|
|
|
GCCGAGCUUUGUAACGUGGGCUUGUAACCCGAGUGGGGGCAACAAUGUGGUGGAAUGUUGGGUCCAUCUUGAUGGAUGGGCUUGAAGGGCUAAUGUUCUGGCCUGCCCUGUCCAAGCACAGAGUUGGGUCAAGUGGUCUAUACGAAAGUAUAGCCACUUGGCCUUUAGAGUGGGAUGGACUGCGUGAGGCUGGUUUCACAGAGCAACGACUAGUCCCCGCUCUGUGCAGUGGAAGGAUCACGGGCUAGUGCUCUUUGAGUCCUAACAAAAACCUGAUAGGUUGCCUAAUUAAACCAUCACUUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((((........))))))....((((..)))))))...((.(((((((..((((((((....((....((.(((((((((.(((.((.....((((((((.((..((((.(((((((((.(((((((((((.((((((....)))))))))))))))))((..)).(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))).))....)))))))))).))))))))))).......).))....))...)))))).))..))))))).)).
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((((((........)))))))...(((.....)))........(((((((...(((((((((((....)))))..((((..((((((.......((((((((.(((.((((.(((((((((.(((((((((((.((((((....))))))))))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))))....)))))))).))))))..))))........((((.....)))).))))))....)))))))...) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((........))))))....(((....)))......................(((....))).......(((((..(..(((((........)))))..)..))))).(((((((((.((((((.((((.((((((....)))))))))).)))))).......((((......................................)))).)))))))))............................................................................. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((........))))))....(((....))))))...((.(((((((...(((((((((((....))))).(((((((((((((.......(((((((..(((.(((..(((((((((.((((((((((((.(((((....))))))))))))))))).......(((((((..(((((((((....))))))...)))....))).)))).)))))))))...)))))).....))))))).))))))))))))).......(((((...))))).))))))....))))))))).. |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((........)))))))...(((.....)))........(((((((..............................................................(((((((((..............................................................................................)))))))))..................................................................))))))).... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((........))).......(((....))).........((((.(...((((((((.((.(((.(((((.((((((((.((((.......((((((((....(((((.(((((((((.(((((((((((.((((((....))))))))))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))......)))))))).)))).))))))))........))))).))))).)))))).))...).)))).... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((......))))))))...((......))......((((((((((..(((((.((....(((..(((((((((((((.((((.......((((((((.((..((((.(((((((((.(((((((((((.((((((....))))))))))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))).))....)))))))).)))).)))))))).......)))))..)))...)).))).))..)))))))))). |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((........)))))).............(((((((.....(((....(((((((.((((((....))))))(((((((((((.......((((((((.(((.((((.(((((((((.(((((((((((.((((((....))))))))))))))))).......(((((((..(((((((((....))))))...)))....)).))))).)))))))))..)))))))....)))))))).))))))))))))))))))...)))......))))))).................. |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((........)))))))...(((....))).........(((((((...(((((((...(((....((..((((((((.((((.......((((((((.(((.((((.(((((((((.((((((.((((.((((((....)))))))))).))))))...................(......((......))......)...........)))))))))..)))))))....)))))))).)))).)))))))).........))....)))..)))))))....))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((........))))))....(((....))))))...((.(((((((..((((((((((((....))))).(((((((((((((........(((((((.((..((((.(((((((((..(((((((((((.(((((....))))))))))))))))........(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))).))....)))))))..))))))))))))).....................))))).))..))))))).)). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((........)))))))....((....))(((((((.....(((....(((((((.((((((....))))))(((((((((((.......((((((((.(((.((((.(((((((((.(((((((((((.((((((....))))))))))))))))).....(.(((((((.(((((((((((())))))))...)))..).)).)))))))))))))))..)))))))....)))))))).))))))))))))))))))...)))......))))))).................. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((........))))))(...(((....)))..).....((((((((..((..........(((...(((.(((((((((((((.......((((((((.((.(((((.((((((((..((((((.((((.((((((....)))))))))).)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))..)))))))....)))))))).)))))))))))))........)))...))).........).)..))))))))... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((......)))))))....(((....))).......(.(((((((..((((((((....(((...(((.((((((((.((((.......((((((((.((..((((.(((((((((.((((((.((((.(((.((....)).))))))).)))))).....(.(((((......(((....(((......)))....)))....)))))))))))))))..)))).))....)))))))).)))).))))))))........)))...)))...))))))).)..))))))).).. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.....[[[[......)))......(((.....)))]]]]....(((((((..((((((((((((....)))))...(((..((((((.......((((((((.(((.((((.(((((((((.(((((((((((.((((((....)))))))))))))))))............(((((((((....(((......)))....)))..))))))..)))))))))..)))))))....)))))))).))))))..))))))))))..(((((...)))))...........))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((..((........)).))).(((..(((......)))..)))..(((((((...(((((((((((....))))).(((((((((((((.......((((((((.(((.((((.(((((((((.(((((((((((.((((((....)))))))))))))))))............(((((((((....(((......)))....)))..))))))..)))))))))..)))))))....)))))))).))))))))))))).......(((((...))))).))))))....))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((........)))))))...(((....)))..((.....[[[[[[[...[[[[[[..(((((....)))))((((((((((((.......((((((((.(((.((((.(((((((((.(((((((((((.((((((....))))))))))))))))).......((...(((((.(((....(((......)))....)))...))))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))))))))))).........(((.....)))))]]]]]]....]]]]]]].... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((......)))))))....(((....)))))....((((((((((..((((((((..((((((((((.((((((((((((((......(((((((((.((.(((((.(((((((((((((((((((((.((((((....)))))))))))))))))).......((((....(((.((...(((......)))..)))))....))).).)))))))))..)))))))....)))))))))))))))))))))).).......)))))).)))))))))).))..)))))))))). |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.((((((......)))))).....(((....)))))....((((((((((..((((((((..((((((((((.((((((((((((((......(((((((((.(((.((((.(((((((((..((((((((((.((((((....))))))))))))))))......(.(((((......(((....(((......)))....)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))))))))))))))))).).......)))))).)))))))))).))..)))))))))). |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((........)))))))...(((.....)))........(((((((...(((((((((((....))))).(((((((((((((.......((((((((.(((.((((.(((((((((.(((((((((((.((((((....)))))))))))))))))........(...(((((((((....(((......)))....)))..))))))).)))))))))..)))))))....)))))))).))))))))))))).......(((((...))))).))))))....))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((........)))))))...((((..)))).........(((((((...((((((((((((..)))))).(((((((((((((.......((((((((.(((.((((.(((((((((.(((((((((((.((((((....)))))))))))))))))............((((((.(((((((..)))))))...........))))))..)))))))))..)))))))....)))))))).))))))))))))).......(((((...))))).))))))....))))))).... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................(((....))).............................................................(((((((.((.(((((.((((((....................((....))......................(((((......(((....(((......)))....)))....)))))....))))))..)))))))....)))))))......................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.((((......)))).)))...(((....))).........(((((((....((((......))))......((((((((............((((.(((((...((((.(((((((((.((((((.((((.(((.((....)).))))))).)))))).....(.(((((......(((....(((......)))....)))....)))))))))))))))..)))).))....))).))))......))))))))...............................))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((........)))))(((..(((....))).)))..((((((((((..((...(((.(..(((((((((.((((((((.((((.......((((((((.((.(((((.(((((((((.(((((((((((.((((((....))))))))))))))))).....(.(((((......((((...((((...).)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))........))))))))).).)))....))..)))))))))). |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......)))))))....(((....))))))...((((((((((..((((.(((....((((((((((((((((((.((((.......((((((((.(((.((((.(((((((((.(((((((((((.((((((....))))))))))))))))).....(.(((((......(((...((((......)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))).......)))))))))...))).)).))..)))))))))). |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((........)))))(((..(((....))).)))..((((((((((..((...(((....(((((((((.((((((((.((((.......((((((((.((.(((((.(((((((((.(((((((((((.((((((....))))))))))))))))).....(.(((((......((((...((((...).)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))........)))))))))...)))....))..)))))))))). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......)))))))....(((....))))))...((((((((((..((((.(((....((((((((((((((((((.((((.......((((((((.(((.((((.(((((((((.(((((((((((.((((((....))))))))))))))))).....(.(((((......(((...((((......)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))).......)))))))))...))).)).))..)))))))))). |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((........)))))((...(((....)))..))...(((((((((..((...(((.(..(((((((((.(((((((...(((........(((((((.((.(((((.((((((((..((((((.((((.((((((....)))))))))).)))))).....(.(((((......((((...((((...).)))..)).))....)))))).))))))))..)))))))....)))))))..)))...)))))))........))))))))).).)))....))..))))))))).. |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((((((......)))))).....(((....))))))....(((((((((..((...(((....((((((((..((((((((.((((.......((((((((.((..((((.((((((((..(((((((((((.((((((....))))))))))))))))).....(.(((((......(((...((((......))..)).)))....)))))).))))))))..)))).))....)))))))).)))).)))))))).........))))))))...)))....))..))))))))).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((........)))))))...(((....)))((((((...[[[[[[[..(((..(((((((....))))..(((((..((((((.......((((((((.(((.((((.(((((((((.(((((((((((.((((((....))))))))))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))))....)))))))).))))))..)))))........)))..))).))))))........]]]]]]].... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((........)))))))...(((.....)))........(((((((..((((((((((((....))))).(((((((((((((.(.....((((((((.(((.((((.(((((((((.(((((((((((.((((((....)))))))))))))))))............(((((((((....(((......)))....)))..))))))..)))))))))..)))))))....)))))))))))))))))))))).......(((((...))))).)))))).)..))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((........)))))))......(((((((((((((.....((((((........)))))).........(((((((((((((.......((((((((.....((((.(((((((((.(((((((((((.((((((....)))))))))))))))))((((.((((......))))((((((....))))))..........)))).....)))))))))..)))).......)))))))).))))))))))))).................)))))))..........)))))).. |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((........)))))))......................(((((((........................(((((((((((((.......((((((((.....((((.(((((((((.((((((((((..((((........)))).)))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))).......)))))))).)))))))))))))...............................))))))).... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................(((....)))........................................((((((...(((.........(((((((.((.(((((.((((((((..((((((..(((.((((((....)))))))))..)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))..)))))))....)))))))...)))...)))))).......................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((((......)))).))....(((....))))))......(((((((..((((((((....(((...((..((((((((.(((........((((.(((((...((((.(((((((((.((((((.((((.(((.((....)).))))))).)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))).))....))).))))..))).)))))))).........))...)))...)))))).))..))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((........)))))))...(((.....)))........(((((((...(((((((((((....))))).(((((..((((((.......((((((((.(((.((((.(((((((((.(((((((((((.((((((....))))))))))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))))....)))))))).))))))..))))).......((((.....)))).))))))....))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((..(((((...((.((((.......)))).)).)))))..((((((......)))))))).((((....))))..(((((..((((((.......((((((((.(((.((((.(((((((((.(((((((((((.((((((....))))))))))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))))....)))))))).))))))..)))))...........((((.((((.........))))))))..... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((........))))))....(((....))))))......(((((((..(((((((.((((((....))))))(((..((((((.......((((((((.(((.((((.(((((((((.(((((((((((.((((((....)))))))))))))))))........((..(((((((((....(((......)))....))).).))))))))))))))))..)))))))....)))))))).))))))..))))))))))..((((.....))))...........))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.(((........)))))).(((..(((..(..)))).(((((..(......)..)))))((((((..)))))).(((((((((((((((((..))))))))..(((.((((..((((((((.(((.(((((((.(((((((..))))))))))))))..((........))((..))((..((((((..))))))))(.((........))))))))))))))...)))))))(.(((......))))..)))))))))..)))((((.(.(((.((((.((..)..))))))))).)))) |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................................................(((.....((..(((.(........(((((((.((..(((..((..(((((.((((((.((((.(..(((....)))..))))).)))))).......(((((......(((...(((..........))).)))....))))).)))))..))...))).))....)))))))..)..........))...........)...))..........)...)......)... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((........))))))....(((....))))))...((.(((((((..((...(................(.(((((..((.(.......(((((((.((...(((..(((((((((.(((((((((((.(((((......)))))))))))))))).......(((((......(((...(((..........))).)))....))))).)))))))))...))).)).....))))))).)).).).))))).......................)....))..))))))).)). |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((........))))))....((......)).........(((((((...(((((((((((....))))..(((((..((((((.......((((((((.(((.((((.(((((((...(((((((((((.((((((....))))))))))))))))).....((((....((((.(((....(((......)))....)))...)))).)))))))))))..)))))))....)))))))).))))))..))))).......(((((...))))))))))))....))))))).... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((........)))))))...(((....))).........(((((((...(((((((..((((....((..(((((((((((((.......((((((((.(((.((((.(((((((((.(((((((((((.((((((....))))))))))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))))....)))))))).))))))))))))).........))....)))).)))))))....))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((..((........)).))).(((..(((......)))..)))..(((((((...(((((((((((....))))).(((((..((((((.......((((((((.(((.((((.(((((((((.(((((((((((.((((((....))))))))))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))))....)))))))).))))))..))))).......((((.....)))).))))))....))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((........)))))))...........(((((..((((((......)))))).((((((((....))))))))......(((((......))))).)))))......(((((((((.(((((((((((.((((((....))))))))))))))))).....((((......))))....((((((((............))))))))...))))))))).((((....((((.((((....)))).(((........))).....)))).((((.........)))).)))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((........)))))))..........((((((((((...........))))).((((((((....)))))))).((((((((.......<<<....)))))..(((.((.>>>.))))).))).((((.((((((....))))))))))..((((((....((((......))))..))))))[[[[.[[[[[[[[.........)))))]]]]]]]]..(((..{{{{{)))((((....)))).....}}}}}......]]]].(((.((((.........)))))))...... |