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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00182



RNA: SRP_00182
Rfam family: Plant_SRP

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((........))))))....(((....))))))...((.(((((((...(((((((((((....))))).(((((((((((((.......(((((((..(((.(((..(((((((((.((((((((((((.(((((....))))))))))))))))).......(((((((..(((((((((....))))))...)))....))).)))).)))))))))...)))))).....))))))).))))))))))))).......(((((...))))).))))))....)))))))))..
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((........)))))))...(((.....)))........(((((((..............................................................(((((((((..............................................................................................)))))))))..................................................................)))))))....
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((........))).......(((....))).........((((.(...((((((((.((.(((.(((((.((((((((.((((.......((((((((....(((((.(((((((((.(((((((((((.((((((....))))))))))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))......)))))))).)))).))))))))........))))).))))).)))))).))...).))))....
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...((......))......((((((((((..(((((.((....(((..(((((((((((((.((((.......((((((((.((..((((.(((((((((.(((((((((((.((((((....))))))))))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))).))....)))))))).)))).)))))))).......)))))..)))...)).))).))..)))))))))).
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((........)))))).............(((((((.....(((....(((((((.((((((....))))))(((((((((((.......((((((((.(((.((((.(((((((((.(((((((((((.((((((....))))))))))))))))).......(((((((..(((((((((....))))))...)))....)).))))).)))))))))..)))))))....)))))))).))))))))))))))))))...)))......)))))))..................
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ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((........))))))....(((....))))))...((.(((((((..((((((((((((....))))).(((((((((((((........(((((((.((..((((.(((((((((..(((((((((((.(((((....))))))))))))))))........(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))).))....)))))))..))))))))))))).....................))))).))..))))))).)).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((........)))))))....((....))(((((((.....(((....(((((((.((((((....))))))(((((((((((.......((((((((.(((.((((.(((((((((.(((((((((((.((((((....))))))))))))))))).....(.(((((((.(((((((((((())))))))...)))..).)).)))))))))))))))..)))))))....)))))))).))))))))))))))))))...)))......)))))))..................
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Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((..((........)).))).(((..(((......)))..)))..(((((((...(((((((((((....))))).(((((((((((((.......((((((((.(((.((((.(((((((((.(((((((((((.((((((....)))))))))))))))))............(((((((((....(((......)))....)))..))))))..)))))))))..)))))))....)))))))).))))))))))))).......(((((...))))).))))))....)))))))....
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Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((........)))))))...(((.....)))........(((((((...(((((((((((....))))).(((((((((((((.......((((((((.(((.((((.(((((((((.(((((((((((.((((((....)))))))))))))))))........(...(((((((((....(((......)))....)))..))))))).)))))))))..)))))))....)))))))).))))))))))))).......(((((...))))).))))))....)))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((........)))))))...((((..)))).........(((((((...((((((((((((..)))))).(((((((((((((.......((((((((.(((.((((.(((((((((.(((((((((((.((((((....)))))))))))))))))............((((((.(((((((..)))))))...........))))))..)))))))))..)))))))....)))))))).))))))))))))).......(((((...))))).))))))....)))))))....
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PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((....))))))...((((((((((..((((.(((....((((((((((((((((((.((((.......((((((((.(((.((((.(((((((((.(((((((((((.((((((....))))))))))))))))).....(.(((((......(((...((((......)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))).......)))))))))...))).)).))..)))))))))).
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((........)))))(((..(((....))).)))..((((((((((..((...(((....(((((((((.((((((((.((((.......((((((((.((.(((((.(((((((((.(((((((((((.((((((....))))))))))))))))).....(.(((((......((((...((((...).)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))........)))))))))...)))....))..)))))))))).
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PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((((......)))))).....(((....))))))....(((((((((..((...(((....((((((((..((((((((.((((.......((((((((.((..((((.((((((((..(((((((((((.((((((....))))))))))))))))).....(.(((((......(((...((((......))..)).)))....)))))).))))))))..)))).))....)))))))).)))).)))))))).........))))))))...)))....))..)))))))))..
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ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((........)))))))...(((.....)))........(((((((..((((((((((((....))))).(((((((((((((.(.....((((((((.(((.((((.(((((((((.(((((((((((.((((((....)))))))))))))))))............(((((((((....(((......)))....)))..))))))..)))))))))..)))))))....)))))))))))))))))))))).......(((((...))))).)))))).)..)))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((........)))))))......(((((((((((((.....((((((........)))))).........(((((((((((((.......((((((((.....((((.(((((((((.(((((((((((.((((((....)))))))))))))))))((((.((((......))))((((((....))))))..........)))).....)))))))))..)))).......)))))))).))))))))))))).................)))))))..........))))))..
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((........)))))))......................(((((((........................(((((((((((((.......((((((((.....((((.(((((((((.((((((((((..((((........)))).)))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))).......)))))))).)))))))))))))...............................)))))))....
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RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.((((......)))).))....(((....))))))......(((((((..((((((((....(((...((..((((((((.(((........((((.(((((...((((.(((((((((.((((((.((((.(((.((....)).))))))).)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))).))....))).))))..))).)))))))).........))...)))...)))))).))..)))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((........)))))))...(((.....)))........(((((((...(((((((((((....))))).(((((..((((((.......((((((((.(((.((((.(((((((((.(((((((((((.((((((....))))))))))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))))....)))))))).))))))..))))).......((((.....)))).))))))....)))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((..(((((...((.((((.......)))).)).)))))..((((((......)))))))).((((....))))..(((((..((((((.......((((((((.(((.((((.(((((((((.(((((((((((.((((((....))))))))))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))))....)))))))).))))))..)))))...........((((.((((.........)))))))).....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((........))))))....(((....))))))......(((((((..(((((((.((((((....))))))(((..((((((.......((((((((.(((.((((.(((((((((.(((((((((((.((((((....)))))))))))))))))........((..(((((((((....(((......)))....))).).))))))))))))))))..)))))))....)))))))).))))))..))))))))))..((((.....))))...........)))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((........)))))).(((..(((..(..)))).(((((..(......)..)))))((((((..)))))).(((((((((((((((((..))))))))..(((.((((..((((((((.(((.(((((((.(((((((..))))))))))))))..((........))((..))((..((((((..))))))))(.((........))))))))))))))...)))))))(.(((......))))..)))))))))..)))((((.(.(((.((((.((..)..))))))))).))))
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................(((.....((..(((.(........(((((((.((..(((..((..(((((.((((((.((((.(..(((....)))..))))).)))))).......(((((......(((...(((..........))).)))....))))).)))))..))...))).))....)))))))..)..........))...........)...))..........)...)......)...
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((........))))))....(((....))))))...((.(((((((..((...(................(.(((((..((.(.......(((((((.((...(((..(((((((((.(((((((((((.(((((......)))))))))))))))).......(((((......(((...(((..........))).)))....))))).)))))))))...))).)).....))))))).)).).).))))).......................)....))..))))))).)).
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((........))))))....((......)).........(((((((...(((((((((((....))))..(((((..((((((.......((((((((.(((.((((.(((((((...(((((((((((.((((((....))))))))))))))))).....((((....((((.(((....(((......)))....)))...)))).)))))))))))..)))))))....)))))))).))))))..))))).......(((((...))))))))))))....)))))))....
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((........)))))))...(((....))).........(((((((...(((((((..((((....((..(((((((((((((.......((((((((.(((.((((.(((((((((.(((((((((((.((((((....))))))))))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))))....)))))))).))))))))))))).........))....)))).)))))))....)))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((..((........)).))).(((..(((......)))..)))..(((((((...(((((((((((....))))).(((((..((((((.......((((((((.(((.((((.(((((((((.(((((((((((.((((((....))))))))))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))))....)))))))).))))))..))))).......((((.....)))).))))))....)))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((........)))))))...........(((((..((((((......)))))).((((((((....))))))))......(((((......))))).)))))......(((((((((.(((((((((((.((((((....))))))))))))))))).....((((......))))....((((((((............))))))))...))))))))).((((....((((.((((....)))).(((........))).....)))).((((.........)))).))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((........)))))))..........((((((((((...........))))).((((((((....)))))))).((((((((.......<<<....)))))..(((.((.>>>.))))).))).((((.((((((....))))))))))..((((((....((((......))))..))))))[[[[.[[[[[[[[.........)))))]]]]]]]]..(((..{{{{{)))((((....)))).....}}}}}......]]]].(((.((((.........)))))))......