|
|
|
GUCGAGCUUAGUAACGUGGGCUUGUAACCCAAGUGGGGAUGUUAAGGUGGUGGAAUAUUGGGCUGUCCCAGAUGGCUGGGCUUGGUGGGCUAAUUUCUGGCCUGCCCUAUCCAAGUACAGAGUUGGAUCAUGUGGUCCAAUUGAAAGAAUGGGCUACUAGAUUCCUAAAGUGGGGUGGACCCGUGAGGCUGGUUUCACAGAGCAACGAAAAACUUCCGCUUUGUGCAGUGGAAGGAUAACGGACCGGUGCCUUCCAAGUUCCAUUAAUGCCUGAUGGGCUGUUCUAGUUAAACUACCACAUUUU |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((((((......)))))))....((((..)))))))...((.(((((((..((((((((.((.(((...(((.((((((((.(((.((....((((.(((.((..((((.(((((((((.(((((..((((((((.((....)).))))))))..)))))((..)).(((((.....(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))).))....))).)))))).))))))))))).......)))...))))).))).))).))..))))))).))..
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.((((((((......))))))))...(((....))).........(((((((....(((((..(.(((((....))))))..((..(((((.....)))))..))...)))))..........(((((..((((((((.((....)).))))))))..)))))...((.(((((..(.(((((.(((((((...((((((((...(((....))).))))))))...(((((((....((...))...)))))))....))).....)))).))))))..))))).))...)))))))....) |
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((......))))))))...(((....))).........(((((((...(((((((....(((...(((((.....((...........((((.(((.(((.((((.(((((((((.(((((..((((((((.((....)).))))))))..))))).....................................................)))))))))..)))))))....))).))))......)).....).).....)))...)))...)).)))))....)))))))..... |
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((......))))))))...(((....))).........(((((((.....((((((((((((..((((((((...((((((((.......))))))))...)))).)).)).....(((((..((((((((..........))))))))..)))))......)))))))).))))...((((((...((((((((..............))))))))...(((((((((.........)).)))))))(((.(((((.......))))))))...))))))...)))))))..... |
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................(((....))).........(((((((.............................................................(((((((((.(((((((((((((((..........))))))))))))))).....................................................)))))))))..................................................................)))))))..... |
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((........))).......(((....))).........((((((...((((((((.((.(((.(((((.((((((((.((((......((((((((....(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).......(((((.....(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))......)))))))).)))).)))))).))......))))).))))).))).))).))...))))))..... |
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((......))))))))......................(((((((..((((((((...((((..((((.((((((((.((((......((((((((..(((((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).......(((((.....(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))))....)))))))).)))).)))))).))......))))..))))..)).)))).))..)))))))..... |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((........)))))))...(((....))).........(((((((........((.(.((((...(((...((((((((((((.......))))))((((................(((((..((((((((.((....)).))))))))..))))).......)))).......((((((....)))))).......((.....((((((((......)))))))).....))............)))))).........)))...))))).))..........)))))))..... |
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((......))))))))...(((....))).........(((((((...(((((((.(.((((...((((((((((((.((((......((((.(((.(((.((((.((((((((..(((((..((((((((.((....)).))))))))..)))))........................(((......)))..................))))))))..)))))))....))).)))).)))).)))))).))).....)))...))))).)).)))))....)))))))..... |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......)))))))....(((....))))))...(..(((((((......((((.((.(((...(((.((((((((.(((.((....((((.(((.((..((((.(((((((((.(((((..((((((((.((....)).))))))))..)))))(....).((((......((.....(((......))).....)).....)))).)))))))))..)))).))....))).))))))))).)))))))).......)))...))))).))))........)))))))..).. |
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((........)))))))...(((....))).........(((((((...(((((((.(.((((...((((((((((((((((((.......))))))(((((...............(((((..((((((((.((....)).))))))))..)))))......))))).......(((((((()))))))).......((.....((((((((......)))))))).....))............)))))).))).....)))...))))).)))).)))....)))))))..... |
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((........))))))....(((....))).........(((((((..((((((((....(((...(((.((((((((.((((......((((((((.((..((((.((((((((..((((((.(((((((((((....))))))))))).)))))).........(((.....(((...((((......)))..).)))....)))....))))))))..)))).))....)))))))).)))).)))))))).......)))...)))...)).))))).)..)))))))..... |
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((..........)))))....(((....))).........(((((((..((((((((....(((...(((.(((((((..((((......((((((((.((..((((.(((((((((.((((((.((((((((.((....)).)))))))).)))))).......(((((.....(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))).))....)))))))).))))..))))))).......)))...)))...)).))))).)..)))))))..... |
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((..[[[[[[)))))))...(((....))).]]]]]]..(((((((.....(((.[[[[(((((....)))))...(((((((((.....)))))))))))).......]]]](((((((((....)))))))))...........(((((....[[[...)))))...]]](((((.(((((((...((((((((...(((....))).))))))))...(((((((..............)))))))....))).....)))).)))))..............)))))))..... |
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((......))))))))...(((....))).........(((((((...(((((((.(.(((((....))))))..(((((((((.....)))))))))((((((...(((......(((((..((((((((.((....)).))))))))..))))).....))))))))).(((((.(((((((.((((((((((...(((....))).)))))))).))(((((((...((......)).)))))))....))).....)))).)))))..).))))))....)))))))..... |
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((......))))))))...(((....))).........(((((((......((((...((((...(((.((((((((.((((.............((((...................(((..((((((((.((....)).))))))))..)))..........))))...................(((((............[[[[[[[[))))).]]]]]]]]..............)))).)))))).))......)))...))))..))))........)))))))..... |
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((((((......)))))).....(((....))))))...((((((((((..((((((((.((((((((((((((((((((((((((.....(((((((((.((.(((((.((((((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))).......((((....((.((...(((......)))..)))).....))).).)))))))))..)))))))....)))))))))))))))))))).))).....)))))))))))))).)))).))..))))))).))). |
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((......))))))).....((....)).))....((((((((((..((((((((.((((((.((((((((((((((((((((.....((((((((.(((.((((.(((((((((.((((((((((((((((((....))))))))))))))))))........((((.....(((....(((......)))....)))....))).).)))))))))..)))))))....)))))))))))))))))))).))).....))))).)))))))).)))).))..))))))).))). |
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((......))))))))...(((....))).........(((((((...((((((..(.(((((....))))))..(((((((((.....)))))))))..((((((........))))))...((((((((.((....)).))))))))....((((......)))).((.(((((.(((((((...((((((((...(((....))).))))))))...(((((((....(.....)...)))))))....))).....)))).)))))))..))))))....)))))))..... |
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((......))))))))...((((..)))).........(((((((...(((((((((((((((....)))))...(((((((((.....)))))))))..((((((........))))))...))))))))))....(((((((.(((((..........)))))......(((((.(((((((...((((((((..............))))))))...(((((((..............)))))))....))).....)))).)))))))))))).......)))))))..... |
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................(((....))).........(((((((........................(((((((............((((((((((...((((.(((((((((.((((((..((.((((.((....)).)))).))..))))))........((((.....(((....(((......)))....)))....))))..)))))))))..)))).))....)))))))).......))))).)).............(((...)))........)))))))..... |
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((........)))))(((..(((....))).)))..((((((((((..((...(((.(..(((((((((.((((((((.((((......((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((.....((((...((((...).)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).)))))).))......))))))))).).))).....))..)))))))))).. |
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................(((..(((....))).)))...(((((((((..((((((((...((((..(((((((((((((.((((......((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((.....(((...((((......)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).)))))).))).....))))..))))..)))).)).))..)))))))))... |
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((........)))))(((..(((....))).)))..((((((((((..((...(((.(..(((((((((.((((((((.((((......((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((.....((((...((((...).)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).)))))).))......))))))))).).))).....))..)))))))))).. |
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................(((..(((....))).)))...(((((((((..((((((((...((((..(((((((((((((.((((......((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((.....(((...((((......)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).)))))).))).....))))..))))..))).))).))..)))))))))... |
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................(((..(((....))).)))...(((((((((..((((((((....((...((((.((((((((.((((......((((((((.((.(((((.((((((((..((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((.....(((...(((((...).))..)).)))....)))))).))))))))..)))))))....)))))))).)))).)))))).))......))))...))...)))).)).))..)))))))))... |
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((.[[[[[))))))))...(((....)))..]]]]]..(((((((....(((((....(((((....)))))...((..(((((.....)))))..))...)))))..........(((((..((((((((.((....)).))))))))..)))))...((.(((..(((.(((((.(((((((...((((((((...(((....))).))))))))...(((((((...((......)).)))))))....))).....)))).))))))))..))).))...)))))))..... |
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((.(...)))))))))...(((....))).........(((((((...(((((((.(.(((((....))))))..(((((((((.....)))))))))..((((((........))))))(.(((((((((..........)))))))).)).((((......)))).((.(((((.(((((((...((((((((...(((....))).))))))))...(((((((.(.(((...)).)))))))))....))).....)))).)))))))).))))))....)))))))..... |
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((......))))))))...((((..(((((((.....((((((......(((((....(((((....)))))...(((((((((.....)))))))))...)))))......(((((((((....)))))))))..........))))))..)))))))...))))((((.(((((.((((......((((((((..............))))))))...(((((((..............)))))))............)))).))))).................))))..... |
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................((((((((.............................(((((((((..............................................................................................)))))))))...........................))))))))........................................... |
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................(((....)))........................................((((((...(((........(((((((((...((((.((((((((..((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).......(((((.....(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))..)))).))....)))))))...)))...)))).)).......................................... |
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................(((....)))........................................((((((...(((.......((((((((((...((((.(((((((((.((((((..((.((((.((....)).)))).))..)))))).......(((((.....(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))).))....))))))))..)))...)))).)).......................................... |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((......))))))))...(((....))).........(((((((....(((((..(.(((((....))))))..((..(((((.....)))))..))...)))))..........(((((..((((((((.((....)).))))))))..)))))...((.(((((..(.(((((.(((((((...((((((((...(((....))).))))))))...(((((((...((......)).)))))))....))).....)))).))))))..))))).))...)))))))..... |
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.((((((......)))))).....(((.....))).......)).(((((....(((((....(((((....)))))...((..(((((.....)))))..))...)))))..........(((((..((((((((.((....)).))))))))..)))))...((.(((..(((.(((((.(((((((...((((((((...(((....))).))))))))...(((((((...((......)).)))))))....))).....)))).))))))))..))).))...)))))....... |
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((......))))))))...(((....)))(((((...(((((((((((...((((.(.(((((....)))))).....((((((.....)))))))))).((((((.(....).))))))...((((((((.((....)).))))))))...)))))..((.(((((..(.(((((.(((((((...((((((((...(((....))).))))))))...(((((((...((......)).)))))))....))).....)))).))))))..))))).))..))))))))))).. |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((..........))))))...((((((.....((....))((......)))))))).((..((((...((((..((((((((((.............)))).).)))))..)))).))))..))(((((((((.(......).)))..((((((((.((......)).((..)).((((((((..))))))).)(((.((((((..((((((((......))))))))..)))))))))(((....))).(((.((((.........))))))).))))))).)....)))))).... |
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................(.....)..((...((...((.(.......(((.(((.((..(((..((..(((((.(((((..((((((....((......))))))))..))))).......(((.......(((...(((..........))).)))......))).)))))..))...))).))....))).)))..)..).........)...............)..)..)..........)......... |
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......)))))))....(((....))))))(...(((((((((..((...(((....(((...((..((((((((.((((......((((.((.((...(((..(((((((((.(((((..((((((((.((....)).))))))))..))))).......(((((.....(((...(((..........))).)))....))))).)))))))))...))).)).....)).)))).).))))))))).)).......))...)))...))).....))..))))))).)).) |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((......))))))))...(((....))).........(((((((.............(((((....)))))...((..(((((.....)))))..))....................(((..((((((((.((....)).))))))))..))).....((.((((...(.(((((.(((((((...((((((((...(((....))).))))))))...(((((((....((...))...)))))))....))).....)))).))))))...)))).))...)))))))..... |
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((......))))))))...(((....))).........(((((((...(((((((.(.((((...((((((((((((.((((......((((.(((.(((.((((.(((((((((.(((((..((((((((.((....)).))))))))..))))).......(((((.....(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))))....))).)))).)))).)))))).))).....)))...))))).)).)))))....)))))))..... |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((..(......)..)))))...(((....))).........(((((((....(((((..(.(((((....))))))..((..(((((.....)))))..))...)))))..........(((((..((((((((.((....)).))))))))..)))))...((.((((..((.(((((.(((((((...((((((((...(((....))).))))))))...(((((((....((...))...)))))))....))).....)))).)))))))..)))).))...)))))))..... |
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((......))))))).((((((.....))...))))..(((......))).((((...(((((....))))).......(((((.....))))).)))).((((((........))))))...((((((((.((....)).))))))))...(((((......))))).(((((....))...))).((((((((..............))))))))...(((((((((.........)).))))))).(((.(((((.....))))).(((.....)))..)))........... |
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((......))))))).((((((......))..))))..(((..bbbb))).((((...(((((....)))))[[[[[.((((((.....))))))))))...]]]]].(((.....aaaaa.)))AAAAA.........(((((dddddd...))))...DDD(((.....)))((((DDD.{{{{))))......((((......<<<<<<))))..>>>>>>.........}}}}ccc((((........)))))...CCC.(((BBBB.))).(((.....)))......... |