CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00193



RNA: SRP_00193
Rfam family: -

GGAGGCCCUCUUGGUUCCUCGCAAUGAUGUUCGGUUUAUUAGGUCAGGUUCGGAAGAAAGCAGCCGGAGUCGAGAUUUUCGUGUGCCGAGAUCAAGCUGGGAGGGUCUCCACCCAACU
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((.(.((.(((((((..(((((.((((.((((((((...(.(((....(((....)))....))).))))))))..).)))))...)))).....))))))))).).)).........
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((.((((((((((..((((..((....(((....(((....)))....))).))..))))....)))).)).))))....)))..)))))))))........))
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.((((((((((...((.....((..(((....(((....)))....)))...))...))...)))).))).)))....))))))))))))))))........
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((........((((.((((((......((((.(((((((..........)))).)))..)))).......))))))))))))))))))))))))))........
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((((((((..((((((((((..((((((((....(((....(((....)))....))).))))))))....)))).)).)))).....)))))))))..............
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.(((((.((((.((((((((...(.(((....(((....)))....))).))))))))..).)))))...))))....))))))))))))))))........
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((........((((.((((((.(((.(((((.(((((((..(....)..)))).)))..)))))..))).))))))))))))))))))))))))))........
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((........((((([[[[[[.))))).......(((....)))....]]]]]]........(((((.....)))))...))))))))))))))))........
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((...((((..((((..((((........(((....(((....)))....))).....))))....))))....))))......))))))))))))))........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((........((((.((((((.(((.(((((.(((((((..........))))).))..)))))..))).))))))))))))))))))))))))))........
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((.((((((((((..((((..((....(((....(((....)))....))).))..))))....)))).)).))))....)))..)))))))))))........
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.(((.((((((..((((((((....(((....(((....)))....))).))))))))....)))).))..)))....))))))))))))))))........
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((....)).))))).)..(((((((((((((((((((((((...)))))))))))))))))))(((((((((..))))))))).))))(((((((((((..)))))))))))
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((........((((.((((((.(((.(((((.(((((((..........))))).))..)))))..))).))))))))))))))))))))))))))........
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.((((........(((((((.........................)))))))..))))..(((((.....)))))...))))))))))))))))........
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.((((...((((.[[[[[[({{{...))))<<<<<<<..<<<<(.)]]]]]]<<)))).)>>>>}}}((>>>>>..))))))))))))))))))..>>.>>.
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((.((((((((((..((((..((....(((....(((....)))....))).))..))))....)))).))).)))....)))..)))))))))))........
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((........((((.((((((.(((.(((((.(((((((..........))))).))..)))))..))).))))))))))))))))))))))))))........
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((........((((.((((((.....(((((...(((((..........))))).....)))))......))))))))))))))))))))))))))........
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((.((((((((((..((((..((....(((....(((....)))....))).))..))))....)))).)).))))....)))..)))))))))))........
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.((((((((((..((((..((....(((....(((....)))....))).))..))))....)))).)).))))....))))))))))))))))........
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((.((((((((((..((((..((....(((....(((....)))....))).))..))))....)))).))).)))....)))..)))))))))))........
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((.((((................(...(((((((((((..)))))))))))....)))))(..)..((..))(((..)))))))))))))))))))........
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((.((((((((((..((((..((....(((....(((....)))....))).))..))))....)))).)).))))....)))..)))))))))))........
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((.((((((((((..((((..((....(((....(((....)))....))).))..))))....)))).)).))))....)))..)))))))))))........
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((..((((...((((..............))))..(((((..........)))))..))))..(((((.....)))))....)))))))))))))))........
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((.....))).(((.....((((.[[[[[[.......))))..(((((..........)))))..(((.....)))...]]]]]]........))).((((....))))....