|
|
|
GUUGAGCUUAGUAACGUGGGCUUGUAAUCCAAGUGGAGACAUCAAAGUGGUUGAAUAUUGGGCUGUACCAGAUGGUUGGGCUUGGUGGGCUAAUUUCUGACUUGCCCUAUCCAAGCUUAGAGUUGGAUCAUGUGGCCCAAUUGAAGAAAUGGACUACUUGAUUCGUAAAGUGGGGCGGAAUGCGUGAGGCUGGUUUCACAGAGCAGUGAACAGCUCCCGCUCUGUGCAGUGGAAGGAUAAUGGGUCGGUGUCUUAUCAAGUUCAGUAACGCCUAAUGGGUUGCUCCAAUAAACAACCACCUUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((((((......)))))))....((((..)))))))...((((..(.(...((((((((.((.(((...(((.((((((((((((.((....((((((((.((..((((.((.((((((.((((((.((((.(((.((....)).))).)))).)))))).(..)..(((((....(.(((....(((......)))....))).)..))))).)))))).))..)))).))....)))))))))).))))))))))))......)))...))))).))).)))).)...).)..)))).
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..(((((((......))))))).........(((....)))....(((((((..((((((((....(((...((((((((((((((((.......((((((((.(((.((((.((((.....(((((((.((((.(((.((....)).))).)))).)))))))..)))).(.(((((..(((.(..((((..(((((......)))))))))..))))))))).)..)))))))....))))))))...))))))))))))).....)))...)))...)).))))))..)))))))....) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((......)))))))....(((....)))......................((......))......(((((...((((((.(.......).))))))...)))))..........((((((.((((.(((.((....)).))).)))).))))))....................................((((..............)))).................................................................................. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(((((((......)))))))....(((....))).))......(((((((..(((((((.....(((...(((((((((((((((((......(((((((..(((.((((.((((.....(((((((.((((((.............)).)))).)))))))..))))(((((((.........(((((..(((((......)))))))))).)))))))......))))))).....))))))).)))).)))))))))).....)))...))).....)))))))..)))))))..... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................(((....))).........(((((((................................................................((((((........((((((((..........)))))))).............................................................))))))....................................................................)))))))..... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((........))).......(((....))).........((((((...((((((((.((.(((.(((((.((((((((.((((......((((((((....(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))......)))))))).).))).))))))))......))))).))))).))).)))))...))))))..... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((......)))))))....((......))......((((((((((..((((((((....(((...((((((((((((.((((......((((((((.((..((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))).))....)))))))).).))).)))))))).....))))...)))...)).))))))..))))))).))). |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((........)))))).......................(((((((..((((((((....(((...((((((((((((((((.......(((((((.....((((..((.......(((((((.((((.(((.(.......)))).)))).)))))))......(((((((.....((((((....)))))).................)))))))..))...)))....)...)))))))...)))))))))))))).....))...)))...).)))))))..)))))))..... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((......))))))))...(((....))).........(((((((...(((((((....(((...((((((((((((.((((......((((((((.(((.((((.((.((((((.((((((.((((.(((.((....)).))).)))).))))))...................(......((......))......)...........)))))).))..)))))))....)))))))).))))..))))))))).....)))...)))...)).)))))...)))))))..... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((........((.((((.......)))).)).......)))(.(((((((..(((((((....(((....(((.((((((((((((.((....((((((((.((..((((.((.((((((.((((((.((((.(((..........))).)))).)))))).....(.(((((....(.(((....(((......)))....))).)..)))))))))))).))..)))).))....)))))))))).))))))))))))......))).....)))...)))))))..))))))).)... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((........))))))....(((....))).......(((((((((..((((((((....(((...(((((((((((((((((......((((((((.(((.((((.((.......(((((((.((((.(((.((....)).))).)))).)))))))....(((((((((.....(((((((()))))))).((((.(....).)))))))))))))))..)))))))....)))))))).).)))))))))))))).....))...)))...).)))))))..))))))).)).. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((......))))))))...(((....))).........(((((((...(((((((....(((...(((.((((((((.((((......((((((((.((..((((.(((((((((.((((((.((((((((.((....)).)))))))).)))))).......(((((......(((...((((......)))..).)))....))).)))))))))))..)))).))....)))))))).).))).))))))))......)))...)))...)).)))))...)))))))..... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((........)))))))...(((....))).......(.(((((((...(((((((....(((...(((.(((((((((((((......((((((((((...((((.((((((((..((((((.(((((((((((....))))))))))).)))))).......(((((......(((...((((......)))..).)))....)))))..))))))))..)))).))....)))))))).).))))))))))))......)))...)))...)).)))))...)))))))..).. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.......)))).((((.[[[...)))).(((....)))]]].(((((((..((((((......(((...((((((((((((((((.......((((((((.(((.((((....(((((((((((((.((((.(((..........))).)))).)))))))......((((((.....)))..(((((..(((((......))))))))))))))))))).....)))))))....))))))))...))))))))))))).....)))...)))......))))))..)))))))..... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((......)))))).((..(((....))).))...((((((((((..((((((((....(((...((((((((((((((((.((....(((((((..(((.((((.((.((((((.((((((.((((.(((.((....)).))).)))).)))))).....(((((((.....((.....))..))))))).((((........))))..)))))).))..))))))).....))))))))).))))))))))))).....)))...)))...)).))))))..)))))).)))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((......))))))).......................(((((((..((((((((....(((...(((((((([[[[[[[[.......[[[[[[[[.[[[.[[[[.))........((((((.((((.(((..........))).)))).)))))).......(((((((..........((((..(((((......)))))))))..)))))))......]]]]]]]....]]]]]]]]...]]]]]]]]..))).....)))...)))...)).))))))..)))))))..... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((......)))))))....(((....)))))....((((((((((..((((((((.(((.((((((((((((((((((((((.....(((((((((.((.(((((.((((((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))).......((((....(((.((...(((......)))..)))))....))))..)))))))))..)))))))....)))))))))))).))))))))))).....)))))))).))))).))))))..)))))))))).. |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((......))))))).....((....)).))....((((((((((..((((((((.((((((.(((((((((((((((((((......((((((((.(((.((((.(((((((((.((((((((((((((((((....))))))))))))))))))........((((......(((....(((......)))....)))....))).).)))))))))..)))))))....)))))))).))).))))))))))).....))))).)))))))).))))))..)))))))))).. |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((......)))))))((..(((....))).))...((((((((((..(((((((((((((.(((...((((((((((.((((.............))))...))))))))))....((((((.((((.(((.((....)).))).)))).)))))).....(((((.((.....))....((((..(((((......))))))))).))))))))))))))).(((((((...........))))).))......((((((.((....))))))))))))))..))))))).))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.....((((((.((((((((..((((((...[[[[[[[[.[[[[[[[[....[[[[[[[[[[[(((..)))((((((((((.((((.............))))...))))))))))..))))))..]]]]]]]]]]]..........]]]]]]]](((((((...(((((((((.....(((((((..))))))).((((........)))))))))))))..............)))))))]]]]]]]]..))))))))..............))))))........))))........ |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................(((..(((....))).)))..............((((((((.(..(((...(((((((((((((((((......((((((((.(((.((((....((((((.((((((.((((.(((.((....)).))).)))).)))))).......(((((....(((......(((......)))....)))....))))).)))))).....)))))))....)))))))).))).))))))))))).....)))...)))..))).)))))).............. |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((........)))))))...(((....))).........(((((((...((((.......(((...((.((((((................)))))).))..((((.((((((((..((((((.((((.(((.((....)).))).)))).)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))..))))..........................................))).......))))...)))))))..... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((........)))))(((..(((....))).)))..((((((((((..((...(((.(..(((((((((.((((((((.((((......((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((......((((...((((...).)))..)).))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).).))).))))))))......))))))))).).)))....))..))))))).))). |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((......))))))(((..(((....))).)))..((((((((((..((((((((....((((((((((((((((((.((((......((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((......(((...((((......)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).).))).)))))))).....))))))))))...)))).))))..))))))).))). |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((........)))))(((..(((....))).)))..((((((((((..((...(((....(((((((((.((((((((.((((......((((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((......((((...((((...).)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).).))).))))))))......)))))))))...)))....))..))))))).))). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((......))))))(((..(((....))).)))..((((((((((..((((((((....((((((((((((((((((.((((......((((((((.(((.((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((......(((...((((......)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).).))).)))))))).....))))))))))...)))).))))..))))))).))). |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((........)))))(((..(((....))).)))...(((((((((..((((((((....((((((((((((((((((.((((......((((((((.((..((((.((((((((..((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((......(((...((((......))..)).)))....)))))).))))))))..)))).))....)))))))).).))).)))))))).....))))))))))...)))).))))..))))))).)).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((......))))))).........(((....)))....(((((((..((((((((....(((...(((((..((((((((((......((((((((.(((.((((.((.((((((.((((((.((((.(((.((....)).))).)))).)))))).......(((((....(((((((((....))))))...))).......))))).)))))).))..)))))))....)))))))).)))).))))))..)).....)))...)))...)).))))))..)))))))..... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((......)))))))....(((....)))......((((((((((..(((((((((((((.(((...(((((((((((((((.(..........))))).).))))))))))...(((((((.((((.(((..........))).)))).)))))))....((((((((.....)))..(((((..(((((......)))))))))))))))))))))))))...((((((.........)))))).........((((((.((....))))))))))))))..))))))).))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((...........((((.......))))..........)))).(((((((..(((((((.....((((....((((((((((.((((.............))))...))))))))))..)))).....((((((((..............((((((........))))))........((((...(((((...((((((((..............)))))))).......((((((.........)))))).......))))).))))....)))))))))))))))..)))))))..... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................(((....)))........................................((((((...(((........(((((((((...((((.((((((((..((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))..)))).))....)))))))....)))...))))))......................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((........)))))))...(((....))).........(((((((....((((((....(((...(((.((((((((.(((........(((.(((((...((((.((((((((..((((((.((((.((..((....))..)).)))).)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))..)))).))....))).)))....))).))))))))......)))...)))...))).)))....)))))))..... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((......))))))).........(((....)))....(((((((..((((((((....(((...(((((((((((((((((......((((((((.(((.((((.((........((((((.((((.(((.((....)).))).)))).)))))).....(..((((((.....((((((....)))))).((((.(....).))))))))))..)))..)))))))....)))))))).))).))))))))))).....)))...)))...)).))))))..)))))))..... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((..((((((.(((((((.((((..(((....)))..((((((((....(((((((..((((((....((((((((((.((((.............))))...))))))))))..))))....))..)))))))..........)))))))).....(((....(((((((.....((((((....)))))).((((........))))))))))).))).......)))).))))))).)))..)))..)))))))).(((.((....)))))....................... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......)))))))....(((....))))))......(((((((..(((((((((((((..(((..((((((((((.((((.............))))...)))))))))).)))((((((.((((.(((.((....)).))).)))).)))))).......(((((((.....((((((....)))))).((((.(....).))))))))))))))))))(((..(((((.((.......)))))))...)))((((((.((....))))))))))))))..)))))))..... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..((((..........)))).....(((....))).))...((((((((((((((((((.....((((..))))((((((((((........).(((.((....(.((((((.((...))))))))(((((....((..))...))))).)(((((((((..)))))))))..(..)....(((((((..)))))))..)))))..((((...((((((((.(........)))).)).)))....))))..).))))))))(((((.((....))))))).)))))))))))))).)))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................(.....)...(((..(.(.((.(.......(((((((.((..(((..((..(((((.((((((.((((.(....((......))).)))).)))))).......(((........(((...(((..........))).)))......))).)))))..))...))).))....)))))))..)))........................................).)...).)).. |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((......))))))))(..(((....)))...)..((((((((((..((..((((....(((...(((.(.(((((((((((......(((((((.((...(((..((.((((((.((((((.((((.(((.((....)).))).)))).)))))).......(((((......(((...(((..........))).)))....))))).)))))).))...))).)).....))))))).).)))))))))).)......)))...)))...))))...))..))))))).))). |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((......)))))))...........(....)......(((((((..((((((((....(((...(((((..(((((((((.......((((((...(((.((((.((..((....((((((.((((.(((..........))).)))).)))))).........................................................))..))..)))))))......))))))...)))))))))..)).....)))...)))...)).))))))..)))))))..... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((......)))))))....(((....))).......(((((((((..((((((((....(((...((((((((((((((((.......(((((((..(((.((((.((.((((((.((((((.((((.(((.((....)).))).)))).)))))).......(((((.....((......(((......)))....)).....))))).)))))).))..))))))).....)))))))...))))))))))))).....)))...)))...)).))))))..))))))).)).. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((..(......)..)))).........(((....)))....(((((((..((((((((....(((...(((((..((((((((((......(((((..(.(((.((((.((........((((((.((((.(((.((....)).))).)))).)))))).....(..((((((.......(((.(((..(((((......)))))))))))))))))..)))..)))))))....)..))))).))).)))))))..)).....)))...)))...)).))))))..)))))))..... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((......))))))).....((((((.......((((.....))))...((((......))))........)))))).((((.............)))).((((((........))))))...((((((.............)).))))....(((((........)))))....((((((....)))))).((((........))))(((((......))))).(((....((((.((.....................))))))...(((((..........))))).)))... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((......))))))).....((((((.......((((..bbb))))...((((......))))..{{{{{{)))))).((((......}}}}}}.))))..((((.((.....)))))).(((.<<<<<<<.........)))..((((((........)))))).((((..aaa((((((....)))))).((((..[[[[[.)))))))).(((.]]].))).((((((.]]AAA>>.)))))).....>>>>>(((((.((....)))))))............BBB...... |