|
|
|
GCCGAGCUCAGUAGCGUGGGCUUGUAACUCAAGUGAGGGCAUCAGUGUGGUGGAAUGUUGAACAUGCCCAGAAGGUAGGGCUUGUGUGACAAUUCUCUGGCCUGCCCUGUCCAAGCAAAGAGUUGGGUCUUGUGGGCCAAGCGAAGGCUUGGGCUGCUGGGCUCCUAAAGUGGGGUGGACUGCGUGAGGCUGGUUUCACAGAGCAACGAAUAGCUCCCGCUCUGUGCAGUGGAAGGAUAACGAGCCAGUGUCAUAUAAGUUCAACGAAUGUCUGAUGGGCUGUUCUAGUUAAACUACCACAUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((((((......)))))))....((((..)))))))...((((((((((..(((((((((...(((..(((((((((((((((((..(....(((((.((.((..((((.(((.(((((.((((((.((((.((((((....)))))).)))).))))))((..)).(((((....(.(((....(((......)))....))).)..))))).))))).)))..)))).))....)).)))))).))))))))))))......)))))..)))..)))).))).))..)))))))))).
|
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............(((((((.....(((....)))......................(........).............................)))))))((..((((.(((.(((((.((((((.((((.((((((....)))))).)))).)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).))))).)))..)))).)).................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......)))))))....(((....))))))...(((((((((((((...(((((.(((((..(((..((((((((((((((.(((((((((((((...(((((..((.......((((((.((((.((((((....)))))).)))).))))))......))...)))))...)).)))))))...((((((((..............))))))))....))))((........))..))))))))))))))........)))..))))))))))..)))...)))))))))). |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((......))))))))...................((((((((((........................((((((((((((((.......................(((((((((.((((((.(((((((((((....))))))))))).))))))......................................................))))))))).....................))))))))))))))...............................)))))))))). |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((........))).......(((....))).........((((.(...((((((((.((.(((.(((((.((((((((.((((......((((((((....(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))......)))))))).)))).)))))))).......))))).))))).))).))).))...).)))).... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................((......)).........(((((((..(((((((((((.(((..(((((((((((((.((((......((((((((....(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))......)))))))).)))).))))))))......)))))..))))))))).))).))..))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((......)))))))....(((....)))......((((((((((......(((((.(((((..(((((((((((((((((((.....(((((....(((.((((.(((.(((((.((((((.((((.((((((....)))))).)))).))))))...................((((((....))))))..(((........)))...))))).)))..))))))).......)))))))))))))))))))......)))))..))))))))))........)))))))))). |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......))))))))...(((....))).))......(((((((...((((.((..(((((..((((.(((((((((((((......(((((.((.(((.((((.(((.(((((.((((((.((((.((((((....)))))).)))).))))))..................((.....(((......))).....))..........))))).)))..)))))))....)).))))).))))))))))))).......))))..))))).))..))))....))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......)))))))....(((....))))))...((((((((((......(((((.(((((...(....((((((((((((.(....(((((.((.((..((((.(((.(((((.((((((.((((.((((((....)))))).)))).))))))(....).(((((....(.(((....(((......)))....))).)..))))).))))).)))..)))).))....)).)))))))))))))))))).........)....))))))))))........)))))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((......))))))))...(((....))).)....(((((((((((((...(((((.(((((..(((((((((((((((((((.....(((((.((.(((.((((.(((.(((((.((((((.((((.((((((....)))))).)))).)))))).......((......)...(((((((()))))))).((((........))))).))))).)))..)))))))....)).)))))))))))))))))))......)))))..))))))))))..)))...)))))))))). |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((........))))))(...(((....)))..).....((((((((..((..........(((...(((.(((((((((((((......((((((((.((.(((((.((((((((..((((((.(((((((((((....))))))))))).)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))..)))))))....)))))))).))))))))))))).......)))...)))..........).)..))))))))... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((..........)))))((..(((....))).))......(((((((......((.(....(((...(((.((((((((.((((......((((((((.((..((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).......(((((......(((...((((......)))..).)))....))))).)))))))))..)))).))....)))))))).)))).)))))))).......)))...)))...).))........))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.[[[[.......)))(((((.....)))))..]]]]...((((((((((......(((((.(((((.......((((((((((((((.....(((((....(((.((((.(((.(((((.((((((.((((.((((((....)))))).)))).)))))).......(((.........((((((....))))))..(((........))))))))))).)))..))))))).......))))))))))))))))))).............))))))))))........)))))))))). |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......)))))))....(((....))))))...(((((((((((((...(((((.(((((..((((.((((((((((((((.....(((((.((.(((.((((.(((.(((((.((((((.((((.((((((....)))))).)))).)))).((......)).(((((((((.....)).)).))))).((((........))))))))))).)))..)))))))....)).))))))))))))))))))).))......))..))))))))))..)))...)))))))))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......)))))))....(((....))))))...((((((((((......(((((.(((((..(((((((((((((((((((.....((((((..(((([[[[[...........((((((.((((.((((((....)))))).)))).)))))).......))))]]]]].......))))))...((((((((..............))))))))......................))))))))))))))......)))))..))))))))))........)))))))))). |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......)))))))....(((....))))))...((((((((((..((((((((.((((((((((((((((((((((((((.....(((((((((.((.(((((.((((((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))).......((((....(((.((...(((......)))..)))))....))).).)))))))))..)))))))....)))))))))))))))))))).))).....)))))))))))))).)))).))..)))))))))). |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((......))))))).....((....)).))....((((((((((..((((((((.((((((.(((((((((((((((.(((.....(((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....))))))))))))))))))........((((.((...((((...(((......)))..).)))..))))).).)))))))))..)))))))....)))))))))))).))))))))).).....))))).)))))))).)))).))..)))))))))). |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......))))))))...(((....))).))...((((((((((......(((((.(((((..((((.((((((((((((((.....(((((.((.(((.((((.(((.(((((.((((((.((((.((((((....)))))).)))).)))).((......)).(((((((((.....)).))).)))).((((........))))))))))).)))..)))))))....)).))))))))))))))))))).))......))..))))))))))........)))))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((......))))))))...((((..))))......((((((((((......(((((.(((((.......((((((((((((((.....(((((..((((.((((((((.........(((((...)))))........))))))))....))))((((...(((((((((.....(((((((..))))))).((((........)))))))))))))........))))......))))))))))))))))))).............))))))))))........)))))))))). |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((......))))))(((..(((....))).)))............(((...(((((.(((((..(((((.......((..........(((((.((.(((.((((.(((.(((((.((((((.((((.((((((....)))))).)))).)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).))))).)))..)))))))....)).))))).............)).....)))))..))))))))))..))).............. |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................((..(((....))).))......(((((((..............(......)..((((((....(((......((((((((((...((((.(((((((((.((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))).))....)))))))).)))....))))))...............................))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((........)))))(((..(((....))).)))..((((((((((..((...(((.(..(((((((((.((((((((.((((......((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((......((((...((((...).)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).)))))))).......))))))))).).))).....))..)))))))))). |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((.......)).(((..(((....))).)))...(((((((((..((((((((((..(((.((((((((((((((.((((......((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((......(((...((((......)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))......)))))).))).))))).))).))..))))))))).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((........)))))(((..(((....))).)))..((((((((((..((...(((....(((((((((.((((((((.((((......((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((......((((...((((...).)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).)))))))).......)))))))))...))).....))..)))))))))). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((.......)).(((..(((....))).)))...(((((((((..((((((((((..((((((((((((((((((.((((......((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((......(((...((((......)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))......)))))))))).))))).))).))..))))))))).. |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((.......)).(((..(((....))).)))....((((((((..((((.(((((..(((..(((((((((((((.((((......((((((((.((.(((((.((((((((..((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((......(((...((((......))..)).)))....)))))).))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))......)))))..))).)))))..)).))..))))))))... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((......))))))))...(((....))).((((.[[[[[[[[[[.)))).(((((.(((((..((((.((((((((((((((.....(((((.((.(((.((((.(((.(((((.((((((.((((.((((((....)))))).)))).)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).))))).)))..)))))))....)).))))))))))))))))))).))......))..))))))))))........]]]]]]]]]]. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((......))))))))...(((....)))......(((((((((((((..((((((.(((((.......((((((((((((((.....(((((....(((.((((.(((.(((((.((((((.((((.((((((....)))))).)))).)))).((.(...))).(((((((((.....)).))).)))).((((........))))))))))).)))..))))))).......))))))))))))))))))).............)))))))))).))))...)))))))))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((......))))))))...................((((((((((......(((((.(((((..(((((((((((((((((((.....(((((......(((((............((((((.((((.((((((....)))))).)))).)))))).....((((......)))).....((((....((((((((..............))))))))))))....)))))....)))))))))))))))))))......)))))..))))))))))........)))))))))). |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((......))))))))........................................................................(((((.................(((((...............................................................................................)))))....................)))))........................................................ |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................(((....)))........................................((((((...(((........(((((((.((.(((((.((((((((..((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))..)))))))....)))))))...)))...)))))).......................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................(((....))).........((((((...............((........))((((...(((.......((((((((((...((((.(((((((((.((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))).))....))))))))..)))...))))..................................)))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......)))))))....(((....))))))...(((((((((((((...(((((.(((((..((..(((((((((((((((.....(((((.((.(((.((((.(((.(((((.((((((.(..(.((((((....)))))).)..).)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).))))).)))..)))))))....)).)))))))))))))))))))......)..))..))))))))))..)))...)))))))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((..(((....)))...)).(((.....)))...........(((((((((((((...(((((.(((((..((((.((((((((((((((.....(((((.((.(((.((((.(((.(((((.((((((.((((.((((((....)))))).)))).)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).))))).)))..)))))))....)).))))))))))))))))))).))......))..))))))))))..)))...)))))))))). |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......)))))))....(((....))))))...(((((((((((((...(((((.(((((..((..((..(((((((((((.....(((((.((.(((.((((.(((.((((.(((((((.(..(.((((((....)))))).)..)...(((((......)))))))))...((((((....)))))).((((........))))))))))).)))..)))))))....)).))))))))))))))))..)......)..))..))))))))))..)))...)))))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((((...(((..)))((((....)))(((..(((..(......)..))).....)))(((..((((((.((((.((......)).))))))))))))))(((((.(.(.((((((..(((..))))))).)).).))))))))))))))))))..((.((((.(.....((..((((((..))))))))((((........))))((((((...).)))))((...(((((...(((((.((((....(((...)))..))))...)))))....))))).)).))))).)). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................................................((....)).(.....)...(...((.((((.........((((.((.((..(((..(((.(((((.(((((..((((.((.(((....)))..))))))..))))).......(((........(((...(((..........))).)))......))).))))).)))...))).))....)).))))........))...)............)....)..)..)................... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((......))))))((...(((....)))..))...(((((((((..((...((((...(((..((((..((.(((.(..........(((((.((.((..(((..(((.(((((.((((((.((((.((((((....)))))).)))).)))))).......(((((......(((...(((..........))).)))....))))).))))).)))...))).))....)).)))))...).)...)).)).......))))..)))..)))).....))..))))))))).. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......)))))))....(((....))))))...(((((((((((((...(((((.(((((..((..((..(((((((((((.....(((((..(.(((.((((.(((.(((((.((((((.(..(.((((((....)))))).)..).))))))..........((......((.....(((......))).....))....))....))))).)))..)))))))....)..))))))))))))))))..)......)..))..))))))))))..)))...)))))))))). |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((......))))))))...(((....)))......((((((((((......(((((.(((((..(((((((((((((((((((.....(((((.((.(((.((((.(((.(((((.((((((.((((.((((((....)))))).)))).)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).))))).)))..)))))))....)).)))))))))))))))))))......)))))..))))))))))........)))))))))). |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......)))))))....(((....))))))...(((((((((((((...(((((.(((((..((..((..(((((((((((.....(((((..(.(((.((((.(((.(((((.(((((..(..(.((((((....)))))).)..)..))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).))))).)))..)))))))....)..))))))))))))))))..)......)..))..))))))))))..)))...)))))))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((......))))))))............((((.(((((((......)))))))...((((.....)))).((((................)))).)))).((((.(((.((((......))))....(((((((....)))).))).)))..(((((......)))))))))...((((((....)))))).((((........))))(((((......)))))...(((.((......))))).....((((((............)))(((.....)))...)))......... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
