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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00197



RNA: SRP_00197
Rfam family: Archaea_SRP

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Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((((..(((((((((((.....)))))))....((((.(..........).))))))))...(((...((..(.((.(((...((((((.(((.(((.((((((..((.....((((((((((((.((.(((.((..((((((.(((((((.(....).))))))).))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))..)))))...)))))...)))))))..))..)))))).)))....))).))))))...))).)).)..))...)))..))))))))
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.....(((((.((..((.....)).)).)))))....((((.....(((((.((((...((...))......))))...(((.(((((.(((((((((((...((((......(((((.....))))).(((.((((((.(((((((........))))))).))))))...((((.(....))))).....(((....))).)))..))))..(..(((.......)))..)))))))))))).)))))...(((((.(((....))).))))))))...........))))))))).))))))))
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................(((((.....))))).....((((((.(((((.(.(....).).))))).))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).........................................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((......(((((.....((((.((((((........((((((((...((((((.((..((....(((((...............)))))..))))..((((....))))..)))))).....)))).))))))))))))))(((((((........)))))))...)))))..(((((((...((((.......))))..(((((.....(((..((((((........((((((....)))))).(((((......))))))))))))))...)))))............)))))))..))))))))
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((...((((((((((.......))))))....((((..............))))))))......(((((...(((.(((...((((((((((.((((((((((.........(((((..((((((((((((.....(((((.((((((((((....)))))))))).)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).....)))).)))))))).....)))))......))))))))))....))))))))))...))).)))...)))))......)))))).
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((....((........(((((..................)))))......................................................((((....)))).((((((..................((((((.(((((((.(....).))))))).)))))).............((((.......))))....(((....)))...((((((.......)))))).......))))))......((((((.(((....))).))))))..................))...))))))))
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ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..(((((((((((.....)))))))....((((.(..........).))))))))...(((...((..(....(((...((((((.(((.(((.((((((.........((((((((((((.....(((((..((((((.(((((((........))))))).))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).....)))))...)))))...)))))))......)))))).)))....))).))))))...)))....)..))...)))..))))))))
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..(.((((((((..(((((..................)))))....((((((((((................))))...((........)).....((((....))))..)))))).)))))........(((((((((.(((((((.(....).))))))).)))))).....))).....((((.......))))..(.(((....))).)(((((((.......)))))))((((((............((((((.(((....))).))))))..........)))))).))))..))))))))
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((...(((((((((.......))))))....((((..............)))))))......((((((..(((((((.((.(((((((((...(((((((((..(......((((((((((((((((((((((..((((((.(((((((((....))))))))).))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)).))))).))))))))...)))))))...)..)))))))))......)))))))))).).)))))))..))))))....))))))).
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.....(((((.....[[[[.........)))))....]]]].....((((((..................[[[[[[..(((........)))....((((....))))..))))))...........]]]]]]((((((.(((((((........))))))).))))))....((((((....[[[[.(((.(((....)))......))).))))))...]]]]...((((..[[[[[[))))(((.....((((((.(((....))).)))))).....)))..]]]]]].......))))))))
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((..(.(((((((((.....)))))).....(((.....(.(((.....))).)((((...((...))......))))...))).(((((.(((((((((((....)))......(((((.....))))).((((((((((.(((((((........))))))).)))))).....))))......((((....(((....)))....))))..((((((((.......)))))))).)))))))).)))))..((((((.(((....))).)))))).(((..........)))))))..))))))).
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((......((((((...<<<<))))))....((((....>>>>......))))..............................((((.((..(((.((((...........((((((.........((.......((((((.(((((((........))))))).))))))...............((((....(((....)))....))))....{{{{{{.....))}}}}}}.......))))))......[[)))).))).....)).))))]].......................))))))))
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((..((((((((((.......))))))....((((..............))))))))...((((((.((.((((((((..(((((((((((.(((((((((((.((....((((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))))))))))).....((((((.(..(((((....(((....)))....)))))))))))))))).)))).))))))))...)))))))).)).)))))))))))....)))))))..))))))))))))).).))))))..))))))).
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((....(((((...)))))(((..(((((....((.......))....)))))..)))...(.....).................(((((.(((((((((((....))))..((((((((.....))).......((((((.(((((((........))))))).))))))......(((.....(((.....(((((..((.(((....))).)).)))))..))).)))...)))))))))))).)))))..((((((.(((....))).)))))).......................))))))).
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..((((((((((..(((((..................)))))....((((((((((................)))).......[[[[[[[......(((((..)))))..)))))).))))))))))......((((((.((((((]]]]]]]...)))))).))))))....((((.....((((.......))))......))))...(((((((((....(((..(((((((..)))))))..(((((........((((..))))...)))))........))).))))))))).))))))))
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................((((((..(((((.(((........(((.....(((((((...)).))))).....))).....((((((....(((......(((....))).....)))..)))))).......)).).))))).....)))))).............................................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((iiiiii(<<<.(((((.ccccccc(...ee....))))).(((ggggggggg(aaa(ll.lllll.))))LLL..kkk(.LLAAA.[[[[[[[[[[[..))).....GGGGGG.f()GGG(((((()EECCCCCddd((((((jjjjjjj...)))))))))).)]]]..((bbbb...)F((((.)B)]]]]]].hhhhhhh)))){{{{{{{{{...BBB).]]KLL.KK>>>IIIIII((((........JJJJJJJ))))HH..{{HHHHH))}}DDD.CC.}}}}}}}}}.))))))))
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((..((((((((((.......))))))....((((.......(.....))))))))).....(((((((..(((((((...((((((((((.(((((((((((((......(((((((((((((((((((.((..(((((.((((((((((....)))))))))).)))))....((((((.....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..)))).))))))))...)))))))...)))))))))))))....))))))))))...)))))))..)))))))....)))))...
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((..((((((((((.......))))))....((((.......(.....))))))))).....(((((((..(((((((...((((((((((.(((((((((((((......(((((((((((((((((((.((..(((((..(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..)))).))))))))...)))))))...)))))))))))))....))))))))))...)))))))..)))))))....)))))...
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((.....(((((.((..((.....)).)).)))))....((((.....(((((.((((...((...))......))))...(((.(((((.((((((.((((....)))).(((((((...((...((((.(((.((((((.(((((((........))))))).))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))))))..))))))..))))))))))))).)))))...(((((.(((....))).))))))))...........))))))))).))))))).
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((....(((((...)))))(((..((((((.................))))))..)))...........................(((((.(((((((((((....))))..((((((((.....))))......((((((.(((((((........))))))).))))))......((((....((((....(((((.....(((....)))....))))).))))))))....))))))))))).)))))..((((((.(((....))).)))))).(((..........)))......))))))))
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..((((((((((..(((((..................)))))....((((((...........(((((...............)))))........((((....))))..)))))).))))))))))......((((((.(((((((........))))))).))))))...(((((((...((((.......))))..(((((..((((..((((((((.......))))))))))))....((((((.............)))))).....)))))............)))))))..))))))))
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((....(((((((((.......))))))....((((..............)))))))........((((.......((....((((((.(((.((((((.............(((((....(((((.(((..((..(((((..(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))...))).).))))(.....))))))..........))))))....))).))))))....)).......)))).......))))...
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((..((((.((((((.....)))))).....((((..(((...)))...))))))))...(((...((..(.((..((.......(((((.(((((((((((...((((......(((((.....))))).(((.((((((.(((((((.(....).))))))).))))))...((((.(....))))).....(((....))).)))..))))..(..(((.......)))..)))))))))))).)))))..((((((.(((....))).))))))...))..)).)..))...)))..))))))).
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((......))).(((((...(((.((((....)))))))....((((.....(((((.((((...((...))......))))...(((.(((((.((((((.((((....)))).(((((((...((...((((.(((.((((((.(((((((........))))))).))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))))))..))))))..))))))))))))).)))))...(((((.(((....))).))))))))...........))))))))))))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((..(((((((((((.....)))))))....((((..(((...)))...))))))))...(((...((..(.((..((....((.(((((.(((((((((((....))))..((((((((.....))))...(((((((((.(((((((.(....).))))))).))))))......((((....((((.(((.(((....)))......))))))).((....)).)))).)))))))))))))).)))))..((((((.(((....))).)))))))).))..)).)..))...)))..))))))).
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(...((((((...(((.(((((..))))))))..))).))).....(........)((((.(((((((.............))))))).(((.((((((....)))))(((((((((((((......).)))((((((((((((((((...)).))))))))))))))((......))))(..((((((((((((..))))))))))))((((..)))).(((..(((..))))))).)))))))((..))((((((.((((..)))).))))))))))...(........).)))).))))))))
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................(.(...(.......................(......)...........(.(..(...(.........(...(..........(((((((((.((..((..(.(((..((.((.(((((((.(....).))))))).)).)).....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))))))..)....)).))))....))))))).....)..............)...............)...)....)...)....)...).)
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((..........................................................(((...((..(.((..((...((..(((((.((((((.((((....))))..((((((...((............((((((.(((((((.(....).))))))).))))))................(((....(((....)))....))).......((....))...))..)))))).)))))).)))))..((((((.(((....))).)))))))).))..)).)..))...)))..))))))).
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((.....((((((((.....))))))))...........((((.....(((((.((((...((...))......))))...(((.(((((.((((((.((((....)))).(((((((...((...((((.(((.((((((.(((((((........))))))).))))))....(..(((.....((((....(((....)))....))))..)))..))))..))))))..))))))))))))).)))))...(((((.(((....))).))))))))...........))))))))).))))))).
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((.....((((.....)))).((((....))))......((((......))))..((((................))))..((((......((((((..((((....)))).....(((((.....)))))..))))))....(((((((........))))))).....))))..((((.....((((.......))))......)))).))))...(((....))).(((.((((....)))).(((((((......)))).((((.............))))......))).)))(((....)))..
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((....((((((((((.bbbb)))))).....((((.....BBBB.....)))).((((.......[[[[[....)))).......]]]]]((((((..((((....)))).{{{{(((((.....)))))..))))))....(((((((.}}}}...)))))))...<<<<......((((...(((((....)).))).......(((.....)))(((....)))))))..<<<))))>>>.(((.((((..aaaa)))).((((.......AAAA..)))).......)))..>>>>..)))))).