CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00194



RNA: SRP_00194
Rfam family: Bacteria_small_SRP

GCCGUGAUAAAGAUUACGCCCGAAUGAGUCAGGACCGGAAGGUAGCAGCUAUAAGGGAAUGUGUCUUGUAUCACGGUUUUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((((.((((....((......(((....(((....)))....)))....))......))))))..)))))))....
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.(((((((.....(((....(((....)))....)))....)))..)))))))).)))))))))....
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................(((....(((....)))....)))...............................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.((((((..((.(((....(((....)))....)))))..)))..)))))))).)))))))))....
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................(((....)))......................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((((((((.(((((.....(((....(((....)))....)))....)))))..)))))).)))))))......
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................((((((((((....))))))))))...............................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.((((((..(..(((....(((....)))....))).)..)))..)))))))).)))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((((....(((.....(((....(((....)))....)))....))).....))))).)))))))).....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((....(((.....(((....(((....)))....)))....))).....))))).)))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.((((((..((.(((....(((....)))....)))))..)))..)))))))).)))))))))....
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.........(((............(((....)))...........)))...........)))))))))....
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................((((....(((....)))....))))..............................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.((((((.....(((....(((....)))....)))....)))..)))))))).)))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.((((((.....(((....(((....)))....)))....)))..)))))))).)))))))))....
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((....(((.....(((....(((....)))....)))....))).....))))).)))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((....(((.....(((....(((....)))....)))....))).....))))).)))))))))....
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((.(.((((((((..))))).)))))))))))))))).))))).)))))))))....
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.(((((((((.((((((.....(((....(((....)))....)))....)))))..)))))).)))).))))....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((((((...(((....((((....(((....)))....))))...)))....)))))).)))))))).....
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((................((((....(((....)))....)))).................))...........
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.((.(((.....(((....(((....)))....)))....)))...))))))).)))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....................((((((...........................)))))))))))))))....
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................(((....(((....)))....)))...............................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((...((([[[[[[...[[)))((((((..{{{{((((]].))))..]]]..]]])))))))))))))))}}}}
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((((.(((((.....((.(.(.(((....)))..).)))....)))))..)))))).))...........
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................(((....(((....)))....)))...............................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((((.(((((.....((.(.(.(((....)))..).)))....)))))..)))))).))...........
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................(((....(((....)))....)))...............................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................((.(..((((....)))..).)))...............................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.((((((((.....)).))(((....))).))..((.....))...))))))).)))))))))....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((....(((.....(((....(((....)))....)))....))).....))))).)))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.((((((..((.(((....(((....)))....)))))..)))..)))))))).)))))))))....
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((((.....(((.................................)))......)))).)))))))).....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....................((((((......((((...))))..........)))))))))))))))....
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................(((....(((....)))....)))...............................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................(((.....((.....(((....))).....))....)))........................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................(((....(((....)))....)))...............................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((....(((.....(((....(((....)))....)))....))).....))))).)))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((....(((.....(((....(((....)))....)))....))).....))))).)))))))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((....(((.....(((....(((....)))....)))....))).....))))).)))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((........(((........)))(((((((..........)))))))(((..))).)))))))))))....
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.......................(.(((......(............)......)).......)..)......))....
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(.((((....(((.....(((....(((....)))....)))....))).....))))..........)....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((....(((.....(((....(((....)))....)))....))).....))))).)))))))))....
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((....(((.....(((....(((....)))....)))....))).....))))).)))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((....(((.....(((....(((....)))....)))....))).....))))).)))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((..((((.((......)))))).((((((......................)).))))..)))))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((..((((.((......))))))...........(((.....)))..((((.....)))).)))))))))....