...))).).)).)))))....)))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((..(......)..)))))...(((....))).........(((((((...(((((((.((.(((...(((((((((..(.(..(......((((((((.(((.((((.((((((....((((((.((((.(((.((....)).))).)))).)))))).........(((((((..(((....(((......)))....)))......)))))))))))))..)))))))....)))))))).)..).)..)))))).....)))...))))).)).)))))....)))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))..(((..((((....))))..(((......))).(((......)))...))).((((((((.((((.............))))...))))))))..((((((..........)))))).......(((.((((((........)))))).(((((....((((((....))))))..(((........)))))))).)))...(((((.(((((.((......)))))))...((((((...........))))))............)))))......
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))..(((..((((....))))..(((...<<<))).(((......)))...))).(((((....((((.....>>>.....)))).(((((.((.....))))))).....)))))..........(((((..[[[[..))))).]]]].(((((((....((((((....))))))..(((........)))))))))).....(((((.(((((......{{{{.)))))}}}}....(((...(((.....))).))).........)))))......