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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00184



RNA: SRP_00184
Rfam family: Plant_SRP

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Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................(((....))).........(((((((................................................................((((((........((((((((..........)))))))).............................................................))))))....................................................................))))))).....
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((........))).......(((....))).........((((((...((((((((.((.(((.(((((.((((((((.((((......((((((((....(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))......)))))))).).))).))))))))......))))).))))).))).)))))...)))))).....
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((......)))))))....((......))......((((((((((..((((((((....(((...((((((((((((.((((......((((((((.((..((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))).))....)))))))).).))).)))))))).....))))...)))...)).))))))..))))))).))).
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((........)))))).......................(((((((..((((((((....(((...((((((((((((((((.......(((((((.....((((..((.......(((((((.((((.(((.(.......)))).)))).)))))))......(((((((.....((((((....)))))).................)))))))..))...)))....)...)))))))...)))))))))))))).....))...)))...).)))))))..))))))).....
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ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((........((.((((.......)))).)).......)))(.(((((((..(((((((....(((....(((.((((((((((((.((....((((((((.((..((((.((.((((((.((((((.((((.(((..........))).)))).)))))).....(.(((((....(.(((....(((......)))....))).)..)))))))))))).))..)))).))....)))))))))).))))))))))))......))).....)))...)))))))..))))))).)...
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((........))))))....(((....))).......(((((((((..((((((((....(((...(((((((((((((((((......((((((((.(((.((((.((.......(((((((.((((.(((.((....)).))).)))).)))))))....(((((((((.....(((((((()))))))).((((.(....).)))))))))))))))..)))))))....)))))))).).)))))))))))))).....))...)))...).)))))))..))))))).))..
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Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((......)))))))((..(((....))).))...((((((((((..(((((((((((((.(((...((((((((((.((((.............))))...))))))))))....((((((.((((.(((.((....)).))).)))).)))))).....(((((.((.....))....((((..(((((......))))))))).))))))))))))))).(((((((...........))))).))......((((((.((....))))))))))))))..))))))).))).
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PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((......))))))(((..(((....))).)))..((((((((((..((((((((....((((((((((((((((((.((((......((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((......(((...((((......)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).).))).)))))))).....))))))))))...)))).))))..))))))).))).
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ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((......)))))))....(((....)))......((((((((((..(((((((((((((.(((...(((((((((((((((.(..........))))).).))))))))))...(((((((.((((.(((..........))).)))).)))))))....((((((((.....)))..(((((..(((((......)))))))))))))))))))))))))...((((((.........)))))).........((((((.((....))))))))))))))..))))))).))).
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((...........((((.......))))..........)))).(((((((..(((((((.....((((....((((((((((.((((.............))))...))))))))))..)))).....((((((((..............((((((........))))))........((((...(((((...((((((((..............)))))))).......((((((.........)))))).......))))).))))....)))))))))))))))..))))))).....
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RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((......))))))).........(((....)))....(((((((..((((((((....(((...(((((((((((((((((......((((((((.(((.((((.((........((((((.((((.(((.((....)).))).)))).)))))).....(..((((((.....((((((....)))))).((((.(....).))))))))))..)))..)))))))....)))))))).))).))))))))))).....)))...)))...)).))))))..))))))).....
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RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((..((((..........)))).....(((....))).))...((((((((((((((((((.....((((..))))((((((((((........).(((.((....(.((((((.((...))))))))(((((....((..))...))))).)(((((((((..)))))))))..(..)....(((((((..)))))))..)))))..((((...((((((((.(........)))).)).)))....))))..).))))))))(((((.((....))))))).)))))))))))))).)))).
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RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))(..(((....)))...)..((((((((((..((..((((....(((...(((.(.(((((((((((......(((((((.((...(((..((.((((((.((((((.((((.(((.((....)).))).)))).)))))).......(((((......(((...(((..........))).)))....))))).)))))).))...))).)).....))))))).).)))))))))).)......)))...)))...))))...))..))))))).))).
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((......)))))))...........(....)......(((((((..((((((((....(((...(((((..(((((((((.......((((((...(((.((((.((..((....((((((.((((.(((..........))).)))).)))))).........................................................))..))..)))))))......))))))...)))))))))..)).....)))...)))...)).))))))..))))))).....
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((......)))))))....(((....))).......(((((((((..((((((((....(((...((((((((((((((((.......(((((((..(((.((((.((.((((((.((((((.((((.(((.((....)).))).)))).)))))).......(((((.....((......(((......)))....)).....))))).)))))).))..))))))).....)))))))...))))))))))))).....)))...)))...)).))))))..))))))).))..
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((..(......)..)))).........(((....)))....(((((((..((((((((....(((...(((((..((((((((((......(((((..(.(((.((((.((........((((((.((((.(((.((....)).))).)))).)))))).....(..((((((.......(((.(((..(((((......)))))))))))))))))..)))..)))))))....)..))))).))).)))))))..)).....)))...)))...)).))))))..))))))).....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((......))))))).....((((((.......((((.....))))...((((......))))........)))))).((((.............)))).((((((........))))))...((((((.............)).))))....(((((........)))))....((((((....)))))).((((........))))(((((......))))).(((....((((.((.....................))))))...(((((..........))))).)))...
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((......))))))).....((((((.......((((..bbb))))...((((......))))..{{{{{{)))))).((((......}}}}}}.))))..((((.((.....)))))).(((.<<<<<<<.........)))..((((((........)))))).((((..aaa((((((....)))))).((((..[[[[[.)))))))).(((.]]].))).((((((.]]AAA>>.)))))).....>>>>>(((((.((....)))))))............BBB......