|
|
|
GUCGAGCUUAGUAACGUGGGCUUGUAACCCAAGUGGGGAUGUUAAGGUGGUGGAAUAUUGGGCUGUCCCAGAUGGCUGGGCUUGGUGGGCUAAUUUCUGGCCUGCCCUAUCCAAGUACAGAGUUGGAUCAUGUGGUCCAAUUGAAAGAAUGGGCUACUAGAUUCCUAAAGUGGGGUGGACCCGUGAGGCUGGUUUCACAGAGCAACGAAAAACUUCCGCUUUGUGCAGUGGAAGGAUAACGGACCGGUGCCUUCCAAGUUCCAUUAAUGCCUGAUGGGCUGUUCUAGUUAAACUACCACAUUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((((((......)))))))....((((..)))))))...((.(((((((..((((((((.((.(((...(((.((((((((.(((.((....((((.(((.((..((((.(((((((((.(((((..((((((((.((....)).))))))))..)))))((..)).(((((.....(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))).))....))).)))))).))))))))))).......)))...))))).))).))).))..))))))).))..
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.((((((((......))))))))...(((....))).........(((((((....(((((..(.(((((....))))))..((..(((((.....)))))..))...)))))..........(((((..((((((((.((....)).))))))))..)))))...((.(((((..(.(((((.(((((((...((((((((...(((....))).))))))))...(((((((....((...))...)))))))....))).....)))).))))))..))))).))...)))))))....) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((......))))))))...(((....))).........(((((((...(((((((....(((...(((((.....((...........((((.(((.(((.((((.(((((((((.(((((..((((((((.((....)).))))))))..))))).....................................................)))))))))..)))))))....))).))))......)).....).).....)))...)))...)).)))))....)))))))..... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((......))))))))...(((....))).........(((((((.....((((((((((((..((((((((...((((((((.......))))))))...)))).)).)).....(((((..((((((((..........))))))))..)))))......)))))))).))))...((((((...((((((((..............))))))))...(((((((((.........)).)))))))(((.(((((.......))))))))...))))))...)))))))..... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................(((....))).........(((((((.............................................................(((((((((.(((((((((((((((..........))))))))))))))).....................................................)))))))))..................................................................)))))))..... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((........))).......(((....))).........((((((...((((((((.((.(((.(((((.((((((((.((((......((((((((....(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).......(((((.....(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))......)))))))).)))).)))))).))......))))).))))).))).))).))...))))))..... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((......))))))))......................(((((((..((((((((...((((..((((.((((((((.((((......((((((((..(((((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).......(((((.....(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))))....)))))))).)))).)))))).))......))))..))))..)).)))).))..)))))))..... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((........)))))))...(((....))).........(((((((........((.(.((((...(((...((((((((((((.......))))))((((................(((((..((((((((.((....)).))))))))..))))).......)))).......((((((....)))))).......((.....((((((((......)))))))).....))............)))))).........)))...))))).))..........)))))))..... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((......))))))))...(((....))).........(((((((...(((((((.(.((((...((((((((((((.((((......((((.(((.(((.((((.((((((((..(((((..((((((((.((....)).))))))))..)))))........................(((......)))..................))))))))..)))))))....))).)))).)))).)))))).))).....)))...))))).)).)))))....)))))))..... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......)))))))....(((....))))))...(..(((((((......((((.((.(((...(((.((((((((.(((.((....((((.(((.((..((((.(((((((((.(((((..((((((((.((....)).))))))))..)))))(....).((((......((.....(((......))).....)).....)))).)))))))))..)))).))....))).))))))))).)))))))).......)))...))))).))))........)))))))..).. |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((........)))))))...(((....))).........(((((((...(((((((.(.((((...((((((((((((((((((.......))))))(((((...............(((((..((((((((.((....)).))))))))..)))))......))))).......(((((((()))))))).......((.....((((((((......)))))))).....))............)))))).))).....)))...))))).)))).)))....)))))))..... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((........))))))....(((....))).........(((((((..((((((((....(((...(((.((((((((.((((......((((((((.((..((((.((((((((..((((((.(((((((((((....))))))))))).)))))).........(((.....(((...((((......)))..).)))....)))....))))))))..)))).))....)))))))).)))).)))))))).......)))...)))...)).))))).)..)))))))..... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((..........)))))....(((....))).........(((((((..((((((((....(((...(((.(((((((..((((......((((((((.((..((((.(((((((((.((((((.((((((((.((....)).)))))))).)))))).......(((((.....(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))).))....)))))))).))))..))))))).......)))...)))...)).))))).)..)))))))..... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((..[[[[[[)))))))...(((....))).]]]]]]..(((((((.....(((.[[[[(((((....)))))...(((((((((.....)))))))))))).......]]]](((((((((....)))))))))...........(((((....[[[...)))))...]]](((((.(((((((...((((((((...(((....))).))))))))...(((((((..............)))))))....))).....)))).)))))..............)))))))..... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((......))))))))...(((....))).........(((((((...(((((((.(.(((((....))))))..(((((((((.....)))))))))((((((...(((......(((((..((((((((.((....)).))))))))..))))).....))))))))).(((((.(((((((.((((((((((...(((....))).)))))))).))(((((((...((......)).)))))))....))).....)))).)))))..).))))))....)))))))..... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((......))))))))...(((....))).........(((((((......((((...((((...(((.((((((((.((((.............((((...................(((..((((((((.((....)).))))))))..)))..........))))...................(((((............[[[[[[[[))))).]]]]]]]]..............)))).)))))).))......)))...))))..))))........)))))))..... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((((((......)))))).....(((....))))))...((((((((((..((((((((.((((((((((((((((((((((((((.....(((((((((.((.(((((.((((((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))).......((((....((.((...(((......)))..)))).....))).).)))))))))..)))))))....)))))))))))))))))))).))).....)))))))))))))).)))).))..))))))).))). |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((......))))))).....((....)).))....((((((((((..((((((((.((((((.((((((((((((((((((((.....((((((((.(((.((((.(((((((((.((((((((((((((((((....))))))))))))))))))........((((.....(((....(((......)))....)))....))).).)))))))))..)))))))....)))))))))))))))))))).))).....))))).)))))))).)))).))..))))))).))). |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((......))))))))...(((....))).........(((((((...((((((..(.(((((....))))))..(((((((((.....)))))))))..((((((........))))))...((((((((.((....)).))))))))....((((......)))).((.(((((.(((((((...((((((((...(((....))).))))))))...(((((((....(.....)...)))))))....))).....)))).)))))))..))))))....)))))))..... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((......))))))))...((((..)))).........(((((((...(((((((((((((((....)))))...(((((((((.....)))))))))..((((((........))))))...))))))))))....(((((((.(((((..........)))))......(((((.(((((((...((((((((..............))))))))...(((((((..............)))))))....))).....)))).)))))))))))).......)))))))..... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................(((....))).........(((((((........................(((((((............((((((((((...((((.(((((((((.((((((..((.((((.((....)).)))).))..))))))........((((.....(((....(((......)))....)))....))))..)))))))))..)))).))....)))))))).......))))).)).............(((...)))........)))))))..... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((........)))))(((..(((....))).)))..((((((((((..((...(((.(..(((((((((.((((((((.((((......((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((.....((((...((((...).)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).)))))).))......))))))))).).))).....))..)))))))))).. |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................(((..(((....))).)))...(((((((((..((((((((...((((..(((((((((((((.((((......((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((.....(((...((((......)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).)))))).))).....))))..))))..)))).)).))..)))))))))... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((........)))))(((..(((....))).)))..((((((((((..((...(((.(..(((((((((.((((((((.((((......((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((.....((((...((((...).)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).)))))).))......))))))))).).))).....))..)))))))))).. |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................(((..(((....))).)))...(((((((((..((((((((...((((..(((((((((((((.((((......((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((.....(((...((((......)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).)))))).))).....))))..))))..))).))).))..)))))))))... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................(((..(((....))).)))...(((((((((..((((((((....((...((((.((((((((.((((......((((((((.((.(((((.((((((((..((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((.....(((...(((((...).))..)).)))....)))))).))))))))..)))))))....)))))))).)))).)))))).))......))))...))...)))).)).))..)))))))))... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((.[[[[[))))))))...(((....)))..]]]]]..(((((((....(((((....(((((....)))))...((..(((((.....)))))..))...)))))..........(((((..((((((((.((....)).))))))))..)))))...((.(((..(((.(((((.(((((((...((((((((...(((....))).))))))))...(((((((...((......)).)))))))....))).....)))).))))))))..))).))...)))))))..... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((.(...)))))))))...(((....))).........(((((((...(((((((.(.(((((....))))))..(((((((((.....)))))))))..((((((........))))))(.(((((((((..........)))))))).)).((((......)))).((.(((((.(((((((...((((((((...(((....))).))))))))...(((((((.(.(((...)).)))))))))....))).....)))).)))))))).))))))....)))))))..... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((......))))))))...((((..(((((((.....((((((......(((((....(((((....)))))...(((((((((.....)))))))))...)))))......(((((((((....)))))))))..........))))))..)))))))...))))((((.(((((.((((......((((((((..............))))))))...(((((((..............)))))))............)))).))))).................))))..... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................((((((((.............................(((((((((..............................................................................................)))))))))...........................))))))))........................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................(((....)))........................................((((((...(((........(((((((((...((((.((((((((..((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).......(((((.....(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))..)))).))....)))))))...)))...)))).)).......................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................(((....)))........................................((((((...(((.......((((((((((...((((.(((((((((.((((((..((.((((.((....)).)))).))..)))))).......(((((.....(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))).))....))))))))..)))...)))).)).......................................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((......))))))))...(((....))).........(((((((....(((((..(.(((((....))))))..((..(((((.....)))))..))...)))))..........(((((..((((((((.((....)).))))))))..)))))...((.(((((..(.(((((.(((((((...((((((((...(((....))).))))))))...(((((((...((......)).)))))))....))).....)))).))))))..))))).))...)))))))..... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.((((((......)))))).....(((.....))).......)).(((((....(((((....(((((....)))))...((..(((((.....)))))..))...)))))..........(((((..((((((((.((....)).))))))))..)))))...((.(((..(((.(((((.(((((((...((((((((...(((....))).))))))))...(((((((...((......)).)))))))....))).....)))).))))))))..))).))...)))))....... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((......))))))))...(((....)))(((((...(((((((((((...((((.(.(((((....)))))).....((((((.....)))))))))).((((((.(....).))))))...((((((((.((....)).))))))))...)))))..((.(((((..(.(((((.(((((((...((((((((...(((....))).))))))))...(((((((...((......)).)))))))....))).....)))).))))))..))))).))..))))))))))).. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((..........))))))...((((((.....((....))((......)))))))).((..((((...((((..((((((((((.............)))).).)))))..)))).))))..))(((((((((.(......).)))..((((((((.((......)).((..)).((((((((..))))))).)(((.((((((..((((((((......))))))))..)))))))))(((....))).(((.((((.........))))))).))))))).)....)))))).... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................(.....)..((...((...((.(.......(((.(((.((..(((..((..(((((.(((((..((((((....((......))))))))..))))).......(((.......(((...(((..........))).)))......))).)))))..))...))).))....))).)))..)..).........)...............)..)..)..........)......... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......)))))))....(((....))))))(...(((((((((..((...(((....(((...((..((((((((.((((......((((.((.((...(((..(((((((((.(((((..((((((((.((....)).))))))))..))))).......(((((.....(((...(((..........))).)))....))))).)))))))))...))).)).....)).)))).).))))))))).)).......))...)))...))).....))..))))))).)).) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((......))))))))...(((....))).........(((((((.............(((((....)))))...((..(((((.....)))))..))....................(((..((((((((.((....)).))))))))..))).....((.((((...(.(((((.(((((((...((((((((...(((....))).))))))))...(((((((....((...))...)))))))....))).....)))).))))))...)))).))...)))))))..... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((......))))))))...(((....))).........(((((((...(((((((.(.((((...((((((((((((.((((......((((.(((.(((.((((.(((((((((.(((((..((((((((.((....)).))))))))..))))).......(((((.....(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))))....))).)))).)))).)))))).))).....)))...))))).)).)))))....)))))))..... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((..(......)..)))))...(((....))).........(((((((....(((((..(.(((((....))))))..((..(((((.....)))))..))...)))))..........(((((..((((((((.((....)).))))))))..)))))...((.((((..((.(((((.(((((((...((((((((...(((....))).))))))))...(((((((....((...))...)))))))....))).....)))).)))))))..)))).))...)))))))..... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((......))))))).((((((.....))...))))..(((......))).((((...(((((....))))).......(((((.....))))).)))).((((((........))))))...((((((((.((....)).))))))))...(((((......))))).(((((....))...))).((((((((..............))))))))...(((((((((.........)).))))))).(((.(((((.....))))).(((.....)))..)))........... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((......))))))).((((((......))..))))..(((..bbbb))).((((...(((((....)))))[[[[[.((((((.....))))))))))...]]]]].(((.....aaaaa.)))AAAAA.........(((((dddddd...))))...DDD(((.....)))((((DDD.{{{{))))......((((......<<<<<<))))..>>>>>>.........}}}}ccc((((........)))))...CCC.(((BBBB.))).(((.....)))......... |