|
|
|
UGAUGAGCUAGUCCGGGUAGCCCGGCGUUACCUGUAACCCGAAAUCGCCGAUAUGCGGGGGACGAAGCCAAUGGAAGAUGCGUCAAAGGGAUUCCAGCCUGUGAUCUCAACUGAGAAACCCCGUCCUGCUUGGAUGAUGCAGGUAUGUGGACUUGCUGGAAAACAGGUCCUCAUACCCUAACUGCGGAAACCGGUCGAGGCCCGGAAGGGAGCAGACUCACUGUGGGCAACCGUCGCUUGCGGGGUCGCGGGGUGGAGAAGAGAUUCCAGUCUACUGAAAUCUCCCAGAUACAACGACCUGCGGUGUGCUCAUCA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((((..(((((((((((.....)))))))....((((.(..........).))))))))...(((...((..(.((.(((...((((((.(((.(((.((((((..((.....((((((((((((.((.(((.((..((((((.(((((((.(....).))))))).))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))..)))))...)))))...)))))))..))..)))))).)))....))).))))))...))).)).)..))...)))..))))))))
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.....(((((.((..((.....)).)).)))))....((((.....(((((.((((...((...))......))))...(((.(((((.(((((((((((...((((......(((((.....))))).(((.((((((.(((((((........))))))).))))))...((((.(....))))).....(((....))).)))..))))..(..(((.......)))..)))))))))))).)))))...(((((.(((....))).))))))))...........))))))))).)))))))) |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................................................................................................(((((.....))))).....((((((.(((((.(.(....).).))))).))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))......................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((......(((((.....((((.((((((........((((((((...((((((.((..((....(((((...............)))))..))))..((((....))))..)))))).....)))).))))))))))))))(((((((........)))))))...)))))..(((((((...((((.......))))..(((((.....(((..((((((........((((((....)))))).(((((......))))))))))))))...)))))............)))))))..)))))))) |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((...((((((((((.......))))))....((((..............))))))))......(((((...(((.(((...((((((((((.((((((((((.........(((((..((((((((((((.....(((((.((((((((((....)))))))))).)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).....)))).)))))))).....)))))......))))))))))....))))))))))...))).)))...)))))......)))))). |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((....((........(((((..................)))))......................................................((((....)))).((((((..................((((((.(((((((.(....).))))))).)))))).............((((.......))))....(((....)))...((((((.......)))))).......))))))......((((((.(((....))).))))))..................))...)))))))) |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............(((((((.....)))))))........................................................................(((.........((((((((((((..(((((.....((((((.(((((((.(....).))))))).))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).....)))).)..)))))...)))))))......))).................................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..(((((((((((.....)))))))....((((.(..........).))))))))...(((...((..(....(((...((((((.(((.(((.((((((.........((((((((((((.....(((((..((((((.(((((((........))))))).))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).....)))))...)))))...)))))))......)))))).)))....))).))))))...)))....)..))...)))..)))))))) |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..(.((((((((..(((((..................)))))....((((((((((................))))...((........)).....((((....))))..)))))).)))))........(((((((((.(((((((.(....).))))))).)))))).....))).....((((.......))))..(.(((....))).)(((((((.......)))))))((((((............((((((.(((....))).))))))..........)))))).))))..)))))))) |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((...(((((((((.......))))))....((((..............)))))))......((((((..(((((((.((.(((((((((...(((((((((..(......((((((((((((((((((((((..((((((.(((((((((....))))))))).))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)).))))).))))))))...)))))))...)..)))))))))......)))))))))).).)))))))..))))))....))))))). |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.....(((((.....[[[[.........)))))....]]]].....((((((..................[[[[[[..(((........)))....((((....))))..))))))...........]]]]]]((((((.(((((((........))))))).))))))....((((((....[[[[.(((.(((....)))......))).))))))...]]]]...((((..[[[[[[))))(((.....((((((.(((....))).)))))).....)))..]]]]]].......)))))))) |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((..(.(((((((((.....)))))).....(((.....(.(((.....))).)((((...((...))......))))...))).(((((.(((((((((((....)))......(((((.....))))).((((((((((.(((((((........))))))).)))))).....))))......((((....(((....)))....))))..((((((((.......)))))))).)))))))).)))))..((((((.(((....))).)))))).(((..........)))))))..))))))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((......((((((...<<<<))))))....((((....>>>>......))))..............................((((.((..(((.((((...........((((((.........((.......((((((.(((((((........))))))).))))))...............((((....(((....)))....))))....{{{{{{.....))}}}}}}.......))))))......[[)))).))).....)).))))]].......................)))))))) |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((..((((((((((.......))))))....((((..............))))))))...((((((.((.((((((((..(((((((((((.(((((((((((.((....((((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))))))))))).....((((((.(..(((((....(((....)))....)))))))))))))))).)))).))))))))...)))))))).)).)))))))))))....)))))))..))))))))))))).).))))))..))))))). |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((....(((((...)))))(((..(((((....((.......))....)))))..)))...(.....).................(((((.(((((((((((....))))..((((((((.....))).......((((((.(((((((........))))))).))))))......(((.....(((.....(((((..((.(((....))).)).)))))..))).)))...)))))))))))).)))))..((((((.(((....))).)))))).......................))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..((((((((((..(((((..................)))))....((((((((((................)))).......[[[[[[[......(((((..)))))..)))))).))))))))))......((((((.((((((]]]]]]]...)))))).))))))....((((.....((((.......))))......))))...(((((((((....(((..(((((((..)))))))..(((((........((((..))))...)))))........))).))))))))).)))))))) |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................................................................................((((((..(((((.(((........(((.....(((((((...)).))))).....))).....((((((....(((......(((....))).....)))..)))))).......)).).))))).....))))))............................................................. |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((iiiiii(<<<.(((((.ccccccc(...ee....))))).(((ggggggggg(aaa(ll.lllll.))))LLL..kkk(.LLAAA.[[[[[[[[[[[..))).....GGGGGG.f()GGG(((((()EECCCCCddd((((((jjjjjjj...)))))))))).)]]]..((bbbb...)F((((.)B)]]]]]].hhhhhhh)))){{{{{{{{{...BBB).]]KLL.KK>>>IIIIII((((........JJJJJJJ))))HH..{{HHHHH))}}DDD.CC.}}}}}}}}}.)))))))) |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((..((((((((((.......))))))....((((.......(.....))))))))).....(((((((..(((((((...((((((((((.(((((((((((((......(((((((((((((((((((.((..(((((.((((((((((....)))))))))).)))))....((((((.....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..)))).))))))))...)))))))...)))))))))))))....))))))))))...)))))))..)))))))....)))))... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((..((((((((((.......))))))....((((.......(.....))))))))).....(((((((..(((((((...((((((((((.(((((((((((((......(((((((((((((((((((.((..(((((..(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..)))).))))))))...)))))))...)))))))))))))....))))))))))...)))))))..)))))))....)))))... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((.....(((((.((..((.....)).)).)))))....((((.....(((((.((((...((...))......))))...(((.(((((.((((((.((((....)))).(((((((...((...((((.(((.((((((.(((((((........))))))).))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))))))..))))))..))))))))))))).)))))...(((((.(((....))).))))))))...........))))))))).))))))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((....(((((...)))))(((..((((((.................))))))..)))...........................(((((.(((((((((((....))))..((((((((.....))))......((((((.(((((((........))))))).))))))......((((....((((....(((((.....(((....)))....))))).))))))))....))))))))))).)))))..((((((.(((....))).)))))).(((..........)))......)))))))) |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..((((((((((..(((((..................)))))....((((((...........(((((...............)))))........((((....))))..)))))).))))))))))......((((((.(((((((........))))))).))))))...(((((((...((((.......))))..(((((..((((..((((((((.......))))))))))))....((((((.............)))))).....)))))............)))))))..)))))))) |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((....(((((((((.......))))))....((((..............)))))))........((((.......((....((((((.(((.((((((.............(((((....(((((.(((..((..(((((..(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))...))).).))))(.....))))))..........))))))....))).))))))....)).......)))).......))))... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((..((((.((((((.....)))))).....((((..(((...)))...))))))))...(((...((..(.((..((.......(((((.(((((((((((...((((......(((((.....))))).(((.((((((.(((((((.(....).))))))).))))))...((((.(....))))).....(((....))).)))..))))..(..(((.......)))..)))))))))))).)))))..((((((.(((....))).))))))...))..)).)..))...)))..))))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((......))).(((((...(((.((((....)))))))....((((.....(((((.((((...((...))......))))...(((.(((((.((((((.((((....)))).(((((((...((...((((.(((.((((((.(((((((........))))))).))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))))))..))))))..))))))))))))).)))))...(((((.(((....))).))))))))...........)))))))))))))).... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((..(((((((((((.....)))))))....((((..(((...)))...))))))))...(((...((..(.((..((....((.(((((.(((((((((((....))))..((((((((.....))))...(((((((((.(((((((.(....).))))))).))))))......((((....((((.(((.(((....)))......))))))).((....)).)))).)))))))))))))).)))))..((((((.(((....))).)))))))).))..)).)..))...)))..))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(...((((((...(((.(((((..))))))))..))).))).....(........)((((.(((((((.............))))))).(((.((((((....)))))(((((((((((((......).)))((((((((((((((((...)).))))))))))))))((......))))(..((((((((((((..))))))))))))((((..)))).(((..(((..))))))).)))))))((..))((((((.((((..)))).))))))))))...(........).)))).)))))))) |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................(.(...(.......................(......)...........(.(..(...(.........(...(..........(((((((((.((..((..(.(((..((.((.(((((((.(....).))))))).)).)).....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))))))..)....)).))))....))))))).....)..............)...............)...)....)...)....)...).) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((..........................................................(((...((..(.((..((...((..(((((.((((((.((((....))))..((((((...((............((((((.(((((((.(....).))))))).))))))................(((....(((....)))....))).......((....))...))..)))))).)))))).)))))..((((((.(((....))).)))))))).))..)).)..))...)))..))))))). |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((.....((((((((.....))))))))...........((((.....(((((.((((...((...))......))))...(((.(((((.((((((.((((....)))).(((((((...((...((((.(((.((((((.(((((((........))))))).))))))....(..(((.....((((....(((....)))....))))..)))..))))..))))))..))))))))))))).)))))...(((((.(((....))).))))))))...........))))))))).))))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((.....((((.....)))).((((....))))......((((......))))..((((................))))..((((......((((((..((((....)))).....(((((.....)))))..))))))....(((((((........))))))).....))))..((((.....((((.......))))......)))).))))...(((....))).(((.((((....)))).(((((((......)))).((((.............))))......))).)))(((....))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((....((((((((((.bbbb)))))).....((((.....BBBB.....)))).((((.......[[[[[....)))).......]]]]]((((((..((((....)))).{{{{(((((.....)))))..))))))....(((((((.}}}}...)))))))...<<<<......((((...(((((....)).))).......(((.....)))(((....)))))))..<<<))))>>>.(((.((((..aaaa)))).((((.......AAAA..)))).......)))..>>>>..)))))). |