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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00181



RNA: SRP_00181
Rfam family: Plant_SRP

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Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....((((..)))))))...((.(((((((..((((((((.((.(((...(((.((((((((.(((.((....((((.(((.((..((((.(((((((((.(((((..((((((((.((....)).))))))))..)))))((..)).(((((.....(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))).))....))).)))))).))))))))))).......)))...))))).))).))).))..))))))).))..
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CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...(((....))).........(((((((...(((((((....(((...(((((.....((...........((((.(((.(((.((((.(((((((((.(((((..((((((((.((....)).))))))))..))))).....................................................)))))))))..)))))))....))).))))......)).....).).....)))...)))...)).)))))....))))))).....
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...(((....))).........(((((((.....((((((((((((..((((((((...((((((((.......))))))))...)))).)).)).....(((((..((((((((..........))))))))..)))))......)))))))).))))...((((((...((((((((..............))))))))...(((((((((.........)).)))))))(((.(((((.......))))))))...))))))...))))))).....
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................(((....))).........(((((((.............................................................(((((((((.(((((((((((((((..........))))))))))))))).....................................................)))))))))..................................................................))))))).....
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((........))).......(((....))).........((((((...((((((((.((.(((.(((((.((((((((.((((......((((((((....(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).......(((((.....(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))......)))))))).)))).)))))).))......))))).))))).))).))).))...)))))).....
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))......................(((((((..((((((((...((((..((((.((((((((.((((......((((((((..(((((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).......(((((.....(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))))....)))))))).)))).)))))).))......))))..))))..)).)))).))..))))))).....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((........)))))))...(((....))).........(((((((........((.(.((((...(((...((((((((((((.......))))))((((................(((((..((((((((.((....)).))))))))..))))).......)))).......((((((....)))))).......((.....((((((((......)))))))).....))............)))))).........)))...))))).))..........))))))).....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...(((....))).........(((((((...(((((((.(.((((...((((((((((((.((((......((((.(((.(((.((((.((((((((..(((((..((((((((.((....)).))))))))..)))))........................(((......)))..................))))))))..)))))))....))).)))).)))).)))))).))).....)))...))))).)).)))))....))))))).....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((....))))))...(..(((((((......((((.((.(((...(((.((((((((.(((.((....((((.(((.((..((((.(((((((((.(((((..((((((((.((....)).))))))))..)))))(....).((((......((.....(((......))).....)).....)))).)))))))))..)))).))....))).))))))))).)))))))).......)))...))))).))))........)))))))..)..
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((........)))))))...(((....))).........(((((((...(((((((.(.((((...((((((((((((((((((.......))))))(((((...............(((((..((((((((.((....)).))))))))..)))))......))))).......(((((((()))))))).......((.....((((((((......)))))))).....))............)))))).))).....)))...))))).)))).)))....))))))).....
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((........))))))....(((....))).........(((((((..((((((((....(((...(((.((((((((.((((......((((((((.((..((((.((((((((..((((((.(((((((((((....))))))))))).)))))).........(((.....(((...((((......)))..).)))....)))....))))))))..)))).))....)))))))).)))).)))))))).......)))...)))...)).))))).)..))))))).....
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((..........)))))....(((....))).........(((((((..((((((((....(((...(((.(((((((..((((......((((((((.((..((((.(((((((((.((((((.((((((((.((....)).)))))))).)))))).......(((((.....(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))).))....)))))))).))))..))))))).......)))...)))...)).))))).)..))))))).....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((..[[[[[[)))))))...(((....))).]]]]]]..(((((((.....(((.[[[[(((((....)))))...(((((((((.....)))))))))))).......]]]](((((((((....)))))))))...........(((((....[[[...)))))...]]](((((.(((((((...((((((((...(((....))).))))))))...(((((((..............)))))))....))).....)))).)))))..............))))))).....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...(((....))).........(((((((...(((((((.(.(((((....))))))..(((((((((.....)))))))))((((((...(((......(((((..((((((((.((....)).))))))))..))))).....))))))))).(((((.(((((((.((((((((((...(((....))).)))))))).))(((((((...((......)).)))))))....))).....)))).)))))..).))))))....))))))).....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...(((....))).........(((((((......((((...((((...(((.((((((((.((((.............((((...................(((..((((((((.((....)).))))))))..)))..........))))...................(((((............[[[[[[[[))))).]]]]]]]]..............)))).)))))).))......)))...))))..))))........))))))).....
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((((......)))))).....(((....))))))...((((((((((..((((((((.((((((((((((((((((((((((((.....(((((((((.((.(((((.((((((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))).......((((....((.((...(((......)))..)))).....))).).)))))))))..)))))))....)))))))))))))))))))).))).....)))))))))))))).)))).))..))))))).))).
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((......))))))).....((....)).))....((((((((((..((((((((.((((((.((((((((((((((((((((.....((((((((.(((.((((.(((((((((.((((((((((((((((((....))))))))))))))))))........((((.....(((....(((......)))....)))....))).).)))))))))..)))))))....)))))))))))))))))))).))).....))))).)))))))).)))).))..))))))).))).
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...(((....))).........(((((((...((((((..(.(((((....))))))..(((((((((.....)))))))))..((((((........))))))...((((((((.((....)).))))))))....((((......)))).((.(((((.(((((((...((((((((...(((....))).))))))))...(((((((....(.....)...)))))))....))).....)))).)))))))..))))))....))))))).....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...((((..)))).........(((((((...(((((((((((((((....)))))...(((((((((.....)))))))))..((((((........))))))...))))))))))....(((((((.(((((..........)))))......(((((.(((((((...((((((((..............))))))))...(((((((..............)))))))....))).....)))).)))))))))))).......))))))).....
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................(((....))).........(((((((........................(((((((............((((((((((...((((.(((((((((.((((((..((.((((.((....)).)))).))..))))))........((((.....(((....(((......)))....)))....))))..)))))))))..)))).))....)))))))).......))))).)).............(((...)))........))))))).....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((........)))))(((..(((....))).)))..((((((((((..((...(((.(..(((((((((.((((((((.((((......((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((.....((((...((((...).)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).)))))).))......))))))))).).))).....))..))))))))))..
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................(((..(((....))).)))...(((((((((..((((((((...((((..(((((((((((((.((((......((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((.....(((...((((......)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).)))))).))).....))))..))))..)))).)).))..)))))))))...
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((........)))))(((..(((....))).)))..((((((((((..((...(((.(..(((((((((.((((((((.((((......((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((.....((((...((((...).)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).)))))).))......))))))))).).))).....))..))))))))))..
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................(((..(((....))).)))...(((((((((..((((((((...((((..(((((((((((((.((((......((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((.....(((...((((......)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).)))))).))).....))))..))))..))).))).))..)))))))))...
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................(((..(((....))).)))...(((((((((..((((((((....((...((((.((((((((.((((......((((((((.((.(((((.((((((((..((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((.....(((...(((((...).))..)).)))....)))))).))))))))..)))))))....)))))))).)))).)))))).))......))))...))...)))).)).))..)))))))))...
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((.[[[[[))))))))...(((....)))..]]]]]..(((((((....(((((....(((((....)))))...((..(((((.....)))))..))...)))))..........(((((..((((((((.((....)).))))))))..)))))...((.(((..(((.(((((.(((((((...((((((((...(((....))).))))))))...(((((((...((......)).)))))))....))).....)))).))))))))..))).))...))))))).....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((.(...)))))))))...(((....))).........(((((((...(((((((.(.(((((....))))))..(((((((((.....)))))))))..((((((........))))))(.(((((((((..........)))))))).)).((((......)))).((.(((((.(((((((...((((((((...(((....))).))))))))...(((((((.(.(((...)).)))))))))....))).....)))).)))))))).))))))....))))))).....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...((((..(((((((.....((((((......(((((....(((((....)))))...(((((((((.....)))))))))...)))))......(((((((((....)))))))))..........))))))..)))))))...))))((((.(((((.((((......((((((((..............))))))))...(((((((..............)))))))............)))).))))).................)))).....
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................((((((((.............................(((((((((..............................................................................................)))))))))...........................))))))))...........................................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................(((....)))........................................((((((...(((........(((((((((...((((.((((((((..((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).......(((((.....(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))..)))).))....)))))))...)))...)))).))..........................................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................(((....)))........................................((((((...(((.......((((((((((...((((.(((((((((.((((((..((.((((.((....)).)))).))..)))))).......(((((.....(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))).))....))))))))..)))...)))).))..........................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...(((....))).........(((((((....(((((..(.(((((....))))))..((..(((((.....)))))..))...)))))..........(((((..((((((((.((....)).))))))))..)))))...((.(((((..(.(((((.(((((((...((((((((...(((....))).))))))))...(((((((...((......)).)))))))....))).....)))).))))))..))))).))...))))))).....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((.((((((......)))))).....(((.....))).......)).(((((....(((((....(((((....)))))...((..(((((.....)))))..))...)))))..........(((((..((((((((.((....)).))))))))..)))))...((.(((..(((.(((((.(((((((...((((((((...(((....))).))))))))...(((((((...((......)).)))))))....))).....)))).))))))))..))).))...))))).......
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...(((....)))(((((...(((((((((((...((((.(.(((((....)))))).....((((((.....)))))))))).((((((.(....).))))))...((((((((.((....)).))))))))...)))))..((.(((((..(.(((((.(((((((...((((((((...(((....))).))))))))...(((((((...((......)).)))))))....))).....)))).))))))..))))).))..)))))))))))..
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((..........))))))...((((((.....((....))((......)))))))).((..((((...((((..((((((((((.............)))).).)))))..)))).))))..))(((((((((.(......).)))..((((((((.((......)).((..)).((((((((..))))))).)(((.((((((..((((((((......))))))))..)))))))))(((....))).(((.((((.........))))))).))))))).)....))))))....
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................(.....)..((...((...((.(.......(((.(((.((..(((..((..(((((.(((((..((((((....((......))))))))..))))).......(((.......(((...(((..........))).)))......))).)))))..))...))).))....))).)))..)..).........)...............)..)..)..........).........
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((....))))))(...(((((((((..((...(((....(((...((..((((((((.((((......((((.((.((...(((..(((((((((.(((((..((((((((.((....)).))))))))..))))).......(((((.....(((...(((..........))).)))....))))).)))))))))...))).)).....)).)))).).))))))))).)).......))...)))...))).....))..))))))).)).)
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...(((....))).........(((((((.............(((((....)))))...((..(((((.....)))))..))....................(((..((((((((.((....)).))))))))..))).....((.((((...(.(((((.(((((((...((((((((...(((....))).))))))))...(((((((....((...))...)))))))....))).....)))).))))))...)))).))...))))))).....
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...(((....))).........(((((((...(((((((.(.((((...((((((((((((.((((......((((.(((.(((.((((.(((((((((.(((((..((((((((.((....)).))))))))..))))).......(((((.....(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))))....))).)))).)))).)))))).))).....)))...))))).)).)))))....))))))).....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((..(......)..)))))...(((....))).........(((((((....(((((..(.(((((....))))))..((..(((((.....)))))..))...)))))..........(((((..((((((((.((....)).))))))))..)))))...((.((((..((.(((((.(((((((...((((((((...(((....))).))))))))...(((((((....((...))...)))))))....))).....)))).)))))))..)))).))...))))))).....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((......))))))).((((((.....))...))))..(((......))).((((...(((((....))))).......(((((.....))))).)))).((((((........))))))...((((((((.((....)).))))))))...(((((......))))).(((((....))...))).((((((((..............))))))))...(((((((((.........)).))))))).(((.(((((.....))))).(((.....)))..)))...........
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((......))))))).((((((......))..))))..(((..bbbb))).((((...(((((....)))))[[[[[.((((((.....))))))))))...]]]]].(((.....aaaaa.)))AAAAA.........(((((dddddd...))))...DDD(((.....)))((((DDD.{{{{))))......((((......<<<<<<))))..>>>>>>.........}}}}ccc((((........)))))...CCC.(((BBBB.))).(((.....))).........